当时，清政府倡议的是“借师助剿”之政策，即借助外国人的力量，协助镇压农民起义。曾国藩则认为，这种政策在上海一地可以实行，而在其他各地绝不可行。理由是，上海是通商口岸，洋人已有权进驻通商，而南京、苏杭等地尚不是通商口岸，若洋人以“助剿”为由，进驻各地，必定会生出许多枝节来。再者，洋人之所长在“船坚炮利”，而太平军主要是陆师，长江等水域已被湘军水师控制，不需要洋人“助剿”。他反对江浙绅士官员请求让洋人“代管”南京、苏杭的建议，认为这是一种奇耻大辱。
清政府相信曾国藩及其湘军足以镇压太平天国运动，乃放权给他，让他在江南放手大干。曾国藩自己曾表白：3年前，江南具有相等权力的共有5人，一是钦差大臣、二是两江总督、三是督办徽防、四是督办宁防、五是管辖李世忠和苗沛霖的钦差大臣，而目今他是“一身所处兼此五人之职，而又新添安庆、池州等沿江十余城”，事实上已经成了真正的“东南之主”。
四、怎样闯过“狡兔死，走狗烹”这一关
当年，范蠡在离开越国之前给文种写了一封信，上面说道：“蜚（飞）鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹。越王为人长颈鸟喙，可与共患难，不可与共乐。子何不去？”但文种没舍得离开，结果被越王勾践所杀。
在历史上，没有闯过“狡兔死，走狗烹”这一道关的大人物可以列出一份长长的清单。最著名的最具代表性的案例，除了勾践把复国功臣文种杀了之外，还有汉初韩信被诛杀，明初朱元璋大肆杀害开国元勋等。
曾国藩和湘军成功地挽救了大清，曾国藩等这些有功之臣大多都没有被“狡兔死，走狗烹”，那么他们是怎么闯过这一道生死关的呢？
1.大功将成之日，他却忧心忡忡
随着湘军全胜在即，大功将成之日的到来，曾国藩却日夜不安，忧心忡忡。他在思考当天京被湘军攻克之后，自己与清政府的关系该如何处理。每每想到历史上那些由于“功高震主”而“兔死狗烹”的例子，他内心就不寒而栗。
远在曾国荃与曾贞干率部东下之时，他就反复告诫他们（其实也是自我告诫），一定要在鼎盛之时，禁绝骄傲自满，要随时准备着急流勇退。观其家书，在这期间，他告诫曾国荃的书信一天比一天多。例如，在同治元年（1862年）五月十五日，他给雨花台大营中的兄弟曾国荃去信说：“现在是咱们家的鼎盛之时，兄弟们非督即抚，近世能有几家得此殊恩？但日中则昃，月盈则食。我们家现在正是盈时啊。管子说：斗斛满则人概之，人满则天概之。余谓天之概无形，乃假手于人以概之。霍氏盈满，魏相概之，宣帝概之；诸葛恪盈满，孙峻概之，吴主概之。待他人之来概，而后悔之，则已晚矣。吾家方丰盈之际，不待天之来概，人之来概，吾与诸弟当设法自概之。”
这封信写得很长，曾国藩引用历史上霍光等人因恃功自满而遭遇不测的例子，来教育诸弟要谨慎自勉，自惕自概，把握好“廉、谦、劳”三个字，要不贪财、不贪功、每日劳心自省，祖宗留下的福分，不要让我们享尽，要时时回头看看，及时后退，才会有可退之路。
此后，他的惶恐不安一天甚于一天，几乎感到末日将至，感觉说不好哪天皇帝就要加之斧钺。同年六月二十日他在给曾国荃的信中又说：“阿兄忝窃高位，又窃虚名，时时有颠坠之虞。吾通阅古今人物，似此名位权势，能保全善终者极少，深恐吾全盛之时，不克庇荫弟等，吾颠坠之时，或致连累弟等，惟于无事时常以危词苦语互相劝诫，庶几免于大戾耳。”
后来，由于与沈葆桢争夺江西厘金之事，搞得舆论都说他“恃功骄蹇”。他在给好友郭嵩焘去信时诉苦：“近来体察物情，大抵以鄙人用事太久，兵权过重，利权过广，远者震惊，近者疑忌。揆之消息盈虚之常，即合藏热收声，引嫌谢事，拟于近日毅然行之。”他说的“毅然行之”，就是要急流勇退，辞职告退，于是便有了当年要求引退的奏疏。就当时与沈氏争饷论文，确有借引退赌气要挟清廷之意，但亦兼有引退求善终之心。
同时，他还给曾国荃、李鸿章等人多次去信，一次次地说，古来处大位、揽大权者没有几个可以“善其末路”的，现在户部发来“部文”，已经在怀疑自己“广揽利权”，看来谤忌已生，“凶于国而害于家”的下场即将到来，等到“金陵克复，拟即引退”。
曾国藩的心情越来越沉重了，像有一块巨石压在心口，无论如何也排解不掉，他身在安庆，而心在天京战场，日夜盼望天京被他的军队攻打下来，也好了却他多年的夙愿。但是，攻下天京来又正好是他估计的“日中”、“月盈”之时，也是他等待的最可怕的日子。这种自相矛盾的时日，荣辱俱至的时日，正是压在他心头上难以排解的巨石。
2.天京被攻下之后，清廷果然警告曾国藩
同治三年（1864年）六月十八日深夜，曾国藩终于接到曾国荃攻克天京的急信。据说，那种既怕又喜的心理压力，使得他的手颤抖得连信都打不开了；而在看信之后，那种且惊且惧的心情，竟使得他晕了过去。紧接着就是“绕室彷徨，彻夜不眠”，思考着应付危机到来的办法。
那几天里，许多朋友都因为湘军攻破了天京，而或登门祝贺，或捎书传信为曾氏兄弟庆祝、向他们贺喜。而他的朋友窦垿却提醒他说：“大功成矣，意中事也，而可喜也。顾所以善其后者，于国何如？于民何如？于家何如？于身何如？必筹之已熟，图之已预矣。窃尝妄意：阁下所以为民者，欲以‘勤俭’二字挽回风俗；所以为家为身者，欲以‘退让’二字保全晚节。此诚忧盛危明之定识，持盈保泰之定议也。”这封信让他读了之后，更加心惊肉跳，更加深思着该如何“退让”，如何“持盈保泰”的办法。
然而，天京攻克了，他还得按部就班，先以曾国荃信上写的攻城、杀“贼”等情节，向皇帝拟报捷折。以后的几天，曾国荃随时都送来大沓大沓的信件，曾国藩虽未临战，也知道了破城的详情。他的报捷折、保举折都是综合天京送来的信件写成的。奏折发出去后，曾国藩等着清廷的批复，也亟待知道清政府的态度。
上谕终于来了。此篇上谕，是皇太后、皇帝看了曾国藩的奏报后当日发出的，为湘军攻克天京而称贺，加赏曾国藩太子太保衔，赐封一等侯爵，赏戴双眼花翎。曾国藩接旨后，于当天乘轮船前往南京视察。他要了解被攻破的天京的具体情况，要亲自审问李秀成，还要劝说曾国荃如何闯过“功高震主”这一关。
通过审讯李秀成，曾国藩知道了攻破天京时太平军的实际人数，并不像曾国荃所说的天京城内的10万太平军，被湘军全部杀毙了。同时了解到幼主洪天贵福在湘军大肆抢掠、秩序混乱之际已逃出天京，而不是像曾国荃所说的已在城破时“举火自焚”。李秀成还供认：天京城内有“圣库”、有金银珠宝的窖藏等，这些情况与自己的奏报均大不相符。这些情况，如果被清廷审问知道了，都将会成为他“欺君罔上”的罪证。于是他宁可违背将李秀成押送京师的旨意，在七月六日就将李秀成杀害了，还大量涂改了《李秀成自述》，以掩盖湘军抢掠财物的罪证，掩盖他们屡屡谎报军情的欺君行为。
看了浩劫之后南京的惨景，看了湘军官兵如同强盗般的情景，曾国藩心情更加沉重了。他深刻地了解自己的“九弟”，了解他率带的军官和士兵，他们不理解水满则溢的道理，他们只知争功抢掠。思之再三，他决心先为自己的九弟找一个通向安全岛的路子。
在满目凄凉的南京城里，在熊熊大火尚在燃烧之时，曾国藩和他的湘军将领们拜接了清廷新颁的上谕。上谕对曾国藩的封赏没有变化，还是在安庆临行前看到的上谕内容，只是增加了一段军兴以来的“勋绩”表彰。而后是对曾国荃的“功绩”的表彰，封其为太子少保、一等伯爵。接着是李臣典、萧孚泗分别封子爵和男爵；朱洪章、刘连捷、张诗日、彭毓橘等加封骑都尉或轻车都尉。不知何故，同是封赏却分两道上谕。在另一道上谕里，对僧格林沁、官文、李鸿章、杨岳斌、彭玉麟、骆秉章、鲍超、都兴阿、左宗棠、沈葆桢及江宁将军富明阿分别给予表彰和封赏，赏赐不比曾国荃等低。如僧格林沁加封贝勒一名，由其子受封（前已封亲王）；官文加封伯爵，本支抬旗；李鸿章加封伯爵等。
曾国荃对自己的封赏并不满意，牢骚话刚一出口，又一道上谕发到，直接点了他的名，指责他“指挥失宜，遂使伪忠酋夹带伪幼主一千余人，从太平门缺口突出”；并指责曾国藩奏报幼天王“积薪自焚”情况失真，责令他惩罚防守缺口不力人员；还说“金陵城陷于贼中十余年，外间传闻金银如海，百货充盈”，勒令曾国藩查清报部，以备拨用。上谕中杀机毕露之处是：“曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。”