美丽的少女玛格丽特出现在街上，不过，她不是来寻欢作乐的。她手里拿着一本《圣经》，向教堂走去。齐贝尔一直爱着她，想跟过去和她说话，可是梅菲尔特那张可怕的脸出现了，只要齐贝尔向着玛格丽特迈出一步，梅菲尔特就恶狠狠地瞪他，吓得小伙子一动也不敢动。可是浮士德走过来的时候，梅菲尔特却想方设法地让他和玛格丽特相遇。浮士德彬彬有礼地向玛格丽特问候，希望和她单独谈谈，玛格丽特也表现得很有礼貌，不过，她拒绝了。望着她走向教堂去的背影，浮士德十分怅然。
第三幕
玛格丽特家的花园，背面是一堵墙，有一道小门。左边是凉亭，右边是玛格丽特的房间，有一个半对着观众的窗户。花园里有花木。
齐贝尔从小门上来，他在花床前，准备采一束鲜花送给玛格丽特。但他每摘一朵花，那花立刻就枯萎了，齐贝尔非常惆怅。这时，他看见墙上有一个圣水盘，就用圣水洗了手，再去摘花，花就不再枯萎了。他做了一个花环，轻轻地放在玛格丽特房间的台阶上，希望玛格丽特出来的时候能够看见。
浮士德带着梅菲尔特也来到花园，浮士德让梅菲尔特避开了。但是梅菲尔特很快就回来了，他拿来一盒珠宝和一束美丽的鲜花，偷偷地用它们换走了齐贝尔的花环，然后和浮士德一起悄悄地藏在树荫下，等待玛格丽特从教堂回来。
不一会儿，玛格丽特回来了，她走进屋子，在窗边的纺车前坐下，开始纺纱。她显得有点心神不宁，原来，在街头遇到的那个陌生的年轻人，也使她颇有感触。她从来没有见过如此潇洒的绅士，他的谈吐是多么温文尔雅，他的装束是多么大方高贵！
玛格丽特怎么也无法让自己平静下来，她满脑子都是浮士德的形象。最后，她站起身来走到门外，台阶上有一束鲜花，玛格丽特捧了起来，她猜想，这一定是痴情的齐贝尔送来的，她轻轻地摇了摇头。突然，一个精美的珠宝盒吸引了她的目光，玛格丽特放下花束，蹲下身来仔细地观察这个珠宝盒，这里面有那么多珠宝！玛格丽特拿起一串项链，迫不及待地把它戴到自己的脖子上，又拿出一副耳环戴在耳朵上，然后奔回屋里，在镜子前照起来。项链和耳环闪闪发光，衬托得她红润的脸庞更加动人了。玛格丽特欣喜若狂，她唱起了一首咏叹调《珠宝之歌》，这是整部歌剧中最受人喜爱的一首花腔女高音咏叹调。
玛格丽特又从珠宝盒里取出手镯、头饰等，一一佩戴起来，在镜子前左顾右盼。
正在她得意地自我欣赏时，邻居、好朋友玛尔塔来了，这是一个轻浮的女人，丈夫在前线打仗，她却整天想着在生活中能有点乐趣。当她看见珠光宝气的玛格丽特时，感到十分奇怪，刚要询问，梅菲尔特走来了。他为了给浮士德创造机会，开始诱惑玛尔塔，说她的丈夫已在前线阵亡，现在不如和他一起去寻欢乐。玛尔塔听到这不幸的消息满不在乎，高高兴兴地接受了梅菲尔特的建议，她靠在梅菲尔特的肩膀上，走出了花园。玛格丽特很羞涩，但显然，她被浮士德深深吸引了。她不愿意浮士德走近她，却又不希望他走开。在浮士德温柔的鼓励下，玛格丽特讲述了自己的身世，并且倾听浮士德向她表达爱情。花园的另一边传来梅菲尔特和玛尔塔的歌声，结果，四个人的谈话形成了有趣的四重唱。
玛格丽特摘了一朵花，一边扯下花瓣，一边轻声地念道：“他爱我，他不爱我，他爱我……”当扯到最后一片时，恰好是“他爱我”，这真让她高兴。于是，她不再犹豫了，和浮士德一同唱起了优美的爱情二重唱，互相倾诉心中的爱慕之情。
天渐渐地暗了，玛格丽特应该和浮士德分手了。他们约定第二天一早再相会，然后互相道了晚安。玛格丽特走进小屋，关上了门。浮士德恋恋不舍地站在窗外，留恋地看着屋里的灯光。那窗子突然打开了，是玛格丽特，她对着月亮唱道：
“他爱我，他爱我！……哦，你快快回来吧，亲爱的，回来吧！”
浮士德伸出双臂，一下子搂住了玛格丽特，两人沉浸在无限的幸福之中。
有人在一旁发出可怕的狞笑声——是魔鬼梅菲尔特，他笑得浑身颤抖。
第四幕
在玛格丽特的房间里，玛格丽特站在窗边想念浮士德，她脸色憔悴，神情不安。原来，浮士德已经对这爱情厌倦了。
玛格丽特坐下来开始纺纱，她伤心地唱起思念的歌：“他没有回来，但我将永远等待他。”
玛格丽特已经怀有身孕，这是浮士德的孩子。
齐贝尔来了，他对浮士德的背弃非常气愤，说要去寻找他，为玛格丽特报仇。但玛格丽特阻止了他，因为她仍然对浮士德的爱情抱有希望。
场景转换到大教堂。玛格丽特走进教堂，跪下祈祷，隐形的梅菲尔特和其他魔鬼不断地提醒着她：她是一个罪人。玛格丽特的祈祷和其他礼拜者的声音融合在一起。
当礼拜仪式结束时，玛格丽特听见魔鬼的疯狂喊叫声：
“你已无可救药，上帝也帮不了你！地狱的大门敞开了，去吧，那里是你的归宿！”
玛格丽特惊恐地昏倒在地上。
在玛格丽特家外面的街道上，瓦伦廷和士兵们从前线回来了，他从齐贝尔的表情中看出妹妹已经出事了，于是赶紧走进家门。
梅菲尔特和浮士德在玛格丽特家的花园，浮士德有点神色不安，可梅菲尔特却一副无赖的样子，只见他抱着一把六弦琴，大声地自弹自唱起著名的《梅菲尔特小夜曲》，它的旋律很怪，加上诡谲的笑声，完全是调戏的意味。
这时，瓦伦廷正怒不可遏地奔回家来，听见这放肆的歌声，认为是对妹妹的污辱，便举起剑来，一下子就把梅菲尔特怀里的六弦琴劈成了两半。他看到一旁的浮士德，立刻想到这就是齐贝尔所说的那个玩弄了玛格丽特感情的浪荡公子，便又举起剑来，向浮士德砍去。梅菲尔特大呼小叫地在一旁指挥浮士德应战，并且施展魔法，帮助他的“主人”。只听瓦伦廷喊道：“怎么，我的手臂发麻，不听使唤？”就在这时，浮士德在梅菲尔特的指挥下，刺出一剑，正中瓦伦廷的胸口。瓦伦廷惨叫一声倒下了。
人们听到外面嘈杂的声音，纷纷从屋子里跑出来，看到这可怕的情景都呆住了。玛格丽特也赶来了，她一眼看到了倒在血泊中的哥哥，吓得跪倒在哥哥身旁哭了起来。
瓦伦廷拼尽最后一点力气对妹妹诅咒说：
“你已经走上了罪恶之途，你去死吧！即使神灵宽恕你，世人也会永远唾弃你！”
说完，他就咽气了。
大幕在玛格丽特的哀哭中合上。
第五幕
浮士德和梅菲尔特在哈尔兹的最高峰的欢宴中，见到许多古代著名的嫔妃，如特洛伊的海伦、弗琳等。这时有一大段芭蕾舞表演。这是当年巴黎歌剧院写作此剧时，这家歌剧院希望有一个更热闹的场面而让古诺加写的，后来的演出中常常删去不用。
突然，一个可怜的幻影出现在浮士德的眼前：这不是玛格丽特吗？她的脖子上有一条鲜红的血印！浮士德坐不住了，他叫梅菲尔特立刻带他回到城里去，他要见见这可怜的姑娘。
在阴森的监狱里，玛格丽特躺在地上昏睡着，她因为精神错乱杀死了自己亲生的孩子，被判了死刑。
浮士德由梅菲尔特带着，来到监狱。他看到这一情景，深深自责。他轻声唤醒了玛格丽特，想向她忏悔自己的罪孽。谁知玛格丽特已经疯了，她看见浮士德出现在面前，十分幸福地拉着浮士德的手，沉浸到往日的欢乐之中。他们又唱起了爱情二重唱，但这一次是绝望而凄惨的。面对玛格丽特深挚的爱情，浮士德无地自容。
梅菲尔特也加入了他们的歌唱，他嘀嘀咕咕地说：“天就要亮了，一切都将毁灭。”
神情恍惚的玛格丽特就要死了，她伸出双臂，向天使们发出最后的求救呼声：“啊，纯洁的天使，光明的天使！”这呼救声催人泪下，达到了全剧的高潮。玛格丽特倒下了。梅菲尔特得意地大叫：“她受到了惩罚！”这时，天使的歌声从遥远的天庭传来，越来越响亮，
直震得梅菲尔特瑟瑟发抖。监狱的墙在歌声中轰然倒塌，一群天使携起玛格丽特的灵魂，冉冉升上天空。魔鬼梅菲尔特想逃跑，可是一位天使用利剑将他一下子刺倒在地。浮士德跪在地上，双手合十，目送着玛格丽特的灵魂远去。全剧在神圣的合唱声中结束。
音乐欣赏
珠宝之歌（玛格丽特的咏叹调）
这是第三幕中玛格丽特的一首咏叹调。
玛格丽特回家后，心里还想着刚才在广场上认识的那个青年（浮士德），但她的内心又很矛盾，然后又想起了她的哥哥。这个唱段是C大调，4/4拍。
随后，她以6/8拍演唱了一个四小节的乐句，歌词只有一句：“我这里多么孤单。”
音乐马上转回到4/4拍，这是一段宣叙调，玛格丽特发现了鲜花和首饰盒，经过思想斗争以后，终于还是打开了首饰盒。这一段音乐把玛格丽特的内心活动刻画得非常生动。
玛格丽特戴上首饰，高兴地在镜子前照来照去，音乐转到圆舞曲的3/4拍节奏。这是这首咏叹调的华彩部分，充分发挥了花腔女高音的特色。
第三部分是第一部分的再现，玛格丽特希望爱人能看到她现在美丽的样子，最后华丽的花腔把全曲推向高潮，并在高潮中结束。
版本推荐
宾德指挥维也纳国立歌剧院管弦乐团（DVD）版，DG公司，片号：DG0734108
这一部1985年录制于维也纳国立歌剧院的《浮士德》，贝纳契科娃、阿莱沙与莱蒙第这三名实力派声乐家为全剧的成功奠定了基础。
卡拉扬指挥维也纳爱乐乐团版，Decca公司，片号：Decca411618－2
这是1961年的录音，卡拉扬和维也纳爱乐乐团的演绎无懈可击，但是可能因为录音时间较早，所以在音质上略有遗憾，但仍不失为最完美的演出，所以入选《日本唱片艺术名曲名盘300》。
卡洛·里齐指挥威尔士国立歌剧院管弦乐团、合唱团版，Teldec公司，片号：Teldec450990872－2
卡洛·里齐指挥的《浮士德》是很有革命性的，充分表现了剧中人物人性的一面，他的演绎有一种高贵的气质，演奏也极为流畅自然。这款CD的录音效果也极佳，值得收藏。