这样一种轻视传教士的认知也常为传教士自身的举动所强化。由于传教士最终关怀的是天国，他们对中国民间宗教极为重视。不论信何种教，信教者总是比不信教者更关心彼世。许多传教士或将中国各宗教信仰视为竞争对手，或将其视为潜在的合作者。来华新教传教士先驱者之一的郭士立（Charles Gutzlaff，1803—1851）即视龙王为中国人崇拜的象征，因而也是基督的主要竞争对手。他曾衷心希望，而且确信，总有一天“龙王会被褫夺王冠，而基督则被尊为全中国唯一之王和崇拜的唯一对象”。[30]
其他一些传教士则相当注意阅读佛教道教文献。李提摩太即曾下大力研读一些佛教道教经书，希望能借此帮助他与中国士人的沟通。但在那时，懂得一些佛道教知识最多只能有助于与大众的交往。而对于正统儒士来说，恐怕适得其反。只是到了19世纪末20世纪初，佛经才逐渐受到士人的关注，其部分原因就是希望能从中找出可以对抗西学的思想资源。在那之前，多数正统儒生根本不屑谈佛道之经书。[31]
传教士的上述作为不啻是自居异端。故尽管有条约的保护，传教士与中国士人的交往直到19、20世纪之交始终有限。李鸿章在1880年即曾告诉李提摩太：许多乡民固然因物质原因皈依基督教，士人中却无一信教者。此话虽未免失之过偏，但大体表达了当时的情形。二十多年后，梁启超仍认为“耶教之入我国数百年矣，而上流人士从之者稀”。[32]
与士人相反，民间的反抗朝廷者则常常认同于传教士或将传教士视为盟友。太平天国以其简化改造的基督教为官方宗教只是一个显例。类似的情形在太平天国前后都有。早在1834年，福建一个企图起事者就向美国传教士雅稗理（David Abeel，1804—1846）建议联合造反。在太平天国之后，山东一伙起事者也曾要求李提摩太作他们的首领。周锡瑞（Joseph W.Esherick）关于义和团运动的起源一书更详细揭示了19世纪末山东起事者与传教士的频繁接触。[33]所有这些都表明，传教士的行为的确使许多人把基督教视为类似白莲教、八卦教一类的异端。
因此，尽管这些传教士倾向于走自上而下之路，文化差异使他们实际上更多是走向了下层。他们虽然找到了正确的目标，仍需要找到更合适的手段。对新教传教士来说，学习耶稣会士以接近中国士人的方式来传播福音不仅是有争议的，而且是很难掌握的。与此同时，一些传教士发现还是其本土的某些工具似乎更易于掌握，且效果亦好些。科学即是这样一种工具。
西方自身在近代也经历了巨大的社会、政治和心态转变。在诸多变化中，科学的兴起是最重要的变化之一。尽管科学在西方仍有某种争议，但将其视为西方文明的一项成就这样一种倾向越来越强。到19世纪初科学已被认为是“人类知识的一个主要类型及一种主要的文化体系”。[34]不过，这仍是一个发展中的过程。到1831年，英国还专门成立了一个推进科学协会以促进推广科学的发展。直到1847年左右，现在所用的“科学家”（scientist）一词才成为对那些研究自然者的专门称谓。在此之前，一般是将他们称作“自然哲学家”。[35]拉法格认为这个词的最后确定还要晚，大概受惠于法国大革命。他在1894年时说：英国人一向对怎样称呼从事科学的人感到为难，“最近他们采用了法国词savant，并且造了个新词：scientist”。[36]
传教士当然受到其母国发展的影响。有时候，身处异国反而更容易看到母国的长处。传教士在19世纪初已开始认识到科学可以用来为传教服务。但是，在科学被选中成为传播福音的手段后，传教士就必须面对科学与基督教之间的先天紧张。同样，传教士仍须处理因文化差异引起的对科学的不同认知的问题。在这些方面，传教士的成功都是有限的，但他们到底播下了种子。
正因为科学的兴起还是一个发展中的进程，有些传教士也是到了中国之后才认识到科学的力量。换言之，以科学为传教工具是根据传教现场的经历得出的见解。因此，许多传教士在来华之前并未接受多少科学的训练。李提摩太就是到中国多年后才理解到科学的重要，他在1870年代后期在中国以自修方式重新学习了西方文明，那时他才意识到正是在“科学”之上西方文明胜过了中国文明。实际上，李提摩太的基本科学知识也是在中国自修得来的。[37]
不过，传教士必须先处理科学与基督教之间的紧张问题。最好的解决方法是将科学与上帝联系起来。裨治文明白，如果说两者在西方颇有冲突的话，在中国它们只会“相互支援”。李提摩太以为，研习科学应采取与研习宗教同样的虔敬态度，因为科学处理的正是“上帝之律”。狄考文（Calvin W.Mateer，1836—1908）认为科学知识正是“上帝赋予教会打开异教邪说大门的工具”。远在美国，极有影响的斯特朗（Josiah Strong）将科学技术视为上帝在近代的“新预言”，轻易地疏解了两者间的紧张。[38]
一旦传教士认识到科学的力量，他们立即将其运用起来。许多传教士受启蒙时代信条“知识就是力量”的影响，他们像美国传教士林乐知一样希望科学可以“以一种宁静的方式”改变中国人的思想。在乾嘉考据学影响下的中国士人论事极重证据，林乐知对此深有体会。[39]传教士正是希望以西方科学成就为据来证明基督教国家文化的优越。用一句在华传教士常用的话来说：“科学是基督教的侍女。”早在1819年，新教传教士先驱米怜（William Milne，1785—1822）就已说过：“知识和科学都是宗教[按指基督教]的侍女。”此后直到20世纪，类似的表述不断为在华传教士所重申。[40]
对传教士来说，在中国引进科学有两层作用。首先，如郭士立在1833年所说，这可以向中国人表明“我们确实不是什么‘夷狄’，并……说服中国人他们还有很多东西要［向我们］学”。[41]这是证明西方文化优越的第一步。其次，如林乐知在1866年所说，引进科学的特别价值在于可以“根绝和摧毁他们对自己关于世界和自然理念的信心”。[42]只有这样才有可能根本改变中国人的思想方式。
林乐知本人就曾长期在学校中和家里为他的中国学生和朋友演示化学和电学实验。他的方法是先讲述事物的基本准则，然后以实验证明之。林氏希望借此可以说服中国人，使其知道他们“许多迷信思想的愚蠢和谬误”。他曾向其中国学生表演煤气点灯，成功地使他们“目瞪口呆”。但是他要将科学用来支持基督教教义的努力却基本未能成功。[43]
李提摩太也一直试图使中国官员和士人对“科学的奇迹”产生兴趣，他希望这样或能促使他们运用科学以造福中国人。但李氏的目的与林乐知的一样，并不限于在中国推广科学技术。他总是将他演示出的科学的力量与上帝连在一起。从1881年到1883年间，李氏坚持每月向中国士大夫演讲各式各样的“奇迹”。他用以形容其听众观众反应的最常用字眼是“震惊”。李氏发现，中国士大夫觉得“近代科学的魔力远超过所有其他魔法”。[44]
林乐知其实知道，相信宗教奇迹的时代已过去了。但他确信，在中国，“如果将科学有技巧地演示出来”，则其功用几乎可像宗教奇迹一样“奇妙而战无不胜”。[45]林乐知的见解揭示了科学在当时中国传教界恰扮演着“宗教奇迹”在西方的社会角色。正是因为这些科学演示充满了奇迹、魔力、震惊和目瞪口呆一类效果，传教士自己再次无意中认同于江湖艺人和风水先生一流。虽然中国士人实际上多少都相信一些风水，但风水先生作为一个社群的社会地位并不比江湖艺人高。具有讽刺意味的是，李提摩太自认他向中国人传播科学的目的之一就是消除他们对风水的迷信，他本人却曾被中国人请去看过风水。这个例子说明确有中国人将传教士视为风水先生一流。[46]
由此看来，传教士以科学为工具传播福音的努力并不很成功。但像林乐知和李提摩太这样一些传教士也的确相信采用近代科学技术本身对中国有好处，他们这样一种善意的动机使得其观念较易于为中国士人所接受。其次，当科学不只是作为表演，而是与轮船、铁路、电报等近代技术产物相连时，其说服力就大大加强了。在林乐知告诉中国士人科学正是西方“富强”的基础时，他就搔着了当时中国士人的痒处。[47]近代中国士人的心态早已在变，富强本非儒家强调的国家目标。中国士人既因屡挫于西方和日本而大谈国家富强，实已转向西方的价值系统。虽然不免有些踌躇迟疑，中国士人终于逐渐趋向林乐知和其他传教士指给他们的方向——寻求富强。
另外，虽然许多传教士总是强调科学技术是西方文明的一个组成部分，也有一些像狄考文一样的传教士却主张：人和国家可以有特定的认同，学问却应是普世性的，谁能掌握就属于谁。狄考文很清楚，许多中国人就因为科学技术是外来学问而在学习它们时不免有羞耻之感。[48]他的观点显然有助于舒缓中国士人学习科学的迟疑感。到后来，这样一种学问超越文化的观点成为尊西中国士人既可学习西方而同时又能保持自身心态平衡的最重要理论支点。
当然，中国士人对科学的接受是有一较长过程的。传统中国士人向来是主张学与术分的，起初，中国士人虽承认西方有“长技”，也曾降节提出“师夷之长技以制夷”，但那还只是“术”，很少有人将“夷之长技”视为更高的“学”。一旦中国士人开始学习“夷狄”之长技，试图“尽其中之秘”时，他们很快发现在此长技背后还隐伏着系统的科学理论知识。科学的确如林乐知所说是“宁静地”起作用。只要中国人在学西方长技的方向上迈出第一步，他们就像郭士立所期望的那样，确实发现有很多东西要向西方学习。很快，“西学”这个专门词汇就出现在中国士人的思想言说之中。
同样，郭士立的另一希望也迅速实现了。学习西人的长技是走向承认西方与中国平等的第一步，承认西方不仅有长技而且有学问则意味着中国士人在内心中已认为中西完全平等。当中国士人对西学的态度进而从承认转为倾慕时，他们对科学的认知也相应转变了。同时，也许因为科学确实比其他部分的西学更加具有普世性，科学很快就成为西学中最受中国士人欢迎的一部分。从清季到今天，绝大多数西方学说和概念在中国都曾受到不同程度的挑战或批判，唯独科学（作为一种象征）仍像不倒翁一样始终屹立在那里（今日朝野都还在大声疾呼尊重科学，提示着仍是象征过于实际）。
与此同时，中国士人既然在内心中承认西方为平等，则中国过去成功的秘诀在其学问典籍之中这样一种传统认知就自然延伸到西方身上。于是对西学典籍的需求立刻大增。当传教士最后集中于利用出版物来影响中国士人时，其以前努力传播科学的效果即开始凸显出来。西学本身也跨越中西认同的紧张（tension），获得了一个更具普世性的名称——新学。一旦不存在认同问题，西学在中国的传播便如翻江倒海，形成一股巨澜。
早年裨治文主张重视写作胜于口头宣教时，他只是与中国士人重眼学轻耳学的倾向暗合。半个世纪之后，狄考文才有意识地注意到中国士人治学的这一趋向。[49]的确，在华教会在利用出版物方面进展并不算快。虽然像林乐知和李提摩太这样的一些传教士一直重视新闻及出版事业，但教会出版物的数量和传播范围仍然有限。到19世纪80年代李提摩太仍在警告：“我们尚未认识到文献典籍的巨大重要性。”[50]
1891年李提摩太被任命为经费充足的广学会的书记，教会出版事业算是找到了合适的人选。而且这任命适逢其会：一是如前所述，传教士到此时已更加重视对中国士人的影响；二是传教士本身的现代化使其逐步疏离于炮舰政策而采和平说服取向，故中国士人的反感减轻；三是更多的中国士人已开始主动寻求西学书籍。19世纪最后十年间广学会的出版物剧增，而且传播范围也遍及全国。[51]“新学”在中国成为显学、士人竞相趋从后，传教士要改变中国人思想方式的目标很快得以实现。
具有吊诡意味的是，到中国士人自办的刊物和自译的西书渐渐普及时，传教士在中国新闻出版业的作用就已趋于“完成”，遂渐退居边缘地位。一旦中国士人自己越来越多地承担起传播西学的任务，传教士的影响立刻式微。西学在中国能形成大潮，传教士起了最主要的作用。但这股大潮却反过来把创始者推到边缘的地位，这个结局大约是传教士没有预料到的。20世纪的传教士在文化事业中已侧重于办学，特别是办大学。正如《外交报》1908年一篇名为《申论外人谋我教育权之可畏》的文章说：庚子以后，在华西方教会“所心营目注，专以教育为当务之急”。[52]这一方面是因为转向尊西的中国社会对此需求大增，但多少也因教会在新闻出版业已渐难立足这一因素使然。