每军作13270人汇纂引述本太平天国壬子二年夏以后旗分五色，旗上各系地名，并有"上上"字样。述本以后地名有平南、贵县、桂平、道州。两司马不分东西南北，伍长伍卒无名色。
每军作13125人杭州本 太平天国癸好三年旗分五色，旗上各系地名，无"上上"字样。地名有广西贵县、平南、武宣、桂平、博白、苍梧和广东归善，湖南道州。两司马分东西南北，伍长伍卒均有名色。
同上
伦敦本太平天国甲寅四年初
同上 同上
三、初期太平军的编制方式
根据对各本《太平军目》的考察，"旗分五色，各系地名"是它们的一个共同点，虽然在较早刻本中还有"上上"字样，意味着有上中下九等之分，但"旗分五色，各系地名"这一特点是各本始终共有的。（太平天国军队的实际旗色，需另行研究，这里只讨论《太平军目》规定的原则。）
"旗分五色，各系地名"的原则对太平军的编制起着什么作用呢？
在金田起义过程中，各地起义者到达金田即予编组。《洪仁玕自述》："天王劳心，即将博白、贵县、象州、金田、花州（洲）如来扶主等队，俱立首领，偏以军帅、师帅、旅帅以下等爵。"（《太平天国》，第2册，850页。）梁立泰家册记他到金田入营后，庚戌年（1850）七月为两司马，八月升旅帅。这都说明，在金田起义过程中，洪秀全等就仿照《周礼》以军师旅卒两的系统把群众编组成军了。
参加起义的群众是一村一乡一县集中起来到达金田的。洪秀全等是否按照地域原则来编组队伍，即是否将各县的人自行编成一军一师？这一问题，历史资料中没有明确直接的记载，但时人和今人却都有肯定的答案。
《贼情汇纂》卷五《旗帜器械》摹有太平军两司马旗帜的图式，伪《太平军目》内旗图并写有一段说明。以其有关本问题的讨论，照录如下：
此贼初起两司马黄旗也，长阔二尺五寸。其刊于伪《太平军目》中有：太平广西平南桂平贵县道州上上黄旗等字样。盖其始虏得一州一邑人民，皆籍为一军，以旗标别，各系地名。嗣所扰之处渐多，五方杂处，凑集成军，难于区分，此制故废。此旗乃贼旗滥觞，特列于众旗之前云。（《太平天国》，第3册，143页。）
张德坚根据他对《太平军目》中旗图的理解，认为太平军初起时是以一州一县人民为一军的。据此，今人的一些专门论著也以为金田起义时期军队的编组系以地域为单位，是将一个县参加革命的群众集中编组于一师一军。
如果我们直接来研究《太平军目》，就可以知道这样的理解和看法是值得商榷的。
我们已经知道，各本《太平军目》的旗帜上都写有地名，其中主要包括了金田起义首义县份桂平、贵县、平南、武宣、博白等县的县名，在早期刊本即更接近金田起义时期的刊本中，县名之上还有"上上"两字，意味着划分为上中下九等。《太平军目》又规定"旗分五色"，并举黄旗为例。其他各色没有说明，我们假设它们就是太平天国常用的青白红黑。这样，根据《太平军目》所规定的原则，金田起义时期的太平军旗式可以有如下各种：
太平广西贵县上上黄旗太平广西贵县上中黄旗
太平广西贵县上下黄旗直至下下黄旗
太平广西贵县上上青旗
太平广西贵县上中青旗
太平广西贵县上下青旗直至下下青旗
太平广西贵县上上白旗
太平广西贵县上中白旗
太平广西贵县上下白旗直至下下白旗
…………
其他各县也都如此。每县有五种旗色，每色又分上中下九等，即每县可以有四十五种旗式。
当然，金田起义时期太平军的旗式事实上不可能这样繁复，旗帜上写有"上上"字样，只意味着他们套用《禹贡》九级等差之制的意向，实际上未必将各县各旗都分成了九等。即使这样，即使只以他们已经图示出的"上上"这一等为例，金田起义时期太平军的旗式也可有如下各种：
太平广西贵县上上黄旗
太平广西贵县上上青旗
太平广西贵县上上白旗
太平广西贵县上上红旗
太平广西贵县上上黑旗
太平广西桂平上上黄旗
太平广西桂平上上青旗
太平广西桂平上上白旗
太平广西桂平上上红旗
太平广西桂平上上黑旗
太平广西平南上上黄旗
太平广西平南上上青旗
太平广西平南上上白旗
太平广西平南上上红旗
太平广西平南上上黑旗
…………
这就可以看出，张德坚所说的太平军初起时"一州一邑人民皆籍为一军，以旗标别，各系地名"的说法是不通的。如果一县之人编为一军，那就要包括黄青白红黑五色旗，不可能"以旗标别"；如果"以旗标别"，即黄青……各旗各自编为一军，那就会包括各县之人中的一部分，谈不到一县之人编为一军。
有的根据张德坚的上述说法，又根据《太平军目》中最后说的"此军以广西平南黄旗为例"一句，认为在金田起义时期，"广西平南黄旗"就是一军。但这样解释，意味着一州一邑之人不是编为一个军而是至少要编为五个军。以平南为例，就要有"广西平南上上黄旗"军、"广西平南上上青旗"军、"广西平南上上白旗"军、"广西平南上上红旗"军、"广西平南上上黑旗"军。太平军初起时至少有几十个军。当然，这不是事实。同时，把"此军以广西平南黄旗为例"一句理解为广西平南黄旗就是一军，也完全不符合《太平军目》本身的原意。
我们已经了解，各本《太平军目》都有"旗分五色，各系地名"的共同点；其不同处在于早期刊本在地名上有"上上"两字，表明划分九级的意向，武宣本所举的地名应都是广西所属。武宣本虽然没有保存下来，但由于我们已推知了前后刊本的异同，在研究与其共同点有关的问题上，我们仍然可以利用杭州本、伦敦本来说明早期的情况。杭州本、伦敦本《太平军目》图示一军的编制，首先列出和图绘了军帅旗，接着列出所属的师帅、旅帅、卒长、两司马，并各绘它们的一面旗帜。为便于读者研究判断，今把其中从军帅到两司马的旗帜和编组系统简要引录于下，旗图均照绘，旅帅以下的名目则予以简化（见本书第180页图）。
从这一图式可以看出，这一军全属"旗分五色"中的黄旗，军帅属于广西贵县黄旗（在武宣本中，应属于广西贵县上上黄旗，本文下同）。但这不是说，这一军全由广西贵县黄旗组成。它所属的五名师帅，分属广东归善黄旗、广西平南黄旗、广西桂平黄旗、广西苍梧黄旗（根据上文推断，在武宣本中，这个广东归善黄旗应是广西另一县份的黄旗）。广东归善黄旗前营师帅所属的五名旅帅，图说中有一名旅帅明确标明属于湖南道州黄旗（这在武宣本中也应属于广西另一县的黄旗）。其他四名旅帅以及"广西平南黄旗后营师帅"等所属的二十名旅帅，均未图示旗帜，但这并不重要，重要的是我们从已有的图说中可以知道，"广东归善黄旗前营师帅"统下的旅帅，不属于广东归善黄旗，而是属于其他地方的黄旗。以下卒长、两司马的旗帜，也说明了同样的问题。
这样，我们一方面可以判明所谓太平军初起时以一州一县编为一军或一军一师的说法不符合当时太平军的实际编制，另一方面也可以推知一些当时洪秀全等将起义者编制成军的具体做法。当时起义者是一村一乡一县集中起来到达金田的。起义者多属农民，他们背井离乡参加革命，但不可避免地有着传统的家乡地域观念。把一个县的人用旗色编列起来，标出他们所属的县份，是适应了这种家乡地域观念的要求。同时，起义者原由一村一乡一县的大小头目带领而来，用旗色按县编列，使他们在一定的范围内仍然保留着原有的统率关系，在起义之初也是很必要的。但洪秀全等在按照军师旅卒两的系统编制军队时，并不采用按县编军编师的方式，而是按照旗色的区分将各县之人混合编制。照《太平军目》所举的图例，这一军都属黄旗，但军帅以下的五名师帅分属五县，这是明确的；师帅以下的旅帅、卒长的旗帜虽未遍举，但与上级所属的县份并不相同，至少并不是清一色，这也是明确的。中下级单位可能系由一县的人组成，但就全军而言，实行的却是各县混合编制。
这是比较高明的编组方式。它在一定程度上满足了家乡地域观念，一定程度上照顾了原有的各村各乡的统率关系，但避免了按县份编成一军一师。而如果按县份编制一军一师，如出现贵县军、桂平师这样的地区军事单位，那在起义军中既易分畛域，也不利于起义首领对军队的领导。
军队的编制方法是太平天国的特创制度，对革命战争的胜利起过很大作用。清朝统治者咒骂太平天国，但不得不承认太平军"旋败旋炽，仍未见其穷蹙，所恃无他，盖始定军目，不衍于法，有以启之也"（ 《贼情汇纂》卷四，《伪军目军册》，见《太平天国》，第3册，119、118页。）。这一军队编制制度，是在起义之初就制定了的，"军目兵册，实关军制，闻各渠魁造逆之始，即先定此制，先立此册"（ 《贼情汇纂》卷四，《伪军目军册》，见《太平天国》，第3册，119、118页。）。据说冯云山就是最初的《太平军目》的作者："（冯云山）造伪书惑众，愚顽信为神……忽见所造《十天条》、伪《太平军目》、伪《太平礼制》、《天父诏书》，皆谓如此奇才，向非天生，何以至此。"（《金陵癸甲纪事略》附《粤逆名目略》，见《太平天国》，第4册，669页。）从现在所见的《太平军目》军旗上写的太平广西某县某旗字样来推测，这应是明定"太平天国"国号以前的旧制的遗存。这也是军目军制创始较早的一个旁证。冯云山苦心孤诣经营革命，设计了这样一种照顾地域但又从根本上避免按县编制军队的办法，不能不说这是他对太平天国革命的又一贡献。
四、初期太平军的军数
太平天国起义初期共编为几个军？这是无直接史料可据而需要探讨的问题。
郭廷以《太平天国史事日志》1851年3月19日条："时天王部分十军，一说九军。"这一说法的根据大概就是上文已经回译引述的周天爵致湖北巡抚龚裕的信。这封信说，太平军分为九军；又说，《太平军目》系举第一军为例，书末注明，其余九军悉按此编设。这封信实际上有两个说法：九军，十军（第一军加其余九军）。
但周天爵之说是根据推测而不是根据实际的情报。
太平军在桂平、武宣时期，清方统兵将帅如李星沅、周天爵对太平军内部的情况所知很少而不准确，如周天爵在武宣时尚不知洪秀全为天王而称之为大元帅，又称之为军师（周天爵：《致周二南书》，见《太平天国史料丛编简辑》，第6册，5页。），如李星沅当太平军已自大黄江口墟越紫荆山去武宣时，尚不知太平军有军师旅卒两之编制，而仅知太平军"二十五人为一旗"（ 《李文恭公奏议》卷二十一，《会奏查复现在贼首股数并请调云贵官兵折》。）。那时他们不可能有关于太平军分为几军的确实情报。九军之说，如上文所分析的，必是周天爵从所见的《太平军目》所绘旗帜中有太平广西某县"上上"黄旗字样，认为太平军是按《禹贡》九级等差之制编组而作出的推测。同时，他既说太平军分九军，又说《太平军目》书末注明其余九军悉按第一军编设，显然也有矛盾。各本《太平军目》均未说明太平军共分几军。汇纂引述本不会有这个数字，所以张德坚在《贼情汇纂》中未能说明太平军初起时之军数。杭州本、伦敦本《太平军目》最后只说"此军举广西平南黄旗以示例，余外各处各等各色皆仿此类设"，并未说余外若干军皆仿此类设。由此推断，周天爵说"其余九军"悉按第一军编设云云，其余九军之"九军"两字，也必非武宣本《太平军目》之原文而是他本人的推测之词。
此外，上文也已经提到，初期太平军的各县各色旗帜上写有"上上"字样，只意味着他们套用《禹贡》九级等差之制的意向，未必在实际上已真有这样的划分，而如果按意向而言，旗分五色，每色旗帜分九等，那就应该有四十五军，也不是周天爵所理解的九军。
所以，周天爵之说不足以成为太平军在初起时编军数目之根据。
《太平军目》说，"旗分五色"，接着举例的是一军都属黄旗的军帅。但这位军帅的旗帜上只注明旗色而没有番号（如同后来的旗帜上写前一军、后二军之类）。这就可以推想，在金田起义时期，全军只编以旗色相区别的五个军。
这一推想从清方资料中似可得到一些印证。
《贼情汇纂》卷三总说："先是贼起金田，自伪王以下，仅有军长、侍卫诸名色。"（《太平天国》，第3册，77页。）所谓"军长"之职位，为各种太平天国史料所不载。《贼情汇纂》卷三《伪官表》中有一条"昔有今废伪官名目"说：
前军长、后军长、左军长、右军长、中军长，此贼倡乱之初所立名色，至茶地皆改为军帅。（同上书，99页。）
关于这一节《伪官表》，张德坚注称："《伪官表》皆采自伪文告、伪官簿及诸家记述、《贼情集要》（《贼情汇纂》初稿本），合程奉璜所说分晰考订。百头千绪，丝毫讹误即与伪制不合，凡七易稿。"（同上书，99页。）它所说的前军长等五军长之名至茶地废去，改为军帅，言之凿凿，必有所据，应该可信。它列举了前后左右中五军军长的官称，而不是笼统地说"军长，后改军帅"，这也使人们可以这样理解：起义之初只有五名军长。如果把它与《太平军目》联系起来，"旗分五色"，很可能就是相当于前后左右中，例如中军就是黄旗，后军就是红旗……由于前后左右中五军相当于五种旗色，所以在最初的军旗上，军一级的旗帜就可以不写明前军后军等番号了。
金田起义初期分设前后左右中五军和五军长，这从《贼情汇纂》卷二《剧贼事略》中可以得到一定的证明。"伪夏官又副丞相曾锦谦"条下说："在金田时，封为左军长。""伪剿胡侯朱锡琨"条下说："庚戌十二月，贼在金田时，封为右军长。"
黄成德名下注："伪后军长。其时尚无诸伪官号。乃金田老贼，在桂平县病死。"（同上书，60、54、73页。）
这三条记载都明确地说在金田时有过左军长、右军长、后军长。（"伪补天侯李俊良"条下说，"贼在桂平茶地时，封为中军长"。这与五军长至茶地皆改军帅，时地有矛盾。如李俊良做过中军长，时间应在茶地以前。）既然在金田时有过左军长、右军长、后军长，其时必然还有前军长、中军长，这是没有疑问的。这样，其时太平军必有前军、后军、左军、右军、中军的编制，这也应是无疑的。
金田起义初期太平军以前后左右中编军，从敌人的战报中也可约略看到一些消息。