鉴于不与中共正面直接接触的原则，将以三个途径处理此事：一是委托香港国泰航空公司全权处理；二是委请英国再保险公司索机（因华航此一货机曾再保险于英国劳依兹公司）；三是通过国际红十字会索人。
为什么不让华航出面？因为华航表面上是民营机构，但实际上是官办企业，海内外尽人皆知。该公司1959年12月16日在台湾空军主导下正式成立，当时一度隶属空军，其多边业务属于军事活动，包括军事用途包机、金马地区空运支援及大陆地区特务空投、空降等，越战期间，还曾为美军执行运补和后送任务。直到1970年，才由“军航”向“民航”转型，但其“国企”性质未变。当时，大陆的民航还没有改革，都归中国民航局。中国民航局下辖各民航区域管理局，这些区域管理局就是以后大陆首批航空公司的前身。因此，在处理“华航事件”上，台湾当局不敢让该公司直接出面，因为如果华航出面与大陆民航部门接触，就会使“三不政策”不攻自破。
于是，“交通部次长”朱登皋首先宣布，华航货机的“失踪事件”，将通过“第三者”如国际红十字会等组织处理，“与政府无关”。
明知货机已飞向大陆，却称说“失踪”，这种掩耳盗铃的做法令岛内外舆论一片哗然，纷纷批评台湾当局保守逃避，不磊落、不担当。
第二天，华航宣布，全权委托香港国泰航空公司处理华航货机飞往大陆事件。
5月3日至12日，华航发言人不止一次地表示：华航“将遵守政府的‘三不’政策”，“华航和所属驻外单位在任何地点，决不会与中共接触。”
台湾当局的强硬的态度和僵化的做法，引起台湾各界的普遍不满。一些“立法委员”纷纷质询台湾当局，要求改变“三不政策”，采取灵活措施，解决货机问题。岛内学者们也多对当局的做法不以为然。台湾大学政治系教授张麟征说：当局“态度不要那么强硬”，应安排华航与大陆民航部门在香港谈判。
靠炒作生存发展的台湾、香港的新闻媒体更是不遗余力，发掘新闻背后的新闻、幕后消息，语不惊人誓不休，大量报道、评论、图片充斥电视荧屏、报纸头条。媒体普遍认为，王锡爵驾机奔大陆，是“台湾当局‘三不’政策的直接产物”，说王锡爵“冒险投父尽孝”，暴露了台湾当局坚持僵化的“三不政策”阻碍两岸民众“实行孝道”，“势必日益遭到有形无形的反抗，随时都会有可能突发意外的变故”。因此，主流媒体普遍呼吁台湾当局改变策略，“以积极的态度”，“由华航派员或由其他管道派员前往谈判”。
鉴于各方面复杂形势，尤其是岛内外对海峡两岸直接谈判的呼声日急，美国也希望两岸直接接触。5月12日，国民党中常委召开紧急会议，又一次研商有关对策。在蒋经国的授意下，决定由华航出面与中国民航谈判。
据说，蒋经国突然改变态度，主要是从三方面考虑：
一是，王锡爵“投奔亲情”，已动摇了台湾民众的“反共心防”，如果台湾当局再强硬下去，大陆方面必定会主动将人、机送还，这样台湾民众会对大陆方面更增好感，而对台湾当局则更增恶感。
二是，假如国民党坚持“不谈判”立场，坐令党外抢占先机，则国民党当局在华航事件中势必连输两招棋：既受挫于大陆方面，也受挫于党外。
三是，谈判可以顺便解决台湾内部权力斗争及蒋经国个人的历史评介问题。
总之，蒋经国判断，如果任此事因台湾方面原因拖下去，对当局非常不利。
因为此举将意味着两岸在众目睽睽、媒体实时跟踪报道情况下两岸更为有分量的公开接触协商，比之前述交还飞官遗体影响大得多，出不得半点纰漏。因此，蒋经国十分重视对这一事件的处理，参与了该事件谈判的策划工作，包括最细微的部分。
5月12日，台“交通部民航局长”刘德敏就华航货机事件举行记者招待会，宣布当局的“新决定”。刘德敏表示：“此一事件是单纯的民航事件，不牵涉任何政治问题。因此，基本上应由华航自行处理。”
5月13日，华航宣布：“基于人道立场”，决定由该公司驻香港分公司代表在香港与大陆民航部门洽淡解决货机问题。从而使延宕一段时间的华航货机处理问题明朗化。
双方通过几天的紧张准备，两航代表于5月17日至20日在香港举行37年来台海两岸在官方允许下的第一次公开接触谈判。中国民航香港办事处经理张瑞普、民航局国际司副司长卢瑞龄和民航北京管理局总工程师刘远藩作为大陆方的主谈代表。华航香港分公司正、副经理钟赞荣、陈勋伟以及总公司企划处长陈恩锦为台方的主谈代表。
5月17日，双方在香港深水湾乡村俱乐部进行首次商谈。在历时80分钟的商谈中，双方讨论的焦点在人、机的交接地点问题上。大陆方面要求在广州交接，台方不同意，并当场提出三种交接方式，即在香港接收、委托第三者到广州接收和先送回机员再谈飞机归还问题。对此，大陆方面代表当场没有表态。
此后，双方在3天内又进行了3次商谈，到5月20日，最后终于达成在香港接收交换协议，双方代表在《两航会谈纪要》和《附件/交接程序及有关事宜》两项文件上签了字。
在4天的会谈中，双方态度很客气，非常礼让，没有面红耳赤的争吵，整个会谈气氛相当好。有关报道认为，大陆方面尽管最后作了让步，但达到了解决“内政问题”不让第三者介入的目的，对这件事件的处理上，大陆方面表现了处理问题的灵活性。
5月23日，双方代表在香港启德机场进行交还人、机及货物的交接手续。
当天，中国民航广州管理局在白云机场为董光兴、邱明志举行欢送仪式。于延恩局长亲自送行，并发表了热情洋溢的讲话。随后，参加仪式的广东省委副秘书长陈开枝将麦克风交给董、邱两人。
董光兴说，感谢大陆同胞的照顾与支持，返回台湾后他将会“作忠实的报告”。
邱明志也表示，很高兴此事能顺利得到圆满解决，也多谢全国同胞的爱护。
两人登机时频频挥手道别，一再祝大陆同胞珍重。在机场送行人员的一片祝福声中，华航的波音747F由中国民航飞行员驾驶，飞往香港启德机场，连同两位台湾机员和货物一并交还华航。
这时，台湾各电视公司通过卫星转播货机移交仪式实况。
货机在香港启德机场着落后，依照协定，中航三位代表与华航三位代表登机办理移交手续。当双方代表走到登机扶梯之前时，为了应该谁先登机的问题，彼此甚为客气，频频亲切礼让。
这一镜头传至台湾，颇令不少人为之感慨。台湾有一家杂志评论说：“海内外的亿万中国同胞，快40年没有看过这种镜头了。同是炎黄子孙，为什么不能和平相处？为什么非要拼个你死我活不可？”
“华航事件”后，该公司总经理刘德敏等高层受到撤职等处分，但唯独乌钺留任。原因是他与宋美龄关系好，后者保了他一把。
大陆渔民被害事件接二连三，两岸交往的正规管道呼之欲出
1988年1月13日，蒋经国逝世，李登辉接班，也接过了台湾当局的大陆政策接力棒。
1990年7月22日，位于福建省平潭岛东部海边的平潭县澳前镇光裕村渔民，在海滩上发现了一艘搁浅的“闽平渔5540”号渔船，但船上没有动静。
于是，他们登上该船，发现舱面空无一人。仔细搜寻，看见这条船的船舱的舱盖被钉上大号铁钉封死。渔民们感觉不妙，于是随即找来工具拔出钉子，打开舱盖向舱里探望，一幅惨不忍睹的景象映入眼帘：里面躺着25具尸体，另有一人还活着，但已经气若游丝、奄奄一息，从仪表看，这些人全是大陆渔民。
这名唯一的幸存者名叫杨秀雄。据他说，同船的他的哥哥杨秀武、大舅子嫂子的哥哥杨德、小姨子的妹妹陈国善全死了。
事情的原委是这样的：
7月21日凌晨，他们80余人被作为“偷渡客”，由台军海岸巡防部队从位于台湾东部宜兰的集中看管地——“大陆地区人民处理中心”遣返大陆。
押送到一处海边后，他们的双眼被眼罩蒙着，双手用胶带绑着，被带上一艘被扣的大陆渔船。上船后，一名台军开始点名，点到名字后，就被送入船舱。下舱后，眼罩才可以拿掉，但手上的胶带不能拆。这80多个人被装进四个大小不同的船舱，每个船舱20人左右。
被遣返人员进舱后，台军人员盖上舱盖，用大约7寸长的大号铁钉将舱盖钉上。七月的天气又闷又热，由于人多拥挤，船舱里面更如蒸笼一般，令人难以忍受。可怜的渔民不停地喊不要将舱盖钉死，但冷酷的台军官兵一点也不理会。船舱留下的缝隙很小，虽有一些空气，但由于人太多，呼吸十分困难。
船开了两三个小时后，舱里的人越来越难受，有人开始哭闹，有人大喊大叫，要船员把船舱打开，还是没人理，大家就用力推舱盖，但钉得太牢，也推不开。有些人便把手表或金戒指拿出来，从空隙中让船员看，以此哀求他们打开舱盖，但他们一点也没有反应。
大约七八个小时后，舱里的人逐渐开始出现昏迷、死亡的情况。臭味渐渐在船舱内散开，大家更感恐惧、紧张。船内变得愈来愈热、愈臭，大家饥渴难忍。渔民向船上大叫，“有人死了，赶快放我们！”但是，船员不但不开舱救人，反而坐在船舱上压着，冷酷到了极点！任凭舱里的人哀求：“你们不要怕我们会抢船，如果怕我们出去后抢船，先把我们的手绑着再放我们出去。”“不要绑了，把我们的手砍断吧！这样你们可以放心了吧！”“让我们在舱内这么痛苦的死，不如把我们拉出舱外打死，让我们死得痛快一些。”这些人仍然无动于衷，甚至还拿船员的生命开心。舱里的人求他们给水，就是海水也可以，他们不但不给，还有人假装从水管倒水进来，大家争着抢水喝，发现倒进来的竟然是柴油。
死人越来越多，活人越来越难受。为了生存，有的人把衣服脱掉，吸船舱内洞里渗的一点水喝；有人擦别人的汗水来吸。
到7月22日上午，船驶到平潭岛光裕村附近海面搁浅。
平潭县渔限村遇难渔民杨大鉴的父亲杨乃成悲愤地说：台湾当局应该负部分责任，因为台湾方面把遣返船交给狠心的船员负责，又提供太多的铁钉，把船钉死，造成集体死亡惨案。
在台湾海巡人员眼里，大陆同胞还不如畜牲！
“闽平渔5540号”事件尚未落幕，22天后，同样的悲剧再次上演。大陆“闽平渔5202”号渔船被押送的台湾军舰撞沉，导致21名被遣返的大陆偷渡客溺水死亡！
1990年8月13日，“闽平渔5202号”在驶往福建方向途中，与押送该船的台湾军舰相撞。“闽平渔5202号”是木质的，台军军舰是钢铁的，结果可想而知。“闽平渔5202号”瞬间断成两截，50名被遣返人员落入大海。后29人被救起，其余21人遇难。
关于“闽平渔5540号”事故的原因，台海军第三军区司令吴子房于8月15日向“监察委员”提交了一份“机密”报告，报告称：
台海军总司令部于8月12日接获台湾警备总司令部通知，准备于8月13日执行“闽平渔5202号”渔船上载大陆偷渡客50人的遣返任务。随即派舷号为“834”的“文山”号舰执行。
“闽平渔5202号”于8月13日下午1点55分由海军“552”与“558”近岸侦巡艇两艘，自宜兰南方澳南堤护出发，于下午17点在三貂角外海与“834”舰会合。然后沿既定之航线护送遣返渔船过“海峡中线”驶向福建方向。
遣返渔船位于龟山岛以北海域时突然向后转向苏澳，经两艘近岸侦巡艇之追逐后，始返回原航向。
18点，“闽平渔5202号”渔船再度故意向东偏离航向，经“834”舰纠正后返回原航向。
19点，“闽平渔5202号”渔船突然关闭航行灯，期藉夜暗视界不良而脱离监控，经以心战喊话后始亮灯航行。
19点40分，转向300（T）时，“闽平渔5202号”又急速向东北指向澎佳屿航行，远离“834”舰达2500码。“834舰”乃令随伴之近岸侦巡艇予以拦截，始返抵指定地点。
21点30分，该渔船又未按规定依指示方向航行，企图拉开距离，利用夜岸脱离掌握。经过近岸侦巡艇再度驱赶后回到原指定地点。
碰撞经过：22点，遣返渔船突加速前驶，“834”舰亦增速保持并监控，使遣返渔船位于“834”舰之右舷。22点05分许遣返渔船突然向左航行，逼近“834”舰，期穿越834舰之舰首逃逸，834舰即采回避运动亦向左转向，同时以信号灯照射及多次广播警告，遣返渔船始恢复原航向，此时双方距离仅约200码。22点08分，遣返渔船突然又一大角度之左转，“834”舰除以信号灯照射及广播警告外，立即亦左转停车避让，不幸舰撞及遣返渔船之左舷船中部位，该老旧木壳渔船折断为二。“834”舰及尾随之近海巡舰随即展开救援工作，迄23点20分止，计救起大陆偷渡客29人。