戊戌变法投资失败后，袁世凯迅速地倒向慈禧那边。不久，他就迎来了一个表现的机会。在山东曹州，义和拳抢劫了德国教堂，杀害了两名神甫，此事引起轩然大波。德国迅速出兵胶州湾，袁世凯奉命前往山东。在山东，他一方面跟洋人交涉，另一方面绞杀义和团。正因为大肆绞杀义和团，世人给了他“民屠”称号，在我们眼里他就是一个镇压老百姓的刽子手，但为何又有人说剿杀义和团是为了大局，是当时情况下正确的选择呢？
废立风波
百日维新失败了，最郁闷的人是谁？
六君子——不，他们死得很爽快，抛头颅洒热血，何其慷慨，换句话说，死得其所，虽然没能按照自己的理想去活，却能理想地去死。够了！
康有为、梁启超——不，这两个大名士正在日本逍遥呢，一边著书一边饮茶，娱乐的同时又感觉自己在救国，一举两得啊！
袁世凯——这人是有点郁闷，毕竟，由于他的被动告密，六个年轻的生命飞向了天堂。但十多年来宦海浮沉的经历也让他看透了许多东西，做官就是顺势而走，切不可逆流而行。既然木已成舟，只好坐在小舟里一同沉浮了。
最郁闷的人是光绪！他想做一个千古明君，最后活得像个木偶；他想拯救中国，结果自己还需要别人拯救；他想跟珍妃在一起，珍妃被慈禧杀了……总之，他想得到的东西总是得不到，他不想要的东西别人总是送给他，这就是光绪。
光绪被幽囚后，朝野上下都敏感到这个皇帝有可能被废掉。本来维新变革是中国百年来改革的一个大好机会，这个机会说成时千载难逢的一点也不过分，更难得的是连守旧派都支持变法改革。可惜，狂生康有为把一切搞砸了。新旧势力之间的矛盾激化，从此水火难容。守旧大臣掌权后，不仅废掉了维新变法的内容，甚至株连到前任曾国藩、左宗棠等人的改革，连李鸿章的洋务运动也开始否定。
慈禧确实有废掉光绪的意思，但这个精明的政治女妖不会鲁莽行事的，她要通过一种委婉的方式让光绪下台。什么方式呢？立太子。
立太子在历朝历代都是非常正常的事，但在清朝不太正常。清朝自从雍正掌权后就没有立过太子，雍正结合自己的经历，认为立太子容易引起兄弟相煎。遂想了一招，做了个盒子，将继承人的名字装在盒子里，盒子一式两份，一份藏在自己身边，一份放在“密码箱”里。等皇帝死后，只需打开密码箱就行了。
慈禧违反祖例立太子，动机非常明显。慈禧找来宗室中的一个弱智儿溥儁，把他过继给自己死去的儿子同治，称呼他为“大阿哥”。慈禧紧锣密鼓地想把这“孙子”捧上皇帝的宝座，光绪则日日夜夜在瀛台里愁眉苦脸。
光绪实际上已是一个政治犯，但名义上他还是清帝国的首脑。最关键的是，有许多要人支持他，是的，光绪也有粉丝。比如，在张之洞、李鸿章、刘坤一等人的心中，光绪是一个比较贤明的皇帝，只是性格懦弱了点。翁同龢是帝师，就不用说了；连慈禧的心腹重臣荣禄都不主张废立。
光绪虽然是个傀儡皇帝，要想废他也没有那么容易。老女人慈禧一向鬼点子多，这不，她又想出一计：皇帝病危。是啊，这皇帝病得都快死了，总得立新君吧！这女人毒辣的地方就在于，她编造的理由也不是完全没有道理的，因为光绪确实给人病歪歪的感觉，从小身体就不行。
光绪病危，消息传出，一石激起千层浪。一时内，京城骚乱不安，各国驻京大使更加不安。是不是这些大使很关心光绪？当然不是，只是因为光绪是个主张学习西方的人，光绪做皇帝当然会实行开放政策，这样，中外的交流合作就更多。听到皇帝病危的消息，各国公使纷纷要拯救皇帝的性命。
这些热心的洋人要为光绪提供西医治疗，遭到慈禧拒绝后。他们对总理衙门施压，要求允许洋大夫进宫为皇帝体检。慈禧太后抵抗不住压力，被迫同意。
体检的结果是：除了有点肾虚，皇帝一切都很健康。想必慈禧在洋医生进宫前就给过什么暗示，所以这个结果出来后，慈禧很上火：他妈的洋人，是不是吃错药了，管事管到我家里，欺负我老太婆软弱是吧！
洋人恍然大悟，原来所谓的“皇帝病危”全是这个老太婆一手策划的阴谋，好啊，你有阴谋，我有大炮。
这一来，慈禧对外国人很反感，而且有人告诉她，康有为就是在英国人的帮助下逃跑的，至于梁启超则完全是日本人救走的。他妈的洋人，专门跟我作对，咱们走着瞧。
废立之事不仅遭到国内官员和名流的反对，也遭到国外的反对。慈禧面临一场内外交困的公关危机。恰巧这时，荣禄接到消息，说是英国人准备派兵进北京，逼慈禧交出权力，让光绪执政。
一向至高无上的慈禧听到这个消息，满脸阴沉，他妈的，老佛爷在国内可是要风得风，要雨得雨。这些洋鬼子居然敢在我头上撒尿，这口气不出枉为老佛爷。
空兴奋一场
上行下效。慈禧反感洋人，清廷上下也跟着反感洋人，民间也酝酿着一股反感洋人的暗涌。
大家都很讨厌洋人，尤以义和拳对洋人的讨厌最给力。为啥呢？因为他们不光讨厌，还用拳头打啊！这叫付诸行动。若是换到以前，义和拳早给镇压下去了，但现在不一样，宫廷仇洋，义和拳也仇洋，敌人的敌人就是朋友。
义和拳据说脱身于白莲教，是一个长期以来流传于山东、河北一带秘密团体，最早是以反清复明为口号，后来洋人涌进中国，他们又以赶走洋人为宗旨。
义和拳以仇杀洋人和教民为快事，他们所使用的武器很原始，还是传统的刀枪，又称为大刀会。有些练拳练得出神入化的人自称刀枪不入，这个迷信的组织有一套神秘兮兮的仪式和习惯，据说社团的成员都必须用红巾扎头，穿着红肚兜，扎着红腿带，用红布裹双手，衣服里还藏有一些符咒，手腕里也贴着白纸符咒。
曹州教案之前，山东巡抚是李秉衡，由于李秉衡对义和拳的纵容，德国人出兵胶州湾，掀起瓜分中国的狂潮。李秉衡因此革职。由张汝梅暂时接任山东巡抚的职位。
1899年，新任的山东巡抚才到任，这人叫毓贤，这厮用现在的话说是一个心理变态的人，是清朝少有的酷吏，他一上任就开始实行恐怖统治。在酷刑方面，他是一个天才。朝廷派遣这样一个屠夫原是为了维护社会稳定，在得知屠杀不是解决问题的办法时，毓贤决定刚柔并济，招安。
你义和拳不是讨厌洋人吗？我毓贤也讨厌洋人，既然有共同点，还有什么不好谈的。毓贤将义和拳改组成官方承认的组织：义和团。这样一来，义和团就听他调遣。
正是在地方官的这种大力支持下，义和拳抢劫了张家庄的天主教堂，杀害了两名德国神甫。
曹州教案发生时，有着高度战略眼光的袁世凯就感到事情不妙，他当时就电报山东巡抚张汝梅，让他在莱州、平度、高邑、潍县一带驻兵防守，以防有变！张汝梅对军事反应相对迟钝，没有把袁世凯的建议当回事。
建议无果的情况下，袁世凯又向北洋大臣王文韶建言：尽快与德国谈判，以防事态恶化。
果然，德国在占领胶州湾不久，又向日照、沂州等地增兵。袁世凯再次向朝廷建议，派兵进入山东，防止德军切断中国南北交通线路。在刘坤一和荣禄等人的支持下，袁世凯的建议终于引起了朝廷的重视。
德国的行为确实非常过分，如果一味示弱的话，后果确实不堪设想。朝廷意识到事态的严重性后，命令张汝梅和毓贤紧急布置山东防务，同时袁世凯和聂士成受命带领新军开往山东。听到这个消息，袁世凯是兴奋的，所谓练兵千日，用兵一时，他很想试试自己手中的这支军队有多犀利。
袁世凯此行的目的表面上是打压匪类，保护教民和洋人，实际是想威吓德军，甚至决一死战。这从他给徐世昌写的信中可以看出来：这次去山东，我心里怦怦乱跳，因为想到即将开战，所以很兴奋。不知道能不能如愿？
袁世凯是个好斗的人，和德国这样强大的对手打，他当然兴奋，因为一旦打赢了，那就可以一仗出名，打输了大家也是可以理解的。但是，朝廷的意思却是以和为贵，所以派兵进入山东，也是希望德军适可而止，知难而退，并不打算真正开战。
袁世凯进入山东，毓贤只差没说出“山东不欢迎你”，毓贤是个地方上的小暴君，袁世凯来了自然让他很不爽。他不仅处处和袁世凯作对，还派人秘密跟踪袁世凯，一旦抓住把柄，立刻奏他一本。
袁世凯也不是好惹的，反正闲着也是闲着，他大量地搜集不同组织对毓贤的不满，整理起来，打包发给荣禄。小鞋还没有给毓贤穿上，朝廷已经发来奖励，说是袁世凯等人圆满完成在山东练兵的任务，是时候返回原部队了。
出任山东巡抚
一枪未发就“凯旋而归”实在不是袁世凯的性格，那么多子弹，没有飞出去总觉得是种遗憾的事。
回到天津小站后，袁世凯接连给慈禧上了两个奏折，在奏折中，袁世凯激动地写道：德国人分明是利用教案侵占我国，他们先出兵胶州湾，又进入日照等地。为什么这么嚣张呢？就因为我们的国防力量太弱了，落后就要挨打，贫弱就要被欺负。我们国家虽然军队庞大，但大多没有经过西式训练，现在最要紧的就是练兵，而且用正确合理的方式练兵。
慈禧看完奏折，认为袁世凯说的有道理，就让袁世凯呈上详细的练兵方案。
袁世凯见意见采纳，连忙组织编写《训练操法详细图说》，并附上一封奏折，针对德国挑衅，提出四点建议：
第一，严格挑选山东地方官员，不能用那些没本事的人，也不能用那些惹事的人。（那意思就是说毓贤既没本事，又惹事；用我吧，我有本事，又不惹事。虽然是阴招，但说的也是事实。）
第二，按条约办事，山东巡抚一定要严格按照和列强定立的条约行事，不要给人口实，不要滋事。
第三，要在各个战略要地驻兵，要随时巡逻，做好开战的准备。
第四，要派一名朝廷大员驻守山东，总揽大事。
没多久，毓贤又搞出了一个巨大的动作，在他的支持下，义和团举出了“扶清灭洋”的大旗。大旗虽然是站在大清一边的，但这么一来，大清也就成了一个病夫。
德国人哪里会把义和团的刀枪棍棒放在眼里，你灭你的洋，我修我的铁路。这条铁路由青岛通往济南，有人说德国人很无私啊，帮我们发展基础设施。德国从来不是一个无私的民族，这铁路一通，德军运输起来就方便得多。
德国动作大，其他列强肯定羡慕了。光流口水就不叫列强，这不在欧洲一蹶不振的意大利也找上门来了，意大利人“礼貌”地提出想借中国的三门湾玩玩，总理衙门说：没门。门虽然没有，但是军舰意大利还是有几艘，为了充一次老大，意大利派遣军舰在烟台海域巡视。
如果说德国是虎狼，意大利就是狐狸了，对于这么无耻的行为，是人都会愤怒。列强做得太过分了，软弱的清廷终于命令袁世凯带兵进入沂州。
朝廷让袁世凯再次进入山东，目的是防备德国佬。但对袁世凯来说，此去有双重任务，防备德国佬是最重要的，但打压义和团也是必须的。在袁世凯眼里，义和团扰乱社会稳定、引起国家纠纷，不知建设，只知破坏。所以，必须平定。
由于毓贤极度排外的立场，许多国家纷纷给清廷施压，要求撤掉他，换上一个开明人士，这个未被点名的开明人士就是袁世凯。慈禧太后对毓贤的办事能力也表示怀疑，就这样，袁世凯自然而然地当上了山东巡抚。
牛刀小试，收拾义和团
袁世凯见过世面，是一个有外交手腕的人。在当时的中国，他是少有对西方非常了解的人，由他出面和外国人周旋确实是一个非常好的选择。
袁世凯对义和团也比较了解，他小时候就见过那些所谓的“怪力乱神”把戏，一方面对这些把戏他嗤之以鼻，另一方面他又清楚这种底层运动一旦形成燎原之势，后果不堪设想。
1900年1月，袁世凯向朝廷表达了自己对义和团的认识，因为朝廷中很多人对义和团是存有希望的，毕竟他们打出了“扶清灭洋”的旗号。袁世凯的看法大体可以归纳为两点：
第一，义和团盲目排外，给社会造成极大的骚乱，也会增加清政府在国际上的压力，从而影响社会发展和稳定。对国家只有破坏作用，没有建树作用。