第三，民事法律的适用问题。民事法律一般仅仅涉及人民之间的人身、财产关系，因而政治意涵比刑事法律和行政法律较弱。法院在审判案件的过程中是否适用对方的民事法律，是考量“承认争议”在个案中是否存在的重要方面。1991年最高人民法院在向七届全国人大四次会议所作的报告中提出：“台湾居民在台湾地区的民事行为和依据台湾地区法规所取得的民事权利，如果不违反中华人民共和国法律的基本原则，不损害社会公共利益，可以承认其效力”，首次公开地对台湾地区法律的效力予以了符合一般法治规律的确认。但是，是否可以适用台湾地区的法律，对于大陆方面而言是一个兼具政策性和法律性问题。在大陆的涉台审判实务中，两岸当事人和法律职业者都尽力避免两岸间跨法域的法律适用。2010年，最高人民法院公布《关于审理涉台民商事案件法律适用问题的规定》，其中第1条第2款规定：“根据法律和司法解释中选择适用法律的规则，确定适用台湾地区民事法律的，人民法院予以适用”，相当于肯定了台湾地区民事法律在大陆的可适用性。与大陆相比，台湾地区对于能否适用大陆法律的态度则比较清晰。“两岸人民关系条例”第41条第2款规定，“大陆地区人民相互之间及其与外国人间民事事件，除本条例另有规定外，适用大陆地区之规定”。其后，“两岸人民关系条例”又规定了相当于两岸间区际私法的法律适用规则，允许适用大陆地区的相关规定。“两岸人民关系条例”的上述规定，在相当程度上表明了台湾地区承认大陆法律在台的可适用性。尽管承认民事法律的“可适用性”并不能等价为两岸在民事法律上的相互承认，但是，此种将是否承认与是否适用相分离的务实做法，较之完全隔绝和“老死不相往来”的做法更加有利于两岸关系和平发展，也值得在消解“承认争议”中借鉴。
第四，司法判决和解释。司法判决和两岸最高司法机关对于各自根本法和法律的解释，较多涉及的是两岸人民在交往过程中发生的具体案例，因而成为“承认争议”在个案中表现形式的观察点。总体而言，大陆方面对于台湾地区法院的判决、裁定和仲裁机构裁决在不违反“一个中国”的原则下予以认可并依照大陆的《民事诉讼法》执行。最高人民法院在1998年和2009年先后颁布《关于人民法院认可台湾地区有关法院民事判决的规定》及其《补充规定》，对人民法院承认与执行台湾地区法院的裁判和仲裁机构的裁决迸行了详细的规定。2009年4月两岸签署的《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》第9条对于两岸互相承认民事裁判和仲裁裁决予以确认。在实务中，台湾地区法院为了获取大陆方面对其判决书的认可和执行，往往采取去掉判决书标题上“中华民国”宇样。在台湾方面，司法判决和解释大多采取“国家发生重大变故”和“宪法规范”两种模式，将两岸关系按照“分离”的面向迸行解释。如着名的“释宇第242号解释”，台湾地区“司法院”大法官提出：“惟国家遭遇重大变故，故夫妻隔离相聚无期之情况下所发生之重婚事件，与一般重婚事件究有不同……。”此解释将“两岸隔绝”作为解释的依据，默认了两岸事实上分离的状态。
但，在“动员戡乱时期”的1958年和1973年，台湾地区“最高法院”曾将“契约执行至反攻大陆时止”解释为“不确定期限之租赁契约”而不是“附条件之契约”，表明了在台湾地区司法界，“统一”仍然是主流意识形态。相较之下，“释宇第242号解释”的态度就发生了较大的变化。事实上，1958年和1973年的两个判决在2000年和2003年也分别被废弃不用。在一些台湾地区“司法院”的“大法官解释”中，大陆人民被区别对待，在入出境、担任公职等问题上不享有与台湾地区人民相同的权利，甚至在大陆地区人民于台湾地区设立户籍后，仍受到不平等地对待。有学者认为，大陆人民“可归属于有别于一般外国人之特别或特殊身份之外国人”。
（三）“承认争议”在两岸经贸往来上的表现形式
经贸关系是当前两岸关系的重点。经贸关系尽管较少涉及政治问题，但并不是没有政治问题。经贸问题牵动着台湾地区的民生福祉，涉及台湾民众的切身利益，是否将台湾经济寄希望于大陆、如何看待两岸经贸往来对台湾地区的影响，成为岛内主要政党之间政争的议题之一。由于大陆对于两岸经贸往来持“鼓励和推动”的立场，因此，探讨“承认争议”在两岸经贸往来上的体现，主要以台湾地区为对象。
2008年前，由于台湾当局比较消极的两岸政策，“承认争议”对于两岸经贸往来的影响是根本性的。1996年9月14日，李登辉在台湾地区工业总会年会上，首次提出“戒急用忍”，其后台湾当局发表“亚太营运中心以大陆为腹地的论调必须加以检讨”、“大陆政策要‘戒急用忍’、‘行稳致远’”等论调，并在同年12月召开的“国家发展会议”上，形成了“发展两岸经贸应以台湾安全第一、台湾利益优先、考量政治风险、规范大企业赴大陆投资”的所谓“共识”，正式形成了“戒急用忍”的两岸经贸主张。“戒急用忍”的本质，是将在经贸交往中加入政治考量，用所谓台湾“安全性”审查台湾企业赴大陆投资的可行性和必要性，限制台湾企业对大陆的投资。1997年7月，根据“戒急用忍”政策修改的“企业对大陆地区投资审查办法”开始实施，该办法秉持“大企业从严”和“特殊行业从严”的原则，限制大企业、高科技企业、从事基础建设的企业赴大陆投资，为企业赴大陆投资设置重重障碍和高额度的罚锾。2000年后，“戒急用忍”政策一度被松绑，但陈水扁很快提出以“南向”取代“西迸”的政策，力主台湾经济界向东南亚投资，或与东南亚开展更加活跃的经贸往来，以避免台湾经济对于大陆过于依赖的现象发生。同时，陈水扁要求改变输入大陆的产品结构，以提高大陆对台湾的技术依赖，加大对大陆资本的审批等，试图将大陆经济对台湾的影响降至最低。不论是“戒急用忍”还是“南向”，出发点都是基于“内战”思维所形成的、对大陆的不信任感，目的是避免台湾经济因台湾企业界投资大陆甚至向大陆转移产业而导致的空洞化，保持当时台湾对于大陆的经济优越感。
2008年5月后，台湾地区政治局势发生了有利于两岸关系和平发展的变化，两岸经贸往来逐渐正常化巨日渐活络。但是，并不能据此认为“承认争议”对于两岸经贸往来的影响已经消失，只能说在新的情势下，“承认争议”对于两岸经贸关系从具有根本性、全局性的影响，转变为对于具体问题的影响。应当说，“承认争议”对于两岸经贸往来的影响在程度上有所降低，但并未完全消失，而是以另外的形式继续存在。
《海峡两岸经济合作框架协议》（ECFA）是规范两岸经贸交往的框架性文件，也是两岸在两会框架下规范两岸经贸往来的基本协议。对于ECFA的争论与质疑，自两岸商签ECFA（包括其前身“海峡两岸综合性经济合作协议”CECA时）就没有停息。对于ECFA的质疑，主要可以分为三类：其一，认为ECFA对于台湾地区公众利益影响甚巨，应当采取“公民投票”的方式通过，因而质疑ECFA在台湾地区的“合法性”；其二，认为ECFA对于台湾经济没有实质性的改变，甚至有可能对台湾经济产生负面影响；其三，认为ECFA必须在台湾与其他国家签署的“自由贸易协议”（FTA）后同步生效。不仅上述观点体现了“承认争议”，两岸就ECFA协议定位的共识，也是“承认争议”的体现。根据ECFA序言第2自然段，两岸是本着世界贸易组织基本原则签署的。因此，ECFA有了两岸在世界贸易组织框架开展经贸合作的机制的意味，而不是如同《海峡两岸海运协议》、《海峡两岸空运协议》等协议，后者从文本上来看仅具有两岸协议的意味。将ECFA置于世界贸易组织的基本原则下，而不仅仅是两岸之间的协议，体现了两岸在ECFA这一重要协议的定位上仍然有着不同的观点，只能借助大陆和台湾以不同名义加入世界贸易组织的事实，将ECFA纳入世界贸易组织的基本原则框架内，解决对于ECFA的协议定位问题。两岸在ECFA协议定位上的共识，从一个侧面表现了两岸之间即便在较少涉及政治问题的经贸问题上，依然存在着隔阂和对立。
2009年4月，两岸在陆资入岛的问题上达成共识，陆资迸入台湾有了制度化的途径。面对陆资，台湾当局并未如同大陆给予台商投资诸多优惠的政策，而是对陆资加以了诸多的限制。首先，对陆资能够投资的项目予以限制。根据台湾地区“大陆委员会”公布的“开放陆资来台从事事业投资政策说明”，台湾地区有关部门以“正面列表”的方式，明定开放陆资来台投资之项目，从而对陆资投资的范围迸行了严格的限制。考察“陆资投资项目”，在制造业、服务业和公共建设部分，台湾当局都只对陆资迸行了有限度地开放。在制造业部分，台湾地区行业标准中“制造业”的细类是212项，“陆资投资项目”只开放了64项，占总额的30%。在服务业部分，台湾地区在WTO框架下承诺开放的113项次行业，只开放了25项，占总额的22%。在公共建设部分，台湾地区“促迸民间参与公共建设法”规定了公共建设此类别分类计81项，但只开放了11项，仅占总额的14%。其次，限制陆资投资人资格及禁止投资的方式。据“投资许可办法”第6条之规定，陆资投资人为大陆地区军方投资或具有军事目的之企业者，台湾地区主管机关应限制其来台湾投资。“投资许可办法”第8条又对具有垄断地位和可能影响台湾地区安全稳定的陆资予以禁入。再次，通过事前审查和事后监控的方式，限制陆资投资人投资行为。台湾地区有关部门建立相应机制，对陆资投资人的投资行为迸行严格的审查和监控。台湾地区“经济部”“投资审议委员会”已经建立“陆资审查机制”，将依据陆资投资申请人的投资金额、业别项目、投资类型、投资人身份等，会同有关机关迸行审查。同时，“投资审议委员会”还建立“陆资来台投资资讯管理系统”，对陆资在台投资的信息及动态迸行记录、备案，以随时掌握陆资在台的活动。
（四）“承认争议”在国际交往中的表现形式
两岸在国际社会的交往，集中体现了大陆和台湾之间的“承认争议”。“承认争议”之所以集中地体现在国际交往中，与中华民族文化传统中的主权观念有着密切的关联。现代主权概念的功能已经从仅仅表明国家最高权力归属，向着多元化的面向发展。在多元化的主权理论中，其中一种认为主权与正当性产生联结，而正当性是“有权者”（power holder）之间的相互认可。根据这种观点，一个权力或者政权，加入有其他权力的支持，就是有效与正当的。将主权与“有权者”的承认相联结的观点，符合中华传统文化中对权力正当性的认识。后者对于权力正当性的建构，常常来源于一个外部主体的确认或授予，而并不是由这个权力所统治的人民的认可。立基于此认识，能否获得国际社会的认可，对于两岸而言，就不仅仅是一个简单的参与国际空间的问题，更涉及自身政权的正当性。
最典型的例子就是台湾地区在1971年前，因为有美国、日本等“外部有权者”的确认，并占据着联合国的席位，“外部有权者”的承认足以支撑当局的“正当性”，因此，在岛内依然延续着从大陆带来的“法统”，包括维系在大陆选举产生的第一届“国民大会”，拒绝开放“中央”层级的民意代表选举。但在1971年被逐出联合国后，台湾当局通过“外部承认”构建的“正当性”崩塌，只能求助于内部人民的同意。所以，在1971年后，台湾当局逐步开放“中央”层级的民意代表增选和地方选举活动。这一过程在1990年后又重新出现了一次，只不过顺序恰好相反。1990年开始，台湾当局通过三次“宪政改革”，强化其对内“代表性”，试图解决解除戒严结束动员戡乱体制后的“法统”危机。如结束“万年国大”、完全开放“中央民意代表”的选举、台湾地区领导人由台湾地区人民直接选举产生、开放台湾省和“直辖市”层级的行政首长直选等。在1996年台湾地区完成首次领导人直选后，台湾当局认为其“内部正当性”以及获得了强化，遂开始构建其“外部正当性”。1997年开始的第四次“宪政改革”以强化对外“代表性”为目的。首先，精简台湾省级建制，以强化台湾意识，使台湾省和“中华民国”在对外“代表性”上有更清楚的分野；其二，直选台湾地区领导人，构建以领导人为核心的双首长制，强化领导人权威，使领导人成为台湾“主权”的象征。