以往国内的史学界对三藩之乱的性质众说纷纭，有的学者认为它是一场清廷与其“老牌奴才”之间的“窝里斗”，另一些学者则认为它是明清之际民族矛盾的继续和发展。因此，在这里我们需要对三藩之乱的性质做一些分析和考察。
“三藩”在叛乱后所发布的檄文中，指斥清朝统治者“窃我先朝神器，变中国冠裳”，声称要“共奉大明之文物，悉还中夏之乾坤”，反映了在改朝换代之际，割据藩镇与中央政权之间为争夺国家最高统治权所发生的不可调和的阶级矛盾，这是清初政局的首要矛盾；还有民族矛盾此时在全国范围内依然普遍存在；统治阶级内部矛盾也继续存在，众多矛盾始终威胁着清廷统治的长治久安。
因此，当吴三桂刚一举起反清旗帜，前明皇室以及台湾的郑经集团、部分汉族官员、汉兵和少数民族上层人士以及一些地区的农民、奴仆都迅速做出了回应。
首先，前明皇室、遗民和一部分知识分子在清朝定都北京后就一直图谋恢复“大明”江山。吴三桂反清的消息一传出，他们即纷纷响应。福建朱统铝“以前明宗室名号，纠集党羽，盘踞山谷”；一直使用南明永历朝年号、占据台湾的郑成功之子郑经致书吴三桂，声称：“今者四海仰望唯殿下一人，未审军政之暇，亦知有天外孤臣否？”公开表示欲与吴三桂合作反清，并派遣军队渡海进攻闽浙沿海地区；明末清初的著名学者顾炎武也赋诗称吴三桂起兵为“碧鸡竟长鸣”，并为他的挚友归庄早逝，没有看到今天吴三桂起兵的盛况而惋惜不已，流露出悲喜交集的心情。
其次，三藩之乱发生后，江西的农民和京师的佃户、奴仆进行了反清起义。史书记载：江西地区的“山寇”蜂拥作乱；袁州府无地无户籍的农民与耿精忠部相联结与清军作战。其中较为重要的起义是在清朝的都城北京爆发的“杨起隆起义”。起义前，以质子身分长期住在北京的吴三桂之子吴应熊，联络京师地区的白莲教首领杨起隆，利用旗下主仆、主佃的矛盾，组织反清队伍，并定于康熙十三年（1674年）元旦时，聚众叛乱，攻击紫禁城。当吴三桂反清的消息传到京师时，杨起隆利用北京流言甚多、人心不稳的时机，冒充明朝崇祯帝的三太子，组织奴仆、佃户几千人，号称“中兴官兵”，提前于康熙十二年（1673）十二月二十一日晚起义。只是由于计划的预先泄露和敌我力量的悬殊，起义当晚即告失败。
再次，一些汉族文武官员和汉兵也在吴三桂叛乱后加入了反清斗争。清廷在入关之初就把维护满族贵族的利益放在首位，大肆施行圈地法、逃人法、剃发令以及官缺制和满汉官员双轨制，对汉族官吏、士兵采取民族歧视压迫态度，因而引起他们的强烈反对。当三藩起兵反清时，贵州、四川的巡抚和提督，广西、陕西的提督以及湖南等省的绿营官兵，就纷纷响应。
此外，三藩举起反清旗帜后，四川的几个土司、苗民、察哈尔蒙古布尔尼、青海墨尔根台吉等少数民族首领也相继响应。
上述阶层、民族人士的反清斗争，虽然都受到三藩“兴明讨虏”的影响，并与三藩叛乱存在一定的联系，但他们主要是从自己的阶级利益和民族利益出发进行反清斗争的，因而已远远超出了三藩反清的范围，具有民族矛盾和阶级矛盾的双重性质。
“三藩”以“复明”为号召，实际并没有收到什么显著的效果：直隶、山东、河南、安徽等地无大反应；江南、西南的响应者则大多是社会上层人士；在广大的人民、下层兵士中，不仅没有出现顺治年间那种轰轰烈烈、可歌可泣的抗清景象，相反斥责三藩搞分裂的呼声日益高涨。如康熙十五年（1676年）尚之信反清时，广东人民就坚决反对，并断言广东“过了周三年，依旧归康熙”。原来支持三藩变乱的郑经，这时也察觉出吴三桂等人的狼子野心。康熙十五年（1676年），他在发动对耿精忠的战争时，指责吴、耿二人说：“我在海外数十年，尊奉的是明朝年号。可是现在吴三桂建国号为‘周’，耿精忠使用‘甲寅’年号，这些人都是我的敌国，因此我要派兵进攻。”这些情况充分说明，三藩为维护割据局面而进行的反清叛乱，是违背人民意愿和历史潮流的，最终必将失败。
更多的汉族和少数民族官员和绿营将领在这场关乎国计民生、大是大非的战争中，坚定地站在代表中央政权的清廷一方，为维护国家的统一和人民免受战争之苦，立下了汗马功劳。
范承谟（1624—1676年），字觐公，一字螺山，汉军镶黄旗人。清初政治家，开国名臣范文程第二子。顺治九年（1652年）进士，历官浙江巡抚、福建总督。在为官任上历勘浙江荒田，请求朝廷减免赋税三十余万亩，赈灾抚民，漕米改折。“三藩之乱”爆发后，他被耿精忠囚禁，守节不屈，后全家被杀，卒年53岁。三藩平定后清廷为昭显忠烈，追赠其为兵部尚书，谥号“忠贞”。
河西四汉将：特指清朝康熙年间，对在平定三藩之乱中有功的四位河西籍绿营将领张勇、赵良栋、孙思克、王进宝的统称。
张勇（1616—1684年）清朝名将，字非熊。陕西洋县（一说咸宁）人，善骑射。明朝末年任副将。清顺治二年（1645年）降清，授游击将军，隶属于陕西总督孟乔芳。三年，所部多次同大顺军余部作战获捷。十年（1653年），张勇因为勇略兼备而被授予经略右标总兵的官职。后来又因为与南明的农民军余部作战有功被提升为云南提督。康熙二年（1663年），返回甘肃镇守。十四年（1675年），授靖逆将军， 封靖逆侯，在平定三藩之战中担任西线主将，为“河西四汉将”之冠，屡败陕西叛将王辅臣及由四川北进的吴三桂所部叛将吴之茂。两年间，相继收复洮州（今甘肃临潭）、巩昌（今陇西）、平凉等地，安定陕甘，论功进封一等侯。康熙二十三年（1684年），率师御边，病卒途中。张勇虽身事两朝，但身经百战，即使右足伤残不能行，也令仆人载其乘车督战，坐理西北军务十余年，为清朝边疆的安定和国家的统一作出了重大贡献，受到后世的称颂。
赵良栋（1621—1697年），清朝名将，字擎之，号西华，甘肃宁夏（今宁夏银川）人。1645年从军，同张勇一道隶属孟乔芳部，以战功升任游击将军。顺治十四年（1657年）经洪承畴推荐，从征云南，任督标中军副将，后被提升为擢云南广罗镇总兵。康熙三年（1664年）任宁夏提督，平定驻军叛乱。三藩叛乱后，赵良栋出兵进攻吴三桂，授勇略将军。康熙十九年（1680年），其帅军攻克成都，因功被授予云贵总督，成为清朝的封疆大吏。次年与八旗将领彰泰等合力攻下吴三桂的老巢云南昆明，平定三藩之乱。后因受权贵排挤，借口患病归老田园。康熙三十六年（1697年）卒，谥号“襄忠”。
孙思克（？—1700年），字荩臣，汉军正白旗人，清朝康熙时期的绿营名将。他的父亲孙得功，原是明朝的游击将军，后来归降清太祖努尔哈赤。孙思克是他的第二个儿子。孙思克在平定吴三桂之乱时，屡立战功，受到康熙帝的赏识。康熙三十九年（1700年），因病请求归养田园，康熙帝认为他是老臣而且多有战功，特派御医前往诊视，仍然命他留任养病，但孙思克不久就在任上去世。康熙帝十分悲痛，下旨赠太子太保，赐予祭葬，谥号“襄武”。孙思克久镇边疆，威望崇高。灵柩自甘州到达潼关，沿途军民号泣相送。康熙帝闻之大受感动，在北京特命皇长子允禔临祭，以表哀思。
王进宝（1626—1685年），字显吾，甘肃靖远人。早年从军，精于骑射，是清朝初年的绿营名将。三藩之乱爆发时，王进宝担任西宁总兵，与其子王用予一同起兵平叛，先后击败叛将王辅臣、王屏籓、吴之茂等人。康熙二十四年（1685年），王进宝去世，朝廷给于加赠太子太保，赐祭葬，谥号“忠勇”的殊荣。
朱国治（？—1673年），汉军正黄旗人。顺治四年（1647年）被选为贡生，授予固安知县，后升至大理寺卿。顺治十六年（1659年），任江苏巡抚，上疏献策抵御前明郑成功进犯南京的军队。顺治十八年（1661年）上疏称苏、松、常、镇四府欠赋绅衿万余，均为抗粮，导致这批江南士绅地主被全部褫革功名，史称“江南奏销案”。康熙十年（1671年）补云南巡抚，加太子太保兼少保。康熙十二年（1673年），吴三桂起兵反清时欲胁迫他投降，遭到严词拒绝。随即被杀，遗体被吴三桂部下分而食之，骸骨无存。年），傅弘烈在与叛军战斗中被俘，送往昆明，吴三桂孙吴世璠百般劝降，都被傅弘烈严词拒绝，十月遇害。朝廷追赠太子太师、兵部尚书，赐谥号“忠毅”。
蔡毓荣（？—1696），字仁庵，汉军正白旗人。原清兵部尚书蔡士英的儿子。康熙初年，任刑部侍郎。先后出任湖广四川总督、湖广总督兼领兵部尚书、云贵总督的官职。他在任上多次上疏言四川招民垦荒事宜。康熙十四年（1675年）率绿旗兵征讨“三藩之乱”，后领衔绥远将军，总统绿营。先后在岳州、长沙、衡州、辰州、贵阳、云南等地击败吴三桂的部队，而且屡次上疏建言三藩平定的善后事宜，言及蠲荒、理财、弭盗、军制等十多个方面。后来因为娶吴三桂孙女为妾，获罪遣戍黑龙江，赦归后于康熙三十八年（1699年）去世。
事实上，“三藩”在变乱前就是一股危害国家利益的反动势力，他们割据一三藩之乱平定后，清廷将朱国治列入“忠义”死难臣子之列，加以褒扬优恤。
傅弘烈（？—1680年），回族，字仲谋，号竹君，江西南昌府进贤县人，举人出身。其父傅应期，明末任粤西令。傅弘烈长期随父读书，练达世务，敏于政事。清军平定两广之后，朝廷广招贤才，傅宏烈应募人仕，被选为庆阳知府。傅弘烈在庆阳为官数年，政绩卓著。康熙七年（1668年）傅弘烈上疏康熙帝，揭发“吴三桂不轨事”，但朝廷当时尚无力处置三藩，为了不打草惊蛇，无奈之下将傅弘烈发配广西梧州。三藩之乱爆发，傅弘烈招募兵马，声讨吴三桂，且多次与尚之信所部叛军作战，多有功绩，很快被朝廷提升为广西巡抚。康熙十九年（1680方，无视朝廷大一统的政治思想，无视人民向往安定和平的生活环境，可谓是得道多助，失道寡助，最终必然走向失败。
政治上，三藩独霸一方，割据称雄。
“三藩”名义上隶属清廷，实际上自行其是。他们将自己所控制地区的省城大小衙门悉数占为私有，而把清廷委派的官吏驱赶到城外，蜗居僻壤。他们广泛收罗党羽，不仅令清朝知县以上的官吏皆投身藩下，而且逼迫平民百姓投身藩属，如不听命，就诬陷为逃兵，任意处置。他们独揽人事、财政大权。吴三桂“用人，吏、兵二部不得掣肘；用财，户部不得稽迟”。他甚至可以向全国选派官吏，号称“西选”，使“西选之官几满天下”。他们还拉拢少数民族的上层人物。吴三桂通过在四川地区与西藏土司常年互市，还每年遣人到西藏熬茶，将少数民族土司封为总兵、游击等官，以扩大自己的影响，削弱清廷势力。
军事上，三藩寻衅边陲，扩张势力。
吴三桂留镇云南后就不断挑起地方性争端，以此向朝廷要粮要饷，借以自肥，既以此作为自我保护的策略，又借机扩张势力。例如他在灭掉水西土司安坤，迫使安坤的妻子率领属民迁往别的地区后，就占领了水西地区。这样的事例在其他二藩中也是不胜枚举。
经济上，三藩霸占田土，苛派加耗。
吴三桂留镇云南伊始，就大量霸占当地百姓田地。他霸占了南明永历帝在五华山的宫殿，并不断增修，使其更完备；把明朝黔国公沐氏的七百顷庄田全部据为已有，作为藩庄；同时又在昆明三百里内圈占田地，作为专用的放牧场所，以致整个云南地区“平西（吴氏）勋庄遍布，管庄者杀人夺货，滋为民患”；他还通过江苏巡抚为其婿在苏州“买田三千亩，大宅一区”。尚可喜、耿精忠也分别在广东、福建拼命吞并田土，如广东海州、花山一带就有尚可喜父子擅自立的“王庄”。
吴三桂在云南霸占了大片田土后，就向当地人民征收繁重的租税。吴三桂把各族农民变为他的佃农，恢复沐氏统治时期苛重的租赋，每亩比正常加征十多倍，农民苦不堪言。在租赋之外，还向当地人民征收繁重的税收。云南南部地区道路险远，交通不便，商贸阻塞。吴三桂派遣官吏，四处搜刮，几乎没有东西不需要上税。福建农民在耿精忠的统治下处境也非常凄惨，常年劳作所得不足收获的十分之一。
吴三桂在云南任意把持和掠取当地资源。一些商人还倚仗吴三桂明目张胆地贩卖清政府禁运之物，如关东的人参、四川的黄连等。广东在尚、耿二藩同驻的三十余年间，倍受鱼肉，所有牟利之事几乎被王府霸占殆尽。后来靖南王耿精忠移驻福建，尚可喜就把广东变成了自家的天下，更肆无忌惮地百般搜刮。仅从盐埠、渡税、总店、渔课、市舶五项中，王府每年就能收入数十万两白银。移驻福建的耿精忠在境内也同样是横征暴敛，搞得民怨沸腾。
在三藩之乱初期，尽管由于一些阶层、民族人士的参加，使变乱带有民族矛盾和阶级矛盾的性质，但究其实质却还是一场分裂割据与维护统一的斗争。