自治区的各行各业，纷纷兴办煤矿。1959年，新疆维吾尔自治区所属国营煤矿猛增至144处，全疆小煤窑达到了3600多处。1958~1960年，新疆维吾尔自治区所属国营煤矿工业投资1.3亿元，占新疆3年工业总投资的13.2%，资金均来自国家投资。1961年，全疆原煤产量达到402万吨，出现产大于销和煤炭积压的局面，新疆煤炭行业全员劳动生产率为2933元/人，比1957年减少2460元/人。电力工业：1958~1965年，国家在资金紧张的情况下，对新疆电力工业投资1.55亿元，建设了苇湖梁电厂、克拉玛依电厂、喀什三级水电站、红山嘴水电站、阿克苏胜利渠一级水电站。1965年，新疆共计新增发电装机容量13.45万千瓦。这一时期，新疆电力工业在建设过程中出现了边设计、边施工、边生产的情况，造成了浪费，而且由于工业战线过长，造成新疆电力工业负荷过重、发电装机和发电量不能满足需要、严重缺电的现象。
总之，1958~1960年，新疆工业完成投资98234万元。1960年，新疆实现工业总产值201658万元，比1957年增长4.24倍。其中，重工业产值达到132288万元，比1957年增长7.54倍。轻重工业的比例自1957年的1.7∶1逆转为1960年的1∶1.9。
（二）新疆工业经济建设的调整
中国的“大跃进”运动，造成了国民经济各部门的比例以及轻重工业比例关系的严重失调，使得人民的生活水平下降，企业经济效益下滑，财政困难，国民经济的进一步发展遇到了障碍。1961年初，为了摆脱困境，中国共产党八届九中全会决定，对整个国民经济实行“调整、巩固、充实、提高”的方针，即调整国民经济各部门之间的关系，把农业放在首位，适当缩短工业战线，安排好轻工业的生产，适当缩小基本建设规模，调整发展速度，摆脱经济困境。新疆地区根据中央的方针政策，对自治区的经济进行了调整。
1．压缩基本建设规模
1960年，“大跃进”运动对新疆工业发展所带来的消极后果已十分明显。
首先，追求高指标、高速度大办钢铁，发动夺钢战役，除了新建扩建一批钢铁厂外，还建设了100座小高炉；其次，强调重工业，发动各地大搞小煤矿、小铁矿、小高炉、小转炉、小铁路的“五小”运动，盲目发展一批“小、土、群”企业；再次，超越地方财力限制，任意扩大基本建设规模。这些都造成了新疆工业比例失调，许多建设项目由于资金、物资的短缺而中途下马。“新疆工业产品产量和产值大幅下降，国民收入中工业指数连续三年下降，1961年比1960年下降11%，1962年比1961年下降33.5%，1963年又比1962年下降9%”。工业基建规模的膨胀造成了新疆国民经济的困难，使许多地区生态环境被破坏；粮食供应紧张，发生了饥荒；财政收支不平衡。1960年，新疆地区财政赤字达3.2亿元，不仅严重影响了经济建设和工业的持续发展，也挫伤了职工的劳动积极性。
1961年，新疆维吾尔自治区政府根据中央的“调整、巩固、充实、提高”的方针，对国民经济计划进行了调整。调整的原则是“第一，缩短工业战线，大量精减职工，压缩城镇人口，减轻农业负担；第二，按照农轻重的次序，重点压缩重工业，尽可能加强轻工业，充实为农业、运输业服务的农机具、运输工具的维修和制造工业；第三，合理地利用劳动力、原材料和资金，优先照顾生产条件较好、产品质量较高、成本较低、劳动生产率较高的企业”。根据新疆维吾尔自治区经济调整原则，新疆国民经济进入全面的调整时期。
1961~1965年，新疆工业在调整中主要保留和加强了为新疆农业和交通运输服务的农机具、配件制造和修理企业，为市场和人民生活急需和原材料基本有保证的轻、手工业，为出口需要的有色、稀有金属和新型材料工业，以及一些对国民经济影响较大的重工业骨干企业；而压缩基本建设规模，主要是关闭和压缩重工业部门的基建规模，主要是产品大量积压，耗费人力、物力、运输力，亏损比较严重的钢铁企业，一些主要为钢铁、机械、水泥等服务的煤炭、电力企业，为基建服务的建材企业，少数产品质量低、销路不畅的化工企业。1962年，新疆地区共有369个工矿企业参与调整，其中保留了187个企业，合并了46个企业，关闭146个企业，改变生产方向的企业有4个，转归手工业的企业有2个。新疆工业企业职工人数由1961年的14.39万人精减为8.04万人，精减人数占职工总数的44.1%，每年可节约的工资总额为4450万元，减少商品粮1579万斤。其中，冶金、煤炭、机械、化工四个重工业部门调整的企业数占67.75%，精简人数占80.42%。
2．调整新疆轻重工业的比例
1961~1965年，新疆维吾尔自治区政府对轻重工业的投资比例做了调整。1961年，全疆基本建设投资额为3.86亿元，比1960年压缩63.6%，轻工业所占比重由1960年的7.7％提高到1961年的10.9%，重工业所占比重由6420世纪50年代以来新疆工业变迁研究1960年的32.4％下降到28%。1962年，轻工业投资建设了23个项目，总投资392万元，重工业投资建设29个项目，投资3508万元。1963~1965年，轻、重工业基本建设投资额分别为0.67亿元、2.93亿元，占同期基本建设投资总额的6.44%和28.11%。除了对重工业的投资比重下调外，新疆维吾尔自治区还根据为农业服务的原则，对机械工业的生产进行了调整。1962年7月21日，新疆维吾尔自治区人民委员会做出了《关于调整一批自治区机械工业企业的决定》，将机械工业企业由593个压缩到156个，职工从76000人精减到25371人。新疆机械工业主要压缩了通用设备、冶金设备、电机、变压器、电瓷和机床生产，保留农业机械和轴承等的生产，加强汽车修理和拖拉机维修企业的生产力量。1963~1965年，自治区政府投资21190万元，在昌吉、博尔塔拉、巴音郭楞、克孜勒苏、伊犁、哈密、阿克苏等地建立了规模不等的农机修造厂，主要生产碾米机、饲料粉碎机、打包机、犁耙等农牧机械，支援新疆各地的农业生产。
3．大力发展轻工业
由于“大跃进”运动后轻重工业比例严重失调，新疆市场供应紧张，因此，调整工业结构，大力发展与人民日常生活紧密相关的轻、手工业，成为经济工作的一个重要方面。
1962年，新疆维吾尔自治区党委和地方政府采取的主要措施是：“第一，采取奖励、计划收购、建立原料基地等措施，积极扩大轻工业所需的农业原料的来源；第二，采取废物利用、积极增产工业原料、综合利用等措施，扩大轻工业所需的非农业原料的来源；第三，加强对全区轻工业的集中统一领导，实行计划归口管理；第四，恢复和发展传统手工业的生产。”1963~1965年，新疆纺织工业将原有29家企业压缩为12家，其中针织行业由24家企业调整为7家，保留毛纺织企业2家、丝绸企业3家。新疆地方政府还针对“大跃进”运动以来新建棉纺织厂的薄弱环节进行填平补齐，三年共投资4379万元，填平补齐项目达300个。而且，这一时期随着全国纺织工业布局的调整，中央先后从天津、上海等地迁来一批小型纺织企业，增强了新疆纺织工业的技术实力。1965年，全疆共有棉纺20.24万锭、布机5942台、毛纺1.11万锭、缫丝5840绪，工业总产值达19182万元，是1962年的2.33倍，年均增长32.6%；纺织企业数共有25个，职工人数达到26340人，比1962年的16482人增长67%。
4．手工业的调整与发展
新疆的手工业经过社会主义改造，实现了合作化，形成了集体工业的经营形式（包括手工业合作工厂、手工业合作社组、城镇街道工厂），成为新疆二轻工业的主要组成部分。在“大跃进”中，由于受“左”的指导思想影响，新疆手工业合作社自上而下采取了行政措施实行合并、转产和所有制升级，245个集体工业社（组）转为地方国营企业。而且，新疆政府部门还组织手工企业自行上山开采矿产，解决原料的问题，结果造成许多小商品和民族特需品生产被挤掉，直接影响了二轻工业的发展。1962年，全疆二轻工业产值仅有4211万元，比1957年下降30%。
1963年，新疆维吾尔自治区政府制定并颁布了《关于新疆维吾尔自治区个体手工业者管理暂行办法》，指出社会主义经济领导下的个体手工业是社会主义经济的必要补充和助手，这对恢复和发展新疆的手工业生产起了很大作用。自治区政府对二轻工业的所有制形式和组织规模进行了调整，成立了手工业生产管理局，恢复和发展集体工业，增加民族特需用品和手工艺产品的生产。如：自治区政府先后投资数十万元，组织30多名艺匠建成英吉沙小刀厂，配备了全套的车、铣、刨、冲等机床设备，改变了传统的个体作坊手工操作的生产方式；1958年，6户乐器制作小组和6名修理工人组成的依提帕克乐器厂在乌鲁木齐市成立，工厂能生产冬不拉、热瓦普、手鼓等乐器，乐器最高年产量为3800件；1959年，新疆轻工业厅成立了乌鲁木齐工艺美术品厂，主要生产花帽、艾得来斯花绸，1965年该厂有工人51人、缝纫机20台，总产值达13.91万元；1961年，自治区手工业部门组织5名青年到北京玉雕厂学习玉雕技术，1964年北京玉雕厂选派7名技术人员来疆传艺，同年10月，在乌鲁木齐市成立了新疆玉雕厂，属集体企业，主要制作人物、鸟兽、花卉、瓶素（炉瓶、碗、杯、文具）等四大类产品。通过政府的扶持，1961~1966年，新疆手工业合作社组由145个增加到556个，产值由2618.3万元增加到4610万元，年均增长12%；二轻工业产值从1962年的4211万元增加到1965年的7019万元，年均增长速度为18.6%。
新疆工业经过大调整，纠正了“大跃进”运动所造成的失误，工业经济获得了较好的发展。新疆的轻工业发展较快，改变了“大跃进”以来落后于重工业生产的局面。1965年，经过经济调整工作，全疆实现工业总产值137711万元，轻工业、重工业产值在工业总产值的比重分别为53.57%、46.43％，改变了“大跃进”以来轻工业过轻、重工业过重的局面。
（三）“文化大革命”对新疆工业的影响
1．“文革”对新疆工业生产的破坏
1965年11月，新疆维吾尔自治区计划委员会编制了国民经济第三个五年计划。在该计划中，1970年新疆工业总产值预期达到21亿元，年均增长率到达12.8%。1966~1970年，新疆工业基本建设计划投资117197万元，新建、扩建一批工业项目，使新疆工业水平达到一个新的高度。但是，十年“文化大革命”使新疆的工业建设受到严重破坏，主要表现在：第一，政治运动不断，许多自治区领导受到冲击，无法开展正常的工作，使工业生产失去有效的领导；第二，许多生产工作制度被错误地批判，在极左的口号煽动下，大批工人脱离工作岗位，停工、停产，而且不少与当地少数民族群众生活有关的民族用品工业生产，如首饰、服装、玉石雕刻、刺绣等被称为“封、资、修”、“四旧”产品，被禁止生产，原乌鲁木齐二轻工业系统的100多个工厂只剩下16个。1970年，新疆手工业产值还不到7000万元，低于1965年的水平。1971年，新疆国民经济的第四个五年计划强调“以阶级斗争为纲”、“以战备为纲”，高速度、高指标，要求新疆建立完整的工业体系，结果出现了基建规模和重工业生产急剧膨胀、经济比例失调的局面。由于自治区工业的“三五”、“四五”计划是在“文革”这种不正常的政治环境下进行的，造成了许多工矿企业处于瘫痪和半瘫痪状态，工业生产严重下滑。如1970年，新疆地区工业总产值不到20亿元，“三五”计划时期，工业总产值年平均增长速度仅为6.58%，均低于计划目标。“四五”计划时期，工业总产值年平均增长率更下降到3.64%，是新疆解放以来发展速度最低的一个时期，个别年份工业总产值甚至出现负增长。
基建项目投产率“四五”计划时期只有16.4%，比三年调整时期的63.2%下降46.8%，施工企业人均全员生产率仅为1545元，比三年调整时期下降48.95%，也是1949年以来投资效果最差的时期。