在上海地院时，倪徵只是个推事，并无行政职务，他只负责审案。在重庆地院，可就不那么单纯了。他上任之前，重庆地院为避日军轰炸，在附近的乡下设立了临时办公处。他上任时，虽然大部分已迁回城里，但最大且最为复杂的民事庭和大量的档案卷宗等仍然放在乡下。身为院长，倪徵不得不城里、乡下两头奔波。法院编制不断扩充，但原办公房屋被其他机关占去了一半，法院几无栖身之处，又无经费、土地可供扩建，各部门不得不挤缩在一起，条件艰苦，人员又时有怨言。这些都需要院长从中协调。
最让倪徵头疼，也最让他难以忍受的是人脉和人情。重庆是战时首都，高官权贵、富商巨贾集中于此。法院的许多案子，总是免不了被人情所干扰。比如，有一次，一位立法院的职员的儿子因车祸身亡。这原本是一件普通的交通肇事案。然而，该职员却拿着立法院院长的信找到法院，要求见倪徵院长，请求将肇事司机处以死刑，根本不把法律放在眼里。因为按照法律条文，司机只是驾车不慎，属过失而已，无论如何也不构成死刑。倪徵一再要求他通过律师，按照正常程序申诉，但他却仍然纠缠不清。对这样的人，这样的无理要求，倪徵只能不见、不理。
至于一些高官对某些案子指手画脚，或者明为提出建议，实为命令法院按照他们的希望进行判决的情况就更加数不胜数，也让倪徵疲于应付。时间的延续，也累积了别人对倪徵的正直的不满。但是，他又不是个喜欢阿谀奉承的人。他知道他的行为是会得罪人的，但他一贯的为人又不允许他违背自己的良心和处事原则。那段时间，他感觉心累。
与此同时，法院内部的人事纠纷等等，也需要他这个院长操心。比如，共住一处房屋的两家人家，为生活琐事争吵不休，也要闹到院长那里，逼着院长明断是非。再比如，从各地迁来重庆的亲朋好友，以及拐着弯儿找来的亲朋好友的亲朋好友，推荐的、自荐的，要求在法院谋个职位。院长办公室常常人满为患，令人烦不胜烦。
倪徵是个安静的人，也是个追求安静的人，他哪里受得了如此嘈杂、混乱又庸俗的生活环境。他是个内向的人，平常话不多，他又哪里受得了絮絮叨叨、口沫飞溅的生活状况。他是个研究者，不是个调解人；他是个学者，不是个杂工。而在他看来，所谓院长，不过是个事无巨细的杂工而已。他不能胜任，他只有辞职。
如果说就任重庆地院院长这段时间，有什么可以值得回味的话，倪徵一定会说，那就是他参与审判了取消领事裁判权之后的第一个涉外案件。原本像重庆地院这样的较大的法院，院长是不兼办案件的，但因为那个案子的特殊性，所以院长亲自出庭。除此，倪徵对重庆地院院长之职一无留恋。
辞职也花了一些功夫和时间，直到1944年秋，才终获批准。此时，倪徵在院长的位子上，已经“熬”了一年半多。
离开重庆地院，倪徵如愿回到位于歇马乡小湾的司法行政部任参事之职。“真是如释重负，越发感觉蜀乡风味有独特之处。”事后，倪徵这样说。置身于空气清新的山野之中，无论是在假日登山，还是夜宿山中小庙，无不让倪徵感到神清气爽，自觉犹如闲云野鹤，逍遥自在极了。
参事一职，主要负责法律咨询工作。就倪徵的背景，他被要求主管外事。这样的研究工作，又是涉外的，自然是很适合他的。
有过这次的当官经历，倪徵是无论如何也不愿再去进行第二次尝试了。
3．不肯去台湾
倪徵还有一个不愿意当官的理由，那就更不能说了，特别是在谢冠生的面前，那就是对国民党政府、国民党官员认识后的大失望。
就东京审判而言，如此涉及国家民族利益的大事，政府却淡然处之，起初以为“那不过是走走形式而已”，不予重视，只应盟军总部的要求，派梅汝璈去当法官，派向哲浚去当检察官，却什么准备也没有。当审判进入异常困难阶段，倪徵他们在国内艰苦地找寻证据，又准备北上东北时，政府却忙于与共产党作战，根本无暇顾及审判之事。
从东京回国，倪徵和向哲浚即去南京司法行政部，向谢冠生报告审判全部过程和最后结果。虽然国内媒体已经报道了审判结果，但按照程序，如此重大事件理应由负责人向哲浚作出一份详细的书面报告，并应同时向外交部提出报告。然而此时，辽沈战役已经结束，平津已被解放军包围，淮海战役已经打响，南京人心惶惶，政府没有心思去接受东京审判的报告。幸好司法行政部部长谢冠生还比较关心，外交部却早已无人负责此事了。书面报告，当然就免了，能够有谢冠生听听口头报告，已属难得了。
这些都令倪徵失望。当然，他的失望并非是因为政府对他们个人努力的漠视，更是由此而产生的对政府执政能力的怀疑。
有很长时间，倪徵都是在司法行政部这样的政府机关工作，而且还当过重庆地院院长，见惯了国民党官员中的贪官污吏。抗战胜利后，他虽然去英美考察，又去东京参加审判，一直未在国内，但也听说了“接收大员”的种种恶行。他们气焰嚣张，到处掠夺，被人们称为“五子登科”（即房子、车子、女子、金子、票子）。解放战争后期，政府发行金圆券，导致物价飞涨，民不聊生。
20世纪40年代后期的中华大地，一片混乱。官员们只顾忙着自己的出路，搬运自家的物资。倪徵从东京回国之前，曾用两大木箱装运了数以百计的法庭审判记录本、书状稿以及其他有关资料，分别寄往上海高等法院和南京司法行政部。然而，如此不可复制、不可再生的珍贵资料，却统统丢失，没有留下一页一纸。
失望，失望，大失望之下，倪徵怎么可能会去做官。他说他已应东吴之聘，也并非完全是借口，他的确很想回学校教书。相对而言，学校还算是一方净土，教师还是较为干净纯洁的职业。他热爱学校，热爱教师这个称呼，热爱教书这份职业。
说来也奇怪，除了倪徵、向哲浚，其他参加东京审判的工作人员，也无一回到南京或去台湾。如法官梅汝璈，原被任命继任谢冠生的司法行政部部长之职，但他辞而不就，从东京直接前往香港。解放后从香港北上北京，出任新中国外交部顾问。法官秘书杨寿林回上海，在外国语学院教书。检察组成员中，高文彬到上海海运学院当教授。周锡卿在北京第二外国语学院当教授。张培德历任几处外国语学院教授。裘劭恒曾任人大常委法律委员会顾问及上海外贸学院院长。刘子健自东京直接去了美国，任普林斯顿大学历史系教授和东亚研究所所长。后来补充的四位检察顾问，倪徵回东吴，吴学义回中央大学，鄂森、桂裕重拾律师职业。
随着国共两党胜负渐渐分明，把许多人推到了人生的十字路口。1949年初，面临去或留的抉择，倪徵不免有些犹豫。从内心深处来说，他不想去台湾，他对国民党不信任。但是，他对共产党毕竟不了解。当时，有关共产党的不利传闻，时常会刮进他的耳朵，撞击着他的耳膜。比如，说苏北一带解放区内，因斗争土豪劣绅，许多好人也被连累。又说共产党得势后，必定会清算曾经在国民党政府中供职的人员，特别要清理旧司法体制下的司法人员等等。
倪徵的许多亲朋故友，竭力劝说他走，原因是他在国民党时期虽没有做过高官，受过厚禄，但也毕竟在旧司法界度过了十五六个春秋。再说，他的一些亲友，也都是国民党中的显赫人物。他们不但力劝，更积极地为倪徵一家四口买好了去台湾的船票。
亲朋们的劝说，的确并非没有道理，但倪徵却有他自己的想法。虽然他对共产党不了解，但他对自己的历史、对自己的思想、对自己这么多年来所做过的工作，是清楚的。首先，他一直以“清官”自励，他也的确是清官。无论在江苏二分院、上海特区地方法院，还是在重庆地方法院，他没有徇私枉法、贪污受贿行为。其次，在收回领事裁判权，对东京审判这些涉外法律事务中，他对国家和民族是有贡献的。再者，他不但没有做过对不起共产党的事，甚至对共产党人是同情的。
从倪徵的性格来说，他不是个动辄思变的人。自他1906年出生，也经历过几番时代变迁：清政府覆灭，辛亥革命，北洋政府，国民党政府。社会的每次动荡并非涉及每一个人。作为普通人，无论哪朝哪代，生活如常的可能性是很大的，他们要做的，只是去适应而已。
他的想法、他的决定，得到了夫人张凤桢的理解，也得到了老岳父的支持。
在那样一个人心惶惶、思变又怕变的极其复杂环境下，尽管像倪徵一样已经做好留下准备的民主人士还有不少，但是大家的心情仍不免有些忐忑。他们需要有一个倾诉和交流的场所，释放自己的心情，也希望借助外界力量坚定自己的信念。于是，东吴的一些校友，常在陕西南路的一个小公寓里聚会，还神秘地设计了一个名为“稷社”的暗号。这个点子是倪徵的东吴同学李文杰和王艮仲想出来的。经李文杰的介绍，倪徵也不时光顾这个“秀才清谈之所”，与大家交流对时局的看法和对未来的憧憬。
倪徵为了避免他的不走可能引来当局对他的怀疑与可能招致的迫害，他对外的说法是，老岳父年龄大了，舍不得离开家乡；老岳父的健康状况不佳，暂时不易远行，只能留在原地等等。很巧妙，也很自然地，他们一家人在上海迎来了解放。