魏国是从晋国分出来的一个国家，是北方一个大国，特别是到了魏文侯做国君的时候，在李悝、吴起的辅佐下，进行了一系列重大改革，革除旧制，推行新法新政，国力日益强盛，成为北方实力最强的国家。
商鞅到了魏国，不巧魏文侯逝世，已由魏惠王亲政。李悝病死，吴起也因遭小人陷害逃离了魏国到楚国去了。他只好委曲求全，投靠到魏国宰相公叔痤的门下，做公叔痤幕府里的一名普通门客。不长时间，由于他才智过人，有勇有谋，帮助公叔痤干了几件大事，深得公叔痤的赏识和信任，提拔他担任掌管公族事务的中庶子之职，每当遇到重大事情，公叔痤总要找他来出谋划策，并放手让他来制定具体的行动方案。商鞅的出色表现虽然不断受到公叔痤的赞赏，却不为魏惠王所知。这其中的缘由，既有商鞅当时的身份仅仅是公叔痤的宾客，充其量也只能算是个受宠信的家臣，恐怕这里面也有公叔痤有意遮掩的私心作怪。
不管怎样，商鞅在公叔痤幕府的两年，一直未能实现自己的政治抱负。但这一时期他有机会学习李悝的《法经》。《法经》是李悝汇集前人诸法典之精华于一炉的不朽作品，魏国正是因为《法经》才得以国泰民安。《法经》不但有其学术地位及历史意义，而且有着非常大的实用价值，可以切实地付诸实行。根据《晋书·刑法志》所记载，其篇目有《盗法》、《贼法》、《囚法》、《捕法》、《杂法》及《具法》。后来《商君书》中的《御盗》，恐怕和李悝的《盗法》及《贼法》有些关系。商鞅的《刑约》及《赏刑》两篇，是论刑赏及刑法的，恐怕也和李悝的《囚法》及《杂法》有些关系。
根据《汉书·食货志》的记载，李悝对于农业的发展、土地的规划、人口的调配以及市场的管制等，都有一套独到的政策和措施，史称“尽地力之教”。对这一套学问，商鞅耳濡目染，衷心佩服，勤加学习。《商君书》记载，比如《算地》，着重讨论土地的规划、利用土地以及调动民力等；又如《徕民》，则讨论人口规划以及垦荒辟地的课题。这些篇章不是商鞅一个人的作品，却也足以说明商鞅及其学派受李悝“尽地力之教”的影响。可以说，商鞅少年时不但学习过李悝的学问，而且也实践过李悝的部分思想。
在魏国相府内，商鞅不但学习了李悝的学问，而且也涉猎了不少兵家的著作，尤其是吴起的作品。吴起所在的时代与李悝相近，但相比李悝要稍晚一些，因此，相对更接近商鞅所在的时代。吴起虽然也被称为改革家，但在改革方面并没有留下什么著作。《汉书·艺文志》著录吴起的作品有48篇，但是现今能看到的《吴子》，却只有6篇而已。
商鞅在青年时期就打下了扎实的学问根底，知识实为渊博，因而他不仅是著名的法家代表人物，还因为兵书之作而被列为兵家的代表，甚至他还有属于农家思想的著作。
公元前362年春夏之交，赵国和韩国结成同盟，向他们过去的盟国魏国发起进攻。公叔痤亲自率领魏军在浍水北岸与赵韩联军展开了一场大战。商鞅作为公叔痤的谋臣也随同公叔痤参加了这次战斗。商鞅帮助公叔痤制定了避实就虚、各个击破的战略战术，经过一番苦战，粉碎了赵韩的联军分兵合围计划，取得了全面胜利。由于操劳过度，公叔痤回国不久就病倒了。
魏惠王听说公叔痤病势沉重，如失左右手，心里很是惦记。一天，魏惠王亲自到相府来探望，他一见公叔痤骨瘦如柴，面容憔悴，难过得落了泪，上前握住公叔痤的手说：“国难甫定，相国竟身染重病，难道我福浅德薄，老天不肯让你辅佐寡人不成？”一边说，一边流泪。
公叔痤这时已无力气坐起来，见国君对自己这样厚爱，也是感动万分，流着热泪说：“大王乃英明之主，痤得遇大王恩宠，本想肝脑涂地，报大王之恩于万一，看来天不假我寿，只有等来世再报了。”
魏惠王听他这样说，心里更加难过，心情沉重地说：“相国万一离寡人而去，我们国家可怎么办呢？”
公叔痤听了，示意魏惠王叫亲随离开，等他人走开，他才轻声慢语说道：“大王不要为此事发愁。臣下有个中庶子，叫公孙鞅，是卫国庶公子，虽然年轻，却有奇才，如果大王能任用他接替我来辅佐大王，一定比我强。”
魏惠王对公孙鞅这个名字十分生疏，心想：“他若是真有能力，这两年早就脱颖而出了。”听了公叔痤的话，假装没听见，没有吱声，只是一味安慰公叔痤安心养病。
公叔痤看得出来魏惠王对商鞅不太信任，不肯接受自己的建议，便有些着急，连咳了几声，等喘匀了气，接着又说：“如果大王不想任用他，就得把他杀掉，千万不能让他离开魏国。否则别的国家重用了他，就将对魏国构成严重威胁！”魏惠王不忍驳了他的面子，漫不经心地说了句：“好吧，你放心养病吧。”便别过公叔痤回宫去了。魏惠王回宫以后向左右近臣询问商鞅的情况，左右近臣不愿意看到别国的人在魏国当政，便对魏惠王说了商鞅许多坏话。魏惠王听了，很不高兴地说：“公叔痤真病得糊涂了，像他这样明智的人，竟要我将国家交给公孙鞅这样的人，这真是天大的笑话！”
公叔痤在魏惠王走后，立刻派人将商鞅叫到跟前，急切地说：“方才魏王来看过我，问我谁可以接替我，我向魏王推荐了你，不过，我看得出来魏王没有接受。只好先国家而后私情，劝魏王说：‘你要是不重用公孙鞅，就要立即杀了他。’你赶快离开这里吧，不然就性命难保了。”
商鞅听了，微微一笑，安慰公叔痤说：“相国重病在身，我怎能忍心离去呢？依我看，魏王既然不肯听从您的意见任用我，又怎么会听从您的意见杀掉我呢？您尽管放心养病好了。我不会有什么危险的。”就这样，商鞅仍然留在相府里照料公叔痤，细心侍奉，一直陪伴他咽下最后一口气。
公叔痤临死前，紧紧抓住商鞅的手说：“鞅，我真是对不住你呀，在我活着的时候没能替你安排个好职务，像你这样的人才不被重用，真是太令人惋惜了。”
公叔痤逝世以后，商鞅又在魏国呆子一段时间。他还抱有一线希望，指望魏王回心转意。他看到魏惠王丝毫没有任用自己的意思，一腔抱负不能施展，心中有说不出来的苦闷。他坐在书房里，听窗外秋风瑟瑟作响，看黄叶纷纷飘落，书再也没有心思读下去了，站起身来在房中来回踱步，一边踱步，一边吟诵道：
秋风萧瑟兮，落叶飘零。
严霜凛凛兮，百花纷谢。
群雁哀鸣兮，振翅南飞。
吾心愁恨兮，将何以归？