从1946年初开始，中共中央东北局、冀察热辽分局、内蒙古自治运动联合会，先后派出大批干部赴东蒙地区开展工作，宣传中共的民族政策，团结和依靠广大蒙古族进步青年、上层人士。经过一段极有成效的宣传与争取工作之后，内蒙古自治运动联合会同"东蒙古自治政府"取得了联系，双方商定各派代表7名，在承德召开解决自治运动统一问题的会议。预备会议从1946年3月30日开始，4月2日结束。在预备会议上，"东蒙古自治政府"代表中有人竭力标榜"独立自治"，不愿接受中共的领导，企图以"内蒙古人民党"来取代中国共产党，把自治运动引向成立"内蒙古人民共和国临时政府"的错误轨道。针对这种错误倾向，内蒙古自治运动联合会的代表乌兰夫等人进行了坚决的斗争，严正指出：内蒙古自治运动只能是在中国共产党领导下的中国人民民主革命的一部分；自治运动的正确道路，就是接受中国共产党的领导，充分发动群众，同全国人民争取和平与民主的斗争结合起来，打败美蒋反动派，实现内蒙古统一的民族区域自治。会上经过反复协商与争论，终于争取和团结了大部分代表，取得了一致意见。
月3日举行正式会议。会议讨论通过了《内蒙古自治运动统一会议主要决议》，决议的主要规定是：
自治运动的方针是区域自治，不是"独立自治"；自治运动的领导者是中国共产党，内蒙古自治运动联合会是自治运动的统一领导机关。
解散"内蒙古人民党"，撤销"东蒙古人民自治政府"，设立内蒙古自治运动东蒙总分会和西蒙总分会，分别领导东、西蒙各盟的工作。确定内蒙古自治运动联合会统一领导内蒙古的武装部队。
将内蒙古自治运动联合会的机构扩大为八部一处，增加执行委员、候补执行委员的人数，推选乌兰夫为执委会及常委会主席兼军事部长，博彦满都为副主席，奎壁为组织部长，哈丰阿为宣传部长，刘春为秘书长。
内蒙古四三会议，确认了中国共产党对整个内蒙古自治运动的领导权，统一了内蒙古东西部地区的自治运动，为后来内蒙古自治区的成立奠定了基础。这次会议的成功，是中国共产党的民族政策和统一战线政策的胜利。从此，内蒙古人民的革命力量统一起来了，内蒙古各族人民投入了伟大的人民解放战争。中共发布"五四指示"土地制度的彻底改革，是新民主主义革命的一项基本任务，是中国共产党领导中国人民战胜一切敌人的必备条件之一。在抗战胜利后的一段时间里，中共根据国际国内形势，决定一方面要尽力争取和平，反对内战，另方面又要动员一切力量，站在自卫立场上，粉碎国民党军队的进攻，于1945年11月、12月先后发出《减租和生产是保卫解放区的两件大事》、《一九四六年解放区的工作方针》等指示，明确指出："目前我党方针，仍然是减租而不是没收土地。""减租和生产两大任务是否能够完成，将最后地决定解放区政治军事斗争的胜负。"根据中共中央的指示，各解放区从1945年冬到1946年春开展了大规模的群众性的减租减息和发展生产的运动，在新解放区还结合减租减息进行了反奸清算斗争。这不仅使农民群众得到了部分经济利益，而且摧毁了伪政权，巩固了解放区。
年4、5月间，由于国民党政府破坏推翻政治协商会议各项协议，全面内战危机加深。中共为此必须充分地发动农民群众，做好自卫战争的准备。同时，在各解放区反奸清算、减租减息的斗争中，广大农民迫切要求消除封建剥削，解决土地问题。山西、河北、山东和华中许多解放区的广大农民已直接从地主手中取得土地，实现了"耕者有其田"。在群众运动深入的地方，甚至出现了按人口"平均土地"。在这种形势下，必须进一步进行土地改革。因此，中共中央于5月4日发出了《关于土地问题的指示》，即著名的"五四指示"。
"五四指示"指出：根据各地区最近来延安的同志报告，在山西、河北、山东、华中各解放区有极广大的群众运动，实现了"耕者有其田"，群众热情极高。在群众运动深入的地方，基本上解决了和解决着土地问题。有些地方，运动的结果，甚至出现了平均土地，所有的人（包括地主在内）都得到了3亩土地。另一方面，一部分汉奸、豪绅、恶霸、地主逃跑到城市中，大骂解放区的群众运动。有些中间人士则产生了怀疑，党内亦有少数人认为群众运动过火。在此种情况下，我党必须有坚定的方针，拥护广大群众直接实行土地改革。指示接着强调指出："各地党委必须明确认识解决解放区的土地问题，是我党目前最基本的历史任务，是目前一切工作的最基本环节。必须以最大的决心和努力，放手发动与领导目前的群众运动，来完成这一历史任务。"为了正确地领导土地改革运动，"五四指示"对有关政策和要求作了14条规定，其中主要有：（1）采取没收、购买、清算、献田等多种多样方式，从地主手中获得土地；（2）决不可侵犯中农土地，坚决用一切方法吸收中农参加运动，并使其获得利益，整个运动必须取得全体中农的真正同情和满意；包括富裕中农在内；（3）一般不变动富农的土地，如不能不有所变动时，应着重减租而保全其自耕部分；（4）对于抗日军人及抗日干部的家属之属于地主成分者，对于开明绅士，应有适当照顾，给他多留下一些土地；（5）对于中小地主的生活应给予相当照顾，对中小地主与大地主豪绅恶霸应有所区别，集中注意力向汉奸、豪绅、恶霸作坚决的斗争；（6）地主富农所经营的工商业应予以保护，对待封建地主阶级与对待工商业资产阶级要有原则区别；（7）杀人捉人要少，不得乱杀乱捉；（8）对一切可能团结的知识分子，必须极力争取，给以学习与工作的机会；（9）在运动中所获得的果实，必须公平合理的分配；在解决土地后，凡由于自己勤勉节俭、善于经营而发财致富的，均应保障其财产不受侵犯。
指示最后要求各地党委"应当放手发动与领导解放区的群众运动，依照上述各项原则，坚决的去解决土地问题"；"对于土地问题所发生的右的与左的偏向，各地就根据本指示，以充分的热情与善意进行教育，加以纠正，以便领导广大群众为完成土地改革巩固解放区群众基础而奋斗"。
"五四指示"是"由减租减息到彻底平分土地的过渡政策"，它是根据当时的实际情况作出的：一方面，内战危机已十分严重，如不将减租减息政策改为没收地主土地分配给农民的政策，充分调动农民的积极性，中共就会犯右的错误；另一方面，内战毕竟尚未全面爆发，"当时广大群众还没有觉悟到和平不可能，还不了解蒋介石、美国和不了"，因而还不能提出彻底平分土地的政策。因此，"为了既不脱离全国广大群众，又能满足解放区群众要求，二者都照顾，使和平与土地改革结合起来，结果就产生了’五四指示"‘。
"五四指示"发布后，解放区的土地改革取得了巨大胜利。到1947年2月，各解放区约2／3的地方都基本上解决了土地问题。这极大地调动了农民群众保卫解放区、发展生产、支援战争的积极性。中共中央1947年10月1日指出："三个月经验证明，凡坚决和迅速地执行了中央五月四日的指示，深入和彻底解决了土地问题的地方，农民即和我党我军站在一道反对蒋军进攻。"
国民政府还都南京
中国全面抗战爆发后，日本认定，只须消灭占领中国经济中心上海，再夺取中国政治中心南京，国民政府就不得不投降，因而日本陆军大臣杉山元大将报奏天皇说：只要大日本皇军陈兵沪、宁，"中国政府和中国军队的生存不能超过三个月"。对此，作为国民政府的实际统帅蒋介石于1937年8月8日发表《告抗战全军将士书》，宣布："我们大家必须同心合力，死命相拼，要万众一心的拼到底！"在中日两国军队进行淞沪大会战之时，蒋介石于10月29日主持国防最高会议，预作全局退却部署。他在会上所作《国府迁渝与抗战前途》的讲话中说："军事上最重要之点，不但胜利要有预定计划，即挫败亦要有预见的打算。不但胜利要立于主动地位，就是退却也要有主动地位。然后一时的挫折，不致有全盘溃退之虑，而可以把握最后的胜利。今天我们主动而退，将来可以主动而进。"会议接受蒋介石提议，正式决定国民政府西迁重庆。
在日本军队杭州湾登陆、嘉兴要冲失守之际，国民政府为告慰军心民心，疏导国际舆论，于11月20日决定自即日起移驻重庆，当天发布《国民政府移驻重庆宣言》，声明："国民政府兹为适应战况，统筹全局，长期抗战起见，本日移驻重庆。此后，将以最广大之规模，从事更持久之战斗。以中华人民之众、土地之广，人人抱必死之决心，以其热血与土地凝结为一，任何暴力不能使之分离；外得国际之同情，内有民众之团结继续抗战，必能达到维护国家民族生存独立之目的。"11月26日，国民政府主席林森率国民政府机构抵达重庆。1940年9月6日，国民政府明令重庆定为陪都。
年8月14日日本宣布投降后，国民党中央常务委员会和国防最高委员会联席会议即决定还都南京，由行政院负责拟定计划。行政院于8月18日邀集党政军各机关代表会商还都问题，决定六项办法：（1）国民政府、国防最高委员会、秘书厅、中央执行委员会秘书处、军事委员会、五院，各派代表一人组织委员会，由行政院召集会商统筹还都事宜；（2）还都公私运费均免收，由战时运输管理局妥拟办法；（3）机关搬迁费由各机关编送概算，办法由委员会拟定；（4）公务员酌发搬迁费，办法由委员会拟定；（5）各机关搬运公物数量及免费运送公务员眷属人数等项标准，均由委员会拟定；（6）沿途及到京粮食之供应，由粮食部拟具办法。另外决定，还都次序分三期进行：第一期预定自南京收复后一个月完成，第二期在收复南京后第二、三两个月内完成，第三期在第四个月内完成，再视交通运输情形而具伸缩性。
按照还都计划，国民党中央党部于1946年4月15日前全部迁还南京，行政院所属各部会须从4月25日起在南京办公，国民政府各院部会长官须于4月底5月初离渝返宁。4月24日下午，重庆陪都各界在国民政府军委会礼堂举行"庆祝国府胜利还都大会"，到会蒋介石夫妇暨国民党军政当局有关负责人于右任、吴铁城、吴鼎昌、邵力子、吴国桢、谷正纲、陈树人、陈立夫等及地方耆绅、川康籍参政员、国大代表、渝市参议员、各报记者等500余人。重庆市长张笃伦向蒋介石呈献"胜利还都"锦旗。4月30日，国民政府颁布还都令，定于5月5日还都南京。还都令说："国民政府前为持久抗战，于二十六年十一月移驻重庆。八年以来，幸赖我忠勇将士，前赴后继，坚韧奋斗。与夫同盟各国，海空齐进，比肩作战，卒使敌寇降伏，膺功克奏。兹者，国土重光，金瓯无缺，抗战之任虽竟，建国之责加重，政府为此定于本年五月五日凯旋南京，以慰众望。"4月25日，作为国民政府主席的蒋介石到成都，"和各位父老同胞们辞行"。4月30日，蒋介石乘专机离开重庆飞西安，途经武汉，于5月3日抵达南京。5月5日上午，南京国民党党政军民代表5000余人在孙中山陵园隆重举行国民政府还都暨孙中山广州大元帅府成立纪念典礼，蒋介石偕宋美龄到会。大典开始，高奏军乐，鸣礼炮101响，由国民政府委员张道藩恭读谒孙中山陵寝告文。接着，蒋介石致词说："我们对日八年抗战，赖我全国同胞始终一致拥护抗战国策，服从中央命令，百折不回，再接再厉，浴血牺牲，历久弥坚，卒能获得今日最后胜利。""政府还都，只能表示我们对日抗战的结束，还要我全国同胞与国家为民族精诚合作，继续努力，保持抗战最后胜利的战果。希望全国同胞要以已往抗战必胜的信心，来负起今后建国必成的大业。"关于国民政府还都南京，重庆《新华日报》于1946年5月5日发表《应把还都典礼成为和平节日》的社论，指出："抗战胜利结束，国府得由重庆还都南京，这是值得庆幸的事情。但是应该认识，我国抗战的胜利，完全是由于日益壮大的人民的功劳，与友邦协助的结果。"社论严肃指出：国民党政府当局把"接收变成’劫收"‘，"对解放区则采取内战政策"，"一手签订三大协定，一手就把它撕毁。现在，不仅不肯停止东北的内战，而且有把它扩大为全国内战的危险"。社论最后说：国民党当局应该从国民政府还都南京这天起，"认真实行三大协定，立刻停止内战，实现和平；彻底废除***特务统治，成立民主联合政府"。
国民党挑起反共内战
消灭中国共产党及其领导的人民军队，是蒋介石的既定政策。政治协商会议的召开，不过是他企图以和平解决的尝试。一旦政协协议不利于他统治时，他就要撕毁，并以武力解决。1946年3月召开的国民党六届二中全会推翻了政协协议，挑起反共内战只是时间问题。
为部署全面内战，蒋介石在军事上作了系列准备。1946年2月16日，蒋介石主持召开师以上高级将领整军会议，宣布全国军队实行整编，采取精兵制，以加强实力，适应对人民解放军的作战。规定4月、6月分别进行第一、第二两期整编。经过两期整编后，到1946年6月，国民党正规军缩编为36个军，150个师；其中整编师54个，未整编师96个，共有正规军200余万，部队总兵员300万人。制定的战略方针是：把正规军80％的兵力约160万用于向解放区全面进攻。兵力分配是：用于进攻华东解放区58个旅，约46.3万人（其中进攻苏北解放区31个旅，27.2万人，进攻山东解放区津浦路以东27个旅，19.1万人）；用于进攻晋察鲁豫解放区28个旅，约24.9万人；用于进攻晋察冀解放区18个旅，约16.2万人；用于进攻晋绥解放区20个旅，约9.7万人；用于进攻陕甘宁边区19个旅，约15.5万人；用于进攻东北解放区16个旅，约16.1万人；用于进攻华南各游击区9个旅，约7.5万人；用于进攻中原解放区10个整编师25个旅，约21.7万人。自1946年1月10日下达停战令到5月7日，国民党部队为进行内战而调动的，据不完全统计，已有35个军99个师，兵力达100余万人。蒋介石的意图是：第一步围剿中原解放区，第二步向苏皖及山东解放区进攻。阴谋得逞后，再齐头并进，消灭晋冀鲁豫、晋察冀、晋绥、东北等解放区的人民军队。同时对华南游击区用兵。