莲师驻锡藏地数十载，足迹遍及藏区各地，得大成就弟子二十五人，得灌顶传法而解脱者不计其数，传授密乘方便道，即“即身成佛”之殊胜教法。从此，佛法兴盛，广为传播。因莲师预知后世教法衰落， 故于各地多设伏藏密法，分布于山腹、岩洞、江畔、河流等极隐之地，称为“岩伏藏”；又于诸甚深境中多设伏藏密法，称“意伏藏”，并着护法秘密守护，以待后世有缘者。藏史称此时期为藏传佛教的“前弘期”。
当莲师离藏时，从心中出一“吽”字，没入东方，此即“心意伏藏密法”之缘起。
838年，朗达玛谋得王位，因其崇奉苯教，执政后即大肆禁佛，佛教惨遭浩劫，显密悉无幸免，庙宇经像遭毁，密教传承渐至衰微，唯在秘中得以延续，法本所剩无几。后世记载此劫为“灭佛劫”。此后百年间，争战连连，导致吐蕃国崩溃，诸地部族割据，直至10世纪末叶，佛法方从阿里、青康等地回传卫藏，佛教乃得重光，此时之法因秉莲师遗教，称为“宁玛”。到11世纪中叶，教法复得广泛弘传。时值印度新派密教极盛之时，印藏两地，行者僧侣往来不绝，藏地密法日益兴盛，渐而形成噶当、萨迦、噶举诸派。12世纪之后，又陆续形成诸多法流传承， 如觉域、希解、觉囊、郭扎等派。14世纪末，宗喀巴大师融噶当派而创立格鲁派。藏史将此时期称为藏传佛教的“后弘期”。
02.宁玛派
宁玛，藏语意为“古”、“旧”。因该派遵循前弘期所传之密宗，故名。又因该派僧人戴红色僧帽，俗称“红教”。
佛教在西藏前弘期、后弘期所传的显教经论，并无区别。只是密宗的传承有所不同。相传最初传密宗入吐蕃的有三人，即遍照护、莲华生、无垢友，前两人为吉禅狮子直传弟子，后者为其再传弟子。当他们在吐蕃传教时，汉地禅宗也传入吐蕃，并曾占有较大优势。因此，前弘期所传的密宗中，受禅宗的影响较深。9世纪朗达玛禁佛后，苯教盛行，佛教不能公开存在，但密宗仍得由家庭世代相传，且与苯教互相影响，因而在内容和形式上与后弘期各新派所传密宗有明显区别。该派在后弘期初较为分散，无固定寺院及严格的僧伽组织。
宁玛派的出现大约在10—11世纪，即后弘初期，创始人释迦迥乃，他首先整理旧密宗典籍，建乌巴龙寺，招聚门徒，公开传播，构成素氏一大传承系统。除此外，尚有绒宋、若氏及后来的龙钦宁的传承系统。这些传承系统都是弘扬前弘期的经典要法并逐渐形成一个独立的宗派，历史学家便称他们这一派为前译密咒派，简称“旧派”。
旧派的传承总分为两大传承系统，有直接传授经典的，称为经典传承；有发掘埋藏的经典而传播的，则称为伏藏传承。
宁玛派的教法全部包括在九乘三部里，九乘包括显三乘、外密三乘和内密三乘；三部指内密三乘中的最后一乘，包括心部、界部和要门部，即大圆满。
大圆满是宁玛派的特法，主张顿悟一心，即悟此现前本体清净、本性光明的这个心。心不只是空寂，还具有光明，明而又空。心体空是空，心性光明是有，心无体故非有，心有光明的性能和作用，是非无。这种非空非有，既有不落于空的一边，也有不落于有的一边，是远离两边的中观正见。
宁玛派说众生心体本净，众生是佛，佛与众生只是迷悟之差，明空妙觉无二无别。在起修方面，宁玛派主张顿悟，只要顿悟一心，自性元成，一切具足，不假修造。
该派后世不如其他各派兴盛，与西藏历届地方政权关系也不甚密切，但仍延续不断。14世纪传至不丹，后传至尼泊尔。20世纪中期传至印度，在大吉岭建寺，1973年在比利时建寺，以后又在希腊、法国等地建寺，开始流传于欧洲。近年美国也有宁玛派活佛建立寺院，影印藏文大藏经，出版教义著作。
03.噶举派
噶举派祖师马尔巴，亲自到印度向密教大师那洛巴修学密法，回藏后成为噶举派的开祖。噶举派注重口口传授。噶，意指“佛语”或“师长的言教”；举，意为“传承”。此派在修法时穿着白色僧裙（马尔巴沿袭自印度习俗），别称“白教”。
噶举派形成于藏传佛教后弘期，马尔巴传授“喜金刚”、“密集金刚”、“大手印”等密法，并全力投入梵典汉译的工作。他以在家居士身份传法灌顶，门下弟子以密勒日巴最为杰出，是西藏佛教史上著名的诗人圣者。密勒日巴的再传弟子冈波巴，其弟子分为四大派和八小派，其中，杜松虔巴所创立的噶玛噶举派，即第一世噶玛巴，以活佛转世的方式传承此派，至今已转世至第十七世，从二世开始为忽必烈之师，乃至十世皆为中国元朝皇帝的教授师。
从教法传承上看，噶举派派系庞杂、繁多，但其所宣扬的教义、教规大体上一致，没有很大差异，这是因为它们均源于马尔巴和密勒日巴的教法传承。从总体上讲，噶举派的教法有两大系统：一是直接从马尔巴并经密勒日巴传承下来的达波噶举；二是由琼波南觉开创的香巴噶举。后来香巴噶举衰微了，而达波噶举则兴旺发达，最后又分支发展为四大支八小支等众多支系派别。
目前，噶举派的寺院主要有西藏拉萨市的楚布寺、昌都地区的类乌齐寺以及四川甘孜地区的八蚌寺等，这几座噶举派寺院都有各自不同的优势和特长。位于今拉萨市堆龙德庆县境内的楚布寺，虽然目前的寺僧不算很多，其建筑规模也谈不上宏伟壮观，但它有着悠久的历史，还是噶玛噶举派的祖寺以及历代噶举派黑帽系活佛噶玛巴的住锡地，有很高的威望。
目前噶举派的寺院状况以及它在整个藏族地区的影响，仅次于格鲁派和宁玛派。从历史的发展过程看，噶举派的势力在藏族地区已逐渐萎缩了，尤其在明末清初随着格鲁派的形成及其日益壮大，噶举派在藏族地区的影响力急剧下降。这主要是由于格鲁派对噶举派寺院采取了兼并改宗的强硬措施，致使噶举派寺院锐减，削弱了噶举派在藏族地区拥有的强大势力。
噶举派的教义传承自应成派《中观论》，最主要的教法是“大手印”法，并着重将生活中的不顺遂视为修道的“助缘”，主张于逆境中磨炼意志，以增长学法的信心。
04.萨迦派
萨迦派得名于该派主寺萨迦寺，并因该派寺院围墙上涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色图案，故又俗称“花教”。
北宋神宗熙宁六年（1073年），昆·贡却杰布（1034—1102年）于后藏萨迦地方建成萨迦寺，从这里发展出萨迦派。昆·贡却杰布的先祖昆·鲁旺布传为吐蕃赤松德赞时期藏人最早出家的“七觉士”之一。贡却杰布死后，其子贡噶宁波（1092—1158年）住持萨迦寺。他佛学造诣颇深，使该派主要弘扬道果教授等显密教法系统化，确立了该派体系，把萨迦派真正发展起来，因此被称为“萨钦”（萨迦派大师），尊为“萨迦五祖”的首祖。萨迦派采用家族世代相传的传承方法，代表人物有萨迦五祖：初祖贡噶宁波、二祖索南孜摩、三祖扎巴坚赞、四祖萨迦班智达·贡噶坚赞、五祖八思巴·洛追坚赞。
1244年，萨迦班智达应蒙古皇子阔端邀请赴凉州会谈，为元朝统一西藏作出了重要贡献。后来，八思巴被元世祖忽必烈封为国师、帝师，领总制院事，管理西藏地方政教事务。1267年，西藏建立萨迦派政教合一的地方政权，在元中央王朝的支持下，萨迦派势力大增，其寺院及势力波及康区和安多各地，对元朝皇室亦有重大影响。
与此同时，萨迦派内部的矛盾亦逐渐发展。1324年，萨迦寺分成细脱、仁钦岗、拉康、都却四个拉章，各领属民、土地。1351年，萨迦派在西藏的掌权地位被帕竹噶举派的大司徒绛曲坚赞取代，萨迦势力日渐衰落。明成祖时，封萨迦首领为大乘法王，萨迦派仅保有萨迦附近一小片领地，其首领称萨迦法王。明朝中期，其他三个拉章传承断绝，都却拉章则再分为彭措颇章和卓玛颇章两房，延续至今，萨迦法王由两房的长子轮流担任。现今的萨迦法王在美国居住。