1993年3月12日，海基会人士调整，鉴于陈长文请辞秘书长职务，邱进益接任海基会副董事长兼秘书长，陈长文留任副董事长。当天，海协会致函邱进益，邀其赴京讨论“汪辜会谈”预备性磋商等问题。
邱进益，1936年11月29日出生于嵊泗列岛。这个岛当时隶属江苏省崇明县，现归浙江省舟山市。1993年8月，邱进益在台湾《中国时报》发表《童年的梦》，深情地写道：“我的老家在崇明岛外海的一个小岛上，那是个忙碌又不失淳朴的渔村。”1950年，邱进益到台湾。曾就学于台湾政治大学外交学系、奥地利维也纳大学政治研究所、德国波黑大学政治研究所、新加坡国立大学企业管理学院、南京大学历史系，获多个硕士、博士学位。1961年通过台湾“外交领事人员”特种考试，进入台湾“外交”系统工作。邱进益在台湾“外交系统”发展顺利，一步一个脚印。1961年至1970年，在“外交部”与“驻外使领馆”做基层“官员”，后任“驻马耳他大使馆”二等秘书代办，1972年回台任“外交部”欧洲司科长，1975年又外派，任驻奥地利代表处副代表，1979年回台任“外交部”欧洲司副司长，1981年任驻瑞典代表处代表、1983年任“外交部”礼宾司司长，1985年任“外交部”新闻文化局长兼发言人，1987年任驻斯威士兰王国“大使”。1988年7月，在国民党十三大上当选中央候补委员，旋即转任“总统府”副秘书长兼任“总统府”发言人。1990年“国统会”成立后，兼任“国统会”执行秘书兼发言人，“国统会”研究委员会委员、召集人。“陆委会”成立后，又兼任“陆委会”顾问。邱进益还是国民党中央“大陆工作策划小组”。可见，自“外交系统”出来后，邱进益就进入了国民党当局大陆政策决策层。
邱进益在转任海基会副董事长兼秘书长前，曾多次对大陆政策提出了一些有创意的言论，比如“促成两岸三边（大陆、台湾、香港）会谈”、两岸签署“互不侵犯协定”及“停战协定”等等。上任后，他大胆提出：“三不政策”阶段性任务已经完成，台湾当局应在适当时机认真考虑调整“三不政策”。对于这个解放思想的说法，政坛和媒体议论纷纷，大家不知道是他个人的意见，还是层峰通过这位敢说敢言的“民间人士”防风探路。对此，他出面解释说，再过度坚持“三不政策”，并没有实质意义，蒋经国从未说过“三不政策”，且“三不政策”也没有任何法律依据。两岸关系应顺其自然调整，不应有太多的人为干预。作为海基会副董事长兼秘书长，他希望扮演的角色应是“传话者”，而不是“谈判者”。
于是，刚上任，他就积极主张早日实现谈判，海基会也相应加快了会晤谈判的准备工作。
不过，也正因为邱进益真的想在发展两岸关系、推进两岸统一进程上干一番事业，违背了层峰特别是当时隐藏的很深的“台独”分子李登辉的意图，因而他的宏图大志未能尽情施展，内部掣肘种种，最终，他从陈长文那里接任的秘书长职务被取而代之。到了陈水扁上任后，眼见民进党之流的倒行逆施，他于2006年愤而辞去剩下的副董事长虚位，真正回到民间。这是后话了。
1993年3月18日，台湾方面发表《辜汪会谈背景说明书》，将此次会谈定为“两岸政府正式授权之民间中介团体高层负责人首席会面”，其性质为事务性及功能性，将政治问题撇除在外。
大陆方面5天后作出反应。3月23日，海峡两岸关系协会负责人通过新华社对台方的《辜汪会谈背景说明书》作出反应。这位负责人说：我们已经注意到了这份说明，对其愿意早日举行海协会会长汪道涵和海基会董事长辜振甫会晤的态度，我们由衷赞赏。我们十分重视汪辜会晤，殷切期望这次会晤能为海峡两岸经济合作、海协会与海基会的联系与合作、两岸各项交往与交流产生积极的推动作用。海协会负责人发表谈话，将“汪辜会谈”定位为民间的、经济的以及事务性的，同时，提出希望海基会秘书长邱进益近期访京，磋商有关事宜。
24日，海协会就收到了海基会来函，来函表示，海基会希望于25日派员抵北京与海协会协商，要求海协会方面给予协助安排入境、住宿及车辆等事宜。
敏感的读者可能注意到了：两项事务性商谈从1992年10月底香港商谈后，已拖延了半年，海基会对再次商谈解决双方遗留的歧见一直态度不甚积极，这次却突然急切于两日之内，便要赴北京商谈解决，这其中肯定有背景。
曾作为大陆首批赴台采访记者之一的新华社记者范丽青，在其所着《汪辜会谈》一书中的说法是：“来自台湾的小道消息说，是因为李登辉发了脾气。据说李登辉将黄昆辉和邱进益请到他的办公室，询问汪辜会晤的进展情况后，语气不悦地表示，不能再拖了！此说自然有待查证，不过，海基会今次态度急切得令人意外却是事实。”
25日，海基会法律处处长许惠佑一行6人到达北京。
26日、27日两天，两会人员就“两会公证书使用查证”、“两岸挂号函件查询、补偿事宜”两项协议草案，及“汪辜会谈”预备性磋商准备相关事宜，进行了第三次工作性商谈。中国公证员协会、中国通信协会邮政专业委员会人员参加了这次商谈。商谈最终达成了共识。双方还商定，自4月7日起，海基会副董事长邱进益与海协会常务副会长唐树备在北京先进行预备性磋商。
既然台湾当局那边也积极起来了，“汪辜会谈”应该一帆风顺了吧？
非也！岛内那边还是频频生变，其中之一，就是主张“台独”的民进党要插一杠子。同时，台湾当局有人提出“要照顾岛内外对‘汪辜会谈’发出‘不同声音’的人的情绪”。
民进党担心，“汪辜会谈”至少在客观上会起到促进统一，打击“台独”的效应。因此，该党对“汪辜会谈”是既不赞成，也不放心。为此，民进党处心积虑地策划并实施了一系列遏制措施。
早在“汪辜会谈”规划初期，该党就到处宣扬，两岸关系不能躁进，“解冻”不急于一时。民进党还别有用心地宣传，国民党在“国统纲领”中预设了“国家统一”立场的前提下会谈，将一步步走入中共的陷阱。民进党还采取了利用民意，牵制国民党的办法，即把两岸的正常接触，歪曲成国共双方就台湾前途问题私相授受的“国共和谈”。民进党人煞有介事地说，他们担心两会高层会晤将“变成国共两党谈判”，“担心李登辉藉两岸政策的主导，造成另一个强人政治时代的来临”。
3月18日，台“陆委会”的《汪辜会谈背景说明书》出来后，该党立即对会谈是否涉及政治性议题提出质疑，并要求组成“立法院观察辜汪会谈观察团”，随同前往新加坡监督会谈过程，以使会谈透明化，“减轻人民对国共和谈的疑虑，防止出卖台湾。民进党还威胁到，如果国民党不同意民进党组团观察，民进党将要求暂缓汪辜会晤。
时任台“国家安全局”局长宋心濂不知是出于当局最高层的压力还是其他动机，竟主动向民进党“立委”陈水扁提供情报，称“中共将在会谈中提出开放‘三通’和摒除两岸敌对状态的政治性议题”。此举等于给民进党提供了炮弹。因为这样可以凸显岛内一些不明真相的群众，对当局政策的“冒进”，以及国共会对台湾人民的利益私相授受之类的“担心”。
民进党还推动“立法院”于3月31日三读通过设立“两岸事务特别委员会案”，该案要求加强该“立法院”对两岸事务的监督，其目的是制约台湾当局处理两岸事务的权力。
美国人也坐不住了！美在台协会理事主席白乐崎跳了出来，遥相呼应。他专程从美国赶到台湾，频频会见台湾一些政界人士，公开评论说国民党的大陆政策是“乐观冒进”，民进党是“盲目不着边际”。
台湾当局紧急与民进党沟通，但在关键的民进党组团问题上达不成妥协，民进党就是不让步，于是，李登辉决定对“汪辜会谈”降温。
3月30日，李登辉在会见台湾优秀青年代表和青年奖章得奖人时，突然“跑题”，大谈起两岸关系，称台湾目前的大陆政策没有转变。他特别强调“汪辜会谈”是属于民间性质的，目前两岸关系仍是在非官方的交流层次。他还别有用心地说，当局推动两岸交流活动目的在于“使大陆当局和同胞，有勇气、务实地重新认识与尊重中华民国在台湾的历史与现实”。
这就等于把人们对”汪辜会谈”的期待值大大降低了。
事情一直拖到4月3日，“陆委会”才正式授权海基会，由邱进益率幕僚13人，于4月7日至11月赴北京与海协会进行预备性磋商。
“陆委会”同时公布了一份规定详细的“授权书”，对邱此行的性质、议题、行程等方面比前一份背景说明作了更加严格和细致的规定。其重要内容是：
一、本次磋商仅限于解决两岸民间交流衍生之事务性、功能性及技术性问题，不得涉及任何政治性问题。
二、本次磋商之对象，仅限于大陆海峡两岸关系协会及红十字会相关人员，不与中共高层官方人员接触或会晤。
三、本次磋商，我方建议优先讨论之议题包括建立两会制度化沟通管道、两岸共同防制犯罪（含落实执行遣返作业）、保障人民人身及财产安全、保障台商权益、专利商标保护问题（但不包括两岸直接双向投资问题）、两岸青年交流互访、科技交流、智慧财产权保护等。
四、大陆海协会所提之议题，如涉及政治性或超越“国家统一纲领”近程阶段事务者，均不在授权范围之内。
五、本次磋商仅限于与海协会交换意见并寻求解决问题之共识，不得正式签署协议。
六、本次磋商之行程应予公开。
此外，“陆委会”还要求邱进益一行在返台后，须于3日内将完整的磋商过程与结果以书面向“陆委会”汇报，以便“向社会各界说明并向立法院提出报告”。
看得出，“陆委会”此举，意在强化对两会接触的监控，并凸显“政府”对大陆政策的主导权。
这等于在台湾当局的那条大陆事务“鞭子”身上，又绕上了几圈钢丝，鞭子头上的那个海基会的活动余地更小了。邱进益，当然还有海基会，被套上了新的枷锁。
在新的形势下，邱进益不得不反复强调，他“一定坚持任务单纯化、议题集中化，一切透明化的原则”，要求各界多给予支持，让他们能全力以赴。
与此同时，台湾当局希望通过进一步与大陆进行高层次的接触商谈，以换取大陆方面及国际社会承认台湾与大陆“对等”的用心更加明显。
不过，无论如何，毕竟台湾当局已走到了“授权”这一步，“汪辜会谈”的列车似乎又可以前进了。
4月4日，许惠佑率领海基会先遣小组到达北京，为邱进益北京之行开道。
一切顺利！
在最后的时刻，唐山钢铁公司的一名采购员和河北省丰润县的一名农民，也制造了一点小小的麻烦
还是好事多磨。就在邱进益即将成行之际，有两位大陆人，把一架民航飞机劫到了台湾岛！
4月6日早晨8点30分，一架中国南方航空公司的波音757喷气客机载着185名乘客和13名机组人员，从深圳黄田机场起飞。该机的航班号是CZ3157，飞行目的地是北京。机上人员始料未及的是，他们的飞机正载着两名危险的乘客：一名是唐山钢铁公司招待所采购员、29岁的黄树刚，另一位为年仅23岁的河北丰润县农民刘宝才。两人随身携带的行李中，藏有双筒猎枪一支，子弹两发；警用防暴枪一支，内有子弹三发，另有剧毒物氰化钾若干。黄和刘都是大陆公安机关的通缉犯。黄树刚利用工作之便，贪污公款数十万元，刘宝才则犯有赌博罪、私藏枪支罪、贩卖枪支罪等。
9点左右，飞机抵达江西省赣州上空。突然，坐在机舱中部的这两人从座位上站了起来，走向飞机前舱，宣布劫机，要求机长把飞机飞往台湾！
9点30分前，客机被劫的消息从空中传回地面航管站，有关方面迅速层层上报北京。为了机上乘客和机组人员的安全，有关领导决定：通知机长不必反抗劫机，降到哪里都没关系，但要求确保旅客的安全。
在台湾方面，接获机长要求在台湾机场降落的讯息后，有关部门立即上报到“总统”李登辉和时任“行政院长”连战处。连战下令有关部门“依国际惯例”和台湾处理原则尽速处理，即劫机嫌犯“留置询问”，客机及乘客则依原定航程尽速恢复航行，并责成“陆委会”副主席高孔廉负责协调处理。
在台湾方面截留飞机后，海基会立即发电与海协会联系，海协会回电对台湾方面的协助表示感谢，并要求台湾方面尽快让乘客和机组人员原机返回，尽快遣返劫机者。
大约9点30分，CZ3157号上的人发现，机翼边出现几架台湾的军用飞机。
9点50分，飞机降落在中正机场。
机上广播传出劫机者的声音，说是不满共产党的统治所以用暴力劫机。接着是机长讲话，他说飞机发生劫机后，为了大家的安全，所在飞行过程中没有惊动大家。
10时30分，4名手持冲锋枪的台湾防暴警察，上机把两名劫机者带出了飞机。
经过近6个小时的协调和台湾方面的询问调查，台湾方面决定飞机与乘客原机返回，但要求机长在驾机返回大陆时必须绕道停落香港，以免两岸直航之嫌，两名劫机犯则被台湾方面扣留。此即所谓“人机分离”的原则，这与连战的指示是一致的。