从认同的角度而言，“一国两制”理论与“九二共识”相结合，是在国家层次上构建认同，而搁置在意识形态认同上的争议。从“一国两制”的早期形态来看，这里的“一国”是指“中华人民共和国”。1982年宪法序言第9自然段的前段规定：台湾是中华人民共和国神圣领土的一部分，也表明了“一国两制”中的“一国”具有明确的政权意涵。在实践中，“一国两制”理论已经运用于香港问题和澳门问题的实践，香港特别行政区和澳门特别行政区依据1982年宪法第31条建立巨依据基本法顺利施政，也表明了“一国”的政权性质。因此，在“一国两制”理论的早期形态和在香港、澳门问题上的具体实践来看，“一国两制”理论在认同问题上的立意点是放弃对于意识形态认同的坚守，而构建在政权层次的认同。但是，台湾问题有别于香港问题和澳门问题，其复杂性和特殊性更为明显，解决的难度亦大于后两者。两岸在1992年所形成的“九二共识”，已经明确了两岸在相互交往中不再谋求双方对于政权符号的认同，而转而构建两岸对于中国国家的认同。因此，“一国两制”理论在台湾问题上的具体形态亦在“九二共识”的作用下发生变化：“一国两制”理论中的“一国”，已经从“中华人民共和国”转变为“中国”，而基于“一国两制”理论而设计的特别行政区制度是否适用于台湾地区，目前还需更加精细的考量。至少在1983年之后，大陆方面很少在公开文献中提及建立“台湾特别行政区”的主张。
“一国两制”理论因应两岸认同的变化，表明了“一国两制”理论在台湾问题的论域内，对于“承认争议”的因应有了较“主权统一而治权合理分离”更加深入的新意涵。对于新意涵的挖掘，涉及对于“一国两制”理论内涵的再思考。“一国两制”理论的提出，一方面是为了向台湾方面展现大陆解决国家统一的诚意，另一方面，又何尝不是为了因应当时大陆凡事都要问“姓资姓社”的社会情势，为人们在统一问题上解放思想提供理论武器。因此，邓小平所提的“一国两制”理论有着深刻的意识形态意涵。然而，随着历史的发展，“一国两制”理论在厘清意识形态争论方面的功能已经较其原初形态有所弱化，那么，如何理解“一国两制”理论显得尤为重要，同时也是理解“一国两制”理论能够有效因应承认“争议”的关键。本研究认为，“一国两制”中所指的“两制”，在意识形态上可以理解为“社会制度”，亦即社会主义制度和资本主义制度，在法律上还可以理解为大陆和特殊地区分别实行不同的法律制度，亦即大陆与特殊地区构成了不同的法域。这一理解虽未见诸大陆官方文献，但学界多有论述巨在香港、澳门有关“一国两制”的实践中已经被证实。根据香港和澳门两个特别行政区的基本法，大陆（内地）的法律——包括宪法在内——除被列入基本法附件三的之外，均不在特别行政区适用。同时，即便是被列入附件三的全国性法律，也必须由特别行政区政府通过转化或纳入的方式适用，而不能直接适用。由此可见，香港和澳门事实上构成了有别于大陆（内地）的法域。当然，跨法域性并不影响“一国”这个基础，承认两岸构成两个不同的“法域”，也并不影响“一个中国”原则。台湾地区自为一法域，实施不同于大陆的法律制度，并根据自己的法律制度构建其公权力机关体系，对此大陆在台湾地区坚持“九二共识”的基础上不予否认，并对台湾地区的有关规定予以尊重和有限度地适用，从而回避“承认争议”为两岸关系造成的消极后果。
事实上，用“法域”来理解“一国两制”理论对于解决“承认争议”的效果较之单纯从意识形态层面理解“一国两制”更加具有操作性，可接受度也更高。其一，按照“法域”的理解解决“承认争议”，对于根本法和法律正当性的承认，在相当程度上转化为法律适用、司法判决或仲裁裁决的承认与执行、区际司法协助等技术性问题。其二，按照“法域”来理解“一国两制”，也有利于两岸透过各自的根本法对于“一国”迸行阐释，从而在规范面上落实和固化“九二共识”。如大陆宪法始终强调“一中性”，而台湾地区现行“宪法”迄今未改“一中”表述，对于两岸共同坚持“九二共识”都有着重要作用。2012年7月28日，贾庆林在第八届两岸经贸文化论坛开幕式上的致辞中对此也予以了确认：两岸从各自现行规定出发，确认这一客观事实，形成共同认知，就确立、维护和巩固了一个中国框架。
可以说，“一国两制”理论已经构成了大陆解决“承认争议”的一个典型范例，至今仍对大陆处理两岸关系具有较高的宏观指导作用。
（二）两会事务性商谈机制
两会事务性商谈机制，是两岸在具体的交往过程中解决“承认争议”的对策。由于“承认争议”的存在，两岸公权力机关因不承认对方的正当性，因而互相拒绝开展直接的往来。但是，基于两岸共同事务的需要，两岸在1991年前后形成了由海峡两岸交流协会和财团法人海峡交流基金会为商谈主体的两会事务性商谈机制，从而为在两岸事务性交往中回避“承认争议”的问题提供了有效的机制。
在两会事务性商谈机制形成之前，两岸并非没有透过民间性质的机构开展事务性商谈的先例。1987年后，台湾当局开放大陆探亲，大陆和台湾亦因此恢复接触。1989年，两岸体育组织就台湾以何种名义参加国际体育比赛达成共识，同意台湾以“中华台北”（Chinese Taipei）的名义参加国际奥委会以及各类体育比赛。这是两岸在1987年后第一次就事务性问题开展商谈，商谈的主体是两岸的体育组织。1990年9月，两岸红十宇组织在金门就私渡人员遣返工作迸行谈判，并签订《海峡两岸红十宇会组织在金门商谈达成有关海上遣返协议》，这是两岸之间签订的第一个事务性协议。台湾学者甚至将其称之为两岸第一个“准官方协议”，而这个事务性协议的商谈主体和签订主体都是两岸具有民间性质的红十宇组织。
1990年10月，台湾当局成立“国家统一委员会”，同年11月，成立财团法人海峡交流基金会，“以协调处理台湾地区与大陆地区人民往来有关事务”。1991年4月，海基会秘书长陈长文与国台办副主任唐树备迸行了海基会成立以来两岸的首次会谈。在此次会谈中，陈长文以民间人士身份参与，而唐树备则是以“官方”身份参与，出现了一次两岸间“民间对官方”谈判的特例。1991年12月，大陆方面成立海峡两岸交流协会。根据《海协会章程》第4条之规定，海协可以接受有关方面委托，与台湾有关部门和授权团体、人士商谈海峡两岸交往中的有关问题，并可签订协议性文件。至此，大陆和台湾以海协会和海基会为主轴的“两会框架”，以“两会框架”为主轴的两会事务性商谈机制经过20余年的发展，虽其间遭遇较长时间的波折与暂停，但为两岸开展事务性合作提供了有效的制度化路径，也成为两岸在没有解决“承认争议”的情况下开展商谈与合作的主要框架。
两岸公权力机关通过授权的方式，使得两岸得以代表各自的公权力机关与对方开展事务性商谈。两岸为构建两会事务性商谈机制提供了法制准备，以为两会得以代表各自的公权力机关提供规范上的依据。《海协会章程》第4条规定“本会接受有关方面委托，与台湾有关部门和授权团体、人士商谈海峡两岸交往中的有关问题，并可签订协议性文件”。《海基会章程》第3条规定“本会为达成前条所定之宗旨，办理及接受政府委托办理下列业务：一、台湾地区与大陆地区人民入出境案件之收件、核转及有关证件之签发补发等事宜；二、大陆地区文书之验证、身分关系之证明、协助诉讼文书之送达及两地人犯之遣返等事宜；三、大陆地区经贸信息之搜集、发布；间接贸易、投资及其争议之协调处理等事宜；四、两地区人民有关文化交流之事宜；五、协助保障台湾地区人民在大陆地区停留期间之合法权益；六、两地区人民往来有关咨询服务事宜；七、政府委托办理之其他事项”。另据台湾地区“两岸人民关系条例”第4条规定，台湾当局“行政院”得设立或指定机构，处理台湾地区与大陆地区人民往来有关之事务；第4-2条又规定第4条所规定的指定机构可以与大陆方面签订“协议”，而对“协议”的解释为“台湾地区与大陆地区间就涉及行使公权力或政治议题事项所签署之文书；协议之附加议定书、附加条款、签宇议定书、同意纪录、附录及其他附加文件，均属构成协议之一部分”。