日本使团在上海观摩时，应宝时就跟日本人打交道，所以他对日本人的一举一动非常了解。当时李鸿章初到上海滩，听闻应宝时的情报，对大清帝国的这个邻居深感忧虑。日本的改革在跟西方列强的博弈中悄然展开，宋晋攻击的马尾船厂背后，法国政府跟日本的合作远远超越跟中国的合作，日本已经成为欧美列强在东亚新的棋子。
1864年5月，德川幕府派出大使池田筑后守到巴黎，与法外务大臣择旺鲁义签订《巴黎协定》，同年，法驻日公使罗修斯（Leon Roches）同德川幕府进行了一揽子的谈判：1.使用法资建海军兵工厂和铁厂，当年在横须贺和横滨设两所铁厂；2.由法国出资建立日法联合贸易公司，垄断日本生丝出口；3.以北海道砂山作担保，借法资购军舰武器；4.建立幕府常备军，派海军学生赴法留学，由法国公使和军官任顾问，在江户设士官学校教练步骑炮三军，改革军制；5.1866年，由法国借款600万美元，在罗修斯指导下，对幕府内政、外交、军事、财政进行全面改革。[2]
日本德川幕府在生死存亡的关头，一方面大量收集大清帝国的情报，另一方面加紧跟西方进行结盟。尤其是在摸清大清帝国军事情报后，迅速跟法国人合作，甚至抢先在马尾船厂之前，迅速上马铁厂跟兵工厂，日本人企图通过改革之途径，联手西方国家成为东亚代言人的野心昭然若揭。有应宝时第一手的日本情报，李鸿章对日本的忧虑犹如鬼魅一般，挥之不去。十年后的1871年，日本人再度到上海欲窃取帝国军事情报，日本人之心昭然若揭。
1871年3月，日本钦差全权大臣大藏卿伊达宗城、外务大丞兼文书柳原前光以及随行20人乘船抵达上海。第二天，伊达宗城向负责接待使团的应宝时提出，想带随员在上海各处参观。伊达宗城特别言明，要到军营和江南制造总局参观，以备回国后效仿。李鸿章回想起十年前的日本的举动，下令应宝时婉言回绝了日本人进军营的要求，但允许他们到江南制造总局转转。
应宝时是个喜欢舞文弄墨的帝国骚客，没有外交政治大局意识。日本使团在江南制造总局亲自验看开花炮的射程及效果时，部分使团人员拿出事先准备好的本子，将应宝时介绍的情况一一记录下来。日本使团北上天津的途中，伊达宗城等人站在甲板上，不时询问沿途炮台的位置及驻防情况，应宝时将大清帝国的军事机密一股脑儿地向日本人进行了汇报。李鸿章后来听完应宝时的汇报，就差没有骂娘。
柳原前光在3月16日又来上海了，江海关关长沈秉成立即向李鸿章汇报了日本人的情况。李鸿章立即将应宝时召唤到身边，应宝时这一次带给李鸿章的不仅仅是岩仓使团在美国的笑料，还有日本人的野心。这一次柳原前光毫不掩饰，说日本使团到欧美修改了外交条例，希望仿效欧美合约，实现利益均沾，所以中日的外交条例也要一并修改。
日本人修约的要求让李鸿章很不高兴，当应宝时将自己掌握的情报详细介绍给李鸿章后，李鸿章腾地一下从椅子上站了起来。“李仙得要去日本？”李鸿章惊讶地再次确认应宝时的情报。1872年2月，就在岩仓使团抵达华盛顿的时候，李仙得要求美国驻华公使向大清帝国要求严惩台湾生番屠杀琉球人一案，遭到双方拒绝，美驻华大使跟李仙得关系骤然紧张，美国一股势力正运作李仙得进行亚洲战略布局。
拿破仑三世兵败被俘后，一直图谋扩大在日本控制力的美国政府抓住机会，派出了鹰派人物德隆（C.E.Delong）担任美国驻日本公使。德隆对中国跟朝鲜构筑的东北亚利益联盟很是不高兴，一直怂恿日本北上河口摸情报，企图通过日本人之手改变东北亚格局。令德隆意想不到的是，明治政府代表到北京签署了友好条约。当岩仓使团一行在华盛顿手忙脚乱，伊藤博文万里奔突的糗事发生后，李仙得插手台湾生番屠杀事件给了德隆一个新的机会。
岩仓使团的美国之行给了德隆一个强烈信号，他们希望跟华盛顿结成联盟。在美国没有跟大清帝国发生正面的军事交锋之前，美国政府并不希望看到日本人跟北京结盟，形成一个强大的亚洲联盟阵营，只有日本倒向了华盛顿，美国才能在东北亚获得更多的利益。李仙得在福州截获了大量大清帝国的军事情报，并且掌握着海量的台湾信息（指大琉球），琉球（指今冲绳、琉球群岛一带）跟台湾问题足以让中日成为仇家。
美国国务卿菲什在嘲笑岩仓使团后，很快就后悔了，日本人在美国遭到冷遇后，一旦跟大清帝国那些顽固派一样反对现代化，尤其是中日盟友关系深化后，对于后到亚洲的美国来说，其核心利益将边缘化。菲什在给德隆的一封信中写道：“殷切希望阁下，在日清外交相关事务上，与日本当局者会谈之时，影响日本外交方针的目的，是让他们尽量采取远离支那的排他的政策，并与列国进行自由的商务及社会交际的进步政策。”[3]
华盛顿亚洲策略的变化让德隆看到了更大的希望，他还从华盛顿了解到一个重要信息，那就是格兰特总统打算调李仙得担任美国驻阿根廷公使。德隆怎么舍得一个台湾和中国通离开亚洲呢？他频繁和李仙得通信，希望李仙得离开中国能够前往日本。同时，德隆还向日本外交部长副岛种臣举荐了李仙得。[4]副岛种臣也算倒幕运动的功臣，是明治政府对外扩张政策的鼓吹者，对美国人的投怀送抱自然心花怒放。
李鸿章努力让自己冷静下来，现在宋晋向军事工业改革发动攻击，国外日本人跟欧美列强走动频繁。按照宋晋的逻辑，希望享受欧美列强在大清帝国一样待遇的日本，也会对马尾船厂、江南制造总局这样的大型军事工业不高兴。更为要命的是，李仙得一旦跟日本明治政府联手，大清帝国的卧榻之侧，将增加一个崛起的豪强新星，中国海防危险，台湾防务危险。
1872年4月29日深夜，李鸿章坐在书桌前给总理衙门写了密折。当天，柳原前光一干人马已经抵达天津，李鸿章通过应宝时将日本人的情况摸清楚后，决定先不跟日本人见面，让下面的人跟日本人磋商，不过针对日本人在欧美以及亚洲的连环行动，李鸿章密折中强烈指责日本的狡诈。
十年弹指一挥间，日本的改革派倒幕尊王，修铁厂，整军备。倒幕运动成功后，明治政府的功臣们跟欧美列强走得更近，李鸿章对日本的改革甚为焦虑，认为日本一个小国家，设铁厂造轮船，用西洋军器，一方面是自保，更重要的是这样的小国家一旦强大起来，就会跟西方的列强一样，对外扩张殖民，大清帝国跟日本比邻而居，如果帝国依然故步自封，在美国人为首的欧美列强的暗中支持下，日本的兵锋将会指向大清帝国。[5]
尽管李鸿章在奏折中没有直接反对关闭马尾船厂跟江南制造总局，但是奏折满纸暗示中国海防有了一个凶悍的邻居，提醒紫禁城的决策者高度警惕。李鸿章书房的灯火摇曳的时候，遥远的肃州军营中，陕甘总督左宗棠不停地踱着方步，手上紧紧地攥着紫禁城发来的上谕和宋晋奏本抄件，慢慢地渗出了细汗，是该反击了。
三大佬拼死救船政
左宗棠的反击
1872年5月13日，夜风刮进了肃州远征军的中军大帐。
突然，一位将校闯入营帐，没等陕甘总督左宗棠开口，这位胆大的将校抹了一下额头就说：“大帅，沙俄的密使已经抵达喀什，阿古柏将把新疆的贸易权交给沙俄，如此一来，新疆的经济利益都将落入沙俄之手。现在我们能控制的只有塔城、乌苏等少数几个城池。”
左宗棠眉宇紧锁。阿古柏，乌兹别克斯坦人，骁勇善战，一度扶持大和卓的曾孙搞新疆七城独立，建立哲德沙尔汗国。英国跟沙俄为了争夺中国西北利益，于1867年支持阿古柏自立洪福汗国。左宗棠非常清楚，一旦阿古柏跟沙俄结盟后，阿古柏将长驱南下，兵锋直指内蒙古，那样一来北京就危在旦夕了。
阿古柏在新疆粉墨登场，宋晋在紫禁城兴风作浪。两股势力犹如绞索一般套在了左宗棠的脖子上。当初自己被北调，名义上是消灭起义的回民，事实上是有人要将自己送到沙俄人的刀口之下。现在宋晋指控马尾船厂贪污腐败，这是要将自己送进北京的天牢。阿古柏有沙俄跟英国人支持，收复新疆将是一场持久战，宋晋的指控是帝国内斗，更是迫在眉睫。
左宗棠现在必须冷静下来，因为宋晋的奏折跟自己的亲信杨昌浚有着密切关系。左宗棠训练楚军的时候，杨昌浚为左宗棠的幕僚，之后在镇压太平军的过程中屡立战功。当左宗棠南下福州坐上闽浙总督后，立即上奏保举杨昌浚为浙江布政使，牢牢地抓住了整个浙江的财政大权。左宗棠带兵北上之时，再度保举杨昌浚坐上了浙江巡抚的宝座。
1872年1月，军机处收到一份福州将军兼闽浙总督文煜的奏折，说浙江巡抚杨昌浚以军舰“湄云”号不适合浙江海面为由，希望闽浙总督和福州船政商量一下调换军舰。由于沈葆桢生病在家，身为福州官场最高行政长官的文煜决定，将“湄云”号从浙江调回福州船政，改派新造成的军舰“伏波”号前往浙江。[6]
一份平淡无奇的奏折，却成了震惊大清帝国的风暴源头。
同治皇帝在文煜的奏折上朱批了三个字：知道了。通看文煜给皇帝的奏折，以及皇帝的批复，很难发现奏折的玄机。按照慈禧太后建立的帝国管理程序，文煜的奏折在朱批之前，慈禧太后已经看过，这也充分说明福州船政在帝国权力中心没有大问题。无论是两江总督曾国藩、直隶总督李鸿章，还是身在西北的左宗棠都没有意识到风暴即将来临。
宋晋他们抓住了杨昌浚调换军舰的机会，敏锐地觉察到，“湄云”号制造期间正是总工程师达士博跟监督日意格闹矛盾的时候，杨昌浚要求调换“湄云”号，一定是因为质量上出了问题。
宋晋他们这样推论还有一个重要前提，“湄云”号是马尾船厂第一艘真正用于帝国海防的军舰，可是在“湄云”号正式服役的关键时刻，沈葆桢却生病隐退了，难道他是在逃避责任？
宋晋的反腐奏折提交给皇帝后，北京保守势力等不及湘军、淮军集团者向慈禧太后辩护，就决定立即死死地抓住“湄云”号不放，一定要通过“湄云”号来挖出福州船政的更多问题。2月11日，杨昌浚突然收到了一封来自军机处的密函。
官场永远覆盖着一块遮羞布，图穷匕现之时血溅三尺。
手握密函的杨昌浚顿感被卷入了一个巨大的旋涡，密函直截了当地问道：“为什么‘湄云’在浙江不适用？”保守势力还赤裸裸地诱导杨昌浚：“窃意‘湄云’一船必有不能应用之处，一船如此，他船可知”，“诚恐日意格等未肯将外洋轮船之制尽泄其秘，而该厂提调委员等复不能悉心讲求，广咨博采，以致虚糜巨帑，徒成粉饰之观”。
北京保守势力现在严重怀疑“湄云”号的质量，进而怀疑马尾船厂所有军舰的质量问题。他们认为质量问题一方面是左宗棠力荐的法国人不尽力，更重要的一方面是福州船政的管理层有大问题，他们没有用心办事，导致在采购、制造等多个环节出现问题，才致使大量的国有资金浪费，甚至被贪污。
杨昌浚的最高文凭是秀才，他们前程是跟着左宗棠在战场上杀出来的，现在帝国官场的潜规则在考验着这位秀才巡抚。帝国官场的潜规则是，只要将“湄云”号调换一事按照军机处密函的说辞向北京写个奏折，深处帝国权力核心的北京保守势力就会跟杨昌浚结成政治联盟，杨昌浚的政治前途将一片光明。
宋晋他们在北京焦急地等待杨昌浚的奏折。杨昌浚深知帝国正在上演的一场大对决，自己的奏折将决定双方的胜负。
3月27日，杨昌浚的奏折送抵北京。
杨昌浚在奏折中详细汇报了跟调换“湄云”号密切相关的大事：第一件大事发生在1871年5月25日，浙江水师提督黄少春乘坐“湄云”号出海巡洋，在将近崇明岛海面时，“湄云”号的轮机突然发生故障，遂折回宁波镇海关前停泊修理，不能如常工作。当“湄云”号紧急修理时恰好有一艘英国商船入口，随之“湄云”号受损一事被这艘英国船传得沸沸扬扬。
宋晋在给皇帝的奏折中说马尾船厂的船不如国外的好，主要依据就是英国人关于“湄云”号的传言，万万没有想到杨昌浚居然在奏折中披露了这件事情。正当保守势力喜出望外的时候，杨昌浚笔锋一转说，事发后曾询问“湄云”号管驾以及福州船政的官员，他们都说新轮机在使用时发生故障是各国都有的正常现象，需要随时发现、调校、修理，以求磨合。
第二件大事发生在1871年6月28日夜间，当时“湄云”号停泊在宁波修理，军舰上的水兵放假登岸。没想到水兵跟绿营水师发生口角，最后大打出手。绿营水师由海盗招安而来，剽悍野蛮，势单力薄的水兵只有躲避，才没有酿成大祸。杨昌浚说，自己担心“湄云”号以后难以与浙江水师相处，所以请求调换其他军舰来浙。[7]
杨昌浚的奏折令北京保守势力大失所望。左宗棠远在西北，沈葆桢重病在家，这都是北京保守势力的机会，他们企图利用“湄云”号来大做文章，没想到杨昌浚如此不配合，这也为杨昌浚日后在浙江落马埋下了致命的祸根。远在肃州的左宗棠很快掌握了“湄云”号事件的来龙去脉，现在到了该反击的时候了。
打发走了将校，左宗棠坐到书案前奋笔疾书。