波拿巴执政不久，就想在法制建设方面对法国大革命作一个总结，为社会留下点什么。1800年8月12日，他指定特隆歇、波塔利斯、比戈·德·普雷亚梅纽和马尔维尔四位法律专家组成一个委员会负责起草民法。主持人是当时的第二执政康巴塞雷斯。1793年、1794年和1796年起草的几个文本都被提交上来，但都未在立法机构获得通过。于是，波拿巴亲自主督阵。1801年1月，民法草案终于完成。但由于波拿巴与议会各院的冲突，《民法典》的讨论中断了，直到1803年才又恢复讨论。参政院对草案进行了非常认真的讨论，召开会议达107次之多，其中波拿巴亲自主持了55次。1804年3月21日，该法令最终以《法国人的民法典》的名称颁布了。后来，它又改称《拿破仑法典》。
该法典共有3编、35章、2281条。第一编是人法，包括民事权利的享有和丧失、身份证书、住所、结婚和离婚、父母子女等，共8章。实际上它是关于民事权利主体的规定。第二编是物法，是对财产及所有权的各种限制，包括财产分类、所有权、用益权、使用权及居住权和役权或地役权，共4章。实际上它是对民事权利客体的规定。第三编称为“取得所有权的各种方法”。它规定的对象颇为庞杂，包括继承、生前赠与及遗嘱、契约或合意之债的一般规定，非因合意而发生的债、夫妻财产契约及夫妻间的相互权利等，共20章。实际上它是关于民事权利转让的各种可能性的规定。
波拿巴制定该法典的指导思想有两个方面：一是为他个人着想。他在制定法典时把注意力集中在加强父权和夫权，剥夺未经认领的私生子的财产继承权，并削减已获认领者所继承的份额以及保留离婚的规定。这后一项，波拿巴明显已经在替他未来的帝国考虑了。二是他和那些法学家们心目中的国家利益。法典在涉及诸如地下资源或为公益而征用土地的情况，尤其是在以遗嘱处理财产方面，财产所有者的权利受到了一定程度的限制，国家被摆在了更高的位置。另外，对国家价值很大的家庭被置于国家的监护之下。
关于资本主义的民事关系，该法典的制定遵循三条基本原则：一是自由和平等的原则。其中规定：“所有法国人都享有民事权利”，“民事权利的行使不以按照宪法取得并保持的公民资格为条件”，“满21岁为成年；到达此年龄后，除结婚章规定的例外外，有能力为一切民事生活上的行为。”二是私有财产神圣不可侵犯。“任何人不得强制出让其所有权。”三是契约自由原则。“工人的雇佣、商品的流通都必须通过契约”，而“依法成立的契约，在缔结契约的当事人间具有相当于法律的效力”。
波拿巴制定的这部资产阶级法典在成就上也具有二重性。该法典有着资产阶级的阶级局限性，有反民主的一面。它处处为资产阶级的利益设想，首先关心的是确保其财产所有权，并且把这种权利视为自然权利，是先于社会的、绝对的、属于个人的权利，以保障其实际占有的所有权。法典中有关契约的各项规定涉及的几乎都是保障财产所有权的问题；家庭问题有很大部分也是从保障财产所有权的角度去考虑的。关于在资本主义社会中占主导地位的劳资关系，在总共两千多条条款中，只有两条与此相关。这绝不会是立法者的疏忽，这只不过是为了掩盖资本主义劳资关系的对立，同时也是资产阶级不愿让法律束缚自己的手脚，使自己可以更方便、更灵巧地进行统治。民法典中还以形式上的平等掩盖事实上的不平等。法典宣布全体公民民事权利平等，但从劳资关系上看，我们只能看到资本家剥削雇佣工人的自由和平等，工人只有受剥削、受压迫的痛苦和屈辱；从家庭来看，“夫应该保护其妻，妻应顺从其夫”，“妻未经夫的许可，亦不得进行诉讼”，“即使妻不在共有财产制下或采取分别财产制，未得其夫参与或出面同意，不得为赠与、以有偿名义或无偿名义转让、抵押以及取得行为”，从中我们不难看到男女的尊卑。
从另一方面，该法典肯定了对封建贵族的消灭，并且采纳了1789年的社会原则：个人自由、法律面前人人平等、国家的世俗化、信仰自由和选择职业的自由等。这就是为什么这部法典在欧洲成为法国革命的象征，不论传到什么地方，它都提供了现代社会的基本准则。因此，从历史的角度看，它闪耀着不可磨灭的迷人光芒。故恩格斯说，这部法典“总结了革命的全部法规，在法律上承认了整个这种完全改变了的程序”，是“典型的资产阶级社会的法典”。拿破仑在圣赫勒拿岛时也曾回忆说：“我的光荣不在于我打胜了四十多个战役，滑铁卢之战抹去了关于这一切胜利的记忆。但有一样东西是不会被人忘却的，会万古长存的，那就是我的法典。”
继民法典之后，波拿巴还编撰了民事诉讼法（1806年）、商法（1807年）、刑事诉讼法（1808年）、刑法（1801年）等。
“天空中布满了匕首”
尽管自执政以来，波拿巴以其辉煌的业绩深得民心，但保王党分子、雅各宾派分子和嫉妒他的将军们并没有因此放弃他们推翻执政府的努力。1803年，伦敦、旺代和巴黎等地的数百名间谍呈送的材料源源不断地送到了波拿巴的手中。他的政权、他的生命仍受到暴力行动的威胁。这年的冬天，巴黎充满着不安。已失去警察总监之职的富歇派人告诉波拿巴说：“天空中布满了匕首。”
保王党一直是反现政权和反波拿巴的主要敌人之一，他们一直在从事阴谋活动。1803年8月21日，在派往巴黎的两名间谍被捕入狱后，旺代保王党头目卡杜达尔亲自在下塞纳郡的比维尔登陆，来到巴黎。他想绑架波拿巴，倘若他反抗，就杀死他。阿图瓦伯爵的到来将作为这次行动的信号，但他一直没有来。卡杜达尔还插手另一起阴谋。他通过拉若莱将军，力图把波旁王朝的朋友皮什格鲁和反对独裁的共和派英雄莫罗撮合在一起，携手反对波拿巴。莫罗原已同意与皮什格鲁会面，但在知道卡杜达尔插手此事后，便不同意参加。此外，在德雷斯顿，亚历山大的间谍昂特雷格伯爵通过“巴黎之友”——约瑟芬的一位密友详细地了解波拿巴的私生活的情况，并通过“巴黎友人”——塔列朗的一个助手了解波拿巴的政治动向，以便采取行动。以上只是其中的一小部分而已。其实叛变活动到处都有。
拉若莱的阴谋线索被梅埃·德拉图什识破。但接替富歇的大法官雷尼埃平庸无能，使侦察行动毫无结果。富歇为讨好波拿巴，也动用了他自己的情报系统为第一执政效劳，但进展也不大。故到1804年年初，阴谋仍未被拆穿。但波拿巴凭着他的直觉认为这应该是采取行动的时候了。1802年2月，两名被捕的卡杜达尔同党熬不过严刑拷打和死刑的威胁，供出卡杜达尔和皮什格鲁已在巴黎，并和几名著名的将军有接触的情况，其中包括莫罗。伟大的莫罗立即被捕了。波拿巴在逮捕莫罗前曾犹豫良久，他很敬重这位与他共享盛名的强人。但莫罗卷入了阴谋，罪证确凿；最终波拿巴在一定程度上宽恕了这位霍亨林登之役的英雄，条件是他必须退隐美国。波拿巴强大的对手莫罗从法国消失了。
另外，囚犯还供出“待一位亲王到来，就立即行动”一事。梅埃·德拉图什在报告中提到，当冈公爵就住在中立的巴登大公国的埃登海姆，离斯特拉斯堡不远。他还说亡命者正在奥芬堡集结。于是，波拿巴认为，这位公爵就是阴谋分子等待的那位“亲王”。3月10日，波拿巴召开了一次会议。在会上，塔列朗又故意提醒波拿巴这样一个事实：长期以来，当冈公爵一直住在莱茵边境——据说是为了可以通过望远镜窥探法国的动静。于是，波拿巴决定绑架这位接受英国津贴的孔代家族的后裔、波旁王朝的亲王，杀一儆百，以终止逃亡国外的波旁王朝成员对自己政权的干扰。
绑架的任务交给旧贵族出身的科兰古侯爵执行，由奥德内尔将军作为他的副手，并带了300名龙骑兵。波拿巴对这次行动所需的船只和士兵的口粮都精确地计算，配备妥当，仿佛是派他们去远征曼图亚似的。科兰古等秘密地潜入了德意志领土。他们在奥芬堡未能发现亡命者的军队，但奥德内尔却在3月14日至3月15日夜间在埃登海姆逮捕了当冈公爵，他们在他的房间里没有发现任何可疑文件。20日，这位公爵被秘密带回到法国的万森城古堡。
如何处置这位伟大的孔代家族硕果仅存的后裔呢？一心只关注自己前途的老狐狸塔列朗建议交给军事法庭审讯，采用最严厉的手段来处置，以此引起道义上对波拿巴的谴责，达到自己的政治目的。约瑟夫一方面怀着对伟大的孔代的尊敬，一方面从日后道义上的非难考虑，要求宽恕当冈公爵。波拿巴则怀着一种矛盾的心态。20日晚11时，当冈公爵被带到了一个军事法庭，面对着12个参谋部军官（法官）和一个参政院议员（检察官）。尽管他的文件没有表明他与卡杜达尔共谋，但却有证据说明他被英国收买了，并且他盼望指挥入侵阿尔萨斯。他没有被宣判为阴谋分子，但他被宣判为接受外国津贴要入侵法国的亡命者。次日凌晨2时，当冈公爵被枪决了。
卡杜达尔、皮什格鲁等一批阴谋分子也先后被捕。6月9日，20人被判处死刑。波拿巴赦免了其中的12名，其余的（包括卡杜达尔）都送上了断头台。皮什格鲁被发现勒死在他的牢房里。
从技术角度来说，处死当冈公爵无可挑剔。但是，法国人在中立国绑架了他，这又是非法的。对波拿巴来说，他有太多的失策之处。这件事使他的政权同旧势力的和解遭受了挫折。上流社会“对政府的仇恨和谩骂就像我（罗德雷）在法国革命前所看到的那样剧烈，那样肆无忌惮”，已经接受了一项外交职务的夏托勃里昂也辞职了。这件事给欧洲列强提供了一个求之不得的借口。沙皇亚历山大一世和欧洲其他君主国都表示了震惊、不满和抗议。他们认为这是对欧洲十几个君主的挑战，也是对数百万相信君权神授的欧洲人民的挑战。这件事促成各种反对波拿巴的势力团结起来。所幸的是，法国人民对此没有情绪激昂，新闻界对此保持缄默，他们仍在真诚地拥护波拿巴。