华盛顿担心的不仅是哈德逊河的安危，同时他也担心敌军会从加拿大南下。此刻令人痛惜的事情发生了，北方前线将领为了争夺指挥权发生了争执。盖茨在去加拿大接任指挥官一职的路上得知了美军从纽约前线撤退的消息，对此他感到十分的震惊。他原本以为美军会按照他的指示待在奥尔巴尼等候他的下一步的指令，然而斯凯勒将军却私自制定了行动计划。斯凯勒将军认为美军一旦撤离了加拿大就不再归盖茨管辖，他作为总指挥官，自然有权力调配美军的兵力。他就此事给华盛顿写了一封信，信中写道：“大陆会议应当事先明确我和盖茨各自的权力范围，如果大陆会议授权盖茨对美军远征军的绝对领导权，就应当以文件的形式确定下来，而事实上，我并没有得到任何相关的指令。因此，出于战争的需要以及总指挥官的责任，我自然要按照我的方式来行使决定权。我请求总司令将这一情况陈述给大陆会议，请他们做出裁决。”
由于情况紧急，两位将军都同意把这件事情移交给大陆会议裁定。在大陆会议的命令下达之前，两位将军会同前往香普兰湖抵御卡尔顿爵士的进攻。他们于7月6日抵达了王冠角，并在那里集中了一批从加拿大撤退的士兵。由于撤退得十分匆忙，他们都已经是精疲力竭了。所剩无几的行李放在湖边的破船里，由于没有雨棚的遮盖，许多传染了天花的士兵只好睡在稻草上，曝晒在7月炎炎烈日下。他们没有食物，仅有的一些腌肉也早已腐臭了，每天只能靠吃一点发霉的饼干充饥，而药品是一点都没有的。
撤退到王冠角的士兵总共有6000人左右，一大半的人都是伤病员。这些士兵原来分属于15个装备很好的营，但在此情况下，两位将军也只能把他们重新组合，以方便调度。他们没有帐篷，许多士兵只能用树枝临时搭建了一些棚子供伤病员休息。两位将军将2800名士兵送往15英里以外的乔治湖医院接受治疗，等他们走了之后，整个王冠角所剩的士兵寥寥无几了。在这样的情况下，他们只好召开了一个军事会议，商量下一步的对策。他们认为以目前的兵力要守住王冠角，简直就是不可能的。如果不能有一支加强连来补充他们的兵力，整个夏天王冠角都会不得安生。现在的权宜之策就是收缩力量，集中于一点在迪贡德拉加强防守。
在争夺指挥权的斗争中，苏利文将军受到了非常大的打击。他没有料到军衔曾经比他低的盖茨居然被任命为远征军的总司令官，这让他觉得大陆会议已经失去了对他的信任，为此，他主动提出辞职。大陆会议勉强批准了他的请求，在离职之前，苏利文将军通过斯凯勒将军转达了他对军队的谢意和歉意。
7月9日，斯凯勒将军和盖茨将军抵达了迪贡德拉，随行的还有阿诺德将军。他们一到目的地，就下令士兵们在此地驻扎下来，随身携带的武器弹药以及军需品也安置妥当了。他们目前的行动计划就是要对这个地方加强防守。陪同盖茨将军前往加拿大的约翰·特鲁布上校对迪贡德拉的周边环境做了一番侦察，根据侦察的结果，他建议在湖边的东侧修筑一个工事，这个工事刚好正对着迪贡德拉的东边，靠近独立堡。他还建议在乔治湖和香普兰湖之间的大山顶上修筑一个工事，这样他们就可以居高临下地监视下面的情况。除了修筑工事之外，他们还在积极地准备增加海军力量。他们从东部招募了一些修船的木匠，开始为修筑战舰而做准备，这项造船的任务由阿诺德将军负责。斯凯勒将军不久就返回了奥尔巴尼，为迪贡德拉的防御工事积极地采购所需物资。他同盖茨之间权力的斗争，显然已经平息了。大陆会议于7月8日给盖茨将军寄了一封信，明确了他的权力范围。在加拿大，盖茨将军拥有独立的指挥权，而不必向斯凯勒将军汇报。对于斯凯勒将军，大陆会议并没有想要剥夺他在加拿大的权力。在给斯凯勒将军的信中，大陆会议高度称赞了斯凯勒将军的爱国精神和奉献精神，并希望两位将军之间能够建立起相互的信任与理解。盖茨对大陆会议的决定感到十分满意，他表示十分乐意听从斯凯勒将军的意见，并愿意同他配合为国家效命。斯凯勒将军分别致信华盛顿及大陆会议，表示两人之前的一些误会并不会影响到整个军队的和谐，他个人愿意同盖茨将军一起并肩作战，为保护国家利益做出贡献。华盛顿对这一结果也是相当的满意，然而塞缪·亚当斯却显得不以为然，他不相信这件事情就这么容易解决了。在他看来，两人目前只是表面上和气罢了，总之一山容不了二虎，他们将来很有可能还会为权力引起更激烈的争斗。不过他也希望自己只不过是在做无望的猜测罢了。确实，权力的斗争从来都不可能以和平的方式解决，总要有人做出牺牲和让步才行。
不仅指挥官们之间存在矛盾纷争，就连部队里的士兵之间也存在许多的争执。嫉妒、谣言更使矛盾进一步升级。以南方军队为例，大部分的士兵都是来自特拉华，他们特别看不惯新英格兰的士兵们，新英格兰的士兵又特别看不惯那些康涅狄格的士兵。这支南方部队主要是指利奇上校率领的弗吉尼亚州部队、斯莫尔伍德上校率领的马里兰州部队和汉斯利特上校率领的特拉华州部队。宾夕法尼亚的部队由米福林准将指挥，此前他曾任华盛顿的副官，后来还做过陆军军需兵司令官兼军需局局长。他的同乡格雷顿上校，曾高度评价过他，认为他是一个非常有修养的将军。他外表看起来生机勃勃，行动也十分敏捷，但是有时候对待士兵有些苛刻。他们的部队主要驻扎在国王桥的附近，同时还要负责修筑华盛顿堡。在所有的大陆军里面，斯莫尔·伍德率领的马里兰部队是装备最精良的。士兵们穿着猩红颜色的制服，同东部士兵的参差不齐的服装形成鲜明的对比。他们的军官非常瞧不起康涅狄格的军官，因为军官们没有制服，他们同士兵们唯一的区别就是多了个帽章而已。但是康涅狄格的士兵并不羡慕马里兰士兵的制服，他们从心里瞧不起他们那种趾高气昂的神态，他们觉得那些马里兰人不过就是一群“金玉其外败絮其中”的酒囊饭袋罢了。然而带兵打仗总要有个带兵打仗的样子吧，不管制服是否漂亮，必需的武器装备应该不可缺少的。可是就连卡宾枪和马刀，康涅狄格的士兵们也没有。大部分人手中只有一支猎枪，有的枪管还特别长，看起来不像是打人的，倒像是打鸭子的。这些士兵都是临时招募起来的，根本没有什么作战经验。如果真的打起仗来，这支部队是压根指望不上的。由于来的时候太过匆忙，许多人连换洗的衣服都没有带。根据格雷顿上校的描述，这些部队当中生活最轻松的就是宾夕法尼亚的军队，他们经常在部队里举办宴会、舞会。与之相反，来自新英格兰的士兵们则过着十分清苦的生活。可能跟地方习俗有着极大的关系，宾夕法尼亚的士兵对“清教徒”的生活是十分陌生和不解的。
华盛顿原本以为那些轻骑兵都是一些有钱、有名望的地方绅士，但事实上，他们都是一些贫苦的农民。他们骑的马是自己运货的驽马，制服也显得相当的邋遢。然而就是这样一副打扮的骑兵，却受到家乡人民的追捧。他们的爱国热情和战斗勇气远比那些受过良好教育的贵族有过之而无不及。事实上，华盛顿告诉他们目前军队里并不需要骑兵，然而他们却坚持留下来，直到新的士兵到来为止。他们甚至提出自己承担所有的费用。反倒是那些正规的轻骑兵们，对任务挑三拣四，牢骚满腹。当部队要求他们像其他士兵一样去驻防的时候，他们中的一些人开始变得十分焦躁不安，一些人甚至提出了离开部队的要求，见此情形，西摩上校给华盛顿写了一封信汇报了这一情况。根据康涅狄格州的民兵法，轻骑兵可以免除驻防的义务，但是战争迫在眉睫，目前部队新兵尚未到来，作为军人他们必须要履行军人的义务。华盛顿收到信之后非常生气，他在信中简短地回复了这几句：“兄弟们，如果你们认为身为轻骑兵就不必履行驻防或者巡逻的义务，那么此时此刻，你们对军队来说一点用处都没有。我们现在需要的是勇于为国家奉献的将士，而不是娇气浮躁的懦夫。”华盛顿深知如果免除了他们驻防的义务，就会在军队中造成恶劣的影响，他千万不能开这个先例。在紧急的情况下，他让他的警卫韦伯上校以他的名义给杜姆布尔省督就这个情况写了一封信。省督见信之后免不了又向西摩上校了解了相关的情况。西摩上校怕省督怪罪于他，急忙给省督写了一封长信就有关的情况做了详细的解释。
不久，华盛顿收到了李将军发来的急件，根据情报华盛顿获悉了敌军将领亨利·克林顿爵士率军南下的真正目的。此前，亨利爵士在沿海的多次行动均被李将军打败，此次南下引起不少人的猜测和困惑。首先是他何时准备进攻纽约城；其次是他何时进攻弗吉尼亚；最后是他何时进攻南卡罗莱纳的查尔斯顿。当他准备对查尔斯顿发起猛攻的时候，李将军也带着部队赶到了。在过去的一年里，查尔斯顿的许多的地方都修筑了工事，约翰逊堡就是其中之一，它扼守着出入海的通道，此堡由盖茨登上校驻军防守。除此之外，他们在对面也修筑了一个无比坚固的堡垒，刚好位于苏利文岛的西南边，距离城区大约6英里。这个堡垒由威廉上校带领375名正规军以及部分民兵驻守在这里。堡垒同詹姆斯岛相连，被视为通往海湾的要塞。美军在苏利文岛的西北边架起了大炮，这样整个防御工作就显得既周密又坚固。李将军的到来让查尔斯顿的人们感到异常的兴奋，人们早已听说过他的英雄事迹，对他本人更是仰慕得不得了。得知他达到查尔斯顿的消息，就连敌军都放弃了立即发起猛攻，而是悄悄地驻扎在苏利文岛的对面海岸上。然而敌人不知道他们失去了一个最佳的进攻机会，因为正是在这个时候，查尔斯顿完全处于不设防的状态。
亨利爵士打算从陆路和水路同时进攻，一举占领查尔斯顿。然而美军早就已经在苏利文岛的北部修筑了牢固的工事，为了防止敌人从布里奇经过，汤普森上校带领着一批由正规军和民兵连组成的军队驻守在此。李将军的部队驻扎在小岛的北部，他命令士兵用小船修筑了一条通往碉堡的桥，以便随时增援汤普森上校。亨利爵士也在汤普森驻守的碉堡对面修筑了防御工事，整个6月，敌人都在为大战而积极地准备着。但是他们的条件十分艰苦，为了修筑工事，他们不得不每天暴晒在烈日下，由于缺少足够的淡水和新鲜的蔬菜，士兵们都叫苦不迭。6月28日，敌人终于发起了进攻。彼得·帕克爵士打头阵，率先打响了进攻查尔斯顿的第一枪。不幸的是，那天的天气对美军特别不利，由于他们处在逆风的位置，而敌军则处在顺风的位置，双方一开火，敌军就占了明显的优势。在战争中，南北卡罗莱纳以及弗吉尼亚的士兵表现得异常的英勇，在弹药快要用尽的情况下，他们还是死守着碉堡不肯撤退，这种顽强的精神让李将军深受震撼。他以前对南方的军队一直抱有某种偏见，但是这场战役让他彻底改变了对他们的看法。战斗持续进行了12个小时，双方均有不同程度的死伤。相比美军的伤亡，英军似乎更加严重一些。由于弹药用尽的缘故，汤普森命令士兵们暂停了进攻。英军以为美军已经弃堡逃跑，命令船只全速靠岸。殊不知，李将军的增援部队早已埋伏在岸边。等敌军一上岸，美军就朝他们猛烈地开火。敌军被打得抱头鼠窜，靠岸的战船也被炸得稀巴烂。眼看天色已经完全黑了下来，亨利爵士只好下令撤兵。第二天早上，亨利爵士又下令对苏利文岛进行了第二次的攻击，然而同样遭到了美军的痛击。无奈之下，他只好放弃了攻打的计划。彼得·帕克爵士的船队被炸得七零八落，已经丧失了进攻的能力，也只好放弃了继续攻打碉堡的计划。在撤退之前，亨利下令把带不走的东西付之一炬，没有来得及损毁的东西则成了美军的战利品。攻打查尔斯顿的计划失败后，英国舰队只能灰溜溜地撤退了。整个战斗打得非常激烈，美军一共死伤35人。穆特里上校由于守护苏利文岛有功，得到了大陆会议的嘉奖。李将军、汤普森上校以及其他的指挥官也都得到了嘉奖。这次战役结束后，李将军写信给华盛顿，希望他能够给自己配备1000名骑兵，他说如果有了这1000名骑兵，他保证自己能够确保南方各殖民地的安全。在信的末尾他还补充道，要不是敌军行动太迟缓，这次查尔斯顿早就失守了。
李将军传过来的喜讯正是时候，华盛顿正在积极地准备纽约战争，喜讯大大激励了纽约州人民的抗敌士气。7月21日，华盛顿在全军通报了这一消息，他想借此提升全军抗敌的决心，他在通告中说道：“面对强大的敌人，我们要学习他们顽强拼杀的精神，无论在任何情况下，都要坚守自己的岗位，不退缩、不逃避、不害怕、不放弃。为了我们光荣而伟大的事业，我们必须有这样的决心——要么征服、要么死亡。”华盛顿这一番慷慨激昂的演说，大大鼓舞了士兵们士气。
此刻帕特南将军正在为修筑华盛顿堡的工事而忙碌着，他打算在哈德逊河上修筑一条防线，阻止任何船只通过河口。7月26日，他给盖茨将军写了一封信汇报了这个工事修筑的情况。他将两艘船和一批体积巨大的原木用粗大的铁链捆住沉入水域形成了一个防栅，这个防栅一共宽280英尺，完全可以阻断任何船只通航。无独有偶，新泽西部队的一名负责摧毁通过纽约港的敌舰的指挥官安德森也想到了一个类似的阻塞航道的计划。他的建议得到了大陆会议的批准，华盛顿为他调配了一批士兵协助修筑这个工事。除此之外，他还负责纽约州的战船建造工作。
此时英国的舰队已经集合到了国王岛，虽然还没有上岸，但是他们的嚣张气焰表明他们似乎已经占领了整个岛屿。此刻美军机动部队的招募工作也在热火朝天地进行着，不过招募情况不是很顺利，到目前为止还不到3000名士兵。7月底的时候，英国战舰载着的来自苏格兰高地、黑森等地的援军在国王岛登陆。8月初，刚刚在查尔斯顿吃了败仗的亨利爵士也开始向纽约湾靠拢。随同前来的还有康沃利斯爵士，他带来了3000名士兵。