由于一系列做法违反教学规律，造成教学质量下降。1959年下半年，方道南同志提出要深钻教材、联系实际、从学生实际出发、搞好课堂教学。省委副书记刘仰峤来黄冈视察时，听取了方道南的汇报，立即指示将黄冈中学的经验推广到全省，在《湖北日报》头版进行报道。
1961年春，学校对三年来教育革命运动的得失做了初步的总结，着重纠正了削弱双基教育的偏差。田忠杰同志向全体教工作了《提高教学质量的几个问题》的报告，要求坚决贯彻各科教学的目的、任务，加强双基教学，贯彻理论联系实际的原则，启发学生积极思维，严格要求学生，形成良好班风。教学工作很快走上了正轨。由于纠编转弯及时得力，使教学质量迅速得到提高，1962年高考升学率名列全省第二。
1962年贯彻《中教五十条》，学校组织全体教工对三年教育实践进一步讨论总结，方道南同志根据大家的意见，作了《总结三年，吸取经验，整顿作风，提高教学》的万言报告，认真总结了前几年削弱基础教学的原因：一、片面地理解了教学和生产劳动的关系，教学时间挤得过多，没有做到以教学为主。二、对红与专的关系认识片面，只强调要以红带专，不懂得要寓红于专，以至造成重红轻专。三、对理论与实践的关系认识片面，强调结合实际，却忽视了基本理论，强调数量，却忽视了质量，强调完成教学任务，却忽视了学生接受情况；抓大跃进，却忘记了循序渐进。四、在管理上，没能把群众路线和科学管理、启发自觉和严格要求结合起来、统一起来，在执行知识分子政策上也出现了一些偏差，挫伤了少数教师的积极性。这个总结在当时是很深刻的。基于以上认识提出的日后工作要点，成为以后四年学校工作的基本指导思想。
根据这个指导思想与《五十条》的精神，党支部改变了以前包揽行政事务的做法，恢复了行政会议和校务委员会，发扬民主，调动各方面积极性。正确贯彻党的知识分子政策，做到政治上信任教师，工作上依靠教师，生活上关心教师，并注重培养教师骨干入党。全面理解党的教育方针，正确处理教学与生产劳动、理论与实践、红与专等一系列关系，引导并鼓励师生走又红又专的道路。学校秩序井然，学生基础知识、基本技能稳步提高，“团结、严谨、勤奋”的校风逐步形成。
1964年根据上级“减轻学生负担；提高教学质量”的指示精神，各科教师对课堂教学进行了积极而有成效的探索，向45分钟要质量，上好每堂课。
不仅课堂教学扎扎实实，数理化生等学科的课外活动也十分活跃。特别是物理教学，在田明庚教师的带领下，课外开展起了无线电活动，安装矿石收音机、二极管收音机，搞得有声有色，深受学生的欢迎。
1965年，学校根据当时国内的政治形势，又进行了以端正教育思想为中心的教育革命，批判苏联凯洛夫的修正主义教育学，检查了智育第一，片面追求升学率，不讲阶级路线等问题。但没有搞过火的斗争，没有影响正常的教学秩序。
总之，这一时期通过艰难的探索与反思，对办学规律有了比较明确的认识，即必须坚持以教学为主，德智体全面发展，不断进行教学改革，提高教学质量。因此，黄冈中学能够在探索中前进，得到较大的发展。从1961年到文化革命前，学校在各方面有长足的进步，教育质量全面提高，书声朗朗、鸟语花香、一派生机盎然的景象。
学校一贯重视德育工作，把德育放在首位，政治思想教育要求严、方法活。校领导经常作国际国内形势报告，学校政治空气浓厚，学生思想觉悟比较高。学**、学毛著活动，既轰轰烈烈，又扎扎实实，1965年，高三（1）班查国学的经验总结《用毛主席的哲学思想指导学习》在《湖北教育》上刊登。
培养学生热爱农业，献身农村，艰苦奋斗建设社会主义的高尚情操，是这一时期最具特色的工作之一。学校经常利用形势教育、传统教育、劳动教育等形式，教育学生“一颗红心，两种准备”。1962届学生王敬璋，毕业后立志务农，又红又专，为农民办夜校，办文化室，成为当时全国知青学习的榜样。《湖北日报》用一整版的篇幅刊登了他的先进事迹，全国十多家报纸进行了报道，产生了很大影响。1963年底，学校举办了王敬璋事迹展览，当时的国家副主席董必武、当时的中共中央中南局第二书记兼湖北省委第一书记王任重等同志为展览馆题诗题辞，给全校同学极大鼓舞，接着又有曹春容、熊干波等一大批毕业生扎根农村，成为群众夸赞的一代新型农民。学校收集他们的事迹，编成《海阔天高》专辑，用以教育在校学生。
这一时期的体育工作也抓得比较好。1957年秋学校体育保健工作委员会成立，童士甲任主任。体育教师努力改进课堂教学，广泛开展群众性体育活动，精心训练各类球队、田径队，体育教学和运动水平都有较大提高。1964年在地区中学生运动会上获九面优胜奖旗，男篮七战七胜获冠军，乒乓球男女团体双获第二名。随后黄冈中学代表地区出席省中学生运动会，梁梦林在体操比赛中获五项奖，王引弟获高低杠第三名。40名运动员有11名获得“五好运动员”称号。女子体操队还获得“风格奖”。文娱生活也非常活跃，学校经常举行文艺晚会，师生同台演出，曾排演话剧《年青一代》，在黄州公演，引起轰动。
三、文化革命时期（1966——1976）
在“文化大革命”的十年中，黄冈中学也和全国的所有学校一样，遭受了空前的浩劫，停止招生长达三年之久。
1966年6月，黄冈地委“文化革命工作组”进驻黄冈中学，成立“文化革命委员会”，接管学校全部工作，原党政组织陷于瘫痪，学校停课。工作组、校文革根据全国的“大气候”领导学校运动，组织“红卫兵”，选派代表赴京参加毛主席接见等等。不久，工作团因执行了所谓的“资产阶级反动路线”而撤出学校，校文革被称为“伪文革”。校内成立了数十个群众组织，如教职工的“韶山兵团”、“东风兵团”、“古田兵团”等等，学生中则有“扬子江风暴兵团”、“提着脑袋干革命战斗队”等等。学生纷纷外出进行大串连。1967年“一月风暴”后，某一派组织抢公章“夺权”，但并不能统辖所有群众组织，学校处于无政府状态。各派各行其是，相互攻击，但攻击矛头相同的一点就是整“党内走资本主义道路的当权派”，因此，支部书记首当其冲。有专长的行政领导和教师就是“黑帮分子”、“反动学术权威”、“牛鬼蛇神”，或揪斗游街，或打入“牛棚”，或下园种菜。“红卫兵”还借“破四旧”之名，抄家劫舍，很多教师多年积累的图书资料被当成“毒草”践踏烧毁、变卖、令人痛心疾首。他们还走向社会，捣毁古物，焚烧古籍，造成无可估量的惨重损失。
1967年，“7·20”事件后，“百万雄师”一派土崩瓦解，“造反派”控制了学校。当年10月，以造反派学生为主体的黄冈中学革命委员会成立。在革委会领导的学校“斗批改”中，采取过火斗争，无情打击，“武斗”成风。学校原领导和教师很多人挨了打。化学权威、享誉当年的全省红旗教师王骥同志，因不堪忍受挂牌游街之凌辱，于1968年5月24日自杀身死。
到1968年，由于社会上的造反派分裂对立，黄州发生大规模武斗，每次都有本校学生参加。武斗逐步升级，由棍棒长矛发展到真枪实弹。到8月份，几个月中发生了近十次大型武斗，十多人被打死，受伤者更多。死者多为工人和菜农。造反派学生还在宿舍里非法设置刑堂，毒打对立派的“俘虏”，群众称之为“白公馆”。
武斗给学校造成了严重的财产损失。在一次武斗中，保管室里的全部实物被洗劫一空；物理实验室的电器元件，几乎被抢光；四万多册图书所剩无几；门窗破碎，满目疮痍，校无宁日。
1968年10月，黄冈地区第一支“工人毛泽东思想宣传队”进驻黄冈中学，收缴武器，解散武斗组织，制止武斗，并将各组织的头头集中起来办学习班，结束了武斗的混乱局面，稳定了当时的局势。
接下来改组原来以学生为主体的“革委会”，成立新的“三结合”的革命委员会，工宣队长兼革委会主任，方道南、周维新、程展云等任副主任。接着是复课闹革命，主要是把流散在社会上的学生召回学校，作出适当的毕业安排。12月25日，欢送1966、1967、1968三届毕业生上山下乡。
工宣队对知识分子实行极“左”政策，将领导与教师一批批下放到路口和农场进行劳动改造。清理阶级队伍时，捕风捉影，无限上纲，形成一种高压气氛，致使原外语教研组长李清教师于1970年3月被迫害致死，语文教师刘白燕被错捕判刑，粉碎四人帮后才得以平反。
1970年3月，方道南任革委会主任。
1971年6月，整党建党开始。8月，方道南任党支部书记。1972年，方道南调任地区教育局长，1973年韩益增调任党支部书记。
整党建党后，学校工作由党支部主持，工宣队退居次要地位，权力大为削弱，人数逐渐减少，直到四人帮垮台后，1977年12月24日，才完全撤离学校。
1969年春，按就近入学的原则招收黄州镇及附近农村1966年以来的小学毕业生入学。编成三个年级，1970年又招入一个年级，共四个年级。学制改成初中高中各两年。
复课之初，教学以政治为中心，没有教材，文科主要是读报纸和毛泽东著作及其语录。1970年开始有省编试用教材。学校工作以“五·七指示”为纲。学工学农的时间长达三分之一甚至更多。1971年学校工作要点提出要“坚持以学为主的原则，保证上文化课的时间”，但并未能很好落实。
1972年，周总理提出批极“左”。教育战线召开了关于怎样提高文化课教学质量的会议。田忠杰同志率人赴武汉参观。回来后介绍了兄弟学校抓教学的经验。教师听后都很兴奋，有的提出要狠抓“三基本”。但时隔不久，“四人帮”诬蔑抓质量教学是复辟回潮，大张挞伐。接着又是“白卷英雄”、“小学生日记”、“马振扶事件”等各种闹剧，使教师们欲教不能，欲罢不忍，莫可奈何。1975年，邓小平同志提出要为革命学文化，黄冈中学又兴旺过一阵，但很快又被“反击右倾翻案风”摧残了。
这个时期教学工作中最为费力的是所谓的开门办学活动。整天考虑如何走出去，走到哪里去，至于有无必要，是不容考虑的。学生曾四次步行去贾庙，多次到江陵大队、鄂城旭光公社等地开门办学。至于到附近工厂农村参加劳动更不计其数。以至有的农村社队将学生当劳力，一到农忙时就向学校要人。因此，学校教学长期陷入混乱无序状态，贻误了整整一代青年。
“文革”期间贯彻“五七指示”，学工学农需要基地，客观上推动了学校工厂和农场的建设。黄冈中学校办工厂的发展走过曲折的道路。1961年硫酸厂下马后，为了配合教学，理化组还曾办过小型“桌面工厂”，化学组还在“桌面工厂”生产过化肥。1971年为了学工需要，先后办过“920”厂、“化织厂”（俗称“猎毛拉丝厂”）、“电机修理厂”、“机械修理厂”等，但是都因技术、原料、效益、货源种种问题而停办。1973年创办精密铸造厂，张庭良任厂长，带领全体办厂教职工艰苦奋斗，战胜困难，因陋就简，白手起家，使工厂逐步壮大发展，收入由初期的7000多元增加至1978年的64000余元。
校办农场的创办也经过不少曲折。1960年在江家湾开荒20多亩，后被当地生产队收走。1961年在新河边开荒，无法保收，后亦放弃。1963年围垦南湖，因距离远并有血吸虫而放弃。1965年，同黄州几个学校联合围垦窝湖，建成校办农场。然而只能种一季小麦，旱涝皆不能保收。1970年经过艰苦的增修围堤的劳动，始种水稻。1971年收获水稻87000斤。后来经过挑塘垫基，先后建起410平方米的住宅和教室，可容两个班学生在农场住宿，半天劳动，半天上课。
四、改革发展时期（1977——1994）
粉碎“四人帮”以后，特别是党的十一届三中全会以来，黄冈中学恢复和发扬几十年办学的优良传统，不断改革创新，开拓进取，迅速振兴崛起，成为闻名全国的重点中学。这个时期又分为两个阶段，1984年以前为第一阶段，1984年以后为第二阶段。
1978年，地委按《中教五十条》精神，调整了学校领导班子，党支部书记由周维新担任，程展云任副书记，校长由田忠杰担任，王道平、赵世臣任副校长，分管教学和后勤。恢复党支部领导下的校长分工负责制。
这一时期的工作主要是拨乱反正，将学校的工作重点转移到教学上来，恢复学校正常的教学秩序，恢复健全一系列行之有效的规章制度，如集体备课、听课、教研活动、班主任会议等，恢复和发扬长期形成的严谨、勤奋的优良校风。其次是落实党的知识分子政策，平反冤假错案。将教师的积极性调动起来。先后对24名教职工重新做了结论，为1957年被错划为右派的8位同志作了平反，对文革中被迫害致死的教师家属一一作了妥善安排，并为含冤而死的王骥教师召开了追悼会。对在“文革”中犯了错误的干部教师，也对他们的问题予以重新审查，改正了过重的处理意见。1978年12月，恢复整建了教育工会。赵世臣兼工会主席。
在广大教工的努力下，学校很快焕发了青春。1978年高考时，黄冈中学升学总人数只有43人，1979年就马上打了一个漂亮的翻身仗，高考升学107人，总人数位居全省第一。特别是400分以上的高分人数，占全省40%以上（全省31人，黄冈中学13人），并且囊括了理科前三名。余军在全国中学生数学竞赛中获得三等奖，并赴北京领奖，受到方毅、周培源、陈景润等同志的接见。以后历年高考和竞赛皆在全省居领先地位。1982年获湖北省政府授予的“五讲四美先进单位”光荣称号，1983年被评为湖北省教育战线先进集体。
1983年，周维新调任地委副书记，1984年，为适应机构改革的新形势，学校领导班子做了重新调整，老校长田忠杰退居二线，任名誉校长。校长由张庭良担任，程展云任党总支书记，王道平任副书记，骆东平、肖家卿任副校长。实行校长负责制，党总支起监督保证作用。
1991年，肖家卿任工会主席。曹衍清、汪立丰任副校长。
1992年6月，曹衍清任校长，张庭良任党总支书记。1993年10月，黄冈中学党总支改建为党委会，曹衍清兼党委书记，王道平为副书记。骆东平、汪立丰、徐启炎为党委委员。张庭良为名誉校长。