（一）经费的不足
卓越计划的经费总额为19亿欧元，这只相当于美国顶级大学如哈佛或耶鲁一家学校的一年预算。按照斯坦福大学教授魏勒尔（Hans Weiler）的话，打造一流大学其实首先一个重要的前提就是钱。有钱就可以请到最好的教授，给教授提供最好的人、财、物，就可以凭借高额奖学金吸引来最优秀的学生。[11]目前德国大学的经费往往只有同等规模的美国大学的1/10，一所美国精英大学的预算往往相当于德国一个大州比如下萨克森州或巴登符腾堡州全部高校的预算。要想凭这么一点经费来打造德国哈佛无异与痴人说梦。因此，最终出台的计划也不再谈哈佛，即使是最乐观的人也只敢说以进入世界前25—50名为目标。其实，德国大学的目标不应该是哈佛等私立大学，而是伯克利等美国优秀州立大学。按照德国的国力，民间私人资本巨大，只有不仅依靠国家，还广泛吸收私人捐助才有可能彻底改变德国大学多年以来的经济窘境。
斯坦福大学每年的预算约为25亿美元，是柏林自由大学的10倍之多。“哈佛大学是世界上仅次于罗马天主教廷的最富有的非国家组织。”石油大亨洛克菲勒曾经问哈佛大学校长，创立一所精英大学需要花费多少？他得到的答案是“200年时间和五千万美元（19世纪末叶）”几十个研究生院、卓越集群和九所大学五年内共同分取这19亿欧元，每个机构所能得到的资金虽然相对于自身的正常预算已经是不菲的数目，但是要打造美国的哈佛或者斯坦福大学，似乎并不是那么容易。[12]所以人们开始理性考虑德国大学以哈佛大学为榜样是否实际，“相对于建设德国的哈佛，建设德国的芝加哥大学可能更好。”美国学者阿什也认为，像哈佛和斯坦福这样的美国精英大学，拥有多元化的学校财政收入渠道，德国大学几乎完全依赖于政府公共经费，很难满足建设精英大学的财政需要。
（二）重科研、轻教学
在其三条资助线中，研究生院担负培养科学后备力量的责任，注重改善博士生从事科研活动的环境，培养他们的科研能力；卓越集群强调跨学科科学研究，重视大学科研机构与校外科研机构在科研方面的合作；未来构想“资助的对象是德国高校以科研为中心的科学项目，目的是增强和发展这些高校的国际优势领域。”由此可见，卓越计划的全部内容都旨在实现顶级科研，几乎没有涉及任何改善大学教学的内容。该计划的经费指定用于大学的科研，而非教学，德国大学重科研、轻教学的传统非但没有通过该计划得到改变，反而得以强化。德国大学一直声称大学的两根支柱是科研与教学，但实质上教学一直被忽视，尤其是60年代大学开放扩招之后，学生人数已近200万，而由于经济发展缓慢和两德统一耗费大量资金（1万亿欧元以上），德国近30年来已不再新建国立大学。
无论是在首轮即当选顶尖大学的慕尼黑大学，还是被海德堡大学前校长特吕格尔（Jochen Troeger）贬为普通教学型大学代表的奥登堡大学，处处人满为患，部分课程师生比达到惊人的1∶150，洪堡时代菩提树下谈书论道的情景已难觅踪迹。由于学生得不到老师足够的指导，德国大学学生辍学率极高，部分专业甚至高达90％（比如哲学）。由于常年经费短缺，教学设备老化，包括大学的信息化建设有的地方甚至不如中国的重点大学。另外，该计划与德国大学的绝大多数学生无关，尤其是本科生。无论是“卓越计划”3个部分中的哪一个，都至少要博士生才可能参与其中的研究。相对于马普所等校外科研机构的巨额科研经费（2006年马普所的经费总额是14.5亿欧元！），[13]几十家大学分享5年19亿欧元的经费实在是杯水车薪，大学科研的相对弱势完全不可能就此改变。要想真正改变大学科研的弱势，有不少人建议将科研机构重新并入到大学，认为只有一流的科研回归大学，才会有一流的大学。但目前德国大学的组织体系与校外研究机构不同且无法兼容，大学是官僚体制，而校外机构多参照美国的大型研究机构设立，如果回归大学，可能非但不能提升大学的整体实力，也许还会拖累了目前很优秀的校外研究机构。
（三）重理工、轻人文
在第一轮评选中有一个突出现象：重理工、轻人文。全部3所顶尖大学中有2所是工业大学，只有慕尼黑大学一所是传统的综合性大学；全部研究生院中仅有吉森大学一个人文社科方面的，卓越集群中也只有康斯坦茨大学一个人文学科项目。其实，德国作为思想之国，它的人文社会学科，比如社会学、哲学一直是世界一流，这些学科通常很难得到第三方资金，其实，人文学科相对需要的资金投入不大，而效果却可能很好。联邦政府也注意到这一点，为弥补“卓越计划”对人文社会科学的忽视，特意将2007年命名为文科年，并史无前例地投入6.23亿欧元的巨额经费支持。
许多学者在第二轮评选后就呼吁改变评选程序，不能用同样的标准对所有学科进行评判，因为这明显对理工科更为有利。所以2007年10月第二轮评选结果中与第一轮相比，我们看到在人文社科的比例上出现了明显的变化，人文社会科学在评选出的21个研究生院中占了7个，20个卓越集群中占了4个，六个未来构想中只有亚琛工大具有明显的理工科学科倾向，其余五所大学都是综合型大学。综合考察两轮评选的结果，我们看到人文和社会科学在研究生院中所占比例不到1/3，在卓越集群中约占1/6；如果按照资助金额比例来算，研究生院全部资助金额中人文社科只获得了1/4强，卓越集群中人文社科所得资助金额的比例仅为1/6。
人文社会科学在整个卓越战略的资助体系中所占的比例仍然较小。博士生院也往往只是对理工类几十个课题小组的经费支持，而人文学科的博士生培养模式仍然是传统的师徒制，闭门造车，质量并没有保证，也往往很难得到其他人的帮助和经费支持。
第一，此次评选从其理念上来说，非常重视大学科研单位尤其是校内外科研单位之间的跨学科合作，而人文社会科学在大型科研联盟中的合作还很少，哲学家需要对话和交流，但首先是需要沉思的时间和悠闲。
第二，理工科学相对于人文社会科学来说，更加依赖于大型的科研设备和仪器，需要有高昂的资金投入，而同时人文社会科学有其自身内在的发展规律，需要长时间的沉淀和积累。人文学科的研究工作并不主要依赖于科研经费，“人文学科最需要的不是经费，而是时间。”而对理工科和自然科学的有针对性的投入，可以在相对短的时间内获得预期的科研成果，最容易实现赶超世界一流水平的目标。[12]
第三，从联邦与州关于卓越计划的协议中明确指出，卓越计划的首要和核心目的就是要提高德国大学的“国际知名度”。自然科学、工科和医学领域与人文社科相比，可以不受或者较少受民族语言文化的限制，通过进行国际大的研究项目和课题，获得包括诺贝尔奖在内的国际奖项，提高研究机构的国际知名度。
参考文献
[1][德]韦伯.韦伯论大学[M].孙传钊译.南京：江苏人民出版社，2006.38.
[2]Glotz，P.Im Kern verrottet？Fuenfvor Zwoelf an Deutschlands Universitaeten[M].Stuttgart：Deutsche Verlags‐Anstalt，1996.21.7
[3]Elite Studium Generale，[M].Heidelberg：Universitaetsverlag，2006.
[4]Nuenning，A.Defizite und Desiderate der deutschen Doktorandenausbildung[A].Kimmich.Dund Thumfart A：Universitaet ohne Zukunft[C].Suhrkamp Verlag，Frankfurt am Main，2004.205
[5]http：//www.dfg.de/forschungsfoerderung/koordinierte_programme/graduiertenkollegs/
[6]Berning，E.Promovieren an den Universitaeten in Bay ern：Praxis‐Modelle‐Perspektiven[M].Bay erisches Staat sinstitut fuer Hochschul for schung und Hochschulplanung，M uenchen，2006.183-193.
[7]Von Muench，I.“Elite‐Universitaet”：Leucht tuermer oder Windraeder？Hamburg：Reuter+Kloeckner，2005.7.48-53.
[8]http：//www.bm bf.de/de/1321.php.
[9]www.dfg.de/forschungsfoerderung/koordinierte-programme/exzellenzinitiative/index.html.
[10]Bericht der Gemeinsamen Kommission zur Exzellenzinitiative an die Gemeinsame Wissenschaftskonferenz.2008.10-30.
[11]http：//www.stanford.edu/～weiler/homepage-deutsch.htm.
[12]王乾坤.变革中的德国大学发展理念与范式[D]北京大学，硕士论文 2008.34.[13]www.mpg.de/bilderBerichte Dokumente/do kumentation/jahrbuch/2006/index.htm.