这时，袁世凯和清廷也在加紧策划着反革命的行动。武昌等地的起义，使清廷极为惶恐不安，为挽危局，清廷在不得已的情况下，又起用了原北洋大臣袁世凯，任命其为内阁总理大臣。袁世凯本欲即行赴任，凭借自己训练并掌握的六镇新军，以匡扶清廷为名，实现其更大的野心。但是，吴禄贞的所作所为，却使他困于武汉前线，不敢北上。因为，吴禄贞率其第六镇官兵进驻石家庄后，就控制了京汉铁路。吴11月1日抵达石家庄，11月4日便派何遂率领部队在石家庄车站将一列由北京开往武汉前线的满载枪械弹药、粮食服装和饷银的列车，予以截留。这实际上等于截断了京汉路。不仅如此，吴禄贞还致电清廷内阁等主管衙门，“明降谕旨，大赦各省革党，速停战争”，“以息兵革之祸，而救危亡之局”，并弹劾陆军大臣荫昌等人，要求将他们“严行治罪”（卞孝萱：《辛亥革命山西资料片段》，《近代史资料》1957年第5期，第22页）。吴禄贞的这些举措，不仅不能使袁很快北上，同时也给其调动部队，镇压革命造成了极大障碍，所以，袁世凯对吴禄贞恨之入骨，必欲除之而后快。但他清楚，若明火执仗地调集重兵对吴禄贞所部进行围剿，不仅不合时宜，而且还会招致很大风险，于是，惯于玩弄阴谋诡计的他，便决定重金收买杀手，刺杀吴禄贞。
袁世凯的魔爪正悄悄地向吴禄贞伸来，吴禄贞对此当然不可能知晓，而他平日又疏于警惕防范，结果致使惨剧发生。
吴禄贞抵达石家庄后，即以车站票房为行辕。11月4日扣留向武汉前线运送辎重车辆的成功，当天与阎锡山在娘子关组成燕晋联军事宜的顺利进行，11月5日，山西民军又有一营开至石家庄，凡此，都令吴禄贞十分振奋，认为形势很好。11月6日晚11点多钟，吴禄贞饮了些酒以后，正与副官周维桢、参谋张世赝（原任奉天陆军小学堂总办，刚调来）二人批阅机密文件时，突然，吴禄贞的卫队长“马惠田带同参谋夏文荣、队官吴云章、排长苗得林等四人进见吴，马惠田说：‘向大帅贺喜！’打下千去，从衣服下拔出一支枪来。吴一见不对，一手拔出枪，从窗口冲到小院里，跳上墙。马等连击，吴腿部中弹，跌下回击，马等向外跑去，吴在后面追，走到墙外，伏兵起，头部中弹倒地死，并丧其元，张世赝、周维桢同时殉难”（刘存善：《山西辛亥革命史》山西人民出版社1991年7月版，第104页）。一代豪杰，就这样死于非命。何遂在睡梦中被枪声惊醒，出来一看，见吴、张、周等被刺身死，当他明白发生兵变之后，悲恸欲绝，即向山西民军驻地跑去，后来又受到了倪普香的保护。
对于刺杀吴禄贞的主凶，张国淦的《辛亥革命史料》中，说是袁世凯以 重利啖其旧部周符麟下手。周符麟原为第六镇第十一协统领，后被吴禄贞撤职，换成了时任第十二协统领的吴鸿昌。周因此怀恨，久思报复。他是东北人，骑兵第三营营长马惠田也是东北人。吴禄贞在任延吉边务大臣时，马惠田即跟随吴，吴对马颇为信任，故令其为卫队长。11月5日，周符麟来到石家庄，来后不谒见吴禄贞，便与马惠田等约集军官开会，引诱军官。何遂报告吴禄贞，吴却说：“不要紧，卫队长马惠田是靠得住的”。天黑时陈其采来，也与周等开会。何又报告吴：“危险，要警惕！”吴态度仍安详，说：“我有何惧”。不知彼等以银三万两给马，密令其行刺也（《山西文史精选》（1），第45页）。而阎锡山的回忆录中则说“据他们说，吴将军之死，乃清廷以二万两银子买通其部下吴旅长鸿昌所图，与一般所传刺吴将军者为周旅长符麟有出入”。但从尔后发生的事情上，可以看出，张国淦所言可信程度较大。
吴禄贞的遇害，令阎锡山十分悲伤也无比懊悔。他虽然与吴禄贞只在娘子关“短短一会”，但“吴将军之英俊豪爽，肝胆照人，料事之确，待事之忠”，在其心中永远留下不可磨灭的印象。而“此一祸变，使我们阻袁入京之谋成为泡影，饮恨之深，实非言语可以形容”（《阎锡山早年回忆录》，转引自《山西文史资料》第76、77合辑，第53页）。事实也确是如此，吴禄贞被刺杀后，虽然吴禄贞的副官齐燮元曾带领一个连宣布起义，并因此吓跑了第六镇禁卫军的一个旗兵团。另外，当山西方面闻知噩耗后，仇亮、景梅九、姚太素等率兵一部由娘子关连夜出发，于11月7日抵达石家庄后，与何遂、第十二协协统吴鸿昌会商善后事宜中，吴鸿昌在得到了晋军担负第六镇官兵军饷的保证后，也曾答应了景梅九提出的燕晋两军联合计划，“还应该继续实行”的要求，同意了仇亮提出的给张绍曾发电报，请其由奉天发兵，直攻北京，第六镇为声援。以及发令先断南北铁路两段，以阻清兵南下，而解武汉革命军之围的提议，让何遂拟妥即发。同时，仇亮还提出由吴鸿昌集合第六镇官兵，自己则集合山西民军，为吴统制举丧，并誓师北伐，吴鸿昌也没说别的。看上去，继续实行燕晋联军的计划，似乎还有转机。可是，当会商完毕，时已垂暮，双方分头去集合部队时，景梅九对吴鸿昌说：“兵贵神速，若乘此机北上，大事可成！”而吴却说了句：“怕我们的兵开不动！”（景梅九：《罪案》北京京津印书局1924年版，第222—223页）结果，他趁何遂去发电报之机，带着部队向滦成开去。燕晋联军由此完全结束，阻袁入京之谋也终成泡影。
事已至此，仇亮、景梅九只好命令士兵将几百箱枪弹炮弹、几十包大米都装上货车，运往娘子关。第二天，杨彭龄又到石家庄寻找何遂，并同他一起把吴禄贞和张世赝的尸体运到娘子关临时埋葬。同时，将通往娘子关的铁路破坏掉一段。第六镇中的同盟会员何遂、孔庚、王家驹、刘越西、李敏、倪普香等人，也随之转入山西。
吴禄贞与阎锡山发起组织燕晋联军，及其阻袁入京的宏图大略，是中国辛亥革命史上的一个重要事件。虽然昙花一现似的仅存在了7天，但它却充分反映了吴、阎二人与其他革命党人为实现“同盟会”誓言的坚定意念和革命信心。它没有成功，并且是以悲剧的形式而告终，这确实令人痛惜，然而，其中的原因与结果，更令人深思。
对于联军失败的原因，有论者认为是“山西民军当时力量薄弱，未能乘乱增兵进占石家庄，扼京汉路而阻袁世凯北上，进而再图攻取北京”（李茂盛等著：《阎锡山全传》（上），第115页）。这个说法不无道理，但是，事情并不这么简单。即使山西民军当时势力雄厚，乘乱增兵石家庄，也未必能够扼守京汉，阻袁北上。因为，继武昌起义后的山西起义，已然引起了清政府的极度恐慌和不安，必然竭尽全力阻止事态向不利于己的方面发展。清廷急令吴禄贞署山西巡抚，挥兵进驻石家庄，正是为此而采取的一个重要部署。再从武昌起义后国内形势来看，全国起义的省份还是少数，尚未形成很大气候，在北方的形势更不乐观。当时的清政府还掌握着相当雄厚的军事实力。清廷急调袁世凯进京出任内阁总理大臣，及其向武汉前线大批输送军械弹药，也正是想要控制整个局势和向革命反扑的。袁世凯和清廷谋刺吴禄贞，就是其采取的一个重要行动。因而，在此情况下，要想孤军奋战，夺取胜利，显然是不可能的。掌握重兵的吴禄贞正是从全局考虑，才主动提出与阎锡山组织燕晋联军的。
既是联军，其双方的联合行动就必须是密切配合，协调一致。在这方面，可能是事情紧急，时间仓促，吴禄贞与阎锡山虽然商定了阻袁入京的大政方针，阎锡山在吴禄贞走后，也派了一营人马开赴石家庄，可是在如何协作配合，却没有作出更为具体可行的计划。这也从一个侧面反映出了吴、阎二人对形势的过于乐观，而吴禄贞对属僚的劝告不以为然，终致遇刺身亡，正是因此所发生的一个悲剧。尤其值得指出的是，身为第六镇统制的吴禄贞，志向确实不凡，胆识也属过人，但他在对第六镇官兵结构和成分复杂性的认识上，在组织革命力量的骨干，进行思想发动和消除隐患这些方面的工作上则显得不够。他既没有形成以其为核心的革命骨干力量，也没有培养训练出一支可以依靠的革命队伍。正由于缺乏对部队的整合、整顿和有效地控制。因此，当形势顺利时尚可跟随大流，而一旦发生意外变故，就很容易瓦解，甚至背叛。他的第六镇下辖两协，除第十一协编入第一军正开赴武汉前线外，第十二协下辖的两个团，有一个是第六镇的，另一个是禁卫军的，也是监视吴禄贞的。而属六镇的这个团（标统）的团长曹进和三等参谋方本仁是反革命的，正是这个团奉命向山西进攻的。只是由于十二协参谋何遂有意安排，才使该团三个营分散于三处，失去了进攻能力。当吴禄贞遇刺后，由于没有一个核心力量和一支靠得住的队伍，所以，对尚可挽救的局面却未能予以挽救，吴鸿昌率部而逃，使燕晋联军的最后一线希望也化为泡影。吴鸿昌率部撤往滦城县后，发现山西民军并无大部队进占石家庄，他怕清廷追究其临陈脱逃的罪责，遂于第二天即11月8日又率部返回石家庄。这似乎可以证明若山西民军力量雄厚，是可以乘乱增兵石家庄，阻扼京汉，阻袁北上，进攻北京这一推论是能成立的。然而，即使山西民军大部队进驻石家庄，因而吴鸿昌不敢冒然率部返回，那么，清廷难道就不会调遣其他部队进攻石家庄吗？面对南方革命的兴起和山西革命势力的发展，它怎可能放弃这一处于南北交通要冲的战略重地呢？就在吴鸿昌向清廷谎报其“复占石家庄”的当天，清廷便“当即派段祺瑞前往查办”（张国淦：《辛亥革命史料》第208页）。段祺瑞为袁世凯的得力干将，又是内阁重要成员，清廷派他前往石家庄“查办”，可见其对石家庄的重视，而段氏前往“查办”的目的，也是显而易见的。
总之，对于燕晋联军及其计划失败的原因，应当将其放在当时的历史条件下进行全面地考察分析，不可取其一面，而不及其余。辛亥革命是一场要推翻几千年的封建专制制度，开辟新时代的伟大革命，革命和反革命两种势力之间的斗争必然是十分激烈残酷而又曲折复杂的，只有从这个时代大变局的前提出发，才能够对其中所发生的一些事情的前因后果，作出比较符合实际的结论。
5、面对清军的大举进攻，进行顽强抵抗，阎锡山率部转战于绥包一带
“燕晋联军”的失败，对山西革命形势造成了极大不利，清廷很快便调遣重兵对已是孤立无援的山西民军，发起了凶猛的进攻。
山西民军本来就处境艰难，在军事方面，阎锡山当选都督后虽然把山西民军改编成了4个旅，但实际上还是原来的两标人马，也就是两个团，所以当初阎锡山只能向娘子关派去一个营驻守。面对清军即将开始向山西的大举进攻，阎锡山等人竭力募兵练军，并议定成立一个敢死军，由杨彭龄任司令（因其未到职，遂由被任为参谋长的何遂统领），敢死军士兵多为洪洞、赵城一带的青年，因为这些地方民风强悍，善于战斗。可是由于敢死军实际上只有一团人的数量，因此，将其排连营长均提升一级，排长称连长，连长称营长，营长称团长，另外，还有杨彭龄编练的新编混成旅等。孔庚到达太原后，阎锡山任命其为高等军事顾问，后来又委其为“朔方兴讨使”，率兵一部，进军大同。但总的来看，山西民军的力量仍相当薄弱。在财政方面，太原起义当天藩库被抢后，军政府曾临时发行了一种军用券，以维持市面，但它信用不佳，任军政府政事部部长的景梅九从娘子关回到太原后，为筹措经费提出了向富豪借款的办法，阎锡山、赵戴文等皆以为此法可行，于是在排出祁县、太谷、平遥等富商巨贾的名单后，即由李大魁（字梅峰）和姚太素（字守贞）率学生军一队先到祁县渠本翘家去借。渠父正要闭门谢客，学生军在其家门口放了几下空枪，渠父畏惧，表示愿意帮助军饷，双方商谈中，李大魁提出要借百万两，经讨价还价，渠父答应借给白银40万两，第一次先解20万两到太原（民国成立后，山西当局以省银行股票予以归还），由此不难看出当时山西军政府财政的窘迫状况。在此情况下，要想抵挡清军的进攻，显然是十分艰难的。
吴禄贞遇刺被害的第二天，清廷即派段祺瑞前往石家庄查办，其意图显然是要向山西发起进攻。面对骤变的不利形势，阎锡山一面派南桂馨赴陕向革命军求援，并派军政府参议、太平县（今襄汾县）举人董桂萼赴晋南招抚，派李苑林、胡行赴晋北招抚；一面派常樾、贾德懋到石家庄向段祺瑞疏通，因为贾德懋与段祺瑞为师生关系，派他前往自然要方便一些。行前，阎锡山还让景梅九以他的名义给段祺瑞写了一封信，劝段与黎元洪争功，希望其“能一张吾汉帜而媲美于千古”。然而，段祺瑞不仅拒绝了阎锡山的要求，反而向贾德懋提出了要阎锡山取消大都督名义；将革命军分散，归陆军各镇管辖；将新任山西巡抚接至省城到任等无理要求。常樾、贾德懋当即表示反对，会谈未取得任何结果。之后，没过3天，11月12日，袁世凯便致电奕劻、那桐、徐世昌，饬令驻防奉天的曹锟第三镇先行开赴北戴河一带侯调。11月14日，清廷又派渠本翘为山西宣慰使，进行诱降活动，渠奉命后即致函阎锡山，劝谕以和平解决。阎锡山也于11月24日复函渠本翘，愿在太原共商和平之策，但并未实现。因为袁世凯已下决心要除去山西民军这个肘腋之患。11月15日，又任命张锡銮为山西巡抚，率曹锟第三镇开往石家庄，准备进攻娘子关。同日，清大同镇总兵王德胜也致电内阁，建议“新抚带队经行大同，与张、绥互为声援，规复较易，……雁门关现为我有，从此进兵，长驱直入，省城唾手可得。省城既得，娘子关不战自降”。
清廷步步紧逼，大兵压境，形势十分严峻。山西民军赶紧商议对策。景梅九向阎锡山提出：“袁奴远交近攻，欺人太甚！惟有一战，不可退让，胜则长驱北上，败则分兵南北，另作计划”（景梅九：《罪案》第235页）。阎锡山赞同此议，即任命乔煦为前敌司令，率原第八十六标一、三两营增援娘子关，随后，阎锡山偕赵戴文、马开菘亦到娘子关督战。乔煦到达后，据守娘子关正前方之乏驴岭，张煌率部据守娘子关右前方雪花山，旧关亦由张煌部驻守，娘子关则由敢死队、学生队驻守。
12月9日，清军向娘子关发起进攻，两军展开激战。清军只所以拖延了许多时日方才发起进攻，是因为曹锟第三镇中的一些军官不同意镇压革命，有的离曹而去，有的被曹撤职，曹锟不得不予整顿，所以，到11月24日才由奉天出发，开往石家庄，12月8日，由石家庄出发，晚上十一点钟抵达井径。民军四五百人曾趁夜袭击，双方激战二时许，民军退守乏驴岭，因此，娘子关之战，实际上于12月8日即已开始。