基督教最初传到中国来的，是乃斯脱利安派（Nestorian）。唐人谓之景教。高宗曾准他于长安建立波斯寺。因为赍其经典而来的，是波斯人阿罗本。信徒颇多。武宗时，毁天下寺院，勒令僧尼还俗。景教也牵连被禁。从此就衰歇无闻。当时教徒，建有一块大秦景教流行中国碑。唐后没于土中。到明末才出土，现在仍在长安。元世祖时，意大利教士若望高未诺（Monte Corvino），受罗马教皇尼古拉斯第四的命令，从印度到中国来。得世祖的许可，在大都建立加特力宗的教堂四所。信教的亦颇不乏，但都是蒙古人，所以到元亡之后，便又中绝。
一五八○年，明神宗万历八年。利玛窦（Matteo Ricci）来到澳门，在肇庆从事传教。他深知道在中国传教，不是容易的事情；而又晓得一切实际的科学，是中国人所缺乏；颇想借此以为传教的手段。于是首先译述《几何原本》（还译述他种书籍）。当时的士大夫，颇有和他往还的。一五九九年，始入北京，以圣像和时表，献于神宗。交结朝臣颇多。很有佩服他学问的人。也间有信他教义的。一六○七年，利玛窦再入北京，贡献方物。就得神宗赐以住宅。明年，并准他建造天主堂。四五年之后，信徒就有了二百余人。李之藻、杨廷筠、徐光启等，热心研究西洋科学的人，都在其内。
一六一○年，利玛窦死了。南京一方面，反对的声浪大起。一六一六年，朝廷就下令禁止传教。把在京师的教士，都逐回澳门。后来和满洲开畔，需用铳炮，很为迫切。而这时候的大炮，尤卓著效力。教禁就得因此而解。一六二二年，熹宗天启二年。熹宗派人到澳门，命罗如望（Jodnnes de Rocha）、阳玛诺（Emmanuel Diaz）等，制造铣炮。明年，并召用艾儒略（Julio Aleni）、毕方济（Fianciscus Sambiaso）等。而鼎鼎有名的汤若望（Adam Schall），不多时亦来到北京。这时候，明朝所用的大统历，又疏舛了。于是汤若望就受命，在所设四个历局的东局里，从事测验。一六四一年，祟祯十四年。新历成。一六四三年，八月，“诏西法果密，即改为大统历法，通行天下。未几国变，竟未施行”。多尔衮入关后，汤若望上书自陈。一六四五年，顺治二年。即用其法为时宪历。并令汤若望管理钦天监。教士在此时，可谓大得胜利了。参看《明史》第三十一卷。
不道清世祖死后，而反动力又起。原来明朝的钦天监里，本有一班反对西法的人。只因测验得不及他准，无可如何。清初虽仍用汤若望，而这种反对的势力，还没消灭。世祖死后，就利用这朝局变动的机会，旧时钦天监里的人员杨光先，首先出头，攻击新法。并诬各省的教士，要谋为不轨。于是把汤若望等，都囚禁起来。各省教士，亦多被拘禁。教堂亦被破坏，即用杨光先为监正。复行旧法。学新法的监官，和同教士往来的官员，获罪的也不少。这实在是明末以来对于西教西学的一个大反动力。汤若望死于康熙五年。
然而在历法上，旧法不如新法的精密，是显而易见的，圣祖又是个留心历象的人。于是派员考察，知道杨光先等所说的话，都是诬妄。一六六九年，就革杨光先之职，再用南怀仁（Ferdinandus Verbiest）为监正。
圣祖是个留心格物的人，深知西洋科学的长处。一六八九年之后，并且引用徐日升（Pereira）、张诚（Gerbillon）、白进（Bouver）、安多（Antonius）。叫他们日日轮班，讲西学。遇有外交上的事务，也使这班人效劳。参看下节。又叫他们去测绘地图，名为《皇舆全览图》。中国向来的地图，都不记经纬线，粗略得不堪；有经纬线的，实在从这一部图起；而且各处的大城大镇，都经过实测；在比较上，是颇为精密的（从这一部图以后，中国还没有过大规模认真实测的地图）。又因西洋算法的输入，而古代的“天元一术”，得以复明。这件事，在清朝的学术界上，也颇有影响。
教士的科学，虽然受一部分人的欢迎；然而他的教义，要根本上受中国人承认，是不容易的。所以不至惹起重大的反动，则因此时传教的方法，全和后来不同。不但这班教士，都改中国装，学中国话，通中国文字；连起居饮食，一切习惯，无不改得和中国人相同。而且从利玛窦传教以来，就并没禁人拜孔子，拜天，拜祖宗。他们的一种解释，说：“中国的拜孔子，是尊崇他人格；拜天，是报答万物的起源；拜祖先，是亲爱的意思；都没有什么求福免祸的观念。”——所以和中国旧有的思想和习惯，觉得不大冲突。
但是从康熙中叶以后，传教的情形，就要生出一种新变化来了。原来印度的旧教徒，本是受葡萄牙人保护的。中国的传教事业，属于印度的一部分，自然也是受葡萄牙的保护。而法兰西盛强以后，想夺葡萄牙人的保护权。就自派教士到中国来传教。一六八八年，康熙二十七年。到北京。于是葡萄牙人所专有的保护权，就被他破坏了。
后来别一派的教士，又上奏罗马教皇，说前此传教的人，容认中国拜祖宗……，为破坏基督教之义。一七○四年，康熙四十三年。罗马教皇，派铎罗（Tourmon）到北京来，干涉其事。铎罗知道此事不可造次，再三审虑之后，到一七○七年，才用自己的名义，把罗马教皇的教书，摘要发表。命不从教皇命令的教士，即行退出中国。圣祖大怒，把铎罗捕送澳门，叫葡萄牙人把他监视。葡萄牙人，正可恶不受他保护的教士，受此委托，可谓得其所哉。把他监视得十分严密，铎罗就幽愤而死。一七一○年。当把铎罗捕送澳门的时候，圣祖又同时下令：命教士不守利玛窦遗法的，一概出境。一七一七年，又命一切外人，不得留居内地。世宗即位之后，因教士有和诸王通谋的嫌疑，参看上篇第五章第一节。除在钦天监等处任职者外，亦均不准在内地居住。又改天主教堂为公所，禁止人民信教。从此到五口通商以前，形式上迄未解禁。但在乾隆时候，奉行得并不十分严厉。川楚教民起事后，当局对于“教”的观念，格外觉得它可怕可恶。一八○五年，嘉庆十年。御史蔡维钰，疏请严禁西洋人刻书传教。刚又碰着广东人士陈若望。代西洋人德天赐，递送书信地图到山西。被人发觉，下刑部严讯。德天赐监禁热河营房。陈若望和其余任职教会的汉人，都遣戍伊犁。教会中所刻汉文经卷三十一种，悉数销毁。从此以后，对于传教的禁止，就更形认真。其所以然，固由中国人的观念有变化；亦由一七四二年，乾隆七年。罗马教皇发表教书，对于不遵依一七○四年的教书的教士，都要处以破门之罚。于是在中国的教徒，都不得再拜祖宗。和中国人的思想，大为冲突之故。