到了“台海危机”时期，赵少康指出：新党反“台独”，也反对中共用武。中共就像一个恶邻居，当岛内惹上中共，并引起中共入侵时，新党没有理由幸灾乐祸，当然会一起对抗恶邻居又说，“我们最大的敌人是共产党，且新党也愿意和民进党做朋友”。王建煊也明确地表示：在遇到外侮时，不管政治主张是统一，还是“台独”，都应联手对抗外敌，中共若以“台独”为理由对台动武，新党会奋力一战。“中共是什么好东西，来了还有命可活吗”？又说：“我们不敌视大陆同胞，我们是敌视它的政权”。至此，新党公开表示要与中共为敌。当时台湾有人批评说，“台独”认定“反正我搞台独，你们（新党）还不是要陪我打仗”，吃定了新党。有人主张，新党应全力防止“台独”，不应和“台独”站在一起卷入战争。还有人责问：新党要保卫“中华民国”，一旦“台独”成功，“中华民国”不存在了，剩下的只有保卫“台独”。尽管新党一再表明自己是反“台独”的，但他们把反共先于反“台独”，其实就是保卫“台独”。
最近，新党对反共又有如下的表示：周阳山在《新党的理念基础》一文中指出：新党坚持“文化中国”与“民主统一”的理念，反共反“台独”，批判中共的爱国主义、李登辉的“独台”政策与民进党的“台独”主张。不受一国两制的羁绊，要形成新的“中华民主共同体”。坚持“宪政民主”与“自由多元”的原则，反对大陆的“共产专制”。反共成为新党的“理念基础”，表现出他们敌视祖国大陆的政治态度。
3.降低反“台独”声调。在组党宣言中，新党批评民进党“不顾国家安危地玩着台独的把戏”，反“台独”成为新党的一面大旗。不过，有人指出，新党反“台独”唯一理由是中共武力攻台。有人说，赵少康的逻辑是：“如果台独，中共就会攻打台湾，台湾打不过中共，因此台独会为台湾带来灾难”。有人问道，如果中共不会武力攻台，新党是否反对“台独”？还有人指出，新党反“台独”的出发点不是为了统一，而是为了扞卫“中华民国”的存在，实际上是扞卫“两个中国”，而“两个中国”则是李登辉的“独台”的核心和基础。
在淡化统一和强调反共的同时，新党反“台独”的声调也逐渐降低，在“统独摆一边”的主张下，统“独”的界限就模糊了，新党的活动与岛内其他政党没有多大差别。只是在选举时偶尔提及反“台独”的口号，以便吸引部分选票。有人指出，后李登辉时代即将来临，新党“保卫中华民国”的口号，已被纳入“台湾优先”的主流意识中。当然并非全党如此，有一部分人始终是坚持反对“台独”的，不过他们反对“台独”的主张与活动，已经很难引起其他成员的兴趣和参与了。
今年以来，新党负责人周阳山等一再表明：“两岸关系应以台湾的立场”，“新党应回应台湾优先及本土化感情”，认为“光讲清廉、制衡、反“台独”已难吸引选民的兴趣”。去年被新党开除的朱高正指出了新党面临的困境：“新党最大的危机是大目标模糊”。所谓大目标，指的是从前新党靠反“台独”获取选票，而现在反“台独”已经淡化了，甚至出现“一中两国”的主张，表明新党，至少是新党中的一部分人已经主张“先独后统”了。这样，他们的统派立场还能存在吗？
总之，新党的政策呈现了“淡化统一，淡化反台独，强化反共”的变化，其结果势必在国家认同问题上有所反映。
与国、民两党的趋同
新党在两岸关系上表面上主张“一个中国”，但要求采取“一国多席，在一个中国原则下，让台湾以中华民国名义在联合国中拥有一席”。后来主张“以小搏大”，以武力为后盾面对大陆。但有时还要表示自己和李登辉有所不同。例如，1995年9月，王建煊批评李登辉所说的“中华民国在台湾”实际上是“台独的包装”。但是在1996年底的“国发会”上，当时“最大的争议点都在国家认同，中国国民党与新党坚持‘一个中国’原则，民进党则认为两岸为两个主权独立国家”。结果新党与国民党都强调两岸关系应定位为“一个中国，两个政治实体”。新党特别说明“一个中国”是“中华民国”，并且表示“中共若坚持一个中国是中华人民共和国，则我方应坚持一个中国是中华民国”，仍然表现出对祖国大陆的敌对态度。不久以后，李登辉接见新党国代说，“我们所坚持的一个中国，就是中华民国”。国民党高层人士也说，只要新党不希望“中华民国”消失，两党不是没有合作空间。后来，在国民党负责人与新党负责人见面时，新党也表示：两党可在许多议题上合作，大原则不会改变。可见，对于新党的国家认同，国民党是可以接受的；两党在“大原则”上是可以合作的。接着，新党内部就出现了“两个不同的主权”的主张。
在上述一系列变化的基础上，原来坚持一个中国原则的新党中有部分人提出“新党大陆政策定位：‘一中两国’”的政治主张，就不足为奇了。一中两国主张一个中国，两个中国人国家，说是对外是两个主权独立的国家，对内则是两个主权平等的兄弟国。这个主张的要害在“一中”是虚的，“两国”才是它特别要突显的主张。对于这个主张，新党内部出现了不同的声音。同意者认为，这是代表新党的主流，“一中两国”提出者有新党“立院党团”和“国大党团”以及台北市议会党团的正副召集人，代表了多数人的意见。反对者指出，“一中两国”连新党的基本立场都丢了，和吴安家（国民党）的“两个中国”相同；“一中两国”是先“独”后统，替“台独”铺路，和陈水扁（民进党）一样。这样，新党还有必要存在下去吗？
有人认为，新党走回李登辉的“主流”路线，忘了自己姓统还是姓“独”；“一中两国”比民进党、建国党更“独”，它不仅主张台湾已是“主权独立国家”，而且“越俎代庖，帮中共也定了位”。所以，民进党的沈富雄说，新党这个主张“其实和我们是一样的”。有些民进党人为“一中两国”叫好，陈水扁、林浊水都特别给予肯定和赞扬。也有人认为这表明新党内部出现了“务实的新主流”。
在这个问题上，新党的一些骨干成员态度还比较一致，表示反对“一中两国”，坚持“一个中国”。赵少康说：“连美国目前也不会接受是两个国家的构想”；新党原先反“台独”，主张一个中国，在政治光谱的另一边，但在“一中两国”的主张下，却跳到国民党与民进党的中间，变得比国民党还要独。全委会召集人周阳山也表述了新党对于两岸政策的几项基本原则和立场：“一个中国，主权不容分割”。任何“两个中国、两个主权”的说法都是不合宜的。新党肯定“一个中国，两个政治实体”“一个中国，多元体制，一个主权，两岸共享”。新党不能接受两个主权的说法，因为它和新党坚持的“一个中国和中华民国宪法”的立场是相悖的。至于王建煊，他也表示“支持一个中国，扞卫中华民国”的立场永远不变，有不同意见可以像民进党那样进行辩论。
在克林顿访问中国，发表“三不”主张以后，新党提出“三阶段完成统一”的主张，即第一阶段，一而不统，两岸立即谈判，三年完成协商；第二阶段，统而不治，台人治台，透过经济文化力量逐鹿中原；第三阶段，复归于一，以台湾与大陆共同建立21世纪新中国为目标。似乎新党对统一提出了新的设想，但是，有人指出，新党所谓“鼓励台湾逐鹿中原，成为新中国的主人”，“在两岸拥有对等地位后，继续共创新中国”的想法，是“虚无缥缈”的。
显然，问题已经出现，新党内部在一个中国原则上已经产生分歧，是否会引起更大的路线之争还有待观察，姑且不论“一中两国”在新党内部是否已经居于主流地位（附带指出，在2月底的新党“国大党团”选举中，主张“一中两国”者取得了胜利），这毕竟是新党在国家认同上一个新动向，也是一个重大的变化。新党的定位已经模糊了，是“独”是统，谁能说得清？新党内部认为过去坚持的“一个中国主权”面临挑战，主张把“一个主权，两个实体”改变为“两个主权”的邦联、联邦或国协，主张“新党应往回走一点”的人，恐怕并非少数。新党在国家认同上与国民党、民进党趋同的严重态势，不能不引起人们的注视。
政治心理与国家认同
新党在国家认同上之所以发生巨大变化，人们有不同的解释。有的认为是由于受到外来的压力，如被扣上“中共同路人”“台奸”的帽子等等，迫使他们不得不改变政策；有的认为与“主流”趋同，是对台湾现实的务本务实的反映；有的认为新党的政策本来就是模糊的，以致政治性格过于善变。各种说法都有一定的根据，但要深入一步考察，则要从潜在的最深层、最复杂的社会意识政治心理进行剖析。
根据政治学的理论，政治文化一般由政治心理、政治思想两个层次构成，政治心理是其中的表层和感性部分，政治思想则是深层和理性部分。所谓政治心理，是社会成员在政治社会化过程中对社会政治关系以及由此而形成的政治行为、政治体系和政治现象等政治生活的各个方面的一种心理反应，表现为人们对政治生活某一特定方面的认知、情感、情绪、兴趣、愿望和信念等等，构成了人们的政治性格的基本特征。从政治心理的形成过程来看，一方面，在政治社会化过程中，政治行为的个体形成一定的气质、性格、意志品质和传统习惯等等；另一方面又不断地受到现实政治环境（包括各种政治关系、政治制度、政治文化、社会生产方式和生活方式）的“刺激”。政治心理是在这两方面的互动中形成的。
根据上述理论来考察新党，我们同意这样的观点：新党至今并未形成体系式的思想（理论），他们是以自己类似的政治心理来互相凝聚的。新党的成员和同情者多数人是在国民党长期教育下成长的，其主要骨干原来就是国民党员，只是由于在政治理念上与以李登辉为首的主流派有明显的冲突对李登辉联合民进党扫除国民党内的外省籍势力感到不满，而从国民党内分裂出来，另组新党，原来的意思就是新国民党。他们曾经以“正统的”国民党人自居，自认为是“扞卫中华民国”的顽强斗士。他们的政治心理与国民党有着极其深厚的关系。
从政治心理形成过程来说，他们长期受到反共教育，潜移默化，世代积淀，使他们的反共意识根深蒂固，他们以是否“扞卫中华民国”作为“自我”和“非我”的政治认同界限。在这种政治环境的长久作用下，“反共、扞卫中华民国”这一类“冷战和戒严时期的口号”成为他们共同的政治感情。加上受到现实政治环境的“刺激”，增强了他们的危机意识，于是“反李、反台独”也成为他们的共同的政治动机。由于新党缺乏政治思想和政治理论的指导，以上这些缺乏理性指导的政治心理便直接支配了新党的政治行为。在这种政治心理影响下，他们的国家认同是“一个中国，就是中华民国”，这也就是他们的政治归属感，并从而影响着他们的政治态度。
可是，“一个中国，就是中华民国”这种主观的国家认同，与客观的现实政治及国家定位有很大的距离。这种口号本身就有很大的模糊性，以至他们无法作出令自己信服的解说，使自己陷入重重矛盾之中。一旦受到外来的“刺激”，就从“一个中国”退到“一个中国，两个对等的政治实体”，这就与国民党完全相同了。而“两个对等的政治实体”中的一个，是世界公认的国家，那么另一个也只能是国家了；既要“扞卫中华民国”就必然要承认它的“独立主权”，于是“两个主权、两个中国”也就出现了。这样的发展看来是符合逻辑的。所以，“一中两国”的提出者之一的姚立明说道：“新党创党至今就是以‘一中两国’为其政策，只是没有明说”；“一中两国”是新党的党魂。当然不见得新党成员都同意这个说法，但它表明至少有一部分人就是这样理解的。
曲兆祥曾经批评“一个分治的中国”，他说：“我方一直不愿意正面承认‘一个中国’的原则”，而以“一个分治的中国”作为大陆政策的目标，那不等于是明白地承认我们是在搞“两个中国”，这是非常危险的政策。李炳南也曾批评《国统纲领》要求中共支持台湾在国际上之生存空间，他说：若中共允诺，则台湾与独立国家渐趋无异，未必将坚持统一，故中共不愿允许。可是，曲兆祥、李炳南不但未能说服李登辉和国民党，而且他们也未能说服自己，终于都走上主张“一中两国”的道路。这些事实说明，从“一个中国就是中华民国”很容易走向“一中两国、两个中国”，它们之间并没有什么不可逾越的障碍。
至于“淡化统一，淡化反台独，强化反共”，也是上述政治心理在政治环境发生变化的情况下，一种自然的调整。“扞卫中华民国”必然要反共，当被怀疑是“中共同路人”时，更是极力表白自己的反共立场，“扞卫中华民国”；而当“中华民国”无力统一时，必然把统一推向遥远的未来；当“扞卫中华民国”被认为是不认同台湾时，便也跟着高喊“台湾优先、爱台湾”，而淡化了“中国意识”和反“台独”的色彩。