彭德怀首先对大跃进问题陈述了自己的看法：他认为由于对1958年的缺点"体会不深，认识过迟"，"1959年就不仅没有把步伐放慢一点，加以适当控制，而且继续大跃进，这就使不平衡现象没有得到及时调整，增加了新的暂时的困难"，因此，他建议"在安排明年度（1960年）计划时，更应放在实事求是和稳妥可靠的基础上"。在信的第二部分，他强调了"如何总结工作中的经验教训问题"。他指出："现时我们在建设工作中所面临的突出矛盾，是由于比例失调而引起各方面的紧张。就其性质看，这种情况的发展已影响到工农之间、城市各阶层之间和农民各阶层之间的关系，因此也是具有政治性的。"他认为，"过去一个时期所出现的一些缺点错误，原因是多方面的，其客观因素是我们对社会主义建设工作不熟悉，没有完整的经验。对社会主义有计划按比例发展的规律体会不深，对两条腿走路的方针，没有贯彻到各方面的实际工作中去。我们在处理经济建设中的问题时，总还没有象处理炮击金门、平定西藏叛乱等政治问题那样得心应手"。同时，"过去一个时期，在我们的思想方法和工作作风方面，也暴露出不少值得注意的问题"。其主要表现是："（1）浮夸风普遍地滋长起来。去年北戴河会议时，对粮食产量估计过大，造成了一种假象。大家都感到粮食问题已经得到解决，因此可以腾出手来大搞工业了。……这些也同样是犯了不够实事求是的毛病。这恐怕是产生一系列问题的起因。浮夸风气，吹遍各地区各部门，一些不可置信的奇迹也见之于报刊，确使党的威信蒙受重大损失。""（2）小资产阶级的狂热性，使我们容易犯‘左’的错误。在1958年的大跃进中，我和其他不少同志一样，为大跃进的成绩和群众运动的热情所迷惑，一些‘左’的倾向有了相当程度的发展，总想一步跨进共产主义，抢先思想一度占了上风；把党长期以来所形成的群众路线和实事求是作风置诸脑后了。"他认为，"纠正这些‘左’的现象，一般要比反掉右倾保守思想还要困难些，这是我们党的历史经验所证明了的"。在信的最后，他建议系统总结一下1958年下半年以来工作的成绩和教训，进一步教育全党同志，是很有益处的。
彭德怀的信反映了客观实际和群众要求，基本内容是正确的。作为政治局委员给党的主席写信反映自己的意见，也完全符合党的组织原则。
16日，毛泽东在政治局常委中提出要"评论这封信的性质"，并指示将此信印发参加会议的全体同志进行讨论，在这封信上加上了《彭德怀同志意见书》的标题。小组讨论中，有些人说这封信夸大了错误，低估了成绩，有埋怨泄气情绪，甚至认为这封信实际上否定大跃进和人民公社的成绩，是针对毛泽东的。也有许多人表示基本同意信的内容，认为提出意见是好的，但不赞成信中的有些说法（如"小资产阶级狂热性"）。外交部副部长张闻天、总参谋长黄克诚、湖南省委第—书记周小舟等分别在小组会上发言，明确表示支持彭德怀信中的基本观点。7月21日，张闻天在小组会上作了长达3小时的发言，明确支持彭德怀的意见。并指出，大跃进和人民公社化运动中的缺点及其所产生的后果是严重的，第一是比例失调，造成很大损失。第二是"共产风"，导致农民积极性不高。第三是"浮夸虚报"，使我们党在人民中间的威信受到影响。他主张"要根据客观经济规律办事"。他还提到，胜利容易使人头脑发热，骄傲自满，听不进不同意见。所以，发展党内民主作风很重要，领导上要造成一种风气、环境，使得下面敢于提意见。我们不要怕没有人歌功颂德，怕的是人家不敢向我们提意见。
彭德怀的信和张闻天等的发言引起毛泽东的强烈不满。毛泽东认为，1958年成绩是主要的，大跃进和人民公社的方向是正确的，缺点错误属于工作中的问题，只是十个指头中的一个指头。并且认为，从郑州会议以来，中央一直在领导全党努力纠正"左"倾错误，从上海会议作出关于人民公社十八个问题的决定‘，人民公社"共产风"的问题已经大体解决；到1959年5月提出钢指标降为1300万吨，已经"完全反映了客观实际的可能性"。庐山会议只需要在这个基础上统一认识，通过一个调整指标的决定，大家照此去工作，形势就会好转。而彭德怀等却要求进一步深入纠"左"，要求从指导思想上清理"左"倾错误的根源。因此，毛泽东认为，彭德怀等不是跟他一道去纠正工作中的缺点错误，实际上是对大跃进和人民公社表示怀疑和反对，是向全党和党中央的领导"下战书"，因而是右倾的表现。并且同庐山会议上中央领导层内部的争论联系起来，又把国内的批评和争论同国际上帝国主义对中国的攻击和苏联赫鲁晓夫对中国的批评联系起来，于是得出结论：党正处在内外夹攻之中，右倾已成为当前的主要危险。在这种错误判断下，他决心发起反击。
23日，毛泽东在全体会议上公开批判彭德怀，说这封信表现了资产阶级的动摇性，是向党进攻，是有计划、有组织、有目的的，是右倾机会主义纲领。他说，现在是党内外夹攻我们，有党外的右派，也有党内那么一批人，把我们讲得一塌糊涂；党内一些动摇分子，虽然不是右派，但他们把自己抛到右派边缘了，离右派只差30公里，相当危险；对于他们的攻击，我们要硬着头皮顶住，神州不会陆沉，天不会塌下来。毛泽东对彭德怀等人提出的比例失调、有得有失、小资产阶级狂热性等不同意见，逐条加以批驳，认为他们不能正确对待革命的群众运动，重复了反冒进的错误，是在帝国主义的压力下表现了资产阶级动摇性。他认为党内外出现了一种新的事物，就是右倾情绪、右倾思想、右倾活动已经滋长，大有猖狂进攻之势，反右必出"左"，反"左"必出右，现在是应该反右的时候了。毛泽东讲话以后，庐山的气氛骤然紧张起来，会议的主题由纠"左"一变而为反右。矛头集中指向彭德怀、黄克诚、张闻天、周小舟，形成一边倒的局面。
根据毛泽东的提议，8月2日至16日举行了八届八中全会。会议的主要内容是，检查1958年国民经济计划执行情况和调整1959年国民经济计划指标，钢由1800万吨降为1200万吨，煤由3.8亿吨降为3.35亿吨，粮食由10500亿斤，调整为5500亿斤，棉花由1亿担调整为4620万担。全会通过了《关于开展增产节约运动的决议》。会议主要议程是开展对所谓彭德怀"右倾机会主义"的斗争。毛泽东在全会上讲话说，我们反了9个月"左"倾了，现在不是反"左"，而是反右的问题了，是右倾机会主义向党、向6亿人民、向轰轰烈烈的社会主义进攻的问题。毛泽东还提出，彭德怀等人从来不是无产阶级革命家，而是"资产阶级民主主义者"，抱着"人股"而来的党的同路人，指责彭德怀的"进攻"，是企图在党内挂帅。在大会或小会上开展了对彭、黄、张、周的斗争。批判的调子越来越高，林彪说彭德怀是"伪君子"、"阴谋家"、"野心家"。还毫无根据地指责彭德怀"里通外国"，组织"军事俱乐部"，"要分裂党"，"逼毛主席下台"。8月7日，中央发出《关于反对右倾思想的指示》。8月16日，全会通过了《关于以彭德怀同志为首的反党集团的错误的决议》和《为保卫党的总路线、反对右倾机会主义而斗争》的文件。认为他们犯了"具有反党、反人民、反社会主义性质的右倾机会主义路线的错误"。决定把他们调离国防部、外交部和省委第一书记等工作岗位，同时保留他们在中央委员会和政治局中原来的职务，"以观后效"。决议正式肯定"右倾机会主义已经成为当前党内的主要危险"，"保卫总路线，击退右倾机会主义的进攻，已经成为党的当前的主要战斗任务"。
八届八中全会闭幕后，在全国各地开展了"反右倾"运动，批判所谓右倾情绪和右倾思想。在运动中，有一大批党员、干部受到不应有的批判和斗争。不少人还被错误地划为右倾机会主义分子，受到各种处分。
庐山会议后期批判彭德怀等和进而在全党开展"反右倾"斗争，是建国以后我们党内政治生活中一次重大的失误。在政治上，这次斗争发展了反右派斗争扩大化的错误，进一步把阶级斗争引伸到党内，从而使阶级斗争扩大化的错误在理论上和实践上形成了一次大的升级。"反右倾"运动使党内从中央到基层的民主生活遭到严重损害，助长了党内个人崇拜现象和个人专断作风的发展，打击了一大批敢于实事求是，向党反映实际情况，提出批评意见的同志，支持了浮夸、说假话的不良倾向。在经济上，它打断了第一次郑州会议以来纠正"左"倾错误的进程，使错误延续了更长时间，导致了国民经济严重困难。
特赦已改恶从善的战争罪犯、反革命罪犯和普通刑事罪犯
14日，毛泽东主席代表中共中央向全国人大常委会提出书面建议：在庆祝伟大的中华人民共和国成立10周年的时候，特赦一批已经改恶从善的战争罪犯、反革命罪犯和普通刑事罪犯。建议指出：我国的社会主义革命和社会主义建设已经取得了伟大胜利，人民民主专政的政权空前巩固和强大，全国人民的政治觉悟和组织程度空前提高，国家的政治经济情况极为良好。党和人民政府对反革命分子和其他罪犯实行的惩办和宽大相结合、劳动改造和思想教育相结合的政策，已经获得伟大的成功。在押各种罪犯中的多数已经得到不同程度的改造，有不少人确实已经改恶从善。根据这种情况，中共中央认为，在国庆10周年的时候，对于一批确实已经改恶从善的战争罪犯、反革命罪犯和普通刑事罪犯，宣布实行特赦是适宜的。采取这个措施，将更有利于化消极因素为积极因素，对于这些罪犯和其他在押罪犯的继续改造，都有重大的教育作用。这将使他们感到在我们伟大的社会主义制度下，只要改恶从善，都有自己的前途。15日，毛泽东邀集各民主党派、各人民团体和著名无党派民主人士举行会议，对此进行了座谈。
17日，二届人大常务委员会第九次会议，讨论了毛泽东代表中共中央提出的建议，并一致同意这个建议。根据中华人民共和国宪法第31条第15项的规定，作出了特赦的决定。同日，***主席发布特赦令，分别情况作出了特赦的规定。
最高人民法院根据国家主席特赦令，于12月4日特赦首批战争罪犯33名，其中原属于蒋介石集团的战争罪犯30名，原属于伪满洲国的战争罪犯2名，原属于伪蒙疆自治政府战争的罪犯1名。伪满洲国皇帝爱新觉罗·溥仪在第一批特赦之列。在释放大会上，被特赦的战争罪犯无不对国家的特赦释放感激备至，他们感谢中国共产党和人民政府使他们改邪归正、获得新生，表示要跟共产党走，继续改造思想、改造立场，为建设社会主义祖国贡献力量。他们的家属也表示衷心感谢中国共产党和人民政府，并勉励被特赦人员继续加强改造，报效国家。这些人获得宽大处理，使尚被关押的战犯认识到只要改恶从善就会有光明的前途，对其改造也起到了很大的鼓舞作用。各省、市、自治区高级人民法院，从9月下旬开始到12月为止，第一批特赦的反革命罪犯和刑事犯共12082人，其中特赦释放的反革命罪犯2424人。普通刑事罪犯9269人；判处死刑缓期2年执行减为无期徒刑或15年以上有期徒刑的罪犯以及判处无期徒刑减为10年以上有期徒刑的罪犯共389人。此后，1960年11月、1961年12月、1963年3月、1964年12月，又分别特赦了第二批至第五批战争罪犯50名、68名、35名、53名，并对他们的生活出路作了安排。
这次对罪犯的特赦，不同于我国历代统治者的大赦，也不同于近代各国的大赦。我们的特赦，是以罪犯是否确实改恶从善为主要标准，也就是以罪犯在政治上思想上和实际行动上是否确实改造好了为主要标准。这是党的惩办与宽大相结合、劳动改造与思想教育相结合的政策，在我国新的历史条件下的运用和发展。
"右派分子"开始摘帽
9月17日，中共中央发出《关于摘掉确实悔改的右派分子的帽子的指示》。《指示》指出，1957年，党领导全国人民粉碎了资产阶级右派分子的猖狂进攻，取得了社会主义革命在政治战线和思想战线上的伟大胜利。对于这一批右派分子，党采取了严肃与宽大相结合和区别对待的正确处理方针，对他们进行了一系列的教育和改造工作；同时，由于我国社会主义建设总路线伟大胜利的影响，促使右派分子中的多数人有了不同程度的转变和分化。根据若干单位的初步统计，右派分子的当前表现，大体可分为以下三类：（1）已经低头认罪、确实悔改，并且在工作、学习和劳动中表现较好、愿意向党和人民靠近的，约占右派分子总数的20％到30％，其中有一部分人已经有显著的悔改表现；（2）表示愿意悔改，但内心不完全服，表现时好时坏的，约占右派分子总数的50％到60％；（3）基本不服或完全不服，表现不好的，约占右派分子总数的20％左右。其中有一小部分坚持反动立场、抗拒改造甚至继续有反动言行。在上述分析基础上，党中央根据毛泽东的建议，决定在庆祝建国十周年的时候，摘掉一批确实改好了的右派分子的帽子。中央认为，这样做，对于教育右派分子，对于教育资产阶级分子、资产阶级知识分子和民主党派成员，将会大有作用，他们会感到只要自己真正接受改造，就确有前途。至于摘掉帽子的右派分子的数目，则控制在全国右派分子的10％左右。今后，根据右派分子的表现，对那些确实改好了的人，还准备分批分期摘掉他们的帽子。
《指示》认为，摘掉右派分子的帽子，必须具备下列三个条件：（1）真正认识错误，口服心服，确实悔改；（2）在言论、行动上积极拥护党的领导和社会主义道路，拥护总路线、大跃进和人民公社；（3）在工作和劳动中表现好，或者在工作和劳动中有一定的贡献。摘掉帽子的右派，原来是中共党员的，一律不得恢复党籍。摘掉右派分子帽子的审查和批准的手续，应该是，由右派分子现在所在单位的党组织研究讨论，提出摘掉右派帽子的人的名单和对他们的鉴定。在讨论的时候，可以吸收群众中的一部分积极分子参加，征求他们的意见，但不要开群众大会。名单和鉴定，经过现在所在单位的主管机关审查批准、取得原机关的同意以后，在有关单位中公布。