除整编和调动军队外，蒋介石还对军事体制作了改革。1946年5月30日，国民党中央国防最高委员会决议，裁撤国民政府军事委员会及其所属各部会与军政部，行政院下设国防部，任命白崇禧为国防部长，陈诚为参谋总长，顾祝同为陆军总司令。在全国各地设立国民政府主席行辕、绥靖公署、绥靖区，使军队更加统一，指挥更集中。
国民党政府在进行整军、军政体制改革的同时，为寻找发动内战制造"法律"借口。从1946年，3月1日至17日，国民党在重庆召开六届二中全会，中心议题是如何推翻政治协商会议的决议。全会通过的《对于政治协商会议决议案》声称："凡有足为和平建国之阻碍者，胥必力为排除"；"所有对于五五宪草之任何修正意见，皆应依照建国大纲与五权宪法之基本原则而拟订，提由国民大会讨论决定"；"根据协商会议拟定之修改原则并参酌宪政期成会修正案"，"制定五五宪草修正案，提供国民大会采取"，从而否定了政协决议关于国会制、责任内阁制和省地方自治的宪法修改原则。全会宣言重弹"惟有军队国家化，军令能够贯彻，国家获得了名实相符的统一，才可以真正实现民主"的旧调，把军队国家化作为实施宪政的先决条件，从而破坏了政协决议中关于"军队制度应依我国民主政制与国情实行改革"的规定。全会还决定撤销国防最高委员会，恢复中央政治委员会，由它"指导"国民政府的工作。同时决定把各党推选的国府委员拿到国民党中央去选任。这就推翻了关于改组政府问题的政协协议。蒋介石紧接着在3月24日至4月2日召开的国民参政会四届二次会议上宣称："政治协商会议在本质上不是制宪会议，政治协商会议关于政府组织的协议案，在本质上不能够代替约法。""如政治协商会议果真成为这样一个性质的会议，我们政府……是决不能承认的。"蒋介石在即将完成或已完成部署之后，便寻找挑衅的借口。他以"接收东北"为名，调动6个军向东北人民解放军进攻，侵占四平、长春，直打到松花江南岸。6月17日，军事小组国民党代表徐永昌提出《国民政府对军队整编及统编中共军队为国军之基本方案的修改意见》，规定结束战争的先决条件是：（1）人民解放军于9月1日前完全撤离热河、察哈尔两省，撤离烟台和威海卫；（2）8月1旧以前撤离胶济线全线；（3）撤离东北的大部分地区；（4）7月1日以前撤离人民解放军在6月7日以后从日伪军手中解放的山东大小城市村镇，由国民党军队占领之。中共坚决拒绝了这些蛮横无理的要求。
为了避免内战，中共政协代表团于6月21日向国民党政府提出长期停战、恢复交通、整军复员、重开政协四项建议，并要求在此基础上继续谈判。蒋介石对此拒绝。他在6月27日会见美国"调处"特使马歇尔时，表示除非实施军事调整作为避免冲突的手段，否则政治调整绝不可能，而他的军事调整就是人民解放军必须撤离上述地区，并坚持一律撤销人民解放军撤出地区的地方政府。中共理所当然再次拒绝这些蛮横要求。于是，蒋介石决心打内战，对其将领声称："我们能不能做到精良快当，和速战速决而把’奸匪‘消灭呢？我们深信是毫无问题的。""各官长，更要了解这种责任的重大，回去勉励部下共同奋发，来完成这剿灭奸匪和整军建国的使命。"年6月26日，重重包围中原解放军的国民党30万大军，突然向李先念、王震、郑位三率领的中原解放军进攻。从此，国民党挑起的全国规模的内战爆发了。
李闻惨案
国民党政府为了维护蒋介石***独裁统治，在准备并发动全面内战的同时，对国统区的和平民主运动采取了血腥镇压的政策。1946年春天，接连在各地制造血案，4、5月间又在西安捕杀了《秦风日报》、《工商日报》联合版顾问、律师王任和民盟西北总支部负责人、《民众导报》主笔李敷仁（后者伤重未死，被当地农民救护到延安）。6月，在全国各地逮捕了1.3万多名反内战的工人、学生和市民。7月，封闭了反内战、呼吁民主的文化团体、言论机关100余处。特别猖狂的是在昆明制造了骇人听闻的、震惊全国的李公朴、闻一多血案。
李公朴、闻一多是闻名全国的爱国民主人士、民盟中央执行委员和民盟云南省支部的负责人。李公朴，江苏镇江人。他早年在上海沪江大学读书时参加了国民党，1926年到广东参加北伐军。1927年3月，随北伐军东路军到上海，随之对"四一二"反革命大屠杀深为震惊，愤然离开部队。1928年8月赴美国留学，1930年11月回国。九一八事变后，投身于抗日救亡运动。1936年参加组织全国各界救国联合会，被推选为执行委员和常务委员。同年11月，同救国会负责人沈钧儒等7人在上海被捕入狱，成为著名的爱国"七君子"之一。抗战开始后，获释出狱，先赴山西前线，创办《全民通讯社》，后又在汉口和沈钧儒一道合办《全民周刊》。在1938年曾赴延安组织抗战建国教育团，并到晋察冀、晋冀豫解放区进行抗战教育。1942年在昆明创办北门书屋，1944年创办北门出版社。随后出任民盟云南省支部执行委员、民盟中央委员，积极为民主运动奔走活动。
闻一多，湖北浠水人，著名爱国诗人。1919年积极参加五四运动。1922年赴美留学。1925年回国后，先后在北平艺术专科学校、上海政治大学、南京中央大学等校任教，主讲中国古代诗歌和文学史，致力于《周易》、《楚辞》等古籍研究，造诣很深。在抗战时期出任西南联合大学教授。闻一多对国民党政府的腐败、反动深为不满，积极参加反独裁、争民主的斗争。1944年加人民盟，和李公朴等创办《自由论坛》，抨击国民党的***独裁统治。抗战胜利后，1945年被选为民盟中央委员、云南支部负责人，昆明《民主周刊》社社长，积极参加和支持昆明学生的爱国民主运动，大声呼吁停止内战，疾呼非民主不能救人民。
国民党反动派对李公朴、闻一多的爱国民主活动非常忌恨，决定下毒手。1946年6月，国民党反动派在昆明散布谣言，说民盟企图勾结地方势力在云南组织暴动，夺取政权，说什么民盟中央委员、民盟云南省支部委员李公朴已奉"中共之命，携巨款来昆明密谋暴动"，闻一多正在积极"组织暗杀团"等等。国民党政府造谣的目的，是要为打击迫害民盟云南省支部制造口实。为了揭露这一阴谋，民盟中央委员、云南省支部负责人李公朴、闻一多、楚图南、潘光旦、冯素陶、费孝通、潘大逵等7人于6月26、27、29日连续三次在昆明商务酒店和冠生园酒家举行招待会，向社会各界说明民盟的政治主张和对时局的态度。李公朴在会上大声疾呼："内战万万打不得，大家反内战的声音应该喊得更大些，打的机会也可少些。"闻一多指出：我们过去那种严守中立的超然态度是自欺欺人的，再不能做袖手旁观或装聋作哑的消极中立者，要站出来"明是非，辨真伪，要以民主为准绳"，要和平，要民主，反对内战。闻一多还指出：真正的力量在人民大众，民盟要永远深信人民大众的力量，把希望寄托在他们的身上。会后，民盟在昆明开展了呼吁和平的"万人签名"运动。一时昆明全城群情激昂，形成了声势浩大的争取和平民主的群众运动，使国民党反动政府恐慌不已。
蒋介石密电云南警备总司令霍揆彰，要他对昆明的民主人士"于必要时得便宜处置"。霍揆彰接到密令后，立即拟定了逮捕、暗杀民主人士的黑名单，李公朴、闻一多等民盟负责人均名列其中。1946年7月11日，优秀的民主运动战士李公朴在昆明被国民党特务用无声手枪杀害。李公朴被害后，闻一多冒着生命危险，组织李公朴治丧委员会，对劝他避一避的人大义凛然地说："决不能向敌人示弱，如果李先生一死，我们的工作就停顿了，将何以对死者，何以对人民！"7月15日，李公朴追悼大会在云南大学举行。治丧委员会为了闻一多的安全，没有安排他发言，但他看到特务在会场一再无理取闹时，忍无可忍，拍案而起，谴责杀害李公朴是"历史上最卑劣，最无耻的事情"。他指出："你们杀死一个李公朴，会有千万个李公朴站起来！你们将失去千万的人民！告诉你们，我们的力量大得很！多得很！"他虽然身陷特务的包围，却毅然地表明："正义是杀不完的，真理永远存在！""争取民主和平是要代价的，我们决不怕牺牲，我们每个人都要像李先生一样，跨出了门，就不准备再跨回来！"表现出面对凶恶敌人宁肯倒下去也不愿屈服的英雄气概。追悼会后，闻一多又出席了民盟在《民主周刊》社为李公朴被害事件举行的记者招待会。会后在回家途中，遭到国民党特务杀害。5天之内昆明发生两大血案，创造了中外政治黑暗历史的新纪录。
李闻被害消息传出后，立即引起了国内外强烈反应，声援民主战士的唁电如雪片飞来。7月17日，中共代表的唁电指出："此种空前残酷、惨痛、丑恶、卑劣之暗杀的行为，实打破了中外政治黑暗历史之纪录。中国***的狰狞面目，至此已暴露无遗。一切政治欺骗，已为昆明有计划的大规模的政治暗杀枪声所洞穿。"以周恩来为首的中共政协代表团向国民党政府提出严重抗议，要求立即撤换昆明警备司令，限拿凶手，保护各民主党派和民主人士安全；安葬死者，并通令全国追悼，抚恤死者家属等。7月18日，民盟主席张澜致电蒋介石，严厉谴责国民党特务杀害民主战士李公朴、闻一多，"是反民主和平有计划之阴谋"，指出"凶手特务敢于横行无忌，如此放纵指使，必有背景"。并提出三项要求：（1）对全国特务机关及制度，应予彻底废除；（2）严令负责机关，必获主凶，依法惩治；（3）全国各地方治安机关，保证今后不再有类此之事发生，否则无论何人，认真从严彻惩。8月6日，民盟中央派正副秘书长梁漱溟、周新民到昆明调查真相。9月30日发表了《李闻案调查报告书》，用铁的事实揭露了国民党杀害李、闻二人的罪行，并指出："我们今天所要作的，绝不在枪毙几个大小特务，为李、闻二先生抵命，乃在证实国民党特务机关在政治上的罪恶，而取消特务机关。"各民主党派在重庆、上海、成都、昆明等地组织群众隆重集会追悼李公朴、闻一多两位民主烈士，形成强大的反对国民党政府发动内战、反对蒋介石***独裁统治的民主运动。《中美友好通商航海条约》签订年11月4日，国民政府外交部长王世杰、条约司长王化成同美国驻华大使司徒雷登、驻天津总领事施麦斯签署《中美友好通商航海条约》（简称《中美商约》）。这是抗日战争结束后中美关系史的一件大事，也是美帝国主义企图变中国为其独占殖民地重要的一步。
根据1943年1月签订的《中美新约》的规定，两国在战争结束后6个月内进行谈判，"签订一现代广泛之友好通商航海设领之条约"。新约签订后不久，中美双方都开始着手准备商约的草案。在日本投降前，美方于1945年4月即把一个长达58页、总计30个条款的草案交给国民政府，作为谈判的基础。中方立即组织有关部门进行细致研究，认为其中许多条款对自己不利。
但是，国民政府为了取得美援来打内战，出卖了民族利益。在马歇尔1945年12月至1947年1月来华"调处"期间，美国利用飞机、军舰把国民党军队14个军、8个交警总队共54万余人运到内战前线，装备国民党军队54个师，给13亿多美元援助。1946年3月19日派遣军事顾问团来华。6月28日，决定延长对中国的租借法案，据此转让给国民政府的物资总值达到7.81亿美元。7月16日，美国国会授权总统将总数不超过271艘的舰艇及船坞器材等"赠送"给蒋介石。8月31日，美国把它在西太平洋的价值8.25亿美元的大宗战时物资，以1.75亿美元的低价售予蒋介石。这些援助与支持不但大大地助长了国民党政府武力消灭中国共产党的决心，而且成为美国左右国民政府立场的诱饵。
年2月5日，《中美商约》谈判在重庆正式开始。中方首席代表是外交部条约司司长王化成，美方首席代表是驻华使馆领事罗伯特·史密斯。双方从重庆谈判到南京，到7月底才谈定。国民政府为了加强同美国的关系，取得更多的美援，接受美方草案作为谈判基础，对一些重大原则作了让步，满足了美方的要求，导致《中美商约》的出笼。其主要内容是：
中国领土全部对美国开放，美国人享有在中国领土全境"居住、旅行及经商"的权利，可以从事"商务、制造、加工、科学、教育、宗教及慈善事业"等各种职业，可以采勘和开发矿产资源，租赁、保有土地和产业。凡依美国法律所组成的"法人及团体"，中国承认其法律地位，享有与中国的法人及团体相同的经济权利。
中国市场全面对美国开放，美国商品在中国之"征税、销售、分配或使用"，享有"不低于现在或将来所给予任何第三国"和中国商品的待遇。中国对美国的任何种植物、出产物或制造品的输入，以及由中国运往美国的任何物品，"不得加以任何禁止或限制"。
中国河流港口全部对美国开放，美国船舶可以在中国之任何开放口岸、地方或领水内自由航行，可以无限制地将船舶停泊几处口岸，中国"不得课以任何过境税或予以任何不必要之迟延或限制"。美国船舶（包括军舰）遇到"危难"，可以开入中国"对外国商务或航业不开放之任何口岸、地方或领水"，并受到"友好之待遇及协助。"中国文化教育全部对美国开放，美国人在中国全境享有行使信仰及礼拜之自由，并"设立学校教育其子女"，"得在自己住宅或任何其它适当建筑物内"，"举行宗教仪式及传教或传授知识"，不受任何妨害或侵扰等等。
中国对美国人的司法管辖权受到限制，美国人在中国的"住宅、货栈、工厂、商店及其它业务场所，以及一切附属房地"，中国人不得进入察看或搜查，？其中所有任何之书册、文件或帐簿亦不得查阅"。如果中国官方依法必须进行察看、搜查或查阅时，也应适应顾及该"住宅、建筑物或房地之占用人、或任何业务或其它事业之通常进行"，"并尽可能使受最低限度之干涉"。