万历九年（1581年），李卓吾居士（李贽）来龙湖访无念禅师。夜里闲坐，居士问：“你见处说说看。”禅师从始至终将自己“见道”的经过一一吐露。居士听后对禅师说：“你且放下。”意思是说见无所见，要把这个已经“见道”的思想也放下。禅师当下没有理会居士。同住四十余日后，李卓吾居士又邀无念禅师一起到黄安（今湖北红安）一位居士朋友那里，在黄安一住就是一个多月，每日与众友交谈。又，某日李卓吾居士对禅师说：“你只放下。”禅师说：“我没什么放下。”
回到龙湖，无念禅师整日看淆讹公案，看到不省处，渐渐又有疑，即去问延住龙湖的石潭居士。居士说：“你还要看经，《维摩经》、《楞严经》虽好，你看不得。”禅师说：“如何看不得？”居士说：“此是最上一乘的文章，我也理会不来。”禅师听后，如箭穿心，心里说你怎么这样看我！回去就看《楞严经》，看到“知见立知，即无明本”，忽然疑病又发，四五年的欢喜全部散失。遂急忙再往黄安去见李卓吾居士，居士一见到无念禅师就问道：“功夫何如？”禅师答：“我有一疑。”居士说：“疑个甚么？”禅师答：“知见立知。”居士郑重地说：“这个不是你知见。”无念禅师听后仍然不明白。
于是，李卓吾居士邀众友到驷马山聚会。聚会中居士问众人：“清净本然，云何忽生山河大地？”当时有一位讲经师也在，就依文解义说了一通。居士对无念禅师说：“无念你说说看。”禅师正准备开口，居士推了一下禅师的膝盖，说：“这个聻（呢）？”无念禅师当即猛然疑惑净尽，大彻大悟，感叹道：“原来十地菩萨，梦见众身堕大河，欲救度故，起勇猛心，发大精进，蓦然猛省，人法两空，始得入门，全无干涉，从今而后，不做旧时梦！”
即作偈：四十余年不住功，穷来穷去转无踪。而今穷到无依倚，始悔从前错用功。
万历十七年（1589年），同住芝佛院，并已削发的李卓吾居士撰文记述无念禅师四十六岁生日诞辰：“有僧无念，学道精勤，众人不知，目为庸僧。我与念僧相伴九载，知其非庸，以念无故，何谓念无？与俗人处，念自同于俗，不见俗故，将念离俗，是故一时贤人，目之为俗。然念僧真实俗也，与贤人处，念即自同于贤，不见贤，故将念希贤。一时俗人目为贤，然念僧真实贤也，呜呼！佛澄涂掌、罗什吞针，念僧不能，但不可以。念僧不肯，故而遂下视汾阳与布袋也。是岁也己丑，是日也二月十七，念僧生身。实当是日，载茶载歌，载觞载咏，聊以为欢，共登无遮道场，永以为好，不妨游戏三昧。念僧其欲为名高乎？抑且俗与同也。俗与同，则十方无壁落。为名高则大地生荆棘，得力不得力皆于是乎，在咄咄，吾且观之。”
万历十八年（1590年），无念禅师到白下（今南京），结夏鹫峰寺，并会邓文洁、邹元标、赵用贤、陆光祖、焦竑、袁宏道诸朋友。
赵用贤撰《送无念禅师还楚》：“庚寅春仲，胡山人荆父过白下。荆父故善言明理，称辩才。无上乃数推无念禅师。不事语言，直契宗旨。不佞因得一叩威仪，少承馨欬，目击道存，无所容声，然后知菩提自有密义，大乘自有正法，爽然心开，几不虚此生矣。……辄呈短章，聊识私仰云尔。”
头白于今侍远公，南宗谁复悟真空。
帝城钟晓秋云杳，一苇相将度楚东。
焦竑撰《赠无念禅师偈》：“念公过金陵，予日与谈禅，得其慈力，一时涉入如幻三昧。此其机缘，非在一期果报间也。赋此以赠。”
春深闻尔百花潭，曾与维摩共一龛。
浮世无成悲小草，空门何意见优昙。
龙知听法归池钵，马为驮经度岭岚。
乌榜宗风今欲振，好传消息遍江南。
陆光祖撰《赠无念禅师偈》：
有念念为邪，无念念即正。炳炳大师言，指我成佛迳。
末季学语流，剿袭皆戏论。有无属二边，正邪非自性。
一落语言筌，执药翻成病。人言无念师，宗门提正令。
本出庸流家，剃发修苦行。归依于空门，遍参求悟证。
疑破黑漆桶，皮毛脱落净。入佛兼入魔，非凡亦非圣。
我闻如是言，稽首遥礼敬。师忽入后门，随众得参请。
杲聆玄妙谈，聋瞽诧观听。辨才若风生，说法似泉迸。
德山临济机，的的在把柄。老夫遇钝人，未能领上乘。
尝闻古尊宿，如实语相应，出言昧本真，天壤隔分寸。
斗争坚固时，魔佛互衰盛。吾党二三子，择法孰为胜。
归来读我书，聊取意根静。
万历二十一年（1593年），厌烦了龙湖喧闹迎送，五十岁的无念禅师入河南省商城县西南60公里外偏僻幽寂的黄檗山结庐。之后，在朋友袁宏道的促成下，商城张太学施田给无念禅师。龙湖芝佛院弟子及朋友见禅师入山心切，三十余人互相随从，与无念禅师入黄檗荒山，开荒垦田，营图盖造，创建法眼寺。
今天的人看到法眼寺前悬挂的“法眼寺”三个字，多数都错以为法眼寺应该承继的是法眼宗法脉，这个问题据多方征询查证，法眼寺的寺名应与法眼宗没有直接关系。例：《临济源流》有载，黄檗山无念深有禅师住麻城立派二十八字：
祖觉宗清净行深，常怀戒定悲圆明。
神勇法性真如海，永远兴隆见太平。
后续：
平空一月印千江，照世舒光化日长。
识得本来人面孔，宗风万古自恢张。
既然法眼寺名与法眼宗没有直接关系，那它的名字源于何呢？又依查证来看，法眼寺寺名应源于释迦牟尼佛祖的“正法眼藏”语句。禅宗“正法”用来指全体佛法，“眼”用来指朗照宇宙。《联灯会要》载：世尊道：“吾有正法眼藏，涅槃妙心，实相无相，微妙法门，不立文字，教外别传，付嘱摩诃迦叶。”又，“正法眼藏即《法华经》之佛知见”。也就是释祖付嘱迦叶，辗转相传，佛教彻悟得不可思议，无有分别的涅槃妙明之心。
万历二十七年（1599年）中秋，无念禅师为初建落成的法眼寺亲撰《黄檗法眼寺记》。《黄檗法眼寺记》中自述：“一日闲登峻岭，望见有山，名曰黄檗。崄僻幽深，绝无人踪，堪可寄息。询其山，乃商城太学，号绳纯，讳舜玄（选）张君地也。惟见栗棘蓬松，草茅茂畅，田废无影，地芜无痕，石盈水溢，豺啸豺呤。古人言‘与木石居，与鹿豕游’，此其地矣！余遂入黄柏结庐。适公安表太史偕弟中朗、小修来龙湖访友，遣人接余，再三不已。余曰：‘僧已老朽，精神减少，无力堪待，正可避世自闲，饭蔬饮水过活耳。’中朗喜曰：‘我有年兄范光（观）父，见为商城令，可作护法檀越。’即写书寄托。范乃命人与张君说，张即喜舍之。……龙湖徒众，见我入山心切，三十余人互相随从……遂日夜搬运，结砌盖造，渐可容膝，开垦田地，渐有次第。书示徒众，使他日知创山之辛苦焉。”
万历二十九（1601年），袁宏道撰《开黄檗山记》《法眼寺记》。《法眼寺记》中写道：“余见天下衲子多矣，穷山僻谷，或未尽见。然求苦参密究，具宗门正知见者，如吾友黄檗无念禅师，实迈日海内之优昙也。……念公自山中来，语及山中事，是时予同年范光父令商城，予走一字语之光父，欣然以檀施事属太学，……太学如命。于是龙湖本色，衲子安分度日，不为虚浮无忌惮之行者半。居此山，剪荆棘……数年如后佛殿僧舍粗可居住，衲子躬耕，自锄自种自食，无求于世。即道可办，居然有古丛林之风，予闻而喜之。……今黄檗如是，何异古百丈黄檗乎？昔五祖演云：今年一寺庄田颗粒不收不以为虑，唯一千五百衲子一夏举一古德机缘竟无一人发明深为可忧。今黄檗山中诸衲子其有能发明此事者有耶？无耶？或有所待耶？皆未可知。然近日狂禅炽盛，口谈此事，现成一切无碍者项背相接，与其豁达空以拨因果，真不如老实修行念佛之为妥当也。愿念公严立藩蓠，与此清净道侣，老于此山……口角圆滑、我慢贡高者不许停此山一时一刻。庶几儿孙相传，法堂之草永不复生矣。”
万历三十五年（1607年），无念禅师六十四岁。袁宏道于北京来信，介绍北京佛教界的情况，并称赞无念禅师。信中说：“……海内如念师超悟，绝响矣……燕中学道廖廖，纵有一二，亦不过要人奉承，说他悟道而已。与他说真话，似麻城人听福建乡谈，一字也用不着。”
万历四十三年（1615年），七十二岁的无念禅师半住黄檗山法眼寺，半住麻城基隆山湛寂庵。
天启三年乙丑（1623年），憨山德清禅师为无念禅师八十寿诞写序颂并书《本住法颂寿念师八十有序并书》：“不慧披服道风三十余年矣，竟无缘一睹光相。且以业力驱驰幻海，将二十年如托异国。故与法门诸大知识音问益远，顷投老匡山，望黄檗刹竿咫尺间。侧坐白毫相中，日蒙照拂，无由一致问讯。前秋陈无异居士入山，道及老师慈念殷勤，是知先蒙摄受者非一日矣。不慧何缘过辱加被之如此也，感谢无量。比来宗门寥落、野干乱鸣，殆不堪听，所幸老师踞窟狮子，虽全身未露，而爪牙无敢撄者，时闻吼音，为之庆快。……顷寺寺广舍来知老师法算，喜登上寿，人天集庆，不慧愧衰质不能从法念之末，聊陈颂祝。”
颂曰：
诸法自性本寂灭，湛然不动如虚空。
世界森罗及万象，唯此一法之所印。
佛未出世祖未来，此本住法无欠阙。
草芥尘毛体自同，白牯狸奴亦知有。
何况众生各具足，而与诸佛性平等。
平等自性无生灭，又岂四相之可迁。
不来不去无始终，是故名为本住法。
若人悟此体如如，一超顿绝凡圣见。
正眼开时生死空，迷悟两关当下辟。
已过关者掉臂行，独蹈大方无滞碍。
犹如狮子自在游，非是野干可随逐。
揭开五蕴封蔀茅，露地披襟坦然坐。
是名无畏解脱人，从此常依本法住。
唯师了此本住法，独踞黄檗最高峰。
魏魏不动若须弥，万象森罗齐頞首。
日月游行若电光，世界山河镜中影。
良以心空身亦空，混融万法无起灭。
是故一尘与空合，而与虚空共一体。
一切微尘亦复然，身与微尘等无二。
身尘既入法界空，自性体与虚空等。
此空即是本住法，入此法者寿无量。
空中世界任起灭，一切圣凡从去来。
是法不动相常住，此是大地众生寿。
众生既与诸佛同，吾师岂与众生别。
但愿吾师常化生，证入众生无量寿。
天启五年乙丑（1625年），无念禅师撰、明闻删订《黄檗无念禅师复问》于苏州兜率园刻印完毕。本书卷一至卷三为作者回答友人询问、探讨佛法禅理与生死问题的回信，卷四至六为法语、酬问、牧牛图颂，及附录传记资料。又，本书后三卷原总题目为《醒昏录》。
天启六年丙寅（1626年）夏，无念禅师离开麻城基隆山湛寂庵，住黄檗山法眼寺。这一年，麻城梅之焕、黄州樊山甫、寄生居士陈石泓等聚议集资为无念禅师建塔，经禅师首肯定在黄柏山，卜址法眼寺之西一公里左右处，由樊山甫主持营建。
天启七年丁卯（1627年），四月初八佛诞节，息影塔建成。这一年夏天，无念禅师患病。七月二十八日于法眼寺圆寂，世寿八十四岁。
择日，无念禅师法体荼毗，灵骨及舍利奉入息影塔。
梅之焕撰《护塔文》：“恭维无念禅师，宿断钝根，早磨慧剑，言语文字不立，大心直取法王。艰难险阻备尝，拼命始归乐国。一扫三涂六道，顿超万却千生。……爰成宝塔，用备藏册。当如来诞生之辰，正浮图全类之日，息形并息影，悠然七尺之躯；忘死未忘骸，聊尔一杯之土；琅函留半偈，何须开石椁之文；舍利吐毫光，不用借漆灯之焰；已无晓梦迷蝴蝶，一任空山哭杜鹃；狮子潜声，林鸟犹疑说法；麒麟高卧，野孤不敢浪眠。此日雍门，已不陨孟尝之泣，他年华表复何有丁令之悲，求大药而驻朱颜，只争蚤暮；置虚器而运死，想一视与之骨，且与俱朽矣！身隐焉用文之焕，闻木樨转语，不谓见而知之，标黄檗遗踪，或有闻而起者，敢云誉墓，聊榜传灯。”
清·康熙十六年（1677年），《嘉兴大藏经》完成，其中选入《黄檗无念禅师复问》。
（附注：由于历史原因，上世纪五十年代初，土地改革，僧侣还俗，法眼寺从此荒废。2007年，在商城人黄君道林发心筹资恢复黄檗无念禅师昔日道场的善举下，法眼寺重建工程开始动工。2012年，新法眼寺建成。）