16世纪宗教改革时期，勃兰登堡的霍亨索伦人和普鲁士骑士团国家的霍亨索伦人都相继改变航向，改奉新教路德教，增加了双方的亲和感。特别是骑士团国家那位年轻的、有教养的、受人文主义影响的团长阿尔布雷希特，不仅企图摆脱波兰的宗主权，把骑士团国家重新拉回德意志帝国，而且企图利用宗教改革加强骑士团国家的地位。他成功地使骑士团国家的等级代表赞成马丁·路德的宗教改革，骑士团国家自此同罗马教廷分手，但摆脱波兰宗主权一事没有成功。1525年，阿尔布雷希特宣布维斯瓦河右岸的普鲁士成为世俗化的公国：普鲁士公国。他以继续承认波兰国王的宗主权，换得波兰国王“敕封”他为普鲁士公国的世袭公爵。教皇和皇帝的反对以及不承认骑士团的教产还俗，对普鲁士公国的政治发展毫无意义。现在成为普鲁士公爵的阿尔布雷希特，在他的勃兰登堡兄弟们的支持下，还统治了45年。这块既承认帝国又承认波兰的国土，在政治经济和文化方面都获得发展，成为东欧的文化和经济强国。1544年在首府柯尼斯贝格建立的阿尔贝土斯大学，很快成为东北部新教的堡垒。新的移民的增加反映了这块国土的开放与开发。波希米亚和荷兰的被驱逐的教徒，在普鲁士公国西部找到了避难所；在南部迁入了马佐维亚的贵族和农民，这些人在波兰的反宗教改革的压力下逃了出来；出于同样的原因，立陶宛的移民和德意志的农民进入东北部。普鲁士公国也像勃兰登堡一样，成为一个移民的国家，富有活力。还在这位公爵生前就有人谈到普鲁士和勃兰登堡联合的事。统治勃兰登堡的霍亨索伦亲戚们渴望能获得普鲁士的继承权。整个16世纪，勃兰登堡选侯们的领土继承权要求，主要目标就是东部的普鲁士公国。1618年对霍亨索伦家族是重要的一年。这一年最后一位普鲁士公爵阿尔布雷希特弗里德里希（阿尔布雷希特的唯一儿子），患精神病去世无嗣，他的女婿、1608年即勃兰登堡选侯位的约翰西吉斯蒙德（JohannSigismund，1608—1619在位），才有可能把这块波兰王国的“藩属”普鲁士公国，作为遗产接受过来，形成勃兰登堡普鲁士个人联盟，但普鲁士还继续保留波兰的宗主权。此前选侯对德意志西部土地居里希克勒弗贝尔格公国的继承权要求在1614年也得到回报，勃兰登堡人得到克勒弗公国、马尔克伯爵领和拉文斯贝格伯爵领，继承的依据仍同普鲁士有关：选侯妃（那个患精神病的普鲁士公爵的女儿）的外祖母正好是克勒弗的女公爵。普鲁士和西部几小块对后来普鲁士的发展如此有意义的领土的获得，使勃兰登堡选侯约翰西吉斯蒙德的统治范围从莱茵河一直伸延到梅麦尔，虽然他的邦国不是联成一片的，不是由单一民族组成的，却具有强大的凝聚力，初步形成后来普鲁士王国的规模。德国历史学家莱奥波德·兰克（Leopoldvon Ranke，1795—1886）认为，“这对于国家和家族来说，确实是前进了一大步。”以前的宗教骑士团国家，为勃兰登堡留下最重要的遗产，不是别的，乃是它的名字：普鲁士。普鲁士在历史上首先是当作罗马天主教骑士团国家的名称，使用了三百年，而后成为新教普鲁士公国，最后成为新教勃兰登堡全部领地的国名：普鲁士王国。
二、普鲁士王国的崛起
把勃兰登堡普鲁士造成强权国家的奠基人是1640年即选侯位的弗里德里希威廉（Friedrich Wilhelm，1640—1688在位）。这是一位雄才大略的年轻君主，由于母亲的出身而带有西部德意志普法尔茨奥兰治家族的血统，因而同西欧的喀尔文主义相接近。三十年战争的混乱和贫困，给他的童年留下深刻的印象。即位时一种绝对的混乱既统治着勃兰登堡马克，也统治着西部和东部的领地。1648年的威斯特伐里亚和约，并未带给得胜方的勃兰登堡普鲁士选侯所希望的好处，至关重要的易北河和奥得河出海口地区却被瑞典人所控制。在普鲁士，贵族的不臣服与骚乱接连不断，不少人以效忠波兰国王来对抗霍亨索伦家族的统治。普鲁士这块边陲领地不是没有可能摆脱家族统治之链重新分离出去的。年轻选侯面对贵族、容克和分离主义势力，地位虚弱，面对着国外强权，地位同样虚弱。他决心打破这种局面。1643年第一次来到柏林，1650年迁入柏林王宫，开始采取行动。他说：“我一定要把勃兰登堡普鲁士造成为强权国家”。他因而被尊为大选侯。
三十年战争留给大选侯两大教益：一是必须保有一支独立的、听命于自己的常备军；二是利用帝国全面衰落、无中央皇权可言之机，建立勃兰登堡普鲁士邦国诸侯专制政体，在自己邦国内实行中央集权的君主专制主义，在德意志帝国内部“找补”，扩展势力。三十年战争后期，大选侯已完全抛弃父亲的旧部队，按瑞典人的榜样建立选侯新军。新军由长期服役的士兵组成，由职业军官领导，成为德意志兰的第一支常备军，它向选侯宣誓效忠。新军由单个团队组成。士兵们驻扎在“征兵区”的农民和市民家里，置于铁的纪律之下。纪律由一个只对选侯负责、佩挂肩章的军官团维护，军官团则由本地征召的贵族组成。大选侯还按法国榜样，建立了讲武学堂，要求容克贵族的儿子作为服役入学。光荣的制服和军官在社会中引人注目的特殊地位，很快改变了讲武学堂学生不愿服役的情绪和态度。大选侯同最高级军官的例行商讨，成了一种固定的“制度”，奠定后来普鲁士总参谋部的基础。这支军队的军费来自税收，主要还是来自法国的“补助”。大选侯以这支常备军为后盾，贯彻自己的意图。可以这样说，三十年战争造成了后来普鲁士军事国家的基础。
取得成功道路上的第一步，是如何制服容克贵族，克服贵族等级的反抗，给邦国带来效率与秩序。1653年大选侯同容克之间达成了勃兰登堡邦议会协定。协定承认容克对农民有专门的特权，即邦国承认再版农奴制合法化；承认贵族地主免交代役租，谷物、木材和羊毛输出免税，以及自由狩猎等；承认贵族地主获得作为世袭法庭和地方治安机关主人的权利；颁布更为严酷的婢仆法令。容克贵族则同意，为维持和装备常备军，选侯可以向农民和城市居民增加税收（又叫军事税），包括金钱和实物；同意建立一支常备军，承认选侯为其最高统帅。容克们唯利是图，又从选侯处购得向他们属下的农村和城市居民收税的权利。选侯则利用这支常备军积极推行中央集权计划。可见，1653年的邦议会协定，是选侯同容克之间的一种妥协，大选侯把此看成是一大成就。邦议会协定使容克在政治和经济上的统治在勃兰登堡普鲁士巩固下来，加上只有容克出身的人才有权担任常备军军官，容克在军事方面保有决定性的影响。容克阶级成了大选侯统治的阶级基础，成为霍亨索伦家族在德意志兰的主要支柱和使德意志兰普鲁士化的主要力量。
在西部领地上，大选侯同克勒弗贵族达成邦议会协定。协定废除了克勒弗的等级制度，废除了贵族不纳税权和官吏根据等级特权宣誓的权利，承认选侯有建立军队的绝对特权。在东部领地普鲁士，大选侯同贵族等级争斗得特别激烈。这儿的容克与柯尼斯贝格的城市贵族结盟，拒绝向大选侯作忠诚宣誓。大选侯则动用军事手段迫使他们承认选侯的邦君权力。他们拒绝纳税一事被1661—1663年的邦议会否决。抗拒的容克代表及城市贵族代表或被下狱或被枭首。大选侯在这里用了一句格言：
“必要时就得中断法律。”不过他并不想消灭等级制度，而只是限制它到不能再限制邦君的权力为止。邦等级议会自此不再召开。税务机构被置于大选侯的官吏监督之下。新的间接税、城市货物通行税也摆脱了邦国等级的控制。约在1656年，大选侯已保有一支1.8万名受过优良训练的士兵组成的常备军，用这支军队作靠山，成功地实行了普遍的税收改革，划一了勃兰登堡普鲁士各地的税收制度。从这当中取得的钱，又大部分用于军队，由大选侯派出的“军事专员”监督和管理。
成功道路上的第二步，是建立了邦国诸侯专制政体，推行了重商主义政策。弗里德里希威廉大选侯在这方面所追求的目标非同一般：使勃兰登堡普鲁士成为自立自主的国家（无论对内或对外）；使勃兰登堡普鲁士成为富强的国家（军事上和经济上）。当他掌握了一支个人的常备军后，就更积极地推行邦国中央集权计划。1651年起恢复了枢密顾问委员会作为中央权力机构。主席波美拉尼亚人奥托·冯·施维林（OttovonSchwerin，1616—1679）等人成为大选侯的左右手，向大选侯提出许多关于军队组织、行政组织特别是经济组织方面的可行建议。大选侯委派官吏，任命各城市中新设立的税务委员，这些人后来控制了城市的行政。在农村设立了行政公署作为管理广大平原地区税务的税务署，它们后来都变成了钦差监督公署了。在诸领地，大选侯也设立军事专员公署作为最高行政机构。一个官僚集团形成，它和军官集团一起，成为勃兰登堡普鲁士君主国的两大支柱。显然，勃兰登堡普鲁士的专制政体，并非建立在社会内部资产阶级同封建贵族间力量的均势之上，而是建立在君主同容克贵族的妥协之上。因此选侯需要不断地改革国家行政管理，使之适应于自己的需要。他说他这样做所根据的原则，乃是“君主应是国家的第一公仆”。他的曾孙弗里德里希大王后来把这一原则提高为开明君主专制的信条。此外大选侯在宗教宽容方面也为他的后代作出了榜样。
重商主义的经济政策，促进了勃兰登堡普鲁士的经济发展。世界商路转移到大西洋和北海，并没有对勃兰登堡构成太大的威胁。勃兰登堡因据有德意志输出物资的重要河流易北河和奥得河，又在威悉河和莱茵河下游拥有领地，成为东西方贸易和南北方交换的必经之地，这种地位还由于开凿奥得河和施普雷河之间的“弗里德里希威廉运河”而得到加强。勃兰登堡利用这种有利地位向西欧各国输出谷物，经济也较快地从三十年战争中恢复过来。现在大选侯把发展贸易、发展包买商手工业和工场手工业，看成是主要财源，特别是养兵的“乳牛”。1667年起城市中设立一种统一的经常性的消费品税（邦内的货物税和交通税），有助于城市经济的发展。财政开始走上正规。此外大选侯时期改造或改建了道路和桥梁，实行了统一的币制，建立了全邦国的邮政联系。17世纪80年代开始，大选侯还开始向海外扩展，开办了“勃兰登堡非洲贸易公司”，也从事海盗活动和贩卖奴隶。
对勃兰登堡普鲁士经济发展有意义的事还在于接受大批移民。1685年大选侯在《波茨坦敕令》中，准许涌入勃兰登堡普鲁士的2万余名被法国驱逐的胡格诺派新教徒居留避难，“自由选择居地”。这批胡格诺派新教徒大部分是有资本、有实力、有技术的人，他们把极有价值的生产经验和经济上远为发达的法国资本带到勃兰登堡来，移民们分别开办了纺织手工工场，玻璃工厂和奢侈品工场，以及生产铁、丝、纸的企业。在首府柏林，不久出现了一个繁荣的“法国人区”。他们的资本、技术和活动有助于后来普鲁士的工业化。他们还为军队提供了五个新团的兵力。在这以前，1671年大选侯还接纳了50个被维也纳驱逐的犹太人家庭，他希望利用犹太人的经济力量作为对抗等级手工业工会的工具，并保持犹太人作为“宫廷犹太”和“制钱犹太”的身份：他们供应军队的武器装备和粮食给养，供应宫廷需要，参与宫廷预算开支等。1700年在柏林建立第一个犹太教堂。接着而来的是为保持自己新教信仰的韦尔多派教徒和门诺派教徒，后者主要安置在斯滕达尔和马格德堡地区，其他人则涌入东部领地普鲁士。大选侯及其后继者都同意保护，授予避难权，实际的考虑主要是在经济上。法国的重商主义者柯尔伯，是大选侯所推崇的人物，认为世上财宝只有一种形式：钱，而这位勃兰登堡普鲁士的“柯尔伯”却认为：“人是最大的财富”，他在这样的基点上仿行柯尔伯的措施，结果使勃兰登堡普鲁士的国家收入，在三十年内增加七倍。