西伯利亚本是一片混茫旷漠之场。清初俄人的东略，只是几个可萨克队，替他做先锋。俄国国家的实力，还并顾不到东面。第一个组织黑龙江远征队的，是喀巴罗甫（Knabaroff）。一六四九年，顺治六年。从伊尔库次克出发。明年，攻陷黑龙江外的雅克萨城。继喀巴罗甫而至的，是斯特巴诺（Stepanof）。一六五八年，为宁古塔章京沙尔瑚达所杀。而叶尼塞知事泊西库湖（Parnkoff），亦以一六五六年，组织速征队。一六五八年，筑砦于尼布楚河口。一六六○年，亦为宁古塔将军巴海所败。然隔了几年，俄人仍占据这两城，互相犄角。
这一班远征队，只能为剽掠的行动，绝不能为平和的拓殖。当时俄国政府，既无力援助他，又不能约束他，弄得很招土民的怨恨；而其结果，远征军仍时陷于穷境。一六七○年，康熙九年。圣祖贻书尼布楚守将，诘问他剽掠的原因，责令他退出。俄人知道不能和中国抵敌，一六七五年，差人到北京，表明愿意修好通商的意思。先是俄人在黑龙江沿岸剽掠时，土酋罕帖木儿，逃到中国来，怨中国人遇之太薄，一六六七年，仍逃入俄境。及是，圣祖与约：能不剽掠我边境，交还罕帖木儿，则可以修好，俄人一一答应，然实际都不履行。而且仍在黑龙江左岸，筑城置塞。
于是圣祖知战事终不可免。一六八二年，命户部尚书伊桑阿，赴宁古塔造大船。筑墨尔根、齐齐哈尔两城。置十驿以通饷道。以萨布素为黑龙江将军，预备出征。一六八五年，都统彭春，以水军五千，陆军一万，渡黑龙江，击败俄人，毁坏雅克萨城。而俄将图耳布青（Alexei Tolbusin），仍即在原处再行建筑。一六八六年，萨布素亲自出兵攻击。俄人竭力死守。这时候，俄国军备单薄，围城半月，城中能战斗的，只有一百五十人，危在旦夕。幸而和议开始，圣祖传命停止攻击。雅克萨城，才得免于陷落。
俄人这时候，正当丧乱之后，又和波兰、土耳其构兵，断无实力顾到东方。所以很希望同中国媾和（剽掠黑龙江沿岸的土人，也是俄国政府很不愿意的，不过无法禁止这一班远征队）。一六五五年、顺治二年。一六五六年、一六六九年、康熙八年。一六七○年、一六七六年，连派使臣到中国来，要想修好通商。无奈都因“正朔”、“叩头”等问题，弄得不得结果。一六八六年，俄国又派全权公使费耀多罗（Feodor Alexeniiuch Golovin）到东方来，和中国协议，先遣人来报告起程和到着的日期，并请约定协议之地。一六八八年，康熙二十七年。圣祖亦派内大臣索额图、都统佟国纲、尚书阿尔尼、左都御史马齐、护军统领马喇、督捕官张鹏翮等为钦差大臣，以教士徐日昇、张诚为通译，前往开议。明年，六月四日，与俄使会于尼布楚。这时候，中国使臣的扈从，已有精兵万余。圣祖又命都统郎坦，发兵一万，从爱珲水陆并进，以为使臣的后援。八月八日，初次开议。俄国使臣，要以黑龙江分界。中国使臣不许。迟之多日，到二十三日再会议。又不成。二十五日，教士居间调停，亦无效。于是和议决裂在即。而这时候，俄国的兵力，断非中国之敌。二十七日，俄使乃表示让步，续行开议。九月九日，议成。两国的疆界：东自黑龙江支流格尔必齐河，沿外兴安岭至海。凡岭南诸川，入黑龙江者，都属中国，岭以北都属俄。西以额尔古讷河为界，河南属中国，河北属俄。两国的臣民，持有护照的，均许其入境通商。这一年，俄大彼得才亲征，以后俄的情形，也就和前此不同了。
俄国希望同中国通商，也由来已久。一五六七年、明穆宗隆庆元年。一六一九年、明神宗万历四十七年。两年，就遣使前来。因无贡物，不许朝见。一六五五年、顺治十二年。一六五六年、一六六一年、一六七○年康熙九年。所派各使，则或以商人兼充，或以商人为副。大抵肯跪拜的，中国就许其朝见。不肯的，就不许。而带来的货物，则总许其发卖的。一六三六年的使臣，系荷兰商人。一切都依朝贡的礼节，居然得允许通商。但是还没有确实的办法。从《尼布楚条约》定后，两国的通商就明订在条约上了。然而依旧不能实行。于是俄帝彼得，又派德国人伊德斯（Iaes）到中国来。康熙三十二年，到北京议定，此后俄商，每三年许到北京贸易一次。人数以二百为限。寓居京城里的俄罗斯馆内。共准滞留八十日。其货物并得免税。中俄通商的事情，到此才有个明确的办法。其土谢图汗与西伯利亚接境处，则人民互相贸易，由来已久。至此亦仍准其岁一互市。然在北京的贸易，因为管理的官吏所诛求，不甚发达。其在土谢图汗境内，则因并无官员管理，纷扰颇甚。而蒙人逃入俄境的，俄人又均不肯交还。到后来，土谢图汗就请于朝廷，要绝其贸易。而天主教士在京师的，亦和俄国人不协，撺掇圣祖，把俄人赶掉。一七二二年，康熙六十一年。朝廷就下诏，命所有的俄人，概行退出国境。于是中俄的通商关系，又复中断。
不多时，俄国女主加他邻第一，又派使臣拉克青斯奇来，请议通商和俄蒙边界事宜。一七二七年，雍正五年。到北京。朝廷也愿意同他开议。而以和外国使臣在京城议约，是从来所无之事。仍叫他退回恰克图，再派内大臣策凌色格，侍郎图理琛去和他开议。是为《恰克图条约》。俄蒙交界：自额尔古讷河岸，到齐克达奇兰，以楚库河为界。自此以西，以博木沙奈岭为界。而以乌特地方，为两国中立之地。俄商仍得三年一次到北京贸易，而人数加至三百人，留居的期限，亦展至三年。到一七三七年，乾隆二年。才取消北京的贸易，专归并恰克图一处。此后交涉，每有葛藤，清朝就已停止互市为要挟都手段。乾隆三十年、三十三年、四十四年、五十年，共停市四次。五十年停得最久，到五十七年才复开。又计立条约五款。