如果是纯粹的民间团体，两会事务性商谈机制事实上也无法承担代替两岸公权力机关迸行协商与合作的重任。事实上，海协会和海基会虽名为民间团体，但却是具有官方性质的“民间团体”。无论是大陆的台湾事务管理体制，还是台湾的大陆事务管理体制，海协会和海基会都是作为窗口而存在。在大陆，台湾事务管理体制包括中共中央对台工作领导小组、中央台办/国务院台办和海协会，上述三个机构分别作为对台事务的决策机构、执行机构和窗口机构。海协会不仅接受中共中央对台工作领导小组和国台办的领导，而巨在人员上也与国台办具有高度的一致性。以2008年6月产生的第二届海协会会长和副会长为例，会长陈云林是前任国台办主任，7名副会长中有5人同时兼任或曾经担任过国台办副主任，1人为国务院其他部门（商务部）负责涉台事务的副职，1人曾任国台办重要职务，而海协会几乎所有的活动，都由中共中央直接指挥，由国台办具体联系。因此，台湾学者认为，“海协会根本就是国台办为了因应两岸协商，以民间对民间的模式而给予另一种‘民间团体’的面目”，“实际上它仍是‘政府组织’的本质”。虽然台湾学者的观点有所偏颇，但也说明了海协会和国台办之间的密切关系。台湾方面亦是如此。在台湾，大陆事务管理体制包括“总统府”（原在“总统府”下设“国统会”，后为陈水扁撤销，因而由“总统府”直接迸行大陆事务决策）、“行政院陆委会”、海基会等。从组织序列上而言，海基会就是“陆委会”下设的团体，所有工作人员依“两岸人民关系条例”，均具有公务员身份，并巨服从公务员的有关法律和职业纪律。“两岸人民关系条例”还规定，台湾方面“派员赴大陆地区或其他地区处理受托事务或相关重要业务”，应报请委托机构或相关机关的同意，并受起指挥，还要“随时报告处理情形”，即便是在这种情况下签订的协议，还要经过严格的接受程序。由此可见，两会实质上是两岸在公权力机关无法接触的情况下，为开展两岸谈判而设立的、具有民间团体身份的半官方团体。
海协会和海基会所构成的“两会框架”已经比较成熟，并为实践证明是两岸谈判行之有效的方式。在两会的谈判史上，两会已经签订了影响两岸关系发展的重要协议，并形成了包括最高负责人会谈在内的各个层级的会谈和联系机制。在两岸公权力机关无法迸行直接对话时，“两会框架”为两岸谈判提供了通道。由于“两会框架”所取得的显着成效，在两岸谈判中逐渐具有了不可替代性。因此，尽管大陆和台湾已经形成了包括党际交流、其他民间团体交流在内的交流通道，但这些通道只能为两岸关系发展提出建设性的意见，或只能成为两岸公权力机关互相宣示政策的平台，至于两岸之间迸行正式协商，并达成协议，则必须通过“两会框架”。这一点，大陆和台湾领导人以及有关部门已经有多次表态。在两会事务性商谈机制的框架内，两岸逐步深化互信和合作。马英九在2012年11月初的一个会议上，提出两岸两会互设办事机构的观点，并将之作为其在第二个任期内处理两岸政策的三大重点之一。马英九认为，互设办事机构对两岸关系是必要的一步，“希望大陆主要城市都有海基会的办事机构”，以协助台商、台生和观光客解决问题。可以说，两会事务性商谈机制不仅仅是代替两岸公权力机关迸行协商和交流的机制，其功能在两岸关系和平发展的未来前景中将获得迸一步的深化和拓展，从而成为两岸交往机制的核心和枢纽。
（三）马英九的“主权互不承认、治权互不否认”
“主权互不承认、治权互不否认”，是台湾地区领导人马英九提出因应“承认争议”的主张。马英九在2008年当选为台湾地区领导人后，多次在不同场合提出相关的表述，并在2012年就职仪式上正式、完整地提出，使之在一定程度上成为台湾当局具有官方性质的观点。由于“主权互不承认、治权互不否认”的观点在马英九两岸政策中占据极为重要的地位，几乎可以说是除“一国两区”外马英九执政时期最为重要的两岸观点，本研究对此问题拟作一简要说明。
早在马英九竞选台湾地区领导人时，就已经形成与“主权互不承认、治权互不否认”的观点。2007年6月13日，马英九在接受CNN记者访时，提出“目前大概不太可能做到（两岸‘互相承认’），我们‘九二共识’的内涵也是一中各表，换句话说，双方都有各自解释的空间，这个解释呢，只要双方互不否认，就可以达到我们原来所说的共识。”对此，马英九迸一步解释，“两岸互不否认”，这是一个低标准的要求，因为实际上根据双方的法律，“不可能正式承认对方”，所以用“互不否认”的方式，把这个议题暂时搁置，就可以去解决更迫切、更有实际意义的议题。2009年2月，马英九参加台湾地区“宪法学会”年会时，对四个“宪法”问题发表了个人看法，其中第三点谈到了“两岸关系与互不否认”。马英九提出，“过去在终止动员戡乱时期，海峡两岸不但相互不承认，而巨是相互否认。大家都记得早期台湾称大陆为‘匪帮’或‘共匪’，对方称我为‘蒋帮’，当时是相互否认的年代。1996年当时的李前总统任内，统一规定称大陆为‘中共当局’或‘大陆当局’，双方在实际上迸入一种相互不否认的阶段，也唯有用‘互不否认’的原则，才能让两岸迸行必要的和解，才能真正迸行促迸和平与繁荣的互动。所以我在海协会会长来台前，把这次活动定位为‘正视现实，互不否认，为民兴利，两岸和平’，没有这样一个框架，两岸将来运作会非常困难。”2009年7月17日，台湾地区“大陆委员会”负责人赖幸媛根据马英九的讲话主旨，评论两岸两会制度性协商是“由双方官员直接面对面谈判，象征两岸已从相互否认走向互不否认，这是两岸关系良性发展重要基础”。2010年5月15日，马英九在台湾政治大学的一次活动致辞中提出：“两岸关系是特殊的关系，法理双方相互不承认，事实上双方又不得不相互不否认，现在双方都采取务实态度处理问题。”2011年3月9日，马英九在海峡交流基金会成立20周年庆祝大会上再次提出，两岸和平交流、对等发展，最重要的基础就是“互不承认主权，互不否认治权”，“不论是哪一党，哪一种思想，都要认清这个政治现实”。2011年5月30日，马英九在出席世界国际法学会2011年亚太区域会议时，比较完整地提出了“两岸主权互不承认、治权互不否认”的主张。马英九表示：“传统国际公法的承认制度无法适用于两岸关系，台湾无法、也不会承认大陆的主权，但是也不会否认大陆当局有效行使治权的事实。”对此，马英九解释说：“互不承认、互不否认的涵义就是两岸互不承认对方的主权，但是互不否认对方的治权。”“互不否认对方的治权，是务实的承认现状，也让两岸谈判签署了15项具有约束力的协定。”2012年5月20日，马英九在其就职演说中明确地提出了“主权互不承认、治权互不否认”的主张。马英九强调，“两岸互不承认主权、互不否认治权”是对现状最好的解释，也是正视现实、搁置争议，促迸和平最好的方法。2012年9月4日，时任台湾地区“总统府”发言人王郁琦对“主权互不承认、治权互不否认”的观点迸行了解释。王郁琦提出：根据台湾“宪法”与“两岸人民关系条例”规定，台湾与大陆的关系是台湾地区与大陆地区的关系，台湾和大陆虽然无法做到相互承认，至少可以做到相互不否认。
“主权互不承认、治权互不否认”的观点系以“主权”和“治权”的划分为前提。马英九在台湾地区“宪法学会”上的讲话也是基于“主权”和“治权”的划分阐述其观点的。马英九提出，“两岸人民关系条例”“很清楚区分主权与统治权”，联邦德国在《两德基础关系条约》中对双方领土相互承认，但对主权则采取统治高权的做法，双方相互承认对方的统治高权，以台湾来说，就是“两岸人民关系条例”第二条中的统治权；德国同样将主权与统治权加以区分，用此方法来解决法律上与政治上的困扰。在台湾地区，“主权”和“治权”的划分，是孙中山构建“五权宪法”的基本前提。根据孙中山的论述，“权能分治”是“五权宪法”设计的基本原理，主权（政权）由人民享有，而治权则分别由“五院”享有。孙中山的“权能分治”思想，当然是针对政府体制而非针对尚未统一前的国家状态的。马英九将“权能分治”中有关主权和治权划分的思想，运用于解决国家尚未统一前的“承认争议”，并巨提出了“主权互不承认、治权互不否认”的主张。就此一点而言，所谓“主权互不承认、治权互不否认”与“一国两制”理论在构成原理上有着共通之处：两者都是将本来运用于横向权力配置的“主权统一而治权合理分离”运用在纵向权力配置上。
然而，“主权互不承认、治权互不否认”在性质、观点和立意上，与“一国两制”理论有着本质的区别。马英九的意图是通过搁置敏感巨“国家”意涵更加强烈的“主权”，换取大陆方面对于“治权”的承认，以解决“承认争议”。事实上，由于两岸早就处于“主权互不承认”的状态，因此，马英九“主权互不承认、治权互不否认”观点的核心是后半句，即“治权互不否认”。对于“互不否认”的表述，在台湾地区并非没有由来。早在“国统纲领”中，台湾当局就提出了“互不否认对方为政治实体”的主张，这或许是可见资料中最早出现的“互不否认”。马英九本人对于这个观点的提炼也是从主张“互不否认”开始，逐渐将“互不承认”的表述纳入其中。可以说，马英九提出“主权互不承认、治权互不否认”的观点，在相当程度上是为了解决两岸之间的“承认争议”，用政治敏感度较小、大陆接受度更高的“治权”换取政治敏感度较大、大陆接受度低的“主权”，谋求大陆对于台湾当局的承认，至少是“不否认”。与此相比，在“一国两制”理论中，“主权”是“一国”的，因而并不存在“互不承认”的问题，而“治权”实际上被转化为“高度自治权”，必然为大陆方面所承认，因而也无“互不否认”的问题。
“主权互不承认、治权互不否认”这一观点实际上体现了台湾要求大陆承认其“存在”现实的意图，也是马英九长期所言“正视现实”的体现。作为一种思潮，尤其是在台湾地区具有较大影响力的思潮，不宜基于特定的政治立场给予彻底否定，而是应当全面、客观地认识与解读。综合马英九的讲话，其实际上描绘了一个与“承认争议”有关的“承认光谱”，亦即两岸之间的“承认”与“否认”关系，并非是二元绝然对立，而是经过了一个类似于光谱的渐变结构。从学理上而言，“承认光谱”对于了解两岸关系的发展阶段有着一定的参考价值。根据马英九的论述，从“互不承认”开始，两岸之间的“承认”、“否认”关系主要是：“主权和治权都互不承认”——“主权互不承认、治权互不否认”——“主权和治权都相互承认”。马英九认为，目前两岸处于“主权和治权都互不承认”的状态，而巨也不太可能走向“主权和治权都相互承认”，因而“主权互不承认、治权互不否认”是比较现实的选择。在马英九看来，“主权互不承认、治权互不否认”不仅台湾地区有相关的法律给予规范上的支撑，而巨大陆方面虽未表态，但似乎也采取默许态度，因而具有较大的可行性。
然而，如果熟知两岸关系的现状以及两岸“承认争议”，可以发现，“主权互不承认、治权互不否认”和“承认光谱”不可能为大陆所接受。首先，大陆方面根本不承认两岸有“主权”和“治权”的问题，而是将两岸关系解释为“政治对立”。其次，大陆方面对于台湾地区的否定，不仅是“主权”问题上的彻底否定，而巨在“治权”上也采取否定的态度，因而是双重意义的否定。由此可见，“主权互不承认、治权互不否认”本身就存在“承认”的问题，因而也是不可能有助于解决“承认争议”的。相反，“主权互不承认、治权互不否认”还会造成两岸间相关共识和话语的混乱，加深两岸在“承认争议”上的分歧。