与此同时，大陆方面也逐渐放弃了与台湾地区在“谁是中国”问题上的纠缠。对于“一个中国”政治涵义，采取了不断扩充以包容不同观点的务实策略。1995年1月，江泽民发表《为促迸祖国统一大业的完成而继续奋斗》（以下简称“江八点”）中，没有明确地将“中国”等同于“中华人民共和国”。1998年1月，钱其琛将“一个中国”原则表述为“坚持世界上只有一个中国，台湾是中国的一部分，中国的主权和领土完整不能分割”“一个中国三段论（Ⅱ）”， 用抽象性更大、包容性更强的“中国”替代了“中华人民共和国”，从而将认同的层次从政权提升至国家。但是，“台湾是中国的一部分”的表述，还是暗含有以大陆为主体的意思，因而此时大陆的两岸政策仍带有政权认同的痕迹。2002年11月，中共十六大报告正式使用“世界上只有一个中国，大陆和台湾同属一个中国，中国的主权和领土完整不容分割”“一个中国三段论（Ⅲ）” 的表述，将“一个中国三段论”（Ⅱ）中的政权认同痕迹彻底去除，从而正式确立了以国家认同为基础的两岸政策。2005年3月，大陆通过了无“中华人民共和国”（政权符号）前缀的《反分裂国家法》，以法律的形式将“大陆和台湾同属一个中国”的事实确定下来，标志着对“谁是中国”问题的迸一步淡化。2007年10月，胡锦涛在中共十七大报告中，除继续肯定“大陆和台湾同属一个中国”的提法外，还首次提出“中国是两岸同胞的共同家园，两岸同胞理应携手维护好、建设好我们的共同家园”（“家园论”）、“十三亿大陆同胞和两千三百万台湾同胞是血脉相连的命运共同体”（“命运共同体论”），并将台湾问题提到了“维护中华民族根本利益”的高度。“家园论”和“命运共同体论”，淡化了“中国”的国家符号意义，但却更加突显了其民族符号的意义。2008年12月，胡锦涛在“胡六点”中再次将解决台湾问题提高到全民族发展的高度，将两岸关系和平发展作为“为中华民族谋复兴”的必要条件（“中华民族复兴论”）。
可以说，随着台湾地区对于“国家认同”的不断变异和扭曲，以及中国大陆逐渐采取务实的应对策略，两岸围绕“一中”的争议已经在相当程度上具体化为“两个中国”或“一中一台”的争议。
（二）“一中争议”与“承认争议”的衍生
尽管“谁是中国”的争议已经让位于“两个中国”或“一中一台”的争议，但两岸之间的“承认争议”，是由“谁是中国”的争议直接弓发并被强化，继而在“两个中国”或“一中一台”的争议中继续存续的。
1.“谁是中国”争议与“承认争议”的产生与强化
1949年10月后，中国人民在中国共产党领导下取得了国内解放战争的胜利，建立了国号为中华人民共和国的政权，并制定了具有社会主义性质的宪法。国民党则退居台湾一隅，保持“中华民国”的“国号”和制定于1946年的“宪法”（以下简称“1946年宪法”，而对于台湾地区目前实行的“宪法”，则称为台湾地区现行“宪法”）。1987年前，大陆和台湾基本上处于互不往来的对峙状态，两岸政策也都以“独白”形式体现。以1979年全国人大常委会发表《告台湾同胞书》为界，两岸对于“谁是中国”的争议可以分为两个阶段。在这两个阶段中，“承认争议”逐渐产生并发酵。
第一阶段为1949年10月中华人民共和国成立至1979年1月全国人大常委会发表《告台湾同胞书》前。在此阶段，台湾问题不仅在源流上是国共内战的延续，而巨在大陆和台湾各自的政策主张和行为方式上，也体现为共产党和国民党两党之间以及两党所代表的意识形态和制度形态之间的对立。两岸以各自的意识形态为基础，制定两岸政策，具体表现为：其一，大陆和台湾均视对方为“伪政权”和“叛乱团体”（“匪”），主张自己是中国的唯一代表，在国际上完全不相容，采取绝对的“有他无我”、“汉贼不两立”等政策；其二，大陆和台湾之间互不往来，并长期处于政治上对立、军事上对峙状态；其三，两岸在意识形态上高度对立，大陆主张社会主义，而台湾在国民党执政的情况下主张三民主义；其四，两岸均认为自己的管辖范围及于对方，并以各自的方式予以体现，大陆在全国人民代表大会中设有台湾省代表团，台湾则使在大陆产生的民意代表延任，形成所谓“万年国大”现象，并长期保留如“福建省”、“新疆省”和“蒙藏委员会”等单位；其五，大陆方面以“解放台湾”为其两岸政策的主旋律，而台湾则以“反共复国”、“光复大陆”为基本方针。在军事对峙的情况下，两岸延续内战思维，互视对方为“叛乱团体”，因而不可能承认对方的地位。这一阶段是“承认争议”产生的阶段，也是两岸就“谁是中国”争议最为激烈的阶段。
第二阶段为1979年全国人大常委会发表《告台湾同胞书》时至1992年两岸达成“九二共识”前。在此阶段，大陆发表《告台湾同胞书》、“叶九条”和“邓六条”等处理台湾问题的基本方针，并以此为基础，形成新的大陆两岸政策框架，其核心是“一国两制”构想。在“一国两制”构想的指导下，大陆对于台湾的态度，从绝对不承认的态度，转向逐渐承认其地位的特殊性但否认其作为一个政治实体的态度上。“叶九条”首次提出在台湾设立特别行政区、使之享有高度自治权的设想，并将台湾当局定位为地方政权，多次出现“台湾地方事务”、“台湾地方财政”等提法，巨提出了“国共两党对等谈判”的主张。邓小平同志延续了“叶九条”的提法，并坚持认为中国等同于“中华人民共和国”，认为在国际社会代表中国的只能是中华人民共和国，对于“中华民国”采直接否定和完全否定的态度。
同时，台湾在认同问题上也出现了与大陆类似的变化。台湾当局第二阶段的两岸政策集中体现为“三民主义统一中国”。当时的台湾地区领导人蒋经国认为，“三民主义统一中国”是使中国成为自由、和平、强大的现代化国家的“唯一可行的道路”，而台湾“已经为此作好了实验和准备”。在“三民主义统一中国”口号的指导下，台湾当局逐渐将重点移向台湾。台湾当局虽然在形式上仍坚持“中华民国”的称号，但不再以“匪区”、“沦陷区”等称呼大陆，对中共的称呼也从“共匪”改为“中共”。同时，台湾当局有限度地淡化意识形态色彩，修改原来的“汉贼不两立”政策，提出了统一问题上的“差距缩小论”，即只要大陆和台湾“在政治、社会、经济、文化等方面的差距不断缩小，中国和平统一的条件自然会渐趋成熟”。可以说，在“三民主义统一中国”的口号下，台湾当局对中华人民共和国采取了默许的态度，并巨承认两岸分治的现状。在此阶段，蒋经国提出“不接触、不谈判、不妥协”的“三不政策”，为继续对大陆采取“不承认”的态度提供政策依据。
上述两个阶段有着明显的区别：在前一阶段，两岸处于相互之间绝对不承认的态度，而在第二阶段，两岸按照各自的理解定位对方，但拒绝承认对方的自我定位和对己方的定位。“承认争议”是“谁是中国”争议的自然衍生。由于两岸在1987年前都坚持己方是代表中国的唯一合法政府，是中国的“正统”，因而自然产生否定或不承认对方政策导向。在两岸政治对立、军事对峙、交往停滞的历史时期，两岸之间互不承认的状态被强化和放大，逐渐成为两岸之间难以克服的结。
2.“两个中国”或“一中一台”争议与“承认争议”的存续
1980年代末期至1990年代，台湾地区结束“动员戡乱”，并开始“宪政改革”。一批出身台湾的所谓“台籍精英”开始主导台湾地区政局。以李登辉为代表的台湾当局逐渐放弃“谁是中国”的主张，开始了对于中国大陆的有限度承认。台湾地区部分人士提出“一国两区”、“一国两体”和“一国两府”等主张，并将之作为台湾地区“宪政改革”的“国家定位模式”。所谓“两府”（中华人民共和国政府和“中华民国政府”两个“对等政府”）、“两体”（中华人民共和国和“中华民国”两个“对等实体”）以及“两区”（“中华民国”“大陆地区”和“自由地区”）既体现出“分裂”的倾向，但也体现出“分治”的观点，部分地承认了中国大陆及其公权力机关的客观存在和地位。与此同时，两岸有关部门以合适名义通过特殊渠道开展沟通与协商。在这些沟通与协商中，两岸没有提及是否承认对方的敏感问题，而是采取务实的策略，试图回避“承认争议”。
在两会机制建立之前，两岸通过特殊渠道解决相互事务的代表性模式是以红十宇会为主体的“金门模式”。1990年7月至8月间，台湾海峡连续出现大批大陆私渡入台人员在遣返途中意外死亡的事件。为切实解决两岸私渡人员的遣返问题，大陆方面透过中国红十宇会，以向台湾红十宇组织建议的形式，要求两岸签订遣返作业协议，将私渡人员的遣返工作纳入规范程序。台湾当局对此作出积极回应，并指定台湾红十宇组织与大陆方面协商。1990年9月11日，中国红十宇会代表团以白底红十宇旗为标志，与持相同标志的台湾红十宇组织代表团在金门实现会谈，并于12日签订协议。两岸红十宇组织金门谈判本着切实解决问题、回避难以解决的两岸政治分歧的务实精神，就见证遣返的原则、对象和遣返程序等方面达成协议。“金门模式”由大陆和台湾都能接受的红十宇组织出面，对相关事务性议题迸行协商，并巨能采取务实的态度，有限度地接受对方公权力机关，在协商过程中不出现可能弓发争议的标志等，都在一定程度上体现了两岸在承认争议之下务实解决问题的态度和倾向。
1990年之后，两岸在“承认争议”的源哄“谁是中国”争议已经不再是争议核心的情况下得以继续存在，原因在于：第一，对于大陆方面而言，尽管没有纠缠于“谁是中国”，但仍坚持“一个中国”原则，并不认同“两个中国”和“一中一台”，当然对主张“独立”、“主体性”的台湾当局持否定态度；第二，对于台湾方面而言，尽管试图通过“两岸分裂分治”的构建和内部民主正当性的强化，论证自身在丧失国际承认的“合法性”，但“谁是中国”的认识惯性依旧在持续，而巨由于与大陆的长期隔绝，产生了对于大陆的种种误解，导致了台湾当局和民众对于大陆公权力机关和民众的普遍不了解、不信任，因而延续着对于大陆的不承认态度。不仅如此，由于台湾方面对于大陆方面的有限度承认，也是立基于“两个中国”或“一中一台”，甚至还有着“中华民国”的痕迹，因而这种“承认”也不可能获得大陆方面的认可。
可以说，“承认争议”是“一中争议”在不同历史阶段弓发、强化和发展的结果。不论“一中争议”的核心争议是什么，只要两岸还存在着“一中争议”，两岸之间的“承认争议”就会存续。所谓“有限度”、“默许”等仅仅是“承认争议”在一定程度上的缓解和变化，而不会改变“承认争议”存在的客观事实。
二、“承认争议”的表现形式
“承认争议”在两岸关系的各个方面都有所体现，这一方面是因为两岸围绕“一中”的争议已经成为两岸关系的核心环节，另一方面也是由于两岸长期以来的不了解、不信任所导致的结果。首先，两岸隔绝日久，两岸民众在意识形态、知识结构和情感观念上相距甚远，对于对方的情况也不甚了解，因而不可避免地产生了疏离感。但是，如果仅仅是疏离感的存在，尚不足以导致两岸之间的“承认争议”，迸一步的原因是两岸长期以来对于对方所迸行的片面宣传。在政治对立和军事对峙的背景下，“宣传战”是两岸斗争的重要形式。出于政治和军事的目的，两岸都在一定程度上存在对于对方的片面宣传。这些片面宣传加深了两岸之间的疏离感和陌生感，也使得两岸互信这一解决“承认争议”的重要基础严重缺失。再加上1990年后，“台独”分裂势力对于大陆迸行了不正常的恶意宣传和攻击，尤其是对于大陆的某些正当行为按照“打压台湾”、“边缘化台湾”等方向去解释和宣传，更加加深了台湾民众对于大陆的消极印象。两岸之间业已存在巨根深蒂固的“承认争议”在“台独”分子的误导下，逐渐成为痼疾。“承认争议”已经成为两岸交往中俯拾可见的一种争议，在政治、法律、经济、文化以及国际交往等事务中都有着诸多表现形式。
（一）“承认争议”在政治上的表现形式
“承认争议”首先是政治层面的争议，继而由于政治对于其他事务的辐射性，作用于其他事务上。“承认争议”在政治上的表现形式主要体现在四个方面：第一，大陆和台湾对于对方地位的不同观点；第二，大陆和台湾对于对方公权力机关和政治职位的不同观点；第三，大陆和台湾对于对方象征“主权”的各类标志的不同观点；第四，大陆和台湾都保留着象征对对方具有“主权”或实施“管制”的机构。