英国王室和大商人早就怀着羡慕、嫉妒的心情注视着葡萄牙、西班牙的海外扩张。国王也曾派航海家探索来东方的航路，但失败了；也曾派商人从海路、陆路来东方要求贸易，但多半中途受阻。1588年英国歼灭西班牙无敌舰队，成为海上大国后，极欲冲出大西洋，改变在殖民扩张中的落后地位。荷兰人在东方新近取得的成功刺激了英国商人，荷人在欧洲提高香料价格也惹恼他们，促使他们下决心也要直接参与东方贸易与竞争。此时，来东方的海路已不存在垄断，荷兰人打破葡萄牙人的垄断后自己也无力垄断，这使英国人来东方不存在障碍。
1599年9月24日，伦敦大商人集会，决议建立一个对东印度贸易的公司，向国王提出了申请。1600年12月31日女王伊丽莎白允准，授予特许状。公司定名为“伦敦商人对印度贸易的总裁和公司”。参与申请的215名商人、贵族、市议员等获准为公司成员。按规定，应从中选出一名总裁和24名董事，负责安排对印航行贸易和管理一切相关事务。第一任总裁是伦敦市议员兼利凡特公司总裁托马斯·史密斯。英王的特许状授权公司垄断从玻那·埃斯佩兰萨角至麦哲伦海峡间广大地区的贸易十五年。1609年国王詹姆士一世续延了特许状，并把十五年期限改为永久性的授予。
最初的公司是约章公司性质，无固定资本，每次航行由公司的成员自行出资准备货船，谁出资谁受益。1612年起，公司改组为股份公司，有固定资本。最初股东限于作为公司创立成员的那200多人，后因资金不足扩大招股，突破了成员的限制。又建立了股东大会和董事会。从此公司具有了近代商业组织形式。
但东印度公司不是普通的商业公司。除有贸易垄断权外，在它成立以后数十年中，还逐步从国王那里得到贸易以外的特权，而且范围越来越宽，不但国王授予，议会后来也授予。
首先，对公司职员的立法和司法权。1600年特许状就允许公司制定法律，约束自己的职员，对违犯者可以处以罚款、监禁。1615年国王又授权公司可对罪犯判各种刑罚以至死刑（要有陪审团的裁决），条件是公司颁布的法律不得违背英国现行法律。授予公司立法、司法权被认为是在远洋贸易情况下保证内部秩序所必需。
其次，建立要塞、武装防卫、任命官员管理的权利。1661年国王查理二世颁发的特许状准许设防和建立武装力量守卫，还规定公司有权任命官员管理要塞。这被认为是保卫商业利益的需要。后又允许派遣战船，运送弹药，保卫商馆和贸易点，并可任命指挥官。
第三，建立军队的权利。1669年特许状允许英国的军官和士兵为公司服务。据此，公司建立了最早的军队。1683年允许招募军队。1686年允许建立海军。
第四，1677年特许状允许公司建立铸币厂，铸造印度货币供公司在印度使用。
第五，对非基督教国家宣战媾和的权利，即对东方国家发动侵略战争的权利。这是1683年特许状规定的。
第六，有权自行处理战争得到的领土，包括占有及其他处置，即授予公司占领领土权，但国王保留对公司所占领土的最高领有权，这也是1683年特许状规定的。
第七，建立政府和法院，即授予统治权。这是后来在马德拉斯、孟买等地建立殖民据点后得到的授权（见1687年特许状和1726年特许状）。
东印度公司既得到这样多的贸易以外的权利，就不再是纯商业组织，而成了一个商业、政治、军事、司法四合一的组织了，其特权比荷兰东印度公司得到的还要广泛。这样一个组织正是英国对东方进行殖民侵略所需要的工具。
英王和英国议院这样做的好处是：在政府还没有足够的实力直接从事海外扩张的情况下，支持公司进行海外扩张，有利于迫使东方民族就范，有利于击败国际竞争者；海外贸易能带动英国手工业、商业、航海业的发展，并从海外大量掠夺财富，这正是英国资本原始积累的迫切需要；由公司出面抢占殖民地，扩大势力范围，英国统治者既可坐收渔人之利，又无需为侵略战争担负费用和风险。可见，这是一举数得的事，东印度公司在前台活动，其幕后指挥就是英国统治当局。
17—18世纪，不断有英国商人反对东印度公司的贸易垄断权，要求有分享利益的机会。东印度公司为维护既得利益便大肆行贿，有时也应政府之求贷款给政府。英国革命后，国王颁发的特许状失效，需要有议会的特许状。克伦威尔以公司保证借款给政府作为更换特许状的条件，首开政府强迫公司借款的先例。以后政府要求越来越高，公司无力全部应承。1698年，议会通过法案，允许能向政府贷款200万英镑的个人或团体成立新的对东方贸易的公司。一批商人答应贷款，成立了“英国对东印度贸易公司”。原来的公司按议会规定三年后要解散。后来经过调解，新老两公司决定合并，1708年成立“英商东印度贸易联合公司”，简称“联合东印度公司”。新公司根据议会1698年特许状存在，各种先前由国王授予的特权都被保留。此后，在印度扩张、征服、统治的就是这个联合东印度公司。
东印度公司1601年开始派船来东方贸易。最初的目标是得到香料，目的地是香料群岛。第一、第二次航行只到爪哇和香料群岛，只是第三次航行中公司才派员来印度。1608年第三次航行主要目的地仍是香料群岛，但三艘船之一的“赫克托尔”号船长霍金斯奉公司董事会之命，在由班达岛返航途中，把船驶到印度西海岸的苏拉特，从那里赴阿格拉晋见莫卧儿皇帝贾汉吉尔，递交英国国王书信，要求通商。霍金斯1609年才见到皇帝，在宫廷住到1611年11月。贾汉吉尔有意答应，但葡萄牙人从中作梗，霍金斯一无所得。直到1612年公司第十次航行中，有两艘船来印，在苏拉特附近海面遭遇葡萄牙战船并击败它，公司才得到贾汉吉尔允准1613年在苏拉特设立商馆。这是英国人在莫卧儿帝国境内设立的第一个商馆。此前，公司1611年派人来南印的高康达国要求通商，经国王允准，在马苏利帕塔姆建立了商馆。
公司进入印度后，经过调查，对在印贸易的远景有了新的认识：马拉巴尔地区盛产胡椒，可输欧洲；印度棉布在欧洲畅销，利润很高；印度棉布在香料群岛和印尼其他岛屿销路更广，可在那里销售，用其所得就地购买香料，转销欧洲。总之，在印贸易既可支持香料贸易，本身又有独立发展的广阔前景。东印度公司深受鼓舞，经营印度的积极性空前提高。
方针既定，首要的任务是争取莫卧儿帝国和南印国家统治者允许在印度建立更多商馆。1614年公司的船队在苏拉特发现地方统治者不满葡萄牙人的专横，就支持地方统治者打败葡船队。贾汉吉尔很高兴，颁令允许东印度公司与莫卧儿帝国建立长久贸易关系。葡萄牙传教士在莫卧儿宫廷不断施展阴谋阻挠英印贸易的开展。1615年英王詹姆士一世任命托马斯·罗为大使，常驻莫卧儿宫廷。托马斯·罗1616年初晋见贾汉吉尔，建议英印签定友好通商条约，贾汉吉尔不愿，但在1618年颁布敕令，允许英国人在莫卧儿帝国境内自由贸易和开设商馆，条件是照章纳税。托马斯·罗1619年带着这个成果回国。
到这时为止，公司还没有放弃以经营香料贸易为主的目标，还想同时在印尼、印度两地发展。公司在爪哇的万丹有一商馆，主要经营胡椒。荷兰人此时已通过与各土王订约，逐步控制了整个香料群岛的贸易，一心想把英人挤走。英国人想争取安汶岛统治者同意，在那里建商馆，经营丁香、肉豆蔻的贸易。荷兰人认为是威胁，便利用自己在那里已取得的优势地位打压英人。1623年发生了“安汶事件”，英人9人被杀。英国东印度公司不得已，只好退出在香料群岛的竞争，从此便集中精力经略印度。对英国人来说，他们怎么也没有想到，这一退却竟是因祸得福。
公司抓住每个机会，在印度东、西海岸甚至内地大量建立商馆，在科罗曼德海岸：1626年在高康达国的阿马冈建馆。1639年，以每年600英镑的代价，从昌德拉吉里罗（前维查耶纳伽尔王国统治者后裔）手中租得沿海一条地和一个小岛，建立圣乔治堡，后发展为马德拉斯市（1653年），成为公司在科罗曼德海岸的主要基地。在该罗被高康达国王征服后，这块地的主权归高康达。在孟加拉湾沿岸：1633年在奥里萨的哈里哈普尔、巴拉绍尔分别建馆。1651年得到莫卧儿皇帝沙·贾汉允准在孟加拉胡格利建馆，后又在卡锡姆巴札尔和比哈尔的巴特那建馆。1658年，所有孟加拉、奥里萨、比哈尔以及科罗曼德海岸的商馆都被置于圣乔治堡管辖下。1690年公司在孟加拉胡格利河口的苏塔纳提建商馆，1698年在这里建立威廉堡，后发展成加尔各答市。从1700年起，处在孟加拉、奥里萨、比哈尔的商馆不再归圣乔治堡领导，转归威廉堡管辖。在西海岸：1668年得孟买（原为葡萄牙人侵占，1661年葡王作为公主陪嫁礼物赠送给英王查理二世，英王转赠给东印度公司），1687年以后公司在西海岸的中心由苏拉特迁孟买。所有在西海岸的商馆归孟买管辖。这样，到18世纪初，就形成了马德拉斯、孟加拉和孟买三个管区，各辖一批商馆。1647年公司有23个商馆，18世纪初，远远超过此数。
17世纪中期，公司在印度的地位初步巩固后，就开始谋求贸易特权，这是它早就觊觎的目标了。1632年，高康达的苏丹颁发给公司一个“黄金诏谕”，允准它每年缴纳500帕戈达（南印金币）即可以在该国所属各港自由贸易，不需缴税。这等于只征收少量固定关税，对公司十分有利。公司又力图从莫卧儿帝国得到这种特权，但莫卧儿统治者不愿轻易给予。1651年，孟加拉纳瓦布（原为省督称号，此时是国王称号）沙·舒贾因公司医生治好了他的病，特许英国人在每年缴3000卢比的象征性税款后，可在孟加拉境内贸易，免除一切税收。这对公司是极大的优惠。1656年，纳瓦布另一个命令重申不得向公司另外征税，不得干预公司的贸易。公司承认这个命令是“收买的”。但沙·舒贾的后继者并不打算受这个命令的约束，从增加税收考虑，他们要求英国人和别国商人一样缴税。不过，他们最后还是作了让步，同意保留这个特权。
公司滥用这一特权。为了规避在苏拉特等港口缴纳关税，他们尽量使英国货在孟加拉进口，这严重损害了莫卧儿帝国财政。1680年奥朗泽布颁令规定，英国商品和其他国家的商品一样，要缴2%的关税，另收1.5%的人头税，合计征3.5%，此外不应再有别的索求。这意味着撤销了孟加拉纳瓦布给公司的免税权，对公司是个打击，何况对地方索求的限制事实上根本不起作用。公司恼羞成怒，不惜以战争压迫莫卧儿皇帝让步。公司董事会主席此时是乔赛亚·蔡尔德，是个狂热的殖民主义分子。他对奥朗泽布的敕令极为不满，于1686年从英国派来10艘战船和1000名士兵，10月对胡格利、希季里、巴拉索尔等莫卧儿要塞发起攻击，挑起了战争。孟加拉纳瓦布谢斯特汗最初失利，很快转败为胜。1687年公司又从伦敦增派战船来印，进攻吉大港。为配合孟加拉英人行动，公司的孟买管区总督约翰·蔡尔德在1688年12月封锁西海岸莫卧儿帝国港口，掳掠船只，并派船到红海、波斯湾扣截朝圣香客船只。奥朗泽布大怒，下令对英国商馆实行全面攻击。巴特那、卡锡姆巴札尔、穆苏里帕塔姆、维札伽帕塔姆、苏拉特等地的商馆都被占领。公司认识到自己显然低估了莫卧儿帝国的实力，不得不向奥朗泽布谢罪乞和。根据1690年缔结的和约，公司赔款17000英镑，保证以后要规规矩矩地贸易，不得再兴祸端。奥朗泽布允许公司继续在印贸易，但要英撤换约翰·蔡尔德，后者没被撤换前就死了。奥朗泽布这时国内的处境困难，为安抚英人，稳定局势，1691年主动让步，恢复英国人在孟加拉每年缴3000卢比免税的特权，换言之恢复1651年的秩序。这种退让是英国人求之不得的。
奥朗泽布去世后，公司见他的继任者们软弱，便乘机要求得到更多特权。1715年孟加拉管区派约翰·苏尔曼晋见皇帝法鲁克西雅尔，提出种种要求。法鲁克西雅尔本身地位虚弱，怕出现动乱，加之随苏尔曼前来的医生治好了他的病，就于1717年颁布敕令，肯定了公司在孟加拉和原高康达国境内得到的缴固定税款特权，又规定在古吉拉特每年缴1万卢比税款免除一切关税和税收。还允许公司铸造印度货币，在印度通用。这就使公司在贸易上处于特权地位，不但其他国家商人无法相比，就是印度商人也望尘莫及。莫卧儿皇帝轻易地把这么多特权拱手相送，十足表现了封建统治者的昏庸。
在谋取商业特权的同时，公司开始在印度建立设防据点，作为日后扩大侵略的基地。
17世纪中期由圣乔治堡发展而成的马德拉斯是第一个这样的基地。圣乔治堡驻有军队。这个新城市除英人居住，还有印人居住区。商馆成了政权，商馆主管人成了统治者，其职员成了主持行政、司法机关的官吏。他们利用土著上层，给予一定职责，令其维持社会秩序。商馆还以分摊防务费用名义向印度居民收费，这就是最早的税收。显然，马德拉斯已经成了一块小型殖民地，尽管这块土地还是租来的。当马德拉斯逐渐发展起来使公司看到好处后，占领领土的野心更得到发展。1685年，当高康达面临莫卧儿帝国的征服，希望英国人帮助时，公司提出的条件是，高康达苏丹承认公司对马德拉斯拥有主权。这个无理要求没有被接受。高康达1687年被莫卧儿帝国兼并。
孟买的获得使公司有了第二块小型殖民地。公司每年缴给英王10英镑租金，象征承认英王对这块地的主权。在公司看来，这块土地是英王赠与的，与印度毫不相干。它在这里建立了政权。苏拉特商馆的主管人兼任孟买总督。印度居民要向公司政权纳税。1686年公司在这里建铸币厂，铸造印度货币。奥朗泽布对此曾经很生气。
这两个小型殖民地的建立给公司带来了新的经济利益——税收收入。附近许多印度人，包括商人，为避免战乱迁居两地，使两地人口不断增加，税收也随之增加。
两个小型殖民地的建立，展示了在印度建立殖民帝国的诱人前景，大大刺激了公司决策者们占领领土的贪欲。17世纪80年代起，公司在指导思想上已明确地把占领领土、建立殖民帝国作为与贸易同等重要的任务。1688年公司董事会通过决议，要其在印度的代理人努力在印度“建立一种行政和军事权力的体制，并设法获得大量的税收，作为未来在印度建立一个广大、巩固和安全的英国领地的基础”。在另一份文件中又说，事态的发展“正创造条件，使我们成为印度的主权国家”。公司1686—1688年冒险对莫卧儿帝国发动战争也与这种指导思想有关，这次挑衅的策划者、公司董事会主席乔赛亚·蔡尔德在一本小册子中公开鼓吹把公司从一个纯粹商业组织变成一个“在印度的主权国家”。公司在80年代提出这样的目标，是因为看到奥朗泽布统治后期，起义接二连三，统一局面有可能瓦解。但那次战争的可耻失败使他们认识到，实现这个目标的时机还没有成熟，还需要等待。
17世纪，在扩大殖民侵略基地方面的新进展，是威廉堡的建立，后发展为加尔各答市。公司在孟加拉内地有一些商馆，但在胡格利河出海口没有，它一直要求在那里设立商馆，直到1690年才被允准在苏塔纳提设立。1698年公司以1200卢比的代价从一个王公手里买到商馆所在地和附近另两个乡村的柴明达尔权，在这块土地上建立了威廉堡（1698年），逐渐形成新的居民区。公司以柴明达尔权为依据对当地居民实行统治和征税，商馆成了政权，这就形成了公司的第三个小型殖民地——加尔各答。1735年加尔各答居民达10万人，1744年孟买居民约7万人。