张格尔系大和卓波罗尼都之孙。波罗尼都败亡之后，其子萨木克翻过巴达克山逃往浩罕汗国①。萨木克生有三子，长子名玉素普，次子即张格尔。张格尔“以诵经祈福，传食诸部”，以传播伊斯兰教（白山派②）扩大其影响，并时刻觑视天山南麓的局势，以求一逞。张格尔乘机起兵。
自乌什之变后。清朝廷对于派往南疆的官员慎重选择，维民得以安居。迨至嘉庆年间以后，吏治败坏日甚，派往天山南北的参赞大臣及其所属员司的“服食日用，无一不取于阿奇木伯克”，各城伯克亦藉以此苛敛“毡裘、金玉、缎布”③，大饱私囊。嘉庆末年，驻喀什噶尔参赞大臣斌静荒淫无道，民怨沸腾。张格尔见有机可乘，便率数人从浩罕赴布鲁特，煽动数百布鲁特人袭喀什噶尔近边。
布鲁特头人苏兰奇入边告警，竟被斌静手下员司绥善驱逐，苏兰奇一气之下与张格尔合兵一处。斌静反以苏兰奇勾结逆裔张格尔扰边滋事上奏于朝。清朝廷遂令驻伊犁将军庆祥前往喀什噶尔调查此事。未几，庆祥便将斌静倚势婪索等罪状上闻朝廷，诏夺斌静职治罪，时为道光二年（1822年）。
张格尔占据那林河源，招兵买马，又勾结白山派教民充当耳目，提供情况，屡屡骚扰，一旦清军出动则远逃。道光五年（1825年）九月，清军追剿张格尔，出寨四百余里仍不见踪迹，掩杀布鲁特百余人而还。布鲁特首领统兵二千追击清军，袭杀殆尽。道光帝闻知此事，以大学士长龄代庆祥守伊犁，令庆祥前往喀什噶尔，筹划进兵之事。
西四城之陷。
张格尔欲侵西四城——喀什噶尔、叶尔羌、和田、英吉沙尔，又恐伊犁援军，遂遣使赴浩军乞师，“约破西四城，子女玉帛共之，且割喀什噶尔以酬其劳”④。
道光六年（1826年）六月，张格尔率众五百穿越开齐山路，窜至距喀什噶尔百余里的阿尔图什拜谒祖陵。七月，浩罕国王穆罕默德·阿利汗率兵万余抵喀什噶尔。守城清军“尽力抵御”，浩罕军伤亡惨重，穆罕默德·阿利汗率军撤退，张格尔派人追之，复诱浩罕军三千归，“张格尔置为亲兵”⑤。喀什噶尔被围攻两个月，势穷力竭，城破，庆祥自缢身亡。张格尔在占领喀尔噶尔后，自称苏丹，“宣布为当地的统治者”⑥。未几，英吉沙尔、叶尔羌、和田三城相继陷落。
激战柯尔坪。
西四城陷落后，清朝廷任命长龄为扬威将军，调陕甘总督杨遇春统兵五千驰赴哈密，又发吉林、黑龙江、甘肃、四川等省军队从征，共计三万六千，会师阿克苏。此时张格尔军已抵距阿克苏仅八十里的浑巴什河。清军击退企图过浑巴什河的张格尔军，并在阿克苏西部的柯尔坪与叛军展开激战。柯尔坪“东南通巴尔楚克，西南通喀什噶尔，为大兵进剿必经之路”⑦。柯尔坪之战的胜利，不仅保拄了东四城（阿克苏、乌什、库车、辟展），也打通了收复西四城之路。
收复西四城。
道光七年（1827年）二月，清军二万余自阿克苏出师西进，二十三日抵洋阿巴特，与叛军二万余遭遇，时清军已跋涉半月有余，且携粮将尽，以疲驼、赢马充饥。长龄、杨遇春等惟恐叛军远循，行坚壁清野之策，遂在洋阿巴特同叛军展开激战。清军兵分三路进击，擒斩过半，尽夺敌粮糗以济军。
二月二十五日，清军进抵叛军重点设防的沙布都尔庄，该地“多树苇，决水如沮洳”⑧，泥泞难进，城后林中亦有伏兵。长龄令士兵冒险越渠，冲入敌阵，时值叛军营中火药爆炸，叛军大溃。清军乘胜追击，斩杀万余。二月二十六日，清军抵达距喀什噶尔仅十余里的浑河北岸，张格尔集中城内兵民十余万阻河列阵，亘延二十余里，穴垒列铳，势甚嚣张。会大风骤起，飞沙走石，天气晦霾。长龄欲待风过天明进军，杨遇春却以“雾晦中贼不辨多少”，“是天赞我也”，又以“客兵利速战”，“时不可失”⑨，力劝进兵。清军乘风沙蔽日渡河，占据上风位置，炮声与风声会合，令敌胆寒，张格尔率先出逃。三月初一，攻克喀什噶尔，擒叛军四千。
在收复喀什噶尔后，清军兵分两路夺取英吉沙尔、叶尔羌及和田。
生擒张格尔。
张格尔从喀什噶尔出逃后，自木吉出边，逃回浩罕。为擒获张格尔，长龄令杨遇春、杨芳率兵八千分道出塞搜寻。杨芳一路在帕米尔高原以北的阿顿岭遭到浩罕军队的袭击，伤亡惨重。清朝廷遂下令撤军，留兵八千驻喀什噶尔，任命杨芳为该城参赞大臣。
道光七年九月，清朝廷任命直隶总督那彦成为钦差大臣，处理善后事宜。长龄因张格尔未获，建议清朝廷将在京为奴的波罗尼都后裔阿布都哈里赦归，令其总辖西四城，“愚回崇信和卓，犹西番崇信达赖喇嘛，已成不可移之锢习。即使张逆就擒，尚有兄弟之子在浩罕，终留后患”④。长龄的建议，并未被清朝廷所采纳。
张格尔在得悉清朝廷撤军后，又思大举。该年十二月二十七日，张格尔率步骑五百入阿尔古城。杨芳率军迎击张格尔，张格尔逃至喀尔铁盖山，全军覆灭，只带残兵三十逃入布鲁特。布鲁特人遂执张格尔以献，张格尔被解往北京处死。
与浩罕议和。
沈阳故宫张格尔被擒后，长龄等遣使浩罕，要求擒献张格尔家属，浩罕以伊斯兰经典从无献和卓子孙先例而加以拒绝，清朝廷遂令断绝同浩罕的贸易关系。浩罕国王穆罕默德·阿利汗为报复清朝廷，便将张格尔之兄玉素普抬出，为其拼凑一支流亡队伍（喀什噶尔人逃至浩罕者），并派将领协助彼等人犯。道光十年（1830年）八月，和卓后裔的军队再次入犯，夺取喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔等城周围的村庄，为此清朝廷诏令杨遇春、长龄、杨芳等调兵赴援，待清军抵达喀什噶尔时，浩罕及玉素普早已引军而还。
道光十一年（1831年）七月，清朝廷派长龄去喀什噶尔同浩罕议和，签订如下条款：
浩罕为清朝廷监管和卓家族；
清朝廷恢复同浩罕的贸易；
浩罕放回所掳维、汉民众；
清朝廷归还抄没的浩罕资产。
注释
①浩罕、亦称霍罕，乌兹别克人在十八世纪初所建立的汗国，以农业为主，兼营畜牧业、商业，1876年被沙皇俄国吞并。
②十七世纪初，伊斯兰教分裂为白山派、黑山派，俗称白帽回、黑帽回。大小和卓的先人即为白山派首领。
③《清代通史》卷中，第893页。
④《清史稿·属国传四》。
⑤《圣武记》卷四。
⑥包罗杰：《阿古柏伯克传》。
⑦《平定回缰剿擒逆裔方略》卷三四。
⑧《清史稿·长龄传》。
⑨《清代通史》卷中，第896页。
⑩《清代通史》卷中，第897页。