塞利姆三世即位后首先做的第一件事情，就是要求手下的大臣们呈递一些有关奥斯曼帝国亟须改革的奏章。虽然有些改革的奏章也触及帝国的税收、铸币以及采邑制度等社会问题，但大部分奏章主要关心的，还是如何能够尽快地引进西方先进的武器装备，全面加强帝国军队的战斗实力。有些大臣除了建议按原有形式改组已经毫无战斗力的帝国近卫兵团外，也拿不出更好的办法来。有些大臣则认为必须另起炉灶，解散近卫兵团，建立全新的军事组织。尽管对于这些大臣来说，西方模式可以学习接受，然而就他们的改革主张来看，没有一个能够超越外观西化或技术西化的范畴，谁也没有考虑到教育、工业、农业这类最基本的社会改革。因而这一时期奥斯曼帝国的社会改革主要还是局限于军事领域，只是该世纪初叶奥斯曼帝国温和改革开端的延续，而没有什么新的实质上的突破。然而，就是这样的改革建议，从一开始便引起了帝国保守分子最强烈的反对，改革派大臣们提出的奏折，在宫廷中遭受到一些人的唾弃和辱骂。因为近卫军团首先意识到，一支装备精良、具有战斗力的新式兵团的崛起，必将影响和威胁到他们在奥斯曼帝国传统的政治地位。保守的伊斯兰宗教人士认为，效法异教徒的一切改革，都有损于穆斯林的传统信仰和神圣的伊斯兰法典的尊严，容易把人们引入歧途。但是，塞利姆三世已经完全意识到，帝国的社会体制已经过时了，尤其是近卫兵团，它已经成为了帝国的一种政治负担，极大地妨碍着帝国社会进步的每一个步骤，所以决心要不遗余力地进行社会改革。他下令成立了一个以改革派人士组成的小型委员会襄理其事，并且在1792年和1793年相继颁布了一整套的新训令和新条例，后来被总称为新秩序。它们包括各省总督宫制、地方税收、谷物交易的管制以及其他有关行政和财政事务的新条例，其中最重要的，是为按照欧洲方式训练与装备一支新式正规化步兵军团所规定的各项条例。为了筹措作为进行这项军事改革所需要的经费，塞利姆三世还特下令成立了一个财政局，对已经被收回的和被没收的采邑封地以及烟、酒、咖啡和其他商品等实行征税。因此，耐人寻味并且具有重要意义的是，新秩序这一名称最初所指的，是新制度的各项条例，后来却变为几乎是专指在这个制度下新建立的正规军队而言。
素丹塞利姆三世在振兴帝国军事力量方面的主要尝试，是缔造一支西方式的步兵军团。因为帝国的近卫兵团在对外战争中表现极差，事实证明，如果让他们去使用西方的新式武器，采用新的战术，等于缘木求鱼，所以训练一支新式军队来替代他们，是帝国振兴军事力量的上策。为此，塞利姆三世首先建立了几所为训练有关炮术、防御工事、航海以及其他辅助科学等方面人员的陆军学校和海军学校。在这些学校里，塞利姆三世非常倚重法国人的帮助。许多法国军官被聘为教师和顾问，法文成为所有学生必修的语言。每座学校都有一所藏有四千多册欧洲书籍的图书馆，其中大多数是法文书籍，尤其意味深长的是，其中还有一套法兰西大百科全书。虽然拿破仑的对外战争使得巴黎同伊斯坦布尔时而结盟为友，时而反目为敌，使得法国对奥斯曼帝国的影响也起伏不定，但总的来说，法国比起别的西方国家而言，始终对奥斯曼帝国保持着较大的影响。
为了组建新式军团，塞利姆三世物色到了一位名叫奥马尔的奥斯曼人，此人曾经在俄国沙皇军队中任中尉。塞利姆三世委任他为将军，让他成立了一支600人的军团。这些人全部穿着当时的欧洲军服，使用由法国政府提供的新式武器，并用欧洲的战术和操练的方法来进行训练和演习。此后，为了战事的需要，塞利姆三世下令扩充新式军团，在帝国实行普遍征兵。以代替直到那时还沿用的义务募兵制。新的征兵制度，既适用于一般的民众，也适用于近卫兵团。到了1801年，大维齐尤苏夫遵照塞利姆三世的旨意，组建了一支9000人的新式军团，其兵源全部来自安纳托利亚的穆斯林。新式军团的士兵全部都采用西方最新式的来复枪，并在法国军事教官和已经完全欧化的奥斯曼军事教官的指导下，完全按照欧洲的战术和科目进行严格的训练。根据塞利姆三世的有关命令，新式军团的全体官兵一律实行薪给制，一律穿欧式军服。
在塞利姆三世的眼里，这支新式军团颇有长进。他给新式军团配置了一些炮兵，又在第二个步兵团里增加了一些骑兵。此外，根据塞利姆三世的有关命令，帝国境内的各省都组建了国民军，同样采用新式军团的训练方法，并一律实行征兵制。这样，到1806年的时候，经过西式严格训练的新式军团和各省国民军的总人数已达2.2万名。新式军团和各省国民军的经费，主要靠没收或挪用采邑岁入的办法来提供。
素丹塞利姆三世对于改革一直谨慎行事，为了进行这宗新的军事冒险改革，他首先用大量帝国如果不改革就将被欧洲强国打败瓜分的事实，设法争取到了包括帝国伊斯兰教教长在内的一些乌里玛头面人物的同意和支持，并让组建的新式军团在远离帝国京城的郊外进行操练，以免与拒不采用基督教徒所设计的军械的近卫兵团发生摩擦，也避免触犯民众的守旧情绪。尽管偶尔也有些小麻烦，但新式军团似乎搞得有声有色，颇有成效，小股的新式军团部队也在小规模的交火中初露锋芒。然而遗憾的是，这支新式军团从未和帝国其他部队融为一体，也从未经受过真正的战争考验，这些遗憾也许得完全归于塞利姆三世太年轻，缺乏一定政治经验。
2.难于战胜的阻力
素丹塞利姆三世在改革中所遇到的阻力是巨大的，实际上，早在1805年塞利姆三世就已经同奥斯曼帝国反对改革的保守派分子进行过一次较量。当时由于塞利姆三世急于扩充新式军团，于是下令在帝国境内实行普遍征兵，以代替直到那时还沿用的义务募兵制，并向帝国国务会议提出近卫兵团应采用西式军服，如头戴蓝色贝雷帽，身穿红色马裤，身背来复枪，在法国军事教官的带领下进行欧式操练。这一大胆的举措，便同对改革一直怀恨在心的近卫兵团和某些顽固派政府官员发生了正面的冲突。于是，他们在鲁米利亚公然发动了武装叛乱。由安纳托利亚派去对付叛乱分子的新式军团，由于麻痹轻敌遭到惨败，溃不成军。在这种危急的局势下，帝国京城的顽固派分子和对改革不满的暴民乘机发难，上书请愿要求停止改革。为了避免叛乱扩大，塞利姆三世迫于各方压力，最终妥协，免去了支持他的改革派大臣们的职务，并把新式军团的官兵们全部调回安纳托利亚，同时还把大维齐的职位托付给了近卫兵团的将领。
这次塞利姆三世的妥协让步，只是延缓而并未能挽回帝国改革局势的崩溃。1807年5月，由于拒不接受穿欧式军服的命令，反对“法兰克式”的改革，再加上军饷长期拖欠，从而又一次引发了驻扎在博斯普鲁斯海峡的近卫兵团的兵变。他们掀翻了汤锅，这是传统的叛乱信号。近卫兵团的官兵们在其首领巴克奇奥鲁的带领下向帝国首都伊斯坦布尔进军，并在赛马场设立了大本营。不久，他们便从帝国中央政府中的顽固派分子那里获得了强有力的支持，同大维齐的行政长官马萨和帝国总法典官打得火热，狼狈为奸。面对反对改革的顽固派分子们的武装叛乱，塞利姆三世非但没有动用新式军团弹压，反而把新式军团给解散了。此时，气焰嚣张的兵变分子在一群疯狂暴民的帮助下，单凭一份帝国改革派主要参与者的名单，便随意就把这些人抓了起来并杀害了。有的人被杀害在自己的家里，大部分人则被拖到叛乱分子的大本营赛马场屠杀。
素丹塞利姆三世的妥协和屈服，也未能使他保全住自己的王位，在一片阴谋诡计中，他最终还是被保守派分子废黜了。
1807年5月29日，在叛乱分子的大本营赛马场举行了一次群情激愤的集会后，以近卫兵团军官们组成的代表团会见了帝国总法典官，并向他问道：“如果素丹的行为和他所制定的法令违反了伊斯兰教义的原则的话，他是否可以继续执政？”帝国总法典官装出一副吃惊和为难的样子，随后他宣称为了伊斯兰宗教和奥斯曼王室的利益，他批准素丹塞利姆三世退位，其正式罪状是利用军事改革激起革命以及在他执政七年多的时间以后还没有子嗣。
为了扭转帝国时运、一展个人抱负的塞利姆三世，便这样轻而易举地被帝国保守派分子们废黜了，他的堂兄弟穆斯塔法四世被立为新的帝国素丹。穆斯塔法四世是一个性格孤僻、胆小软弱的人，也是那些废黜塞利姆三世的保守派分子的傀儡。近卫兵团的首领卡巴克奇奥鲁因领导兵变有功，被任命为博斯普鲁斯海峡要塞司令。此时在帝国京城的真正统治者，是那个大维齐的行政长官马萨和帝国总法典官。
1807年夏，改革运动在奥斯曼帝国似乎已经销声匿迹了。实行改革的素丹塞利姆三世被废黜，新式军团被解散，改革派的大臣们死的死，逃的逃，反对社会与军事改革的顽固派势力接替他们掌管了帝国的大权。但是，奥斯曼帝国的这棵改革之树，尽管很幼小，却具有极强的生命力，仍在近卫兵团赛马场兵变的暴力下和帝国总法典官阴险的诡计中生存了下来。此时，帝国总法典官因权力的分配问题，与他的政府同僚开始发生龃龉。1807年9月，由于意见分歧越来越大，相互矛盾不断激化，导致他再次通过阴谋诡计的手段，把他以前的同党、现在的政敌、大维齐的行政长官马萨免了职，任用另一位臭名昭著的顽固派分子塔尔亚来替代他。1808年6月，新上任不久的塔尔亚也因同帝国总法典官产生矛盾而被免了职。心怀不满的塔尔亚摒弃前嫌，前往锡利斯特拉，投靠了奥斯曼帝国多瑙河前方司令巴拉克达尔帕夏，此人是当时仍然活着的唯一尚未就范而拥有军事实力的重要改革派分子。
3.巴拉克达尔的改革
巴拉克达尔出生于锡利斯特拉，是一位近卫兵团军官的儿子。他在1767至1774年奥斯曼帝国对俄罗斯的战争中，因作战勇敢立下了显赫的战功，成了一位家喻户晓的英雄人物。此后，他便一直居住在鲁歇克附近的庄园中，并取得了贵族的身份。1805年，他参与了近卫兵团在埃迪尔内发动的反对改革的武装叛乱。后来经过塞利姆三世派去的人做大量细致的思想工作，他被改革派争取了过去，变成了一位热衷于帝国改革事业的重要成员。他因领有高级军衔，所以被素丹塞利姆三世派往鲁米利亚担任重要职务。
巴拉克达尔在锡利斯特拉的司令部，如今已经变成了帝国残存的改革派和反对帝国京城顽固派政权的其他各政治派别人士的集会地。到1808年的夏天，巴拉克达尔已经把一切布置就绪，准备向顽固派分子发动进攻。当时大维齐切利比仍在埃迪尔内，同鲁米利亚军队在一起，实际上他本人也已经被在帝国京城的顽固派分子剥夺了权力。巴拉克达尔及其同伙于是从锡利斯特拉移驻埃迪尔内，联合大维齐的力量，共同向帝国京城进军，并且迅速占领控制了该城。素丹穆斯塔法四世得知这些人想使塞利姆三世复位的企图之后，便先发制人，派人将塞利姆三世秘密处死，并下令将自己的胞弟马赫默德也绞死。听到此消息之后，惶恐不安的马赫默德还算机敏，立即躲藏了起来。勤王之师遂把素丹穆斯塔法四世禁闭了起来，后也秘密处死，而把隐匿在宫中一只空炉子里面的马赫默德二世拥上王位。