萨迦派在显教方面注重经论的翻译及辩经。显宗方面有两个传承，一个倡导唯识见，传授法相学；一个主张诸法性空，传教中观应成学说。密教方面有萨迦十三金法，道果法是最独特的教法。
道果法认为，修习佛法有三个层次。第一个层次是舍去“非福”，专心于行善，来生即可投生三善趣之中。第二层次是断灭“我执”，“我执”一断灭，烦恼苦痛便无从生起，人也可从流转轮回的痛苦中得以解脱。第三层次便是除去“一切见”。一切见指“断见”和“常见”，萨迦派认为要防止“断见”、“常见”，走中道，这样才能达到智者的境界。
萨迦派对藏族文化的发展有重要贡献，元代帝师达玛巴拉在北京召集藏、汉、印度、北庭名僧用梵文原本对勘藏汉文佛教大藏经典，历时三年撰成《至元法宝勘同总录》。这为藏文《大藏经》的编订和刻印打下了基础。萨迦寺至今仍是藏传佛教中藏书最为丰富的一座寺院。此外，萨迦派的重要寺院还有四川德格的贡钦寺、青海玉树的结古寺、称多县的示藏寺、西藏林周的那烂陀寺、今印度锡金邦境内的结蔡寺等。
05.噶当派
噶，藏语指佛语；当，指教授；噶当，意为将佛的一切语言和三藏教义，都摄在该派始祖阿底峡所传的“三士道”次第教授之中，并据以修行。
噶当派的奠基人，是古格王朝时期从印度迎请的著名佛教大师阿底峡。1045年曾参加迎请阿底峡的居士仲敦巴（1005—1064年）拜阿底峡为师，修习佛学，尽得其传。1055年，阿底峡去世后，仲敦巴应藏北当雄地方之请前往建立热振寺。热振寺是噶当派的主寺。噶当派由此逐渐成长并发展起来。
噶当派在藏传佛教中是比较特殊的一派。它以显宗为主。显宗是相对密宗而言的，显宗为哲理，指通过明显的教理去修证，可向任何人传布。噶当派主张显、密二宗不应相互攻击，应相互补充。它对修习次第的主张是：先显后密。
噶当派在传承中，形成了三个主要支派：教典派、教授派、教诫派，并各有自己所依的经典和教义。
13世纪晚期，一位名叫泅丹惹迟的噶当派教典派僧人，曾把噶当派的纳塘寺搜集保存的大量藏译佛经编订为《甘珠尔》《丹珠尔》。这就是在佛教历史上具有重要地位的藏文《大藏经》最早的编纂本。噶当派由于教理系统化、修持规范化，因而对藏传佛教其他各派都有重大影响。噶举派、萨迦派的一些重要僧人都向噶当派学习。格鲁派是直接在噶当派基础上建立的，有“新噶当派”之称。
此外，藏传佛教中一切大论的讲说，也都源于噶当派。该派著名的大小俄师——俄·勒父喜饶和俄·罗丹喜饶所传的因，在藏传佛教史上被称为“新因明”。15世纪格鲁派兴起后，因格鲁派是在噶当派教义的基础上发展起来的，因此原来属于噶当派的寺院，都逐渐成了格鲁派的寺院。渐渐地噶当派也就不再单独地存在于藏区社会了。
06.格鲁派
格鲁派中的“格鲁”一词汉语意译为“善规”，指该派倡导僧人应严守戒律。因该派僧人穿戴黄色僧衣僧帽，亦名“黄教”。格鲁派既具有鲜明的特点，又有严密的管理制度，因而很快后来居上，成为藏传佛教的重要派别。
该派奉宗喀巴大师（1357—1419年）为祖师。宗喀巴于1402年和1406年分别写成《菩提道次第广论》和《密宗道次第广论》，为创立格鲁派奠定了理论基础。1409年正月，宗喀巴在拉萨大昭寺首次举行祈愿大法会，同年又在拉萨东北兴建甘丹寺，并自任住持，这是格鲁派正式形成的标志。
宗喀巴逝世后，弟子们本着大师遗愿，发扬其宗风，又分头建寺，先后建立的哲蚌寺、色拉寺与母寺甘丹寺，合称为卫部的三大寺，后来又修建起藏部的札什伦布寺，合称为卫藏四大寺，各寺内均成立学院，分科修学显教，此后又相继成立了上、下密乘院。这些道场的建立使大师制定之显密教法大为弘广。
继贾曹杰后住持法座的为克主杰。此后在法位继承人的择定上又采用了甘丹赤巴制，推选精通显密教理并经严格考试之人担任，这样来保持优良宗风稳定不变。16世纪时，哲蚌寺又认定根敦嘉措为宗喀巴大弟子根敦朱巴之转世，作为第二辈达赖，追认根敦朱巴为第一辈，创兴达赖的活佛转世制度，用教主制来保证格鲁派的发展。第五辈达赖阿旺洛桑嘉措，得蒙古固始汗之助，建立了甘丹颇章政权。于是政教大权，集于一身，格鲁派的发展得到了可靠保证。札什伦布寺僧又认定洛桑却季坚赞为宗喀巴第二大弟子克主杰的转世，从此卫藏的政教合一制更加巩固。格鲁派在政治上的得势，促成本派进一步向外扩展，使该派寺庙几乎遍及阿里、康区、青海及边远之蒙古地区。
格鲁派的佛教理论继承阿底峡所传的龙树的中观应成派思想，主张缘起性空。所谓缘起，即待缘而起，也就是说一切法的产生均有原因；性空则是自性空的略写。一切法均无自性，从缘而起，这便是缘起性空。修行上采取“止观双运”的修行方法，止观兼重，即主张止往修、观察修两种轮次修习。
格鲁派认为，修止就是把心安住于一境，如果得到轻安之感，即是止的本体；修观就是通过思维而得到轻安之感，此为观的本体。修习应止观相互配合，由止到观，由观到止，而达涅。格鲁派认为戒律为佛教之本，因此重视一切微细教法，要僧人以身作则，依律而行。在显、密两宗的关系上，格鲁派则强调先显后密的修习次第和显密兼修的方法。
07.觉囊派
觉囊派是藏传佛教中一个历史悠久的派别。觉囊是地名，全名觉摩囊，位于拉孜县彭措林寺东，雅鲁藏布江南岸。觉囊派主张以“他空见”解释时轮。觉囊寺是13世纪时建立的，创建人衮邦·吐吉尊追是藏传佛教伟大人物八思巴的弟子。后来，他独成一派，因为他的传教中心在觉囊，所以被称为觉囊派。
觉囊派在藏传佛教中是很独特的教派。觉囊派承认有真如本体，与藏中宁玛派的大圆满、噶举派的大手印、萨迦派的轮涅无别，均承认有明空本性，颇为相似，不过各派又各有不同说法，但均属于“胜义有”类。觉囊派与藏中持应成派中观见的格鲁派主张一切皆空的“毕竟空”类，则完全对立，因此被视为异端而受到排挤。
觉囊派总的教义，即其因、道、果三者之建立。
其一，关于因，认为众生欲求佛果，众生因地本具光明如来藏之佛果，佛与众生所具无二无别，此则所谓因地果地无别之见。肯定众生因位本具有佛性，但众生由于忽而垢障虚妄分别，障覆真性而不显了。故需离戏无分别智，破除分别实执，分别实执犹如垢衣，光明如来藏本觉妙智犹如宝珠，除去垢衣则珠光之自然本有智慧觉性显露闪耀。
其二，关于道即除障之法，总有两种对治法门，一依显教道：破人法二种无我，清除烦恼及所知二障，通过加行道等五道十地修行，至九、十地时始能初证离戏光明法性，悟清净如来藏。但此须历劫修行，不能圆证佛果。第二则依密乘道之殊胜方便和上师密决，束气归脉，彻底清净障覆如来藏上无始以来所积业及烦恼和无明种子习气，故制心而外还须制气，本性犹如虚空，分别实执犹如云雾，云雾去后虚空仍旧，悟此本元心性，一切现成但须保任，无修无治任运自然，密乘即入无有分别离戏大智大手印三摩地，即所谓空色大手印之双运三摩地。
其三，关于果，若此内界中因地果地无别之本有妙色光明智慧获得现证，则法身本具一切身智德相尽皆显露，本具身智无增无减，此胜义自然智，果因无别，果因一体。笃补巴说：众生因位之如来藏与佛毫无差异。此则果因无别之见也。
在17世纪时，格鲁派政权首领五世达赖喇嘛没收了觉囊派部分寺庙的财产属民，经籍印版大多封禁，从此卫藏地区觉囊一派几乎绝迹。
现存觉囊派的主寺为四川省壤塘县藏哇寺，阿坝、马尔康以及青海省的班玛、久治、甘德等七县，共三十多座。僧人约五千。特别值得一提的是位于西藏日喀则地区拉孜县的觉囊寺被毁后，20世纪80年代觉囊寺已由喇嘛益喜重建，现已完成“十万佛塔”一座。寺庙正在进一步修建当中。