光绪这时已经乱了套，行为举止有些反常，幕僚们甚至都不知道他到底要干嘛，有时他暴跳如雷，有时又一个人偷偷哭泣。在变法最紧要的关头，他突然下旨，让康有为离开北京。随后，袁世凯接到荣禄的命令，说是光绪召他进京，一同接待来京的日本下野首相伊藤博文。
接到这个消息，袁世凯百思不得其解，光绪帝让自己一道去见伊藤博文到底是什么意思。外界有传言，光绪帝打算聘请伊藤博文为维新顾问。袁世凯感到吃惊，伊藤博文是中国的仇人，光绪聘请他，慈禧太后心里肯定不高兴的。他这么做到底是什么意思？
9月14日，袁世凯和伊藤博文都抵达了北京。两天后，光绪在颐和园召见了袁世凯。袁世凯胆战心惊地参见了光绪。
光绪问袁世凯：“你练的兵如何？”
袁世凯恭敬地回答：“各营操练得都很熟练，如果有战事，一定可以为国效力。”
光绪笑了笑，又询问他平日里是怎么练兵的。接着又提到变法的事，袁世凯也是举双手同意变法。
说到这里，光绪突然问道：“假如我把统领军队的重任交给你，你能绝对效忠于我吗？”
袁世凯心里一惊，皇上这么说肯定有深意，忙答道：“微臣自当竭力效忠皇上，只要一息尚存，一定誓死为皇上出力。”
光绪召见袁世凯的用意非常明显，随后又擢升他为侍郎，并赋予他专折奏事权。久于政事和战场的袁世凯心里多少有些预感，眼看太后和皇帝之间的矛盾一触即发，自己夹在中间一个不小心就会人头落地。
其实，之前光绪就对自己的心腹们透露了“朕位且不能保，何况其他”的忧患意识，身为首席智囊的康有为决定一不做二不休，来个宫廷政变，彻底拿掉慈禧。
9月17日，升职后的袁世凯照例去颐和园向老佛爷谢恩。谢完恩后，他又去见光绪帝。这光绪办事能力确实不太行，颐和园是老佛爷的地方，耳目肯定很多。这天，有个叫杨崇伊的御史给慈禧送了一封奏折，杨崇伊在奏折中痛斥康有为一行人祸乱朝政，蛊惑皇帝胡闹，还说康有为这些人想对太后不利，杨御史请求太后为了天下百姓的利益，出来训政，保住大清江山。
慈禧太后巴不得有人弹劾维新派。光绪听到有人弹劾康有为等人，知道自己这套维新变法快玩完了。光绪是个好人，而且还心存幻想，心想只要康有为逃脱了，以后变法还有机会。他赶紧给康有为下一道旨令，让他立刻去上海督办官报，意思就是先逃吧！
康有为接到圣旨，知道情况很不妙，和热血青年们抱头痛哭。康有为决定不走了，和大家商议如何解救光绪，在这群人物当中，有一个很特别的人，这个人就是徐世昌。徐世昌可是袁世凯的心腹，他来了就代表袁世凯到了，由此可以看出，袁世凯对于维新强国有着浓重的情结。
当时维新派中有人对袁世凯不信任，康有为拿出袁世凯写给自己的信，上面写着：“赴汤蹈火，亦所不辞。”这样一来，大家都相信了。
康有为一干人等急得如热锅上的蚂蚁时，袁世凯住在法华寺里。维新派商议好计策后，需要一个人去找袁世凯，因为只有袁世凯手中握有兵权。
任侠豪迈的谭嗣同自告奋勇去见袁世凯。见到袁世凯，谭嗣同没说一句废话，讲明情况后，就问：“你干不干？”
袁世凯听到这个计划很吃惊，他是想维新，但不想铤而走险，所以提出一个方案：等慈禧和皇帝到天津阅兵的时候，他派兵保护皇上，然后软禁慈禧，诛杀荣禄，清除旧党。公正地说，袁世凯这个方案确实稳妥很多，也具备可行性。康有为那一招有点自寻死路的感觉。
谭嗣同觉得袁世凯说的有道理，两人密议一番，商定后，袁世凯打算尽快回到天津筹备，准备好枪支弹药等等。
有许多传言说袁世凯在谭嗣同走后，跑到荣禄那儿告密去了，荣禄又去北京向慈禧太后告发，结果就导致了戊戌政变。
真实情况不是这样的，袁世凯没有告密，他正准备积极配合维新派大干一场，在走之前他还和光绪会过面。之后便快马加鞭地赶回天津，到了天津，他才发现他的对手们远远比想象中的厉害。
慈禧对光绪和康有为等人早有提防，给荣禄下了四道命令：一是派直隶提督聂士成的武毅军17000人进驻天津陈家沟，切断袁世凯新军的入京之路；二是调集甘督提督董福祥12000人，进驻宛平、长辛店一带，其中一部直入北京，保护颐和园；三是致电总理衙门及袁世凯，谎称军情，说英俄开战，英舰多艘游弋大沽口，要袁世凯立即返回天津听候调遣；四是授意御史杨崇伊等到庆王奕劻府，奏请太后出山，维护大清稳定。部署完成之后，不仅北京卫戌军总数超过了48000人，而且，从山海关至北京沿途驻军达到13万人，总兵力是袁世凯的新军的20倍。
20日，光绪帝又召见了袁世凯，给予他直接杀荣禄的权力，然后自代荣禄为直隶总督兼北洋大臣。其实，光绪帝贸然提拔袁世凯之时就引起了慈禧和荣禄一干人等的怀疑，这光绪做事太急躁了。
可以想象，袁世凯当时心里有多矛盾，论关系，光绪虽然提拔他重用他，但他跟荣禄的关系更好一些。不过，荣禄是守旧派，光绪是渴望变法强国的好皇帝。从内心的信仰和民族的大义来说，袁世凯选择了光绪，因为他觉得这么做是对的。
21日，慈禧太后发动政变，当面斥责光绪，随后将他软禁在中南海的瀛台。这次慈禧发动政变并不是针对整个维新派，主要矛头是康有为、康广仁兄弟。慈禧并不反对变法，只是她觉得维新派太胡闹了，做得太过分了，而煽风点火的人就是康有为。
政变发生之时，袁世凯还呆在天津，并不知道北京那边的事。他很彷徨，也很兴奋。他知道自己要做的这件事会影响未来整个中国的走向，办得好，中国会向一个光明强盛的方向发展，办不好，说不定自己会人头落地，中国会日益僵化。距离皇帝来阅兵还有一个月的时间，这一个月的时间真难熬啊！
慈禧政变的消息很快就传到天津，把这个消息带给荣禄的人正是杨崇伊，荣禄想了想，决定晚上召袁世凯过来议事。
被动告密
在微微有些凉意的秋夜里，袁世凯赶往荣禄的大营。
到达大营前，他吃惊地发现侍卫罗列，顿时，他感觉到一股杀气。他的第一念头就是：莫非发生了不好的事情！
进门后，他发现杨崇伊也在里面，袁世凯心里更加确信发生了不好的事情。几杯暖酒入肚，杨崇伊便将北京的局势告诉了袁世凯：太后训政，光绪被囚，康有为、梁启超流亡。
听到这个消息，袁世凯感觉一个响雷在头顶炸开，完了，维新完了，改革完了，自己的小命也快完了。想到这里，袁世凯眼珠大睁，是啊，先保住自己的小命要紧。想到这里，袁世凯当场跪倒在荣禄面前，痛哭流涕，长跪不起。
荣禄和杨崇伊都有些丈二和尚摸不着头脑，虽然他们知道袁世凯跟维新派走得比较近，但也不至于这样啊！
荣禄：慰廷，你这是干嘛，快起来！
袁世凯抹着眼泪哭道：中堂大人，我有罪啊！你还是把我杀了吧！
荣禄：你有什么罪呢！快起来说。
袁世凯：康有为让我杀了你，还让我带兵围攻颐和园。
荣禄怒道：康有为好大的胆子，慰廷，到底是怎么回事？
袁世凯将康有为政变的谋划一五一十都招了。
荣禄听了，脑袋摇得像拨浪鼓：没想到，没想到，我荣某人一心为国，没想到康有为这卑鄙小人居然一心想害死我。我招谁惹谁了，皇上啊，原本是个英明的人，听到康有为奸贼的话，居然还相信了，真让我这个老臣寒心啊！
袁世凯这时就像变成了个女人，哭哭啼啼地说：是啊，康有为太疯狂了，小人真是有眼无珠，跟他认识，他仗着皇上宠信，小人岂敢公然和他作对。荣大人，你替小人做主啊！
荣禄叹息一声：慰廷，你是个人才啊，我怎么忍心杀国家栋梁呢！连皇上和翁同龢都被康有为蒙蔽，你也是一时糊涂！现在迷途知返，也是好事一桩啊！
听到荣禄这么说，袁世凯一颗悬着的心才慢慢落下来。荣禄回京前，袁世凯到车站为他送行，恳求说：现在皇上处境危险，中堂大人务必要保全皇上啊，如果皇上有什么三长两短，慰廷我也觉得活着没什么意思。
荣禄是一个守旧派，忠君为国的思想非常浓重，爽快地答应了袁世凯。不过，他表示皇上可以保住，其他人就未必了。袁世凯无奈地点头，这是袁世凯到目前为止做的最“缺德”的一件事，毫无疑问，如果没有他的告密，就不会有后来谭嗣同的“我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑”的慷慨就义诗。
慈禧听到这个消息，一张老脸变得更皱。老佛爷不高兴，后果不堪设想。
于是，戊戌政变扩大化了。慈禧最恨的是康有为，不过康有为有奇门遁甲之术，这时候早已不见踪影。梁启超呢，跟日本人关系比较好，躲进日本使馆，然后在日本人的协助下，一叶扁舟，漂向东瀛岛。
谭嗣同头脑始终被一股崇高的感情冲撞着，他没跑。不仅没跑，还联合当时的江湖侠客大刀王五，准备进宫营救光绪，结果当然是失败了，王五的刀再大，也只有一柄。有些日本人要帮助谭嗣同逃亡，谭嗣同果决地拒绝了，他说：其他国家变法都会死人，社会的进步总得有人流血，现在中国搞什么变法，结果没一个人流血，这样怎么能行呢？这就是国家贫弱的原因，希望以我一个人的鲜血，唤起千百万人的觉醒！
1898年9月28日，谭嗣同、林旭、康广仁、杨锐、刘光第、杨深秀六人在北京菜市口刑场就义，史称“戊戌六君子”。
这事就这么平定了，社会又复归太平。袁世凯总算惊险逃过一劫，但是慈禧对他很不满，她老早就知道袁世凯跟维新派眉来眼去，所以也想收拾收拾他。慈禧准备将袁世凯“法办”，但荣禄认为袁世凯是一个可用之才，谋反作乱的责任完全在维新派，袁世凯是清白的，荣禄甚至以身家性命为袁世凯担保。
看在荣禄的面子上，慈禧太后虽然没有“法办”袁世凯，但对这个昔日的维新派还是很不信任。
后人在总结袁世凯在政治斗争中能左右逢源、逢凶化吉，往往归结为袁世凯这人两面三刀，行事机敏。还原历史真实后，我们发现，袁世凯所以能在风起云涌的时势中崛起，跟他做事谨慎有很大的关系。就说戊戌政变这事，如果没有荣禄的力挺，袁世凯就算告密还是会栽大跟头。他所以能得到荣禄的赏识，还是因为他做事认真负责，兢兢业业。