孔祥熙早忘记了名字里的“中庸”之意，他的反清思想时常透过激烈的言论迸发出来。
一次外出讲经会上，当牧师满怀希望地介绍过后，孔祥熙就乘机利用这些吹捧，把他对时局的见解，对朝廷的抨击，融进讲经之中：
“大清现在的政治，腐败不堪！王公亲贵执政，昧于事理，愚蠢万分。倘若再不进行革新变法、彻底改造，我们炎黄子孙，来日何以自拢？地大物博之中华，又如何立于世界？……”
孔祥熙时常完全离开教会规定的讲经内容，擅自生发。把他激烈的见解，向听众公开宣传。
组织传教的牧师大吃一惊，这些话传到朝廷耳目那里，不仅孔祥熙可能被杀头，就是教会方面，也难逃其责。牧师赶紧上前，阻止他继续讲下去。讲经会草草收场。
“祥熙同学，孔先生！你太鲁莽了！贵国正处于专制制度之下，你怎么可以如此公开抨击政府和权贵呢？你不怕惹事，我们还怕受到牵连呀！”
初生牛犊不怕虎的孔祥熙却耸耸肩：“老师不叫我往下说，我不是听从你的劝告，停止演讲了吗？”
回到书院，一直对孔祥熙格外关照的女传教士麦美德又把他找来。
“你在外面所讲的话我已经听说了，我的孩子。我以为这种行为很不好！宣传圣道，只可以讲解圣经，绝不许涉及朝政，更不得任意批评朝廷官吏。”
孔祥熙说：“但是，那些话如骨鲠在喉，不吐不快！一到联想起的时候，就不知不觉地冒了出来，我也没有办法。”
麦美德说：“孩子啊，你应该能够明白，你生长在一个不自由的国度，你必须为自己的安危着想。我懂得你不吐不快的心情，但是，万一有话觉得非说不可，你也应该讲究点技巧，不要让人抓住把柄。比如，你可以笼统地讲些道理，不要引证朝廷所作所为的事实。你一定要记住，我们登台演说，原意是为主作证，不需要批评政治，也无须跟谁作对。”
“你说得很对，我的牧师！你的话我记下了。”孔祥熙连连点头。结果下一次讲经时，他那些话又冒了出来，校方从此再不敢轻易让他上台了。
思想是掐不死、憋不住的。不能登台演说，孔祥熙有时就借助文字，把他胸中的块垒倾吐出来。1898年寒假前考试中，国文老师出的作文题是《石蜡大义灭亲》，这是《春秋》里的一句，按八股文的要求，应该以此入题，起承转合，论述它的要义精微。可孔祥熙没有听这一课，他不知道石蜡大义灭亲，灭的是谁，为什么要灭，就干脆自定一个题目，写了篇《振兴教育为富国强兵之基础》，指斥朝廷不重视教育，使民智不能开通，导致本来站在世界前列的中国在近代落伍，遭受西方列强欺凌。国文老师阅卷时，认为都是统一的题目，就从正文看起，结果从头到尾，也没发现一句大义灭亲的话，而尽是些抨击时政之言。再看题目，才发现他自己定的是另一个题目，顿时十分恼火，红笔一挥，在卷头给孔祥熙打了一个大大的“0”。
校监会专门讨论孔祥熙的“品行问题”
1899年冬季，潞河书院校监会开会，专题讨论孔祥熙的品行问题。
孔祥熙本是教会的宠儿，又受孔学影响很深，在同学印象中，立身做人都很严谨，会有什么品行问题值得校方如此小题大做呢？
当然，主要的还是他的反清言行，引起了当局的注意，学校生怕因此给书院招来祸端。这样做的目的，一是对孔祥熙有所儆戒，二来也是对他的一种预防性保护措施，其三也有万不得已时，能够洗清校方责任的意思。但还有一件近事，孔祥熙竟向校方要求师生平等，追求男女自由接触，在讲究“男女授受不亲”的封建制度下，这也是非常敏感的事情，学校当局不愿他在这方面走得太远，传出有伤风化的流言，毁掉他的前程。
原来，潞河书院是当时少有的男女同校的学校。随着年龄的增长，二十郎当岁的孔祥熙，体内荷尔蒙增长，就有了与女同学交流接触的愿望。学校的教师又大多来自西洋，结了婚的带着宝眷，出双入对；刚毕业的年轻教师，男女之间也是感情外露，来往甚密，互相拥抱的事经常闯入学生眼帘，有时甚至当众错开高鼻子，来一个长吻。这对情窦初开的中国学生，很是刺激，免不了有人想入非非。但考虑到中国国情，学校当局对学生却管教极严，严禁男女生之间自由来往。就是在教堂做礼拜时，也要男女分座，中间还要拉上一道布帘子。孔祥熙和一伙学生几次提出，要求取消那道既隔断视线、又有些对学生带屈辱性的帘子，都遭到了申斥。于是孔祥熙寻了一个机会，施展他的辩才，向学校发难了。
一次上历史课，老师在大讲了一通美国的《人权宣言》和西方的价值标准后，问大家还有什么问题，孔祥熙要求提问。被允许后，他站了起来，用洪亮的嗓门说：“老师，你今天讲的都是自由、平等、博爱的道理，可是我发现本校就有极不平等、极不自由、违反人权的事实！”
“你指的什么？”
“比如说吧，我们每天看见老师们在花前月下，卿卿我我，或者并肩携手，去风景名胜之地遨游。像这样的幸福快乐，为什么我们就不能享有呢？”
老师做梦也没想到孔祥熙竟提这样的问题，一时瞠目结舌，不知该怎么回答。
课堂上却乱了起来，有的嘻嘻哈哈，有的随声附和：“对呀，为什么你们能够享受，我们却不能？”
“这不是只许州官放火，不许百姓点灯吗？哪里能说得上平等？”
“还说什么人权，我们学生就不是人啦？”
孔祥熙怕大家吵乱了，老师以别的理由找茬儿，而不能再回答自己的问题，就示意大家安静。静等老师回答。
几十双眼睛紧盯着老师，他无法回避，吭哧了一会儿才说：“这个吗，嗯，谈不上什么平等不平等，主要是你们年纪太小，知识太浅，恐怕还不能很好地把握这种事情。哦，等到你们大学毕业时也许还差不多。”
孔祥熙马上说：“我们都已经过了18岁，是成人了呀！”
“嗯，即使是成人，也还是学生……”
“人里面不包括学生吗？”
“当然，还有一层主要的原因，以你们中国的政体和风俗习惯来讲，恐怕大学毕业也不能允许你们这样做。我告诉你吧。孔祥熙，我们西洋人所享有的自由平等，你们绝对谈不到，你们顶多只能享有基督徒享有的平等自由，那是心灵的享受，至于物质形体上的东西，我看，你们没有希望。”
“这么说来，根本的原因在于我们的社会制度。好，为了争取我们的平等自由权利，让我们共同努力，推翻封建制度吧！”孔祥熙激昂起来。
“对，推翻专制，争取自由！”许多学生一齐附和。
老师吓白了脸：“你们这是谋杀我！我并没有这样教你们呀！”
孔祥熙说：“我们听你今天讲课的意思就是这个结论。不过这个结论是我们自己作出的，你不必害怕。”
老师还是害怕了，他把这件事汇报了学校，要求对孔祥熙进行管教。
于是就有了这次的孔祥熙品行讨论会。
开会嘛，自然是各种意见都有。有人主张为了避免给学校招来麻烦，应让其退学；有的主张加强控制，派专人随时监视孔祥熙的行动；更多的人还是认为孔祥熙是教会学校的骄傲，是向中国人传教的旗帜，应该设法把他引入既定的道路，培养成日后在中国发挥作用的人才。
讨论的结果，校监会形成了三条决议：
第一，孔祥熙虽然聪明伶俐，逗人喜爱，但言行激烈，长此以往，恐招致政府迫害，一旦发生意外，对学校和他本人都不利，今后必须加强引导；
第二，目前的过激言行与年轻气盛有关，这里面有容易招祸的因素，但也有积极的因素，说明他胸有大志，敢作敢为，将来中国如发生社会革命，可能成为风云人物，校方不宜对他采取严厉措施；
第三，为进一步培养这个年轻人，利用他的家世让他在中国发挥更大作用，时机适宜时可考虑让他到美国接受教育。
三条结论对孔祥熙似乎都很有利，但在孔祥熙自己看来，许多人并不关注结论，而是对校方开会讨论了一个人的品行这件事本身感兴趣；这就足以对自己的形象造成损害，甚至使人对自己的品行产生误解。他经过一番自省之后，终于得出结论：若要真正推翻清朝统治，靠这样发几通过激言辞是无济于事的，必须联络更多的人，采取切实的实际行动。孙中山在檀香山创立兴中会，在香港、广州、日本横滨等地设立分会，并发动广州起义的消息他已经多次从南方客人那里听到，只是他得不到孙中山的确切消息，无法与之联系，也不知道兴中会的具体纲领。但他自己揣摩，兴中嘛，必是兴中华，除鞑虏，要干，就得照人家的样子，联络一批有志之士，共同行动。
从此以后，孔祥熙显得沉默寡言。效法孙中山，建立反清组织，这个想法在孔祥熙头脑里逐渐酝酿着……
谋刺慈禧——孔祥熙惊天动地的反清计划
经过一番痛苦的思索，孔祥熙决定把表面上反清的言论先收起来，暗中却准备着做一个千古留名、手刃暴君的侠客壮士。
1898年，光绪皇帝下诏实行变法，引起顽固派的不满和反对。慈禧太后逼光绪帝下诏，把支持他变法的重臣翁同龢撵退。以后，顽固派主要人物怀塔布和荣禄等又密谋在光绪皇帝和慈禧太后到天津阅兵时发动政变，废除光绪。维新派听到消息，去拉拢袁世凯，请他在阅兵时救出光绪，杀死荣禄，然后兵围颐和园，逼慈禧今后不得干政。不料袁世凯向荣禄告密，出卖了光绪皇帝和维新派。结果是光绪皇帝被慈禧囚禁于中南海瀛台，康有为、梁启超外逃，一大批维新官员被撤职，谭嗣同等六君子在菜市口被杀。外患未除，又添内乱，国家更加岌岌可危，孔祥熙建立反清团体、挽救国家生民的愿望更强烈了。
在潞河书院，与孔祥熙最要好的朋友之一，是同学李进芳。他的年龄比孔祥熙稍大一点。也是位爱国忧民的热血青年。他和孔祥熙上课同班，居住同室，志趣相投。当孔祥熙把成立反清团体的想法第一个告诉李进芳时，李进芳高兴地跳了起来：“太好了！孙中山有兴中会，文廷式有强学会，康有为有保国会，谭嗣同有南学会，林旭有闽学会，我们也应该建立一个什么会。这个想法我也早有了，只是没有来得及和你商量，既然你先提出来了，说明我们想到一起了。来，咱们商量一下，具体怎么干吧！”
当然，他们的想法与行动远不能和孙中山的相比。孙中山经过多年考察实践，已经形成比较成熟的反清建国思想，他创立的兴中会，在国内外已设立多处分会，有明确的斗争纲领，并且已经举行过武装起义。孔祥熙这时脑子里还只是有那么些自发的对清朝廷不满的意识，斗争目标和团体组织行动纲领都还懵懵懂懂。孔祥熙和李进芳商量，应该先写信给孙中山，请他对建会事宜给予明确指导。但孙中山究竟在哪里，信往哪儿发？再说像这样的事情，一旦被查出，脑袋肯定保不住。写信行不通，去人当面联系如何？商量半天，结果认为也不行。因为大家都还是学生，能否找着先不说，单是一走数月这一条学校就不能允许。后来他们决定，一是课余到水陆码头多方接触各界人士，探听消息；二是留心查阅书刊报纸，从上面发现线索。
还真是功夫不负有心人，不久他们从清朝缉捕孙中山的文告中发现了一条非常有价值的线索。文告中说，孙中山就是“洪秀全第二”，在到处鼓吹推翻朝廷。证据之一是孙中山的兴中会章程中有一条“四方有志之士，皆可就照章程随地立会，但需会员15人以上”而已。他们反面文章正面看，认为可以按照这一条意见，建立团体。于是他们暗中联络了十几位平时思想比较激进、感情又合得来的同学，在一个浓云密布的深夜，喝鸡血酒为盟，正式成立了“兴中会通州分会”。
兴中会是革命组织，只要与它有联系的必遭朝廷迫害。为了能够公开活动，孔祥熙又给它起了一个名字“文友会”。
团体建立了，但是干什么、怎么干，大家谁也没有谱，孔祥熙虽然有一定的反清思想，但驾驭一个团体则显得力不从心。他们开始寻找各种进步报刊和书籍，从理论上武装自己。很快，他们就找来了康有为的《新学伪经考》、《孔子改制考》、《大同书》，梁启超的《变法通义》、《说群》，谭嗣同的《仁学》，严复翻译的《天演论》等，一个个如饥似渴地阅读，努力从中汲取新思想。
历史有时爱开个小小玩笑。孔祥熙把他的团体命名为“兴中会通州分会”，显然本意是要效法孙中山，在天子脚下树一面反清的大旗。但阴差阳错，他找不到孙中山等人真正鼓吹革命的书籍，却把康梁保皇派的改良思想当成兴中会的革命思想来接受。一次集会上，大家高谈一通由于《辛丑条约》签订，中国将在39年内向11国赔款4．5亿两白银（加利息共9．8亿两），中国从此国将不国的宏论后，没有认识到这是清朝腐朽统治的结果，像孙中山主张的那样从根本上推翻封建统治，却认为这是由于叶赫那拉氏昏聩荒淫的结果，他们设想只要把慈禧太后这个老妖婆干掉，国家形势就会好转。于是，这个团体第一个实际行动开始策划和实施。
这个计划就是刺杀慈禧！
不管怎么说，这对于一群手无寸铁的学生来说，都可称得上一个大胆的革命行动，因为这毕竟要冒杀头的巨大风险，但孔祥熙决定干了。这比汪精卫谋刺摄政王载沣要早10年，所以汪精卫要称反清元老，在孔祥熙面前还差一把火呢。