与此同时，俄国思想界也空前活跃。资产阶级自由派、革命民主派为废除农奴制摇旗呐喊，大声疾呼。自由派早在40年代即已形成，它又分为西方派和斯拉夫派。西方派代表人物有历史学家卡维林、法学家齐切林。他们赞赏西方的自由民主制度，反对农奴制和专制制度，但不主张采取革命手段，而主张通过渐进的改革，废除农奴制，建立西欧式的君主立宪制，实现俄国资本主义工业化。斯拉夫派代表有萨马拉开明地主萨马林等，他们也反对农奴制，但主张在保留农村公社和地主土地所有制的前提下自上而下地废除农奴制，在保留沙皇制度的前提下获得言论自由，实现以沙皇俄国为中心的斯拉夫人的联合。革命民主派的代表人物有赫尔岑、车尔尼雪夫斯基和杜勃罗留波夫等。他们猛烈地抨击农奴制和沙皇专制制度，认为要废除农奴制，必须首先消灭专制制度，主张通过革命手段，自下而上地推翻专制制度和农奴制，使农民连同土地一起解放，通过农村公社绕过资本主义发展阶段，直接过渡到社会主义。
这一切都表明，俄国农奴制已成人人喊打的过街老鼠，已走到山穷水尽的地步，已陷入深刻的危机，已到非改革不可的地步了。
面对国内外困境，亚历山大二世首先被迫接受了奥地利提出的条件，同英、法等国进行和谈，于1856年3月30日签订了《巴黎和约》，结束了克里木战争。随后便开始着手解决农奴制问题。
在俄国，沙皇不仅是贵族地主的总代表，而且本人便是最大的农奴主，拥有大片土地和大量宫廷农奴。贵族地主是沙皇政府的支柱，这就决定了亚历山大二世不可能采取激进手段解决农奴制问题。但他审时度势，又清醒地看到，要继续维持其统治，要使罗曼诺夫王朝长治久安，废除农奴制势在必行。因此他以一个自由派的面目出现，决定在最大限度地维护贵族地主利益的基础上自上而下地解决农奴制问题。1856年4月11日，亚历山大二世在对莫斯科贵族代表会议发表的演说中驳斥了他要给农民自由的谣传，同时又指出了农民和地主之间存在的敌对状态，明确表示对这些问题“从上面解决要比由下面来解决好得多”。这表明了他要维护贵族地主的利益，自上而下地进行农奴制改革。
亚历山大二世的农奴制改革是缓慢地、在获得贵族地主支持后进行的。1857年1月15日，亚历山大二世首先成立了一个“讨论关于整顿地主农民生活措施”的秘密委员会。委员会承认，俄国农奴制状况“几乎过时了一个世纪”，为了安抚民心，强固国家今后之福利，必须仔细重新审查过去关于农奴的决议，然后逐步解放农奴，以免发生剧变，并开始研究制订改革方案。半年后，委员会提交了一份关于改革原则的草案，主要内容是：在地主保留全部土地所有权的条件下给农民以人身自由；农民使用的宅旁园地10—15年内可赎归私有；农民仍然使用地主土地，承担代役租和劳役租义务；地主保留世袭领地治安权。是年年底，亚历山大二世收到维尔诺省总督的奏折，声称当地贵族地主愿意不带土地解放农奴。沙皇大喜，立即诏令该省成立省级贵族代表委员会，草拟“改善地主农民生活”的方案，并提出了改革原则——即秘密委员会制订的改革原则。同时将诏令发至全国各省，并在报上公开发表。此举在全国引起强烈反响，人们热烈称颂沙皇的这一英明决定。
随后，沙皇亚历山大二世将秘密委员会改为农民事务总委员会，作为公开、集中领导改革准备工作的机关。同时，各省也都成立了贵族委员会，起草改革地主农民生活的方案。1858年，各省贵族委员会相继提出了改善地主农民生活的草案。由于各省的地理、经济条件不尽相同，提出的草案内容各异，但大都同意废除农奴制，解放农民，却要保留地主土地所有制。
与此同时，广大农民并没有因沙皇已颁布准备解放农奴的诏令而停止反抗，甚至更加猛烈。几百年来，他们饱受农奴制奴役压榨之苦，他们渴望获得解放，他们连一分钟也等不下去了。车尔尼雪夫斯基等革命民主派在报刊上大量发表文章，号召农民不要对贵族委员会抱任何希望，指出俄国的出路不是准备改革，而是准备革命。这就促使沙皇政府加快改革准备的步伐。1858年10月30日，沙皇亚历山大二世给农民事务总委员会下达指令，提出了进一步准备改革的三条原则：要使农民立即感到其生活有改善；地主立即放心，其利益有保障；强大的政权一分钟也不动摇，社会秩序一分钟也不破坏。12月中旬，亚历山大二世亲自主持农民事务总委员会会议，讨论通过了新的改革方案。1859年3月，总委员会设立了审理各省草案的编纂委员会。编纂委员会经过长达一年半的艰苦工作，综合平衡了各地主贵族地区的利益，广泛征求了各地区贵族地主的意见，满足了他们的要求，于1860年10月22日将最后草案提交农民事务总委员会。之后，农民事务总委员会和国务会议先后修改、审定了草案。此时，农民反抗斗争愈演愈烈，废除农奴制已刻不容缓，亚历山大二世在国务会议开幕式的讲话中清醒地指出：“再拖延下去，只会更加激起狂怒，并且一般情况下只会给整个国家，特别是给地主造成有害的、灾难性的后果。”1861年3月3日（俄历2月19日），亚历山大二世在其登基6周年的纪念日，批准了关于废除俄国农奴制的法令，并签署了关于改革的特别宣言。3月5日，法令和宣言正式公布。
亚历山大二世批准的关于农奴制改革的法令共包括17个文件，其中最主要的是《关于农民脱离农奴依附地位的总法令》。这些文件全面而详细地规定了废除农奴制度的基本条件和具体措施。如它们规定，农民自法令公布之日起获得人身自由和支配自己财产的权利，地主再也不能买卖、交换农民，也不能干涉农民的家庭生活。农民有权订立契约和合同，从事工商业活动，拥有动产和不动产，进行诉讼，也可改变身份，成为市民或商人。全部土地仍属地主所有，但地主必须分给农民永久享用的宅园地和划给耕种份地；农民因获得份地，必须承担劳役租和代役租；最初九年内，农民无权拒绝份地；农民可按规定把宅园地和份地赎归私有，赎金的20%—25%由农民支付现金，其余由政府以有息债券代付，农民须在49年内还清本息。农民的租税由村社征收，村社的公职人员由农民选举产生，但必须执行政府的一切法令，并隶属于地方行政机构；村社实行连环保，以保证农民按时缴纳各类赋税；未经村社允许，农民不得擅自离开，等等。
1861年农奴制改革，是沙皇俄国在自由、民主的时代潮流冲击下，在国内广大农奴长期不屈不挠反抗斗争的打击下，被迫由沙皇这个最大农奴主主持进行的资产阶级性质的改革。这场改革既然由沙皇这个最大的农奴主主持进行，就不能不最大限度地维护和满足贵族地主阶级的利益，正如亚历山大二世本人直言不讳所供认的：“凡是为保障地主的利益能够做的一切，都做到了。”因此，这次改革首先是地主阶级对农民的一次疯狂的、大规模的掠夺，如同一个即将被处死的罪犯在临刑前贪婪的饱餐一样。在改革过程中，地主把最好的土地割走，把最坏的土地留给了农民。在黑土地带，地主平均割去农民使用土地的1/4，在全国平均为1/5。与此同时，农民却要支付比实际价格高出两三倍的赎金。据统计，农民在改革中分得的土地，按1861年的价格仅值5亿多卢布，但到1905年为止，农民共交付赎金20亿卢布。结果，通过改革，贵族地主大发横财，许多农民则负债累累，濒于破产，或因所分得的土地难以为生，不得不以极苛刻的条件租种地主的土地，重新遭受地主盘剥。正因为如此，在法令颁布之初，农民的反抗斗争有增无减。他们渴望的是完全的解放、无偿地获得土地，他们不相信他们的“好沙皇”会对他们进行这样的掠夺。
尽管如此，这次改革总算废除了在俄国实行了几百年的农奴制，搬掉了压在农民头上的一座大山，使两千多万地主农民摆脱了农奴依附地位，获得了人身解放。他们可以进城做工，可以从事工商业，这就为资本主义工业生产提供了大量的雇佣劳动力，促进了资本主义工商业的发展。同时，继续从事农业的农民，他们的生产也开始转入商品生产，地主也开始改变经营方式，改进耕作方式，用所得赎金投资工商领域……资本主义开始在俄国迅速发展。资本主义的迅速发展，意味着沙皇专制制度的行将就木。俄罗斯帝国大厦倾覆的日子已经不远了。