就连深谙英美法诉讼方式的美国律师，也不得不对倪徵诉讼技巧的娴熟运用而暗自赞叹。如果他们知道这只是倪徵的第一次，那他们将更加羞愧了。面对板垣的连续不断的15个证人，倪徵兵来将挡，水来土掩，有理有节，沉着冷静，从容不迫，既不激烈，也不软弱。他的神情总是淡淡的，语调总是中性的。他并不热衷于激怒对手，以使他们在丧失理智、精神崩溃之后破绽百出，他追求的是一种平和中的机敏，理性中的睿智。
就这样，板垣的辩护律师和证人们虽然向法庭提供了大量文件作为证据，但在倪徵的一一反诘之下，不被法庭采信的，高达四分之三之多。
与老奸巨猾的土肥原相比，板垣这个九一八事变的元凶、伪满洲国的制造者、溥仪“执政”时期的高级顾问，更加张狂，但缺少头脑。他一直宣称要“与中国检察官大战三百回合”，因此他没有像土肥原那样放弃自辩权，而是准备了长达48页的书面证词。长篇证词的重点集中在：“满洲国”是根据“民意”成立的。
11月9日，是东京审判最精彩的一天。开始前，大家都很紧张，不仅是板垣，中方检察组人员，就连倪徵也很紧张。私下里，他对同事们说，如果失败，就没脸回去见江东父老了。这是最后一搏。
板垣谈到皇姑屯事件的导火索，是因为关东军与张作霖的东北军相比，明显处于一对二的劣势时所必须采取的自卫行动。倪徵抓住这个荒唐言论，质问：
“关东军在皇姑屯事件前，就已经制订了作战计划，这在你的证词里，是承认的。那么，就你本人而言，你是否同意这个作战计划？”
倪徵在法庭上诘问板垣征四郎
板垣并不直接回答，而是说：“我有必要向你说明一下，这个作战计划……”
倪徵打断他的话：“你只要回答我‘是’或‘不是’。”
板垣不甘心，继续辩解道：“如果你仔细地读一读我的口供书，就会明白。我在口供书的前面讲到了，尽管关东军向军部提出许多希望，但军部根本未予采纳。因此，关东军要根据现有的兵力以及各方面的情况制订计划。这是对口供书的正确解释。”
倪徵并不应对板垣的这番解释，他追问：“我不想听你的说明，我要问的是，这个作战计划，是报告给了军部并征得同意了吗？是那样的吗？”
迟疑了片刻，板垣不得不回答：“是那样的。”
对于板垣一再声称他是主张撤退在华军队的说辞，倪徵反诘道：“日本占领广州、汉口，是否在你任陆相后才完成的？”
“是。”板垣老实回答。
“那么，这是撤军，还是进军？”倪徵步步紧逼。
说“撤军”，明摆着是撒谎，说“进军”，又开不了口，板垣进退两难，只能选择沉默。
板垣的答辩词中还涉及到两件事。一是他自辩说，在日政府与德、意商讨《三国公约》《三国公约》：是德、意、日于1940年9月在柏林签订的盟约，其中规定日本承认德国与意大利在建立欧洲“新秩序”中的领导权；德国与意大利则承认日本在建立东亚“新秩序”中的领导权。三国共同保证，当缔约国同其他国家发生战争时，彼此以政治、经济、军事的一切手段互相支援。时，他本人是不主张扩大战事的；二是在苏边境的“张鼓峰事件”“张鼓峰事件”：张鼓峰是一个地名，位于中朝交界的图们江上游20余公里的东岸，是一个海拔约152米的军事高地。“张鼓峰事件”是指在抗日战争时期，1938年7—8月间，苏联与日本在此地的一次大规模武装冲突。最终，日本失败，苏联胜利。长期以来，有人一直认为该事件是由日本人挑起的。目前，有的史学家则分析认为实际上是苏联挑起的，目的是乘中日战争、日本无暇他顾之时，扩张领土，夺取中苏边境的战略要地。中，他是竭力设法就地解决的。对此，倪徵问：
“你是否曾经为此两事，受到日本天皇的谴责？”
板垣有些坐不住了。他怎么能够当众承认他曾受天皇谴责。在他看来，这是军人的天大耻辱。他一直都想掩盖它，却未料到被这个中国人揭了出来。他难堪，他愤怒。于是，他恼羞成怒地反过来质问倪徵：“你如何知道？”
“此时是我在向你进行反诘，不是你来问我。”倪徵的语气不容置疑，“即刻回答我的问题。”
逃避是不可能的了，板垣犹豫了很长时间，干脆就撒谎：“并无此事。”
原本安静的法庭顿时一片哗然，是事实还是谎言，大家都听出来了。倪徵自然不是平白无故这么说的，他有证据。日本元老西园寺原田的日记里，有明确记载。
对板垣的反诘，倪徵持续了整整3天。板垣48页的自辩词中涉及的所有事情，倪徵几乎一个也没有放过，件件盘问、反诘、驳斥。在与板垣的争锋相对中，倪徵的心里还始终惦记着另外一个人：土肥原贤二。早在他得悉板垣将亲自出庭自辩时，新的计划就在他的内心酝酿生成。这是他久久等待着的好机会。
虽然土肥原贤二坚信沉默是金，他是狡猾的、奸诈的，也的确给中方的反诘带来麻烦。但他只是维护了自己，未料到狂妄自大的板垣理解不了他的行为，也不接受他的做法，自以为有充足证据，可以为自己洗刷罪名、逃过惩罚。板垣的出场，让土肥原暗暗叫苦，他很清楚，有很多事情，他和板垣是被拴在一起的，一旦板垣的自辩有漏洞被抓住，那么他土肥原被牵连是必然的。
倪徵的计划也正是如此，他要利用板垣牵出土肥原，一箭双雕。他的目的是，使法庭的注意力不因土肥原不上证人台而游移。“这是artofquestion（答辩的艺术），在质问的时候，这是一种艺术。”他说。如果板垣也像土肥原一样沉默，或许真的拿他们没什么好办法。所以在倪徵的眼里，用上海话说，板垣真的是“杠休休”（缺心眼）。
利用板垣辩护阶段最后的总结陈词，倪徵对板垣和土肥原发起总攻。他在提到“吴唐合作”时，面对板垣，手却指着被告席上的土肥原，问：“你在陆相任内后期派往中国去拉拢吴唐合作的土肥原，是不是就是当年僭充沈阳市长、扶植傀儡溥仪称帝、勾结关东军、阴谋华北自治、煽动内蒙独立、到处唆使汉奸成立伪政权和维持会、显赫一时、无恶不作，而今却危坐在被告席右端第一排第一个的土肥原？”
在这句问话里，有些地方是可以被律师们反对的，比如说“显赫一时、无恶不作”。因为按照规则，控辩双方的盘问都不得带有结论性的、侮辱性的、诱导性的言辞。作为一个冷静而从不失理性的、有较深职业资历的法律专业工作者的倪徵，怎么可能犯这种低级的错误呢？——他是故意这么说的。其实，他所提的这个问题，并不一定要求板垣回答，他不过是在实践他的指东连西的答辩艺术，只是为了加深法庭对土肥原犯罪的印象。即便对方的律师站起来反对，他的话也已说过了，法庭上的所有人也都已经听到了，他的目的也就达到了。
板垣很尴尬，他不知道该不该正面回答。土肥原脸上的肌肉抽搐了一下后，由紧绷变得僵硬了。
对板垣征四郎个人辩护阶段的盘问和反诘，倪徵用了10天时间。他用这10天，彻底击垮了被告的辩护防线，创造了他个人法律生涯的辉煌。他的答辩的艺术不仅为中国检察组赢得诉讼的胜利，也作为法庭经典流传至今。
在等待判决的日子里，倪徵心情沉重，惴惴不安，尽管他的检控证据充分，他的口才无可挑剔，完全当得上精彩完美。但他知道，变革中的政治格局、法官们所代表的各不相同的民族文化和人格背景，以及法官们个人的世界观和人生态度，都有可能影响法眼的判断。这次的审判，并不单纯是法律的，更是复杂政治的。尽管他尽了全力，但他非常明白，有的时候，过程是可以忽略的，重要的是结果。特别是这次审判，结果如何，都不只是他个人的，也不只是中国检察组的，而是他们身后四万万同胞的。如果失败，也是中国人民的失败。这样的失败，他承担不起。
1948年11月4日，判决开始。共有7名被告被判处死刑，其中包括中国人民最为痛恨的土肥原贤二、板垣征四郎、松井石根、东条英机。
远东国际军事法庭判决书
想当初，在国际检察局最初确定的被告名单中，检察长季南是反对将土肥原贤二列入其中的，理由是证据不充分，但未获检察官会议同意。这样一个险些漏网的大鱼，不但站在了被告席上，而且经过倪徵等人的艰苦努力，最终被判处绞刑。倪徵难抑心头喜悦，他赢了！中国检察组赢了！中国人民赢了！
倪徵和向哲浚（左）庆祝胜利尽管这7名绞刑犯不服判决，先后向美国最高法院上诉，但迫于强大的社会压力，已经决定受理的美国最高法院不得不宣布不再审理。
1948年12月23日凌晨，在东京巢鸭监狱刑场，7名犯人被执行绞刑。中国驻日军事代表团团长商震应邀参加了监刑。被告们的尸体被焚烧后，骨灰撒于荒野。
至此，历时两年半，开庭818次的东京审判全部结束。
许多年以后，倪徵在回忆录里写道：这场战斗，对我来说，是一场殊死战，因为我受命于危难之际，当时已把自身的生死荣辱，决定于这场战斗的成败。事后追记，历历在目，既有酸辛苦楚，亦堪稍自告慰，有不可言喻之感慨。写到这里，已泪水盈眶，不能平静下来。据说，11名法官在进行判决前的讨论时，意见分歧很大。庭长卫勃主张，将所有的战犯，都流放到太平洋中的一个没有人烟的小岛上，就像当年拿破仑战败后被流放那样。有的法官认为，日本政府应当为战争承担全部责任，而不应当由战犯个人为政府的罪行承担责任，所以主张判他们无罪，全部释放。还有的法官以他们的国家已经取消了死刑为依据，不主张判处绞刑。
除了这11位法官外，一些法律学者也对审判和处罚战犯表示异议。倪徵在东吴法学院读书时兼任教务长的萨莱德，在审判结束后，曾在倪徵的面前抱怨：对战败者进行审判是“不道德的”。尽管倪徵对萨莱德在学术上的非凡成就很敬佩，但他对萨莱德的这种言论颇不以为然，甚至很愤怒。他与萨莱德激烈争辩：“发动侵略战争是对人类犯下的罪行，岂能不罚？”但是，萨莱德听不进去。倪徵分析说：“可能他认为根据武士道精神，打过之后，握手言和，不计个人恩怨。”然而，萨莱德却并不反对欧洲纽伦堡对德国**的审判，原因或许是因为他是犹太人。所以，有很多像萨莱德这样的人，虽然从事法律职业，理性却并不彻底，也做不到客观，甚或还有些自私。从这个角度说，11位法官意见不一致，也就不难理解了。
最终的投票结果悬殊很小：6比5，险胜！我们能够知道的是，中国法官梅汝璈投了处罚战犯的赞成票。至于哪5人投了反对票，出于法官们的保密原则和他们在开庭前的宣誓，将永远是个谜。