尽管旗兵们在武昌起义中没有抵抗，但他们中的大多数人都被杀害了。武昌城里，四大满姓家族（扎、包、铁、布）均被杀害，八旗会馆也被完全摧毁。第二天的早上，当十八星旗飘扬在原总督衙门时，旗人们的尸体也堆满了邻近的街道。
1.喋血的革命：
这一切看起来并不美
武昌起义爆发后，清廷的反应还算迅速，原定数日后举行的永平秋操被立即喊停，之后，陆军大臣荫昌受命督率北洋军南下镇压。荫昌，满洲正白旗人，早年毕业于京师大学堂，后派往德国学习军事，回国后曾任北洋武备学堂总办等职。庚子年后，荫昌曾陪同醇亲王载沣前往德国谢罪，任务完成后担任出使德国大臣，并娶了一位德国女子为妻。直至1910年，荫昌才回到国内，并出任陆军部大臣。
从效果上看，让荫昌率兵南下多少有些所用非人。荫昌娴于军事固然不假，但他本人是一位学院派将领，既没有经历过任何战阵，也没有编练过自己的部队。他的专长，在于军事行政管理而非前线指挥作战。南下途中，北洋军也是一片乱相。如曹汝霖在回忆录中描述的，“及至开发，又各自为政，争先恐后，毫无秩序。兵车沿途拥挤，到了刘家店，不能前进，经京汉局长率领军务人员，前往指挥调度，方始前进。及到汉口附近，检点军装，有携炮没带炮弹者，有带了炮弹与炮膛不合者，转展配换装运，费时一月有余，正让武昌方面，从容布置，通电各省，呼吁响应”。
由于各种原因，南下的清军主力在20日之前仍未能到达武汉前线，而这十天里，汉口、汉阳相继陷落，武汉三镇及周边地区都落入了革命军的手中。毋庸讳言，革命总是伴随着血腥、杀戮与混乱，即便是号称“和平的、代价很小”的辛亥革命，其在革命过程中同样存在着一些并不是那么值得颂扬的东西。
辛亥革命是一场由民族主义激发而来的革命，而民族主义在特定的氛围中又极容易发展成种族的仇杀主义。这种倾向，在武昌起义的一开始就表现得十分明显。据革命士兵吕中秋回忆，起事之前，最先发难的工程营即公议“禁令十条”，其中包括“勾结满人者斩”“私藏旗人者斩”两条。起义爆发后，测绘学堂的革命学生试图杀死他们的旗籍同学松景，后被人阻止，而阻止的原因竟然是怕血腥杀戮会吓走学生，令其不敢出去革命。
第三十标革命士兵鲁祖轸也回忆说，当时他们所在标（标相当于团）的各棚都有一两名旗籍清兵，革命前已分配同志负责解决。起义时，他和另一位革命士兵刘秉钧负责结果一名叫双璧的旗兵，但当他紧跟在双璧的后面，待机动手时，“我棚正目陈佐黄见我迟慢，即高举枪托猛击双璧头顶，原期结果性命，不料枪托稍偏左，双璧顺势滚下楼梯，一溜烟向第一营旗兵营跑去。”
武昌原本不是八旗驻防地，但随着清末新政的次第铺开，一些旗人（主要是荆州八旗）因为各种原因而移居到这个省会城市。从1904年起，在湖北当局及荆州将军的安排下，荆州旗兵被轮流派到湖北新军中受训（据估计，湖北新军十名士兵中有一名是旗兵），这些旗兵主要集中在第八镇第三十步兵标（团），其中第一营中的两个队和第二、三营的各一个队（每营共四队，每队约150人），合计约一个营的兵力为旗兵构成，他们的统领也是旗人。第三十一标也有一个队的旗兵，另外大概还有四分之一（大概250人）的旗兵分布在其他部队或军事学堂。尽管这些人在当晚的起义中没有抵抗（或来不及抵抗），但他们中的大多数人都被杀害了。武昌城里，四大满姓家族（扎、包、铁、布）均被杀害，八旗会馆也被完全摧毁。第二天的早上，当十八星旗飘扬在原总督衙门时，旗人们的尸体也堆满了邻近的街道。
据多名武昌起义者的回忆，“革命党人只要是捉到旗兵，不是就地杀掉，就是送到革命政府枪毙，很少幸存下来的。有的旗兵被捉后，至死不讲话。越是不讲话反而越是证明是旗兵。直到首义成功三天之后，军政府下了命令，捕杀才停止”；“首义后两天，还有不少的旗兵四处窜扰，间或也有少数人趁火打劫，同学萧杰臣、刘邦钦、傅人俊、王兆鸿等，联合部队在长街刘天保对面某住宅内，拿获枪械齐全的旗兵十余人，当即枪决。江学行、李春山等亦随蔡等出营，沿途消灭旗籍兵士甚多”。共进会员郭寄生说：“我以曾在街上亲见便衣数人，手持雪亮大刀追杀旗籍妇孺事情，力言革命宗旨主要在推翻清廷政权，挽救危亡，若任意杀戮，甚至妇孺不免。此则暴徒行为，不但为国际上所反对，且必定惹起种族仇恨。”
民国知名将领、时为武昌陆军第三中学学生的陶峙岳也曾回忆说：“在旗人居住区，则有些旗人被杀，陈尸街头，其状甚惨。”不过，陶氏认为：“碰到这样天翻地覆的大风暴，死几个人也是难免的。想到清兵下江南时，惨绝人寰的扬州十日、嘉定三屠，这就不算什么了。”陶峙岳的这种想法，似乎也代表了当时很多年轻革命党人及革命士兵的共同看法。
勒庞在《乌合之众》中说，“群众不善推理，却急于采取行动。那些教条，具有不容讨论的专横武断的力量。”在如此的非常情势下，说“旗兵四处窜扰”或“趁火打劫”更接近于一种杀戮的托辞。如起义后，湖北省咨议局遭到不明射击，革命士兵迅速查抄了附近的宝瑛公馆（宝瑛为荆州驻防旗人，日本士官学校毕业，曾做过湖北新军标统，后调任陆军小学总办），当时公馆中只有宝瑛妹妹一人，后被杀死并拖到阅马场陈尸示众，为反抗革命者戒。此事在革命党人蔡寄鸥的回忆中记载甚详，实则宝瑛及其妹何尝反抗过革命。
咨议局的被袭引发了对武昌幸存旗人的大清洗。革命军在大街上任意拦下行人并盘查他们是否满人。据革命党人李廉方的记载：“那些头后部扁平的人都被要求读666（六百六十六），如果他们读niu而不是读liu，那么他们就会被杀头。”
据革命士兵万业才所说：“在当时，革命党人并不懂得‘优待俘虏’‘缴枪不杀’的政策，在捉到旗兵后大多处死。有的旗兵被捉后不讲话，有的学‘湖北腔’应付盘查。革命党人想出一个办法，出入城门者，都要念‘六百六十六’后方能出进。‘六百六十六’湖北语音为”loubelousilou“，不是武汉土生土长的人，是不容易学得一模一样的。”以发音判断是否旗人的方法未必是最科学的，因为它会使得那些发音并不是那么标准的人（特别是在京师、直隶一带待的时间比较长的人）遭受莫名的危险；再者，荆州旗兵不懂满语也不讲京话，他们说的乃是荆州土话，但凡来自荆州一带的人，其危险程度就越高。
万业才亲身参与了起义当晚搜索旗兵的行动，“午夜过后，我们听见有一处芦苇沙沙作响。我们大声喝叫：‘哪一个？快出来！’毫无反应。我们又喊：‘再不出来开枪了！’接着对准草动处开了一枪。果然草丛里爬出两个人来，遍体污泥，浑身颤抖。我们问他：‘做什么的？为什么黑夜躲在这里？’一个不开腔，另一个吓得结结巴巴，好一会儿说不成一句话来。从语音上判别，显然是个旗兵。原来三十标的旗兵多半是从东北三省中的满族内征调而来，语音很容易辨别。天亮之后，将此二人送到军政府处决了”。
万业才为他们的行动辩护说，旗兵被杀是因为他们长期欺压汉兵，“例如，汉满士兵二人相向走来，汉兵不能正视旗兵。否则，旗兵马上质问你：‘你看什么？鬼日娘的！’‘你吃谁的饭？’如果你不回答是‘吃皇上的饭’，马上就大祸临头，轻则禁闭，重则杀头。正是因为旗兵平日骑在汉兵头上作威作福，飞扬跋扈，蛮不讲理。所以，革命党人早已恨之入骨，准备造反”。不过，从常识上说，人数上处于劣势的旗兵无缘无故挑衅汉兵的回忆颇有点不可理喻，而且湖北新军中的旗兵来自荆州而不是东北，万业才对他们显然并不熟悉。
武昌起义的领导者之一熊秉坤曾回忆说，10月12日的反满暴力达到了顶峰。那天的杀戮是如此的骇人听闻，以至于一百多名当地绅商联合起来，一致要求湖北军政府阻止其士兵进入民宅搜索旗人。但军政府却以军事需要为借口而拒绝了。直到汉口的11名外国领事出面干涉后，军政府才于13日下令停止这种杀戮。尽管他们心里并不愿意，但出于外交上的考虑，或者说出于对列强的畏惧，军政府听从了各国领事的建议。因为后者在这场革命中保持中立是非常重要的。
10月14日，一名路透社的记者来到武昌，他“发现到处都是满人尸体”。他估计有八百人被杀。一名军政府的代表则在巡视武昌后估计有四五百名旗人在起义后的前三天被杀，由于担心传染疾病，受害者的尸体都被掩埋了。革命者曹亚伯则声称，有四百名“旗人士兵”被杀，另有三百名被关押在监狱，大约一百名在1912年春天被释放。但令人哭笑不得的是，其中有七名旗兵因为过早的释放而在回荆州途中被杀害。美国历史学家周锡瑞认为，对武昌的旗人来说，“那差不多就是屠杀”。
如果旗兵被杀是因为他们具有潜在危险的话，那么杀害妇孺似乎是完全没有必要的。美国学者路康乐在《满与汉》一书中有这样一段记载：“一个将要被杀害的旗人妇女可怜地哀求：‘我们是无罪的，我们也憎恨我们的祖先，因为他们虐待汉人。’另一位老夫人哀求：‘杀死我们这些没用的妇女和孩子，你们能得到什么呢？为什么不释放我们以显示你们的宽宏大量呢？’士兵们虽然有所触动，但不敢回应，还是将她们杀死了。”
在这场风暴中，旗人妇女的境遇十分糟糕，因为她们的头发、服饰和汉人女子有较大的差别。更要命的是，即使这些可以改扮，但她们有一个致命的缺陷，那就是旗人女子不缠足。她们原本引以为自豪的天足，这时却成了危险的来源。
有革命士兵回忆，“发现藩库有匪人截取银两，当将银两夺回，因念行劫者系见财起意，故未予严办，就放走了”。非常时期下，革命党人可以宽容盗贼匪人却不能宽容旗人妇孺，这种逻辑本身就很奇怪。更离奇的，在局势混乱的情况下，就连强盗拦路作业时也动辄以被劫者为“满人”或“汉奸”为名加以抢劫。革命党人殷子衡就曾回忆说，革命时有一些犯人被放出去后重操旧业，“是处有以保安杜为名的强盗多人，拦路抢劫，到夜深闯进我的睡房，说我是满人，是汉奸。有的说‘抓出去用枪打了他’，有的说‘用刀砍掉’，有的说‘把他捆起来送到都督府去’。我因病了，懒得说话，也不愿意同他们辩论。群盗挨近我的身旁，任意搜洗。身上几十块钱的路费，都被他们拿去了。后来有一盗瞪着眼睛望着我，说：‘你不是殷先生吗？’我答应他说：‘是的。’我也把眼睛望着他说：‘我在哪一处会过你的呢？’他说：‘在模范监狱里。’我说：‘是的，是的。’此盗就向他的伙伴说：‘我们出去罢，殷先生我认得他，他曾为革命遇过难呢。’众强盗听了这几句话，就一个一个的退出去了，并且把抢去的钱还我十八元，以作船费。”这段听起来极具喜感而滑稽的故事，似乎证明了一个由来已久的“优良传统”，那就是“盗亦有道”，看来并非虚言。
相比而言，武昌起义中被杀的旗人并不算多，最严重的是陕西西安。西安的旗人大概在2万人，城墙很高，防御坚固。1910年，美国社会学家E.A.罗斯到陕西游历访问时，他对当时的满城和旗人武装颇不以为然：“如今西安的八旗子弟居住区，城墙东倒西歪，空气沉闷，到处是杂乱和腐烂的景象。在一个军事演习的大场地，清朝高级军事官员正在一旁检阅边奔跑边打靶的骑兵。那些懒洋洋的享有特权的八旗子弟虽然曾在军队里受过所谓的训练，但毕竟缺乏坚强的意志和战斗力，行军二十英里他们就会垮下来。”
最致命的是，西安的旗兵在武昌起义爆发前正好需要更换武器，当时已使用了15年的3000支快枪被卖出去了（可能是卖给军事程度相对较低的巡防营或警察），但新的武器还没有到，结果旗兵只能用旧式前膛枪和过时的后膛枪进行抵抗。在革命军攻打了一天一夜后，西安满城终于被攻破。革命士兵如潮水般的从南面和西面涌入，并将城内的所有居民视为敌人加以攻击（或者说杀戮）。据一位名叫J.C.凯特的英国传教士事后的调查：“无论长幼，男女，甚至小孩子，都同样被杀。房子被烧光抢光，那些希望躲过这场风暴的人最终也被迫暴露。革命军在一堵矮墙后，放了一把无情的大火，把鞑靼城焚烧殆尽。那些试图逃出来进入汉城的人，一出现在大门，就被砍倒在地。两名新军的年轻军官后来回顾时承认：‘没有必要杀死这么多旗人士兵及其家属。’”
西安满城的杀戮极其残酷而且彻底。据凯特的记录：“当满人发现抵抗徒劳无益，他们在大多数情况下都跪在地上，放下手中的武器，请求革命军放他们一条生路。当他们跪下时，他们就被射死了。有时，整整一排都被射杀。在一个门口，十到二十人的一排旗人就这样被无情地杀死了。”