尽管凯末尔作为奥斯曼帝国硕果仅存的胜利将军而声誉昭著，但他要想在首都伊斯坦布尔组织领导民族抵抗运动，挽救危难的国家民族，却很难有所作为。素丹及其帮凶拼命地反对所有一切民族主义的意识形态，认为奥斯曼帝国的不幸遭遇，都是民族主义所带来的。他们对外国侵略者提出的任何无理要求都唯命是从，根本没有一点骨气和反抗精神。素丹政府绞尽脑汁，想方设法阻止任何群众性的反对外国侵略者的运动，害怕这类运动不仅会威胁外国侵略者的利益，而且会影响到自身的统治地位。因此，他们一方面继续遣散奥斯曼帝国军队，另一方面却听任以英、法为首的协约国军队一再违犯休战条款。素丹政府命令在伊兹密尔的奥斯曼帝国军队不得对希腊侵略军进行抵抗，并对京城内任何反对外国侵略者的抗议活动一律采取严厉的镇压。此时的凯末尔已经敏锐地察觉到卖国求荣的奥斯曼帝国素丹政府已经完全堕落到了不可救药的地步，成了声名狼藉的外国侵略者的代理人和人民公敌。面对越来越险峻的形势，凯末尔决心离开帝国首都伊斯坦布尔，到奥斯曼帝国当时民族主义运动非常活跃的安纳托利亚去。那里成立了全国第一批民族主义抵抗运动团体，即“保卫权利协会”。这个团体后来又相继出现于奥斯曼帝国各地，并且为各个受到外国侵略者威胁或被外国侵略者占领地区的民族主义抵抗运动树立了光辉的榜样。
凯末尔虽然早就有离开伊斯坦布尔的想法，但最终到达安纳托利亚参加组织领导奥斯曼帝国的民族独立解放运动，却完全是出于一个非常偶然的机会。
1919年初，行将崩溃的多民族军事联合体的奥斯曼帝国，到处都是各族人民的反抗，尤其是在黑海地区由希腊人组织的武装游击队的活动非常活跃，对素丹政府在那一地区的统治威胁极大。素丹政府为了彻底消灭这些由希腊人操纵指挥的游击队，起用了具有卓越军事才能的凯末尔，任命他为驻防在安纳托利亚黑海沿岸的萨姆松地区的奥斯曼帝国第九军团军民联合检阅使，全权负责这一地区的军政大事，他便成了一名掌握如此重要职权的领导人。虽然当时以英、法为首的协约国政府领导人，对具有爱国热情与军事才能的凯末尔的任命持怀疑态度，但素丹政府为了维护摇摇欲坠的统治，只能起用像凯末尔这样的人才，所以仍然坚持这项任命。最后，1919年5月16日，凯末尔登上了“邦德玛号”轮船，离开了使人窒息的首都伊斯坦布尔，前往奥斯曼帝国当时的民族抵抗运动中心安纳托利亚，并在那里干出一番惊天动地的伟业，最终成为奥斯曼历史上一位叱咤风云的英雄人物。1919年5月19日，凯末尔胜利到达了安纳托利亚的东部，开始组织军事抵抗，加强奥斯曼人之间的政治团结，并为奥斯曼民族主义运动取得了外交上的承认。在今天的土耳其共和国，5月19日作为青年和平运动日，全国各地都纷纷举行庆祝，以纪念长达四年的民族解放拯救斗争的开始。
促使奥斯曼帝国民族解放运动高潮发展起来的主要原因，是凯末尔到达安纳托利亚东部前四天发生的希腊军队在伊兹密尔强行登陆的事件。根据停战条款，伊兹密尔应由协约国共同占领，但这只是表面文章。1919年5月15日，一支希腊军队在协约国军舰的掩护下，在伊兹密尔登陆。希腊军队在按照计划占领该城及其周围地带之后，继续向东推进，进入了奥斯曼帝国的心脏地区。希腊从一开始就让人明白，他们此次来到这里不是为了临时占领，而是为了永久性地吞并，是为了把安纳托利亚的西部并入一个拥有爱琴海两岸的大希腊，重新恢复君士坦丁堡希腊东正教帝国过去的辉煌。希腊人的这种伟大理想对于奥斯曼帝国具有的最终威胁，是所有有识之士都能看到的。
把其他各民族居住的遥远省份割让出去，倒还可以忍受，甚至帝国的都城被人占领也还可以容忍，因为占领者是作为胜利者一方的不可战胜的西方大国，同时这些军队迟早会退回到他们的国家去。但是一个帝国的邻邦，一个过去的附庸民族，突然冲进了帝国的心脏地带，这实在是一种忍无可忍的危险和耻辱。这时，压在奥斯曼帝国民众心灵上的愤怒，终于燃烧了起来，变成了无法扑灭的烈火。在帝国首都伊斯坦布尔，他们不顾占领军机枪大炮的威胁，纷纷举行大型的抗议集会，并且第一次着手进行秘密的抵抗运动。在安纳托利亚的厄代米什地区，少数帝国军队甚至与希腊军队发生了遭遇战，虽然未能阻止希腊军队的前进，但在希腊军队行进的沿线，广大民众都展开了游击战。
素丹政府在给凯末尔的指令中，要求他全面恢复地方秩序，平定游击队的骚乱，解除活动于这一地区的一些穆斯林与基督教徒军事性质的团伙武装和他们的政治组织，并监督其余的奥斯曼帝国军队解除武装和进行复员的工作。然而恰恰相反，从凯末尔在萨姆松登陆的那一天起，就巧妙地利用这一机会着手与安纳托利亚地区现有的民族抵抗团体之间建立起了联系，并另外成立了许多新的抵抗团体。同时，为了武装保卫奥斯曼帝国的腹地，共同御敌，他又多方筹集经费，辛勤操劳，为成立一支抵抗外国侵略军的武装队伍四处寻找干部，进行了大量的政治、经济、军事以及舆论准备工作，为以后奥斯曼帝国民族解放战争的胜利奠定了基础。
凯末尔在安纳托利亚各地四处奔走，宣传鼓动，揭露以英、法为首的协约国扼杀奥斯曼帝国民族独立的阴谋。当时在革命队伍中，还有不少人对帝国主义国家存有幻想，企图依靠英国的保护或者美国的托管，来逃避被西方列强瓜分的厄运。凯末尔则积极主张利用民族解放战争，来保卫奥斯曼帝国的民族独立。他大声疾呼：“一个民族与其作为别人的奴隶活着，还不如死了更好。不独立，毋宁死。”并严肃地指出：“奥斯曼帝国唯一的出路，就是建立一个以民族主权为基础的、不受任何限制的、无条件的独立国家。”
为了组织民族抵抗武装力量，迎接即将到来的民族解放战争，凯末尔与志同道合的富阿德将军、劳夫及雷费特上校等人多次举行秘密军事会议，商讨进行民族解放战争的办法，并积极与驻防在埃尔祖鲁姆地区的帝国第十五兵团司令、著名的爱国将领卡拉贝基尔将军取得了联系，得到了他的全力支持。不久，凯末尔又向国内的一些军政当局发出一封用密码拍发的通电，借以表明他的政治观点，通电的开头语是：“1.国家完整，民族独立，正处于危险之中。2.中央政府已无力履行所承担的责任。因此，应该认为国家已不复存在。3.唯有民族的意志及决心，有能力挽救民族的独立。”这些慷慨陈词，为此后数年间的奥斯曼帝国国民政治纲领定下了基调。
凯末尔在发出通电后不久，又提出了立即召开将不受任何方面影响与干涉，并在全世界面前坚持本民族权利的国民议会要求，同时，通电呼吁全国各地区秘密派遣代表前来安纳托利亚这个当时奥斯曼帝国最安全、革命形势最高涨的地方。此时，著名的爱国将领卡拉贝基尔将军，也向奥斯曼帝国东部各省发出将在埃尔祖鲁姆举行商讨挽救民族危亡的代表会议的邀请。
凯末尔等人进行活动的消息传到帝国首都伊斯坦布尔之后，爱国人士感到欢欣鼓舞，而卖国求荣的素丹政府却感到万分惊恐，坐立不安。陆军大臣要求凯末尔立即返回首都伊斯坦布尔，得知他拒不遵命后，便以素丹的名义发出了一道终止凯末尔军职任命的敕令。为了竭力避免过早地发生任何公开背叛合法的奥斯曼帝国素丹政府的行为，凯末尔毅然辞去了所有的军职，换上了便装，转而参加了1919年3月3日成立于埃尔祖鲁姆的东安纳托利亚保卫权利协会。这个政治组织，后来在埃尔祖鲁姆地区按照合法手续正式登记，从而为凯末尔领导的民族独立解放运动提供了合法性，成为以后同素丹政府以及英、法为首的协约国进行斗争的重要政治工具。
1919年7月23日，由东安纳托利亚保卫权利协会发起召开的东部各省代表大会，在埃尔祖鲁姆开幕。凯末尔在第一天就被定为大会主席。会议开了二十多天。这次会议最重要的成就，是起草了一项后来被称之为国民公约宣言的初稿。会议宣布，在必要时它有成为奥斯曼帝国临时政府的权力。
会议期间，卡拉贝基尔将军接到了来自首都伊斯坦布尔素丹政府的命令，要求他立即逮捕凯末尔等爱国人士，并且由他接替凯末尔的第九军团军民联合检阅使的职务，但卡拉贝基尔将军断然拒绝。
9月4日，由来自全国各地的代表参加的更为重要的第二次代表大会在瑟瓦斯正式开幕，凯末尔再度当选为大会主席，并亲自指导大会的讨论。这次大会的主要任务，是要把埃尔祖鲁姆会议的政治成果扩大到全国范围，并通过决议，成立了奥斯曼帝国全国统一的政治组织——“安纳托利亚和隆美利亚保卫权利协会”，下面设立一个以凯末尔为首的常任代表委员会，直接领导奥斯曼帝国的民族解放运动。
此时的奥斯曼帝国首都伊斯坦布尔社会动荡，政治上一片混乱。一些伊斯兰教上层僧侣，一些著名的青年土耳其党人，以素丹政府海军大臣饶夫为首的一群将军以及一些大资本家，非常同情并附和全国护权协会，但他们又坚决表示要保留素丹制度和哈里发制度。此时的民族主义运动具有强烈的伊斯兰主义色彩，素丹和哈里发仍然被承认为合法的统治者。凯末尔虽然早就怀有建立世俗共和国之志，此刻却非常谨慎，以免伤害帝国民众忠于素丹和哈里发的感情。
凯末尔为了团结更多具有广泛政治影响的人参加民族统一战线，审时度势地决定暂不攻击素丹和哈里发，而只攻击反动的大维齐费里特，强烈谴责他向素丹政府隐瞒真情，无视民族权利，冒犯素丹的威严与荣誉，影响了君主与人民之间的团结。凯末尔宣布素丹目前因为置于协约国控制之下，所以在伊斯坦布尔的帝国政府未能真正代表国家之前，他所领导的代表委员会应起到国民意志代言人的作用。
不久，顽固反动的费里特被撤销了大维齐职务，改由对全国护权协会态度比较温和的里扎将军接任大维齐职位。他一上台就同凯末尔举行了多次谈判，并达成了某种程度的协议，其中涉及素丹政府实际上对以凯末尔为首的全国护权协会的承认以及对全国护权协会纲领中主要政治原则的接受。
在爱国革命者的游说和压力下，奥斯曼帝国举行了成立新帝国议会的选举。1920年1月20日，新议会正式在帝国首都伊斯坦布尔开幕，民族主义分子及其同情者取得了新议会中的大多数席位，在新选出的议员中，有些便是属于来自安纳托利亚全国护权协会的重要成员。凯末尔由于感到去首都伊斯坦布尔有危险，便留在了安卡拉。两周以后，新议会表决通过了以埃尔祖鲁姆和瑟瓦斯宣言为基础的国民公约，从而确立了关于领土完整和民族独立的基本政治要求。这时凯末尔和民族主义运动的政治组织代表委员会已经在安卡拉站稳了脚跟，加上在帝国的京城还有一个对他们表示同情的新议会以及素丹政府对他们在某种程度上的承认，似乎凯末尔领导的民族主义运动正处于一种坚强有力的地位。
4.正式更名“土耳其”
随着奥斯曼帝国民族革命形势的高涨，在首都伊斯坦布尔的爱国者们这时变得更加活跃起来，他们不仅在舆论上广泛支持凯末尔与全国保护权利协会，还袭击了协约国军队的军械库，把夺得的战利品送往安纳托利亚全国保护权利协会所在地。这一切都震惊了协约国占领军，他们采取了一系列严厉的应付措施。首先迫使大维齐里扎将军辞职，由敌视民族革命运动的海军大臣萨利赫接任他的职位，并派协约国军队开入首都伊斯坦布尔奥斯曼人居住区，逮捕全国保护权利协会成员及其同情分子。当时被捕的知名人士共计有150人左右，其中还有不少议会议员，都一律被关押在马耳他岛。他们这些人，直到1921年下半年同在安纳托利亚被民族革命派捉住、并作为人质扣留下来的英国军官实行交换时，才获得释放。
1920年3月18日，在首都伊斯坦布尔奥斯曼帝国新议会举行的最后一次会议上，一致通过一项抗议逮捕国会议员的决议后，宣布无限期的休会。从此，它再没有举行过会议，最后在同年的4月11日，经素丹同意予以解散。此时的形势急转直下，因此，在议会宣布休会的第二天，忧心如焚的凯末尔立即发表声明，要求举行选举，以便成立一个新的紧急大会。在凯末尔的亲自主持下，紧急大会自1920年4月18日起，在已经成为“代表委员会”所在地的安卡拉举行。一时间，这个风景如画的安纳托利亚小山城，变成了奥斯曼帝国民族抵抗运动的大本营，变成了奥斯曼帝国民族独立解放运动的实际首都。