博士综合考试完后，我的课也已经修完了；我将全部精力投入到了博士论文的课题研究上。我的课题当然是乔恩定的，是围绕着噬菌体肽链库的技术作进一步的发展和改进，使得这项技术更全面、更适用。课题的具体方案是：用一个目标蛋白，核酸酶Q，在噬菌体肽链库中筛选出它的最佳配体，也就是能与之紧密结合的肽链。
我们的目的不仅仅是从库里简单地选出配体；还要在筛选过程中适当地、随机地引进点突变。希望用这样一种策略，我们最终能选出更好的、结合力更高的肽链；它们应该是全新的，能与核酸酶结合得更紧的、更有效的肽链。
我对我的课题很感兴趣，无论是研究理论还是研究方法，对我来说都是崭新的。
我每天都兴致勃勃地在进行我的实验，实验进展得很顺利。
一些准备实验和一些所需的实验条件都已摸索好了；主要是引入点突变的条件和方法，以及筛选的技术和程序等。现在，我需要集中精力在我论文的主题实验上了。
一切都有些让人兴奋和激动，我每天都投入了全部的精力，恨不得马上能看到最终结果。有时，为了赶实验结果，常常还加夜班到凌晨两三点。
有一次，晚上开车回家，被警察给拦住了。
“为什么开车晃来晃去的，喝了酒吗？”警察问我。
“不不，我可能是有些累，刚从实验室出来，想回家。”我急忙解释说。
其实，我是太困，睁不开眼，迷迷糊糊的，幸好半夜路上没什么人。警察看了看我，是不太像喝酒的样子，开始有些同情我了。
“以后要小心点，不能搞这么晚。”
“是是，今后一定注意。”我赶紧说。
他一直开车尾随着我的车，把我送到家。
我就这样拼命地干着，好像也不觉得苦，只想着能早日做完。按照乔恩的说法，如果实验结果与他的设想相符的话，我的这篇论文很有可能发表在世界著名的《科学》杂志上。这对一个搞科学研究的人来说是多么有诱惑力啊，有的科学工作者工作了一辈子也没能在这种杂志上发表过文章。乔恩是一个例外，他这个实验室发表过四五篇《科学》杂志上的文章。他的思路和设想一直都很领先，在生物科学界，至少在他的这个领域中是先驱者。如果他跟我说这个话，那说明是真有可能的，关键就要看我的结果怎么样了，这多让人激动和鼓舞啊。正式筛选开始了，这一天对我来说是兴奋而庄严的。我从冷藏盒里取出了我所需要的肽链库，我决定从今天起，每做一步都需要仔细慎重，不能出一点差错；我不能允许有任何一点点的小疏忽来影响我的实验结果。
我的筛选从一个15-肽的肽链库开始，目标蛋白是核酸酶Q。筛选一轮后，我把所有筛选出来的肽链收集起来进行DNA点突变；点突变结束后，又进行第二轮的筛选。就这样，循环了三轮。
这一次的筛选不同于以前的任何一次筛选，采用了六种强度不同的筛选条件。筛选结束时，将会有六个不同的筛选结果可以供我们进行比较。
现在，检测工作就比较艰巨了，因为有六种不同条件的样品，如果每一种挑选100个克隆进行DNA序列检测，那就有600个克隆需要检测。为了节省时间、劳动力和费用，我在乔恩的指导下，发展出了一个“一孔DNA测序法”。也就是说，常规本来在测序胶中要用四个孔才能完成一个克隆的测序，我们现在只用一个孔就能完成一个克隆的DNA测序。这样我们就省了3/4的劳力和时间。这种简便快速的方法让我们顺利地完成了600个克隆的DNA序列的检测。
在所有结果都快要出来的那一两天，我的心有点提了起来，开始紧张起来，不知会是什么样的结果在等着我。我看乔恩好像也有点紧张，一会儿跑来看看，一会儿又跑来看看，神经质地在实验室里走来走去。当结果出现点好苗头时，他一脸兴奋地走了；当结果出现点坏苗头时，他又皱起了眉头。我们仿佛都在屏住呼吸，等待着那决定成败的最后一刻。
结果终于出来了。从结果看，600个DNA序列主要集中在一种序列上，也就是说筛选结果主要集中在这一种肽链上。当然，在结果中还有很多不同的点突变发生在这种肽链上。
到此，筛选就算结束了。接下来要做的就是一些结合力和亲和力的实验了。从实验技术本身来说是完美的，一切都很顺利，结果也很清晰漂亮。但是，不幸的是，这不是乔恩想要的结果，他想要的结果是一种新的肽链被筛选出来。也就是说，现在被选出的肽链如果不加点突变的处理，最后也会被选出来，只是加了点突变后亲和力更高而已。而乔恩希望得到的却是一个开始不可能被选出，而因引进突变后脱颖而出、最终被选出来的肽链，也就是说，他希望看到奇迹。当然，这不是不可能，但概率极小，几乎是有点不符合自然规律。
知道这个结果后，大家都很失望，特别是我。看来发表在《科学》杂志上是不太可能了，但写论文、毕业，发表在不错的杂志上还是没问题的。我那几天很沮丧，情绪不好，好几天都打不起精神再往下做实验。乔恩也像泄了气的皮球一样，蔫蔫地坐在他的办公室里好几天没说话，他大概比我还要失望。
我心里有点生乔恩的气。我一直以为现在选出的结果就是他想要的，没想到，他另有想法。他预先根本就没有跟我谈过他的真正设想，不然的话，我也许可以提出点什么建议。
也许，这就是乔恩，这就是乔恩的一种科学态度吧。他不想给我一种先入为主的感觉，在实验操作上会有什么侧重和倾向吧。
我想，在一个很强的竞争对手的存在下，想把一个潜在的，或者一个诱变或突变出来的、完全不同的肽链筛选出来，这实在需要有奇迹的发生。就算真有，那也会在筛选过程中被强有力的竞争对手淘汰掉，因为这个已经存在库中的竞争对手具有了与核酸酶Q结合的最完美的结构，其他肽链要想通过突变来超过它的可能性几乎是零。
可惜乔恩在开题之前没跟我谈，不然我会提出我的看法。如果按照我的想法，要想得到一个与自然结构完全不同的配体，就应该换一个肽链库，因为现用的肽链库中有这个强劲的竞争结构存在，乔恩之前是知道的。或者，用一个核酸酶Q以外别的什么目标蛋白来筛选。在这种情况下，再做突变、筛选，也许能选出不同结构肽链的可能性会大一些。强有力的竞争结构不存在，就不会形成绝对性的优势，也就不会对后来将要选出的结构形成压倒之势。可是，现在说什么都晚了，实验已完成，后面的实验也就只能往另一个方向做了。
尽管乔恩的设想被实验证实不能实现，我们拿不到那种最理想的结果。但我觉得敢于这样想，敢于挑战自我、挑战某种极限和不可能、渴望创造奇迹，是需要勇气和胆量的。这是一个科学家应该具有的素质。失败当然会有，但宁愿失败，也不能平庸，不能只是跟在别人背后，或者只做看起来有可能的事。做事不成则已，成就要成得一鸣惊人、成得惊天动地、成得有发明、成得有创造、成得奇迹一般。我现在才真正地理解为什么乔恩的研究论文会频频地在《科学》周刊上发表了。
虽然我的研究结果不是最理想的，我的论文也没有希望在《科学》杂志上发表了，但我也不感到有那么遗憾。在乔恩手下，我受到了最严格、最正规的训练；我不仅学到了他实验室里的精湛技术，还学到了他在科学上的精神、理念，以及思维方式。我是乔恩实验室里走出来的人，感觉好像也有点不甘平庸的味道了。
这个课题做到现在，虽然没得到乔恩所希望的奇迹，但对于配体的“成熟化”过程却是一个很完美的结果。这个结果表明，通过这个“成熟化”过程，不仅可以选出本身存在库中的（核酸酶Q）最高结合力的肽链；同时也能通过引进突变，筛选出较前种肽链更高亲和力的肽链来。围绕着这个思路，我挑了一些有不同突变点的克隆，做了一系列的结合力实验。最后，选出两个突变克隆，它们具有比原有结构更高的亲和力。
实验证明，这两个肽链无论是在噬菌体形式或纯肽链形式，都具有比原有结构更高的亲和力。到此，我的论文实验就算完成了。这样的结果虽然不是乔恩所期望的，但他也不得不承认，实验做得非常漂亮。虽不能发表在《科学》杂志上，但发表在一个不错的杂志上还是完全有可能的。当时正好《酶学方法》的总编邀请乔恩在他们1996年的刊物上发表文章；这个杂志在方法学上算是比较有权威和代表性的一家杂志，对乔恩的工作和研究也比较了解。乔恩认为我的工作比较重方法和手段，在方法学上也算是有创意，就决定把我的工作发表在《酶学方法》上了。
实验做完了，剩下的就是写论文了。佟子健去匹斯堡以后，我曾经跟乔恩有一个协议：一旦做完实验，我就可以去匹斯堡写我的论文。现在已经差不多到了这个时候了。
1994年的5月，子健开着U-haul公司的搬家车来，把我们在密苏里的家搬到匹斯堡去了。其实什么也没有，只有捡来的一些床垫和桌椅板凳，一些衣物和锅碗瓢盏等。同时，他把佟佳和他父母也都接去了匹斯堡。现在到了必须跟乔恩谈的时候了，我把情况都跟乔恩摊开了。
“现在实验已经做完，我是不是可以去匹斯堡写论文？”我试探性地问他。
“那怎么行！可能还会有一些实验需要补吧。”他立刻说。
他看起来很不乐意的样子，我知道这是预料中的事，也没什么办法。一般三四年级的博士生是最好用的时候；课已修完，试也考完，对实验室的一切都很熟悉了；甚至对正在搞的领域也很了解了。我现在要走，对乔恩不是损失很大吗？他当然不乐意。
“可我们当时说好了，做完实验我就可以去匹斯堡写论文的。”我坚持着说。
“你在这里写论文不是更方便吗？不行，你不能走！”他急了，声音也提高了。
可是，我不准备让步，我有我的生活和难处；我已经作出了不小的牺牲，不准备把所有的东西都牺牲掉。
“您看，这是我们当时定下的协议，您不能不认吧？”我把上次写下的书面协议放在他面前，上面有他的签字。
他一看，有点傻眼。他当时为了留住我，是签了这么一个协议。他手往脑门儿上一拍，大概是想起来了，一时之间说不出什么话来。我心里有些得意，觉得自己挺明智，当时逼着他签了这么个协议。
“这怎么能算数呢？再说，这上面写的也是两年以后啊，现在才一年多。”他又说。
我赶紧把协议书拿过来看了看，的确是写的两年以后，当时也没太注意，觉得上了一个小当。我决意不管他同意不同意都准备离开了。
“您同意也好，不同意也好，我得走了！”我坚定地看着乔恩说。
乔恩一看没什么别的办法了，也就只好答应了。他竟然还同意我走后继续付我半年的工资，作为我写论文的报酬。
这可是出乎我意料之外，完全没有想到的事情，这也是乔恩与其他人不一样的地方。他办事大都是根据符不符合原则，而不是有没有利益。所以，跟乔恩相处，你虽然觉得不容易，但你也不会恨他，他是一个真正的君子。
1994年的7、8月份，正当我准备离开密苏里去匹斯堡的时候，有一天，我突然接到一个电话，一个美国中年女子在电话里向我要简历，还询问了一些我的情况。她问我学什么专业、现在导师是谁、现在在干什么、是不是准备离开，等等。
我当时觉得很奇怪，不知她的真实目的是什么。后来才明白，她就是headhunter（人头搜索者），是专门帮某个公司招募人才的。他们可以是个人，也可以是机构。公司付给他们钱，他们负责帮公司找到合适的人选。
她告诉我，她正在为一个法国生物公司在密苏里地区物色人选。这是一家专门制作和研究生物疫苗的公司。她希望我能给她一份我的简历和两个推荐人的名字和电话。
我听了以后觉得有些意外，我还没去找工作，工作倒找上门来了？我也不知道她是怎样打听到我的。我虽然现在学的不是疫苗制造和研究，但我在国内做了七年的细菌疫苗的研究，对这个领域应该还是熟悉的，也是有经验的。
于是，我就积极地准备起我的简历来。这是我生平第一次写简历，以前从来没这方面经验。我去问了一下帕克曼，又看了一下参考书，整理出来一份我当时觉得还可以的简历，传真给了这位女士。简历送过去以后，她还跟乔恩和帕克曼联系过，了解我的情况和表现。可是，过了几天后就再也听不到她的回音了。我打电话去问她，她对我说，公司已经找到人了。我当时大为失望，让我空欢喜了一场，估计她考虑我的博士研究不在这个领域，丈夫又在匹斯堡。
不过，我好像并不太难过，因为我还没开始找工作呢，对我来说是一个意外的插曲。现在连论文都没写好呢，不着急，等我去了匹斯堡再说吧。就这样，这个机会跟我擦肩而过了。