谢晦也不知道自己到底什么时候睡着了，只听得檀道济叫他道：“谢兄，鼓声已响，我们该出发了。”谢晦说：“檀将军，你说，这次行动我们能参加吗？”“不要犹豫了。刘义符这样的人当皇帝，国家还能好吗？应该除掉他。现在正是国家用人的时候，我们行动吧。”他们二人只带了几个贴身的卫士，便向内宫走去。内宫大门——东掖门关得很严。门外的几个卫士见他们来了，不但没有拦挡，反而走到离大门两丈远的地方站下了。谢晦要敲门，檀道济拦住他，用一只手在门上轻轻一推，那大门吱的一声就开了。这个地方，平常除了宫女和宦官，别的男人是进不来的，所以他俩并不熟悉路径。他们先来到皇帝的寝宫，皇帝并不在这里。他们抓住一个宦官一问，才知道皇帝昨夜并没有住在宫中，而是住在名为华林园的御花园里的龙船上。他们来到云龙门，这里通往后花园。只见园中有山有水，在一座假山后面，有一条花枝招展的大船，这就是刘义符给自己新造的龙船。昨晚刘义符玩累了，就睡在船上。檀道济指挥随从武士上船，守船的宦官都是刘义符的亲信，他们奋起抵抗，被檀道济的人给杀了。刘义符睡眼惺忪，看身边的宦官被杀，就去拿宦官的剑，被檀道济的武士一刀砍在手上，“哎呀”叫了一声，便束手就擒。檀道济说：“我们是奉太后之命，来收回你的玺绶的。”玺绶就是皇帝的大印，是皇权的象征。刘义符交出玺绶，被檀道济押出后宫。这时，徐羡之已经招来文武大臣，列队两厢，“拜送”刘义符去吴郡（在今江苏省苏州市）。张太后手捧玺绶，交给徐羡之，然后泪流满面地上了刘义符的车，同他一起到吴郡去了。到了吴郡，刘义符就被关押起来。可怜只有十九岁的刘义符，在过了两年如梦如痴的荒唐日子后，便被徐羡之派人杀死了。
傅亮根据事先与徐羡之商量好的办法，率军到江陵，迎接刘裕的三儿子宜都郡王刘义隆来京。刘义隆问明了刘义真、刘义符的死因，控制不住自己，痛哭了一场。傅亮觉得情况不妙，吓出了一身冷汗。十七岁的刘义隆来到京城后，被推上了皇帝的宝座，史称宋文帝。操纵这次废立皇帝活动的徐羡之被晋升为司徒，还兼任卫将军和江州刺史。傅亮也被晋升为散骑常侍、左光禄大夫。谢晦被任为抚军将军，兼任荆州刺史。檀道济则被晋升为征北将军。刘义隆年轻，又是由徐羡之等人扶上台的，便由徐羡之、傅亮二人辅政。所以，大权实际上是控制在徐羡之等人的手中。不过，刘义隆是个很有心计的人，他对徐羡之等人的用心还是心中有数的。第二年，徐羡之就不得不把实际大权交还给刘义隆。
徐羡之交出大权后，心里很不是滋味，整天待在家里，闭门不出。他的亲信和朋友都极力劝说他重新出山。文帝刘义隆为了笼络他，也下诏征他继续做官。徐羡之借着这个台阶，又回到朝中当他的司徒。不过，这一次做官与前一次不同。从前是皇帝得听他的，现在则是他得听皇帝的。徐羡之万万没有想到的是，转过年来的正月，文帝刘义隆就下诏，揭露了徐羡之、傅亮、谢晦三个人穷凶极恶地杀害了庐陵王刘义真和少帝刘义符，命令中领军到彦之立即与征北将军檀道济去捉拿徐羡之和傅亮，又命令征虏将军刘粹断他们的后路。傅亮被诛，徐羡之出逃时走投无路，在追兵到时自杀身亡。
这时，谢晦正在荆州任上。他的弟弟在宫中当黄门侍郎，在徐羡之、傅亮被诛的前几天就看出了苗头，秘密地派人向他报了信，谢晦便在荆州起兵造反了。为了平定谢晦，文帝亲率大军北讨。
文帝听说檀道济在徐羡之杀害刘义真的时候，曾极力劝止他们，因此对檀道济是另眼相看的。在诛徐、傅二人的时候，才会派檀道济配合到彦之去捉拿他们。谢晦造反后，文帝在挥师北上的同时，又派檀道济分兵去平定江陵。谢晦还以为檀道济也会被文帝杀掉呢。可是前线的谢军很快吃了败仗，说是朝廷派檀道济来镇压他们，他们抵挡不住。谢晦一听这消息，大吃一惊，知道檀道济原来是站在文帝的一边。谢晦急忙带上几个从人，乘条小船，从行营逃回江陵。不想在江陵让到彦之的军队抓获，被押解到京城砍了脑袋。
檀道济在平定徐、傅、谢等人的过程中立了大功，受到文帝的信任，被改任为征南大将军、开府仪同三司，兼任江州刺史。“开府仪同三司”是个官名，是除了几位宰相外职位最高的官员。所以，檀道济算是比较受文帝信任的大臣。
文帝是一位比较有作为的皇帝。他在巩固了自己的统治地位后，继续实行父亲在世时实行的整顿吏治、抑制豪门的政治方针，在经济上则提倡节俭、奖励生产、减轻人民的负担。因此，在刘义隆在位的三十多年间，宋国的经济得到很大发展，社会繁荣，统治秩序稳定，史称“元嘉之治”，因为他的年号就叫作元嘉。中国又出现了统一的希望。在元嘉年间的前期，檀道济在军事上还是发挥了一定作用的。
文帝比较重用到彦之，想给他“开府”的官。为了让大家信服，他决定先派到彦之去征讨北方，立下战功，他也好讲话。于是，在元嘉七年，文帝拨给到彦之大量的粮草兵器，到彦之开始北伐，乘船沿淮河、泗水（在今山东省境内）向北进发，攻入魏国。泗水水量不足，船行得很慢。他又水陆并进，并攻占了洛阳、滑台（在今河南省滑县）、虎牢（在今河南省荥阳县）和金墉（在洛阳附近）。但是，第二年，魏军开始反攻，很快夺回了金墉、虎牢，在滑台包围了到彦之。这时已是严冬。黄河一旦封冻，魏军就会大举越过黄河，而宋军的粮食已经耗尽，到彦之一着急，又犯了眼病，形势非常危急。文帝只好派檀道济去救到彦之。
檀道济率军北上，一连打了三十多次小战役，大多获胜，但军粮不足，无法深入。因为有了檀道济的胜利，魏军不得不放松对到彦之的攻势，到彦之这才得以突围，烧掉船舶辎重，从陆路逃回彭城（在今江苏省徐州市）。当檀道济得到到彦之已经撤回的消息时，他的军粮也已耗尽，士兵已经开始饿肚子了。有一些动摇分子就逃跑投向魏军，并向魏军报告了宋军粮尽的情况。魏将知道檀道济足智多谋，未敢轻信，派人到宋营去侦察。
魏军的探子来到宋军营边，只见营西北角有营火，还不时传来“哗哗”的声音，似乎还有人在点数。两个探子赶忙摸过去躲在树影后面，想要看个究竟。只见几个兵士手中拿着一个柳条编的撮子，从地上的囤子里撮什么东西，然后倒在车上的囤子里。边上还有一个人一边数着，一边在纸上画记号，嘴里念叨着：“一百八十一斛，一百八十二斛……”另一个人说：“靠这些粮食，即使打不到长安，夺回洛阳也不成问题。”两个探子发现旁边无人处，还有几辆已经满载的车，正卸下了牲口支在那里。两个探子潜过去，在车上抓了一把，好家伙，全是黄澄澄的小米！他俩往自己口袋里装了一把小米，立刻回营报告。魏将一听，只说了一句：“果然不出所料！”便下令杀了来降的宋军士兵，然后后撤，堵住宋军进军洛阳的道路。
第二天，檀道济率领宋军迅速地撤回宋国安全地带。原来，昨夜他用了疑兵之计。那些装粮的士兵装的都是沙子，只是把仅剩的一点小米盖在那几车沙子的上面。檀道济这次出兵，虽然并没有夺回魏国土地，却把队伍安全地带了回来，又完成了营救到彦之的任务，因此声名大振。北魏对檀道济很是害怕，甚至举行驱鬼仪式，以为檀道济身上一定依附着什么魔鬼，所以他才会这样强大。
檀道济的功劳举国称是，文帝刘义隆当然也得承认。魏国害怕他，这对他来说也不失为一件好事。但他心里也不能不犯合计。自古以来，功臣功劳太大、权力太大，对朝廷来说，都不是好事。远的不说，就说汉代以来，曹氏代汉，司马氏代曹，刘氏代司马氏，历历在目。并且，檀氏整个家族的势力都在发展。他的孩子个个精明强干，他的朋友很多位居要津。这些都不能不引起文帝的忧虑。有一天，只有他同弟弟彭城王刘义康两个人在一起时，两人谈起了檀道济的战功。刘义康看了看文帝，小声说：“安知他不是司马仲达呢？”司马仲达是司马懿的号。文帝听了这话，心里不由一动，但嘴里却没有说什么。
文帝身体不好，经常闹病。这在历朝的守业帝王中是很平常的。刘义康一直担心哥哥万一有个好歹，会控制不了檀道济。特别是檀道济身在江州，这更使他们不放心。元嘉十二年，刘义隆的病更重了。这时，又逢魏军向南进犯。文帝刘义隆下诏让檀道济进京。
檀道济接到诏书后，也有点犯嘀咕。他现在是征南将军，主要是防卫南方各少数民族。魏兵犯境并不与他相干，为什么召他进京？他的妻子向氏说：“聪明的大臣向来忌讳功劳太大。现在，本没有什么大事，却召你进京，恐怕不是好事。”檀道济说：“如果我不去，不是更要引起朝廷的怀疑吗？”等檀道济来到首都石头城，文帝的病已经好了。这时，魏军虽然已退，但文帝又以魏军随时有可能来犯为由，没有让他回到江州。
元嘉十三年，文帝答应檀道济，可以让他回江州。但他刚要起程，文帝的宿疾又犯了。刘义康就以皇帝的名义下诏，让檀道济来参加祭祀活动。半路上，刘义康派的兵士突然包围了檀道济的车，宣布奉命捉拿他。檀道济怒目圆睁，两眼发出瘆人的光，像两把燃得正旺的火炬，吓得兵士们谁也不敢靠前。过了好长时间，他才像给自己的兵下命令似的说：“给我拿一大杯酒来。”那些士兵中的将领乖乖地给他端来一大杯酒，他咕咚咕咚几口就喝了下去。然后脱下帽子，往地下狠狠地一摔，愤愤地说：“你们这是自己毁坏万里长城！”当天，檀道济就被杀害了。他的几个儿子，还有他在朝中的一些朋友也都遇害。
这消息传到魏国，即将统一整个中国北方的魏武帝拓跋焘兴高采烈地说：“檀道济死了，宋国就没有什么可怕的了。”从那以后，魏国几乎年年进攻宋国，颇想借这个机会一举打过长江去。刘义隆问他的一位大臣：“谁可以代替檀道济抵抗魏国？”那位大臣说：“檀道济屡立战功，魏军十分害怕他。现在没有什么人可以代替檀道济。”文帝说：“不至于吧。汉代李广在世的时候，匈奴不敢进犯。李广死后，不是还有几个人代替他吗？”那人没有回答他。事实上，确实没有人可以像檀道济那样让魏军害怕。在以后同魏军的军事争夺中，宋军很少能占到便宜。到了元嘉二十七年，魏军竟长驱直入，一直打到长江边。这就发生了刘义隆登石头城的感慨。
第二年，文帝杀了自己的弟弟刘义康。元嘉三十年，刘义隆的太子刘劭杀了刘义隆自立，仅三个月后，武陵王刘骏又杀了刘劭自立。“元嘉之治”的大好形势也就一去不复返了。