施泰因改革的资产阶级性质，引起目光短浅的容克贵族的激烈反对，他们处心积虑地想把他赶下台。作为一名爱国者，施泰因力图通过改革筹措拿破仑所要求的巨额赔款，以达到让法军早日撤军的目的。但是当国王的兄弟威廉与法国代表达成支付1.4亿法郎的赔款协议，而拿破仑仍不打算撤出奥得河畔的阵地时，他开始谋求以武装反抗达到这一目的。1808年，拿破仑在西班牙的失败，对他是一个鼓舞。他在致维特根施泰因侯爵（一个反法起义的策划者）的一封信里，表达了这种兴奋心情，并呼吁组织一场反法武装起义来实现民族独立。但是这封具有反法立场的密信不慎为容克所利用，不久便落入法国人之手。身在马德里的拿破仑闻讯大怒，他一方面迫使普鲁士承受更重的财政负担，一方面要求将施泰因解职。在内外压力下，这位务实、坚定的改革家被迫于1808年11月24日去职。一个月后，拿破仑从马德里行辕发布了一道手谕，宣布施泰因不受法律保护，通令随时缉拿。在国内无法立足的施泰因被迫逃往波希米亚，以后又流亡到俄国。
施泰因去职以后，普鲁士的改革并未中断。1810年6月，随着哈登堡侯爵出任政府首脑，普鲁士的改革发展到一个新的阶段。卡尔·奥古斯特·冯·哈登堡（1750—1822）出身于汉诺威埃森罗德一个贵族家庭，学习过法律，通晓古典重农学派和自由主义经济学。早期曾在汉诺威和不伦瑞克政府供职。1791年担任普鲁士的安斯巴赫—拜罗伊特的官员，在协助普鲁士政府兼并西部领地中已显露出一定的外交才能。1795年他曾以外交官身份参与签订《巴塞尔和约》；1804年被擢升为外交大臣；1807年1月任政府首席大臣。《提尔西特和约》签订以后，由于拿破仑的干预他被免职，以后长时期应国王夫妇之邀担任政府顾问。1810年6月，他被任命为政府首脑，主持改革，当年10月27日正式担任政府首届首相。
哈登堡是施泰因的朋友，在国家改革大业上两人也有基本的共识，但个性和气质判然有别。不同于那位恪守道德准则的帝国骑士后裔，哈登堡是一个性格随和、处事圆滑而又热衷于追求功名的人。温文尔雅、思维敏捷、精明强干是他的主要特点，但是思想缺乏深度，知识博而不精，他也是一位喜欢追逐高雅享受的绅士。他常常以过分自信的乐观主义精神处理政务，但也不失为一位对可能做到的事情有敏锐眼光的务实政治家。他的改革思想根植于开明专制主义时期的旧传统，也从法国革命和拿破仑在莱茵地区的改革中吸收了新的政治营养。他曾热衷于在王国内推行民主政治的原则，但并不打算把某种程度的内阁责任制列入王国宪法，而是主张在维护和加强政府权威的前提下，满足于在经济生活中运用自由和平等的原则。这些主张和个人风格决定了他与施泰因改革的联系与差异。
哈登堡的改革也主要在三个领域内进行，在许多方面同施泰因的改革有重合之处，也有新的拓展，但策略和方法不尽一致。哈登堡的基础性改革仍是农业立法，这是施泰因农业改革的继续和发展。自《十月敕令》颁布以来，同改革命运攸关的容克贵族和农民都有强烈的反应。容克试图通过抵制、拖延，甚至向农民隐瞒实情来阻止敕令的实施，而农民则奋起反抗，甚至以起义、暴动来要求摆脱封建压迫。在这样的背景下，出于改善财政状况的需要，也为了发动农民参加反法战争并使原有的改革持续下去，哈登堡于1811年9月14日颁布了《关于调整地主与农民关系的敕令》，简称《调整敕令》。这个敕令与1816年5月29日公布的对《调整敕令》的补充规定以及其他法令，一并构成哈登堡农业立法的主要内容。它与施泰因的农业立法构成一个整体，较之后者具有更明显的资本主义性质，但也采取了更有利于容克贵族的方式。
《调整敕令》的核心内容是使农民获得土地，并解除《十月敕令》中所保留的农民对地主的义务和劳役。但是农民在获得土地时，必须向地主提供物质补偿：支付一笔相当于常年租赋25倍的赎金或把1/3（世袭农户）到1/2（非世袭农户）的土地割让给领主。关于劳役和其他义务的赎买与调整，法令规定以两年为期，采取协商解决的办法。这样一来，凡实行调整法的地方，容克地主通过掠夺农民土地、收取赎金都壮大了经济实力，而农民由于苛刻的赎买条件，不是陷于破产，就是要付出数十年的血汗。民族解放战争爆发后，改革受到冲击，许多容克抵制改革，哈登堡在1816年5月19日公布《王家公告》，对调整法作了新的修订，将有权赎买封建义务的农户限制到少数富裕农民的范围，即少数拥有车马进行自耕的农民，才可以在牺牲大量货币和部分耕地的条件下赎免封建义务。这样贫苦农民便被排斥在受“保护”的范围之外。同法国相比，农民在革命中获得的东西，在德国则要经历两个世代，直至19世纪40年代才基本完成。尽管如此，这种改革毕竟为资本主义在普鲁士农业中的发展开辟了道路。它在保留容克地主政权和收入的条件下，通过剥夺以前的农奴的土地并把他们变为农业工人的方式，使容克的庄园逐步由徭役庄园变成资本主义大农场，完成了农业的资本主义改造。
哈登堡的财政改革和工业立法构成了他改革的第二方面内容。1810年10月27日和28日，相继颁布的《财政敕令》和《工业税敕令》是改革工商业的纲领性文件。《财政敕令》着眼于贯彻普遍纳税的平等原则，并通过废除限制工商业的特许权，实现完全的营业自由；《工业税敕令》是《财政敕令》在税收领域的延伸，它在确认择业自由的基础上，通过税收调节，为工商业自由发展提供法律保障。同时，立法进一步剥夺了行会的经济权力，强调自由从商，行会成员可自由退出所属行会，使行会成为工商业者自愿参加的民间组织。这些都为资本主义工商业的自由发展扫除了障碍。工业税的实施也为政府进行关税改革创造了条件。1818年5月26日，普鲁士颁布新的关税法，首次在王国境内废除了所有内地关卡，统一了对外税则，实现了关税统一。关税统一保护了新兴的工商业，创造了统一的国内市场，对整个德意志贸易状况和经济形势产生了重要影响，是普鲁士未来在德意志实现经济扩张、争取政治统一的重要前提。总之，工业立法和税收改革，促进了工商业中的自由竞争，有利于生产中的创新、发明和吸收富余劳动力。此外，稳定的税收体系为扩大财政收入来源、增强国家实力创造了条件。
在社会关系方面，能够体现哈登堡改革精神的举措是1812年3月11日颁布的《关于犹太人公民地位的敕令》。这道立法承认定居在普鲁士境内的犹太居民的公民地位，赋予他们平等的公民权利，并要求他们承担同等的公民义务。对于犹太人移居较多的若干地区而言，确定犹太人的公民身份是一个具有社会平等意义的举措，它增强了普鲁士的社会凝聚力，并使犹太居民在国家建设、反拿破仑的民族解放战争中发挥了积极作用。虽然法令涉及的范围主要有利于富裕的犹太居民，但仍然是按资产阶级自由主义原则调整社会关系所迈出的重要一步。由于这个原因，许多顽固的容克曾愤怒地指责这一立法，说这是要“把值得尊敬的勃兰登堡普鲁士变成一个新型的犹太国家”。
在施泰因—哈登堡改革的影响下，普鲁士政府还在军事、文化教育等方面进行了相应的改革。军事改革是农业改革的一种反映，因为有那么多贵族特权被废除，必然要涉及来自容克的军官和来自农民的士兵之间的相互关系；此外，拿破仑的军事占领和控制，也迫使普鲁士感到有必要在军队编制和训练方法上进行一番新的改组与变通。军事改革方面最重要的代表人物是沙恩霍斯特，参与这一变革的还有格奈森瑙、格罗尔曼、博伊恩和未来的军事理论家克劳塞维茨。
格尔哈特·冯·沙恩霍斯特（1755—1813）出身于萨克森的博尔登瑙一个农民家庭。青年时他曾在威廉施泰因岛上的绍姆堡伯爵军事学校学习，从1783年起开始在汉诺威军队中服役，曾参加第一次反法联盟战争，是联军与法军在比利时作战的目击者。早期的实战经验以及所接受的启蒙思想教育，使他很早就认识到人民军队较之雇佣军队所具有的优越性。他确信只有彻底改变军队体制，进行军事教育，才能在同法军的战斗中获胜。1801年他被调至新成立的柏林军事学院任教，以后又从教官被提升为院长。职务的变动有助于他把实践经验上升为理论，他开始致力于探讨军事改革，并通过新成立的“军事协会”团结了一批具有爱国精神的青年军官。1806年普鲁士的大溃败，使他完全摆脱了旧式军事战略的影响，开始制订全民武装的计划。1807年7月，晋升为少将的沙恩霍斯特被国王任命为“军事改革委员会”主席，主持重建军队的改革工作。
针对普鲁士军队的严重弊端，总结长期失败的经验教训，以沙恩霍斯特为首的改革委员会首先对旧军队进行了重要的人事改组。他们按照国王1807年11月27日的指令，详细调查了军官队伍中在战时犯有临阵脱逃或投降行为者的罪行，惩处了一批对战败负有一定责任的军事指挥人员；同时也清除和淘汰了一批因年老或指挥不力不宜担任现职的指挥官，更新和纯洁了军官队伍。接着对军队体制进行了大规模的改组，废除了过时的雇佣兵制度，按法国模式建立了一支由普鲁士人组成的新型军队。新军废除了旧的等级制度，打破了容克贵族垄断军官职位的特权，鼓励一切在和平时期学习知识、受过教育，在战争时期表现勇敢、出类拔萃并能驾驭全局的人获得军官职位和军队中的荣誉，而不考虑其出身。新军废除了旧的体罚制度，野蛮的鞭打和残酷的“穿列笞刑”遭到禁止，侵犯士兵“背脊的自由”的惩罚不再发生；维持军纪、激励战绩的保障不再依赖农奴式的训诫，而是责任和荣誉感的发扬。在战术原则方面，新军废除了陈旧过时的线型队列作战方法，代之以机动灵活的运动战、散兵战战术。军队编制也依照法国的创制，统编为混合旅，在野战演习中开始实行各兵种（步兵、骑兵、炮兵）协同作战的训练方法。
由于拿破仑把普鲁士的兵员限制在4.2万人之内，为了不突破这一限制并使更多的国民受到军事训练，沙恩霍斯特创设了一种“速成兵制度”。这是一种以隐秘的方式通过对入伍新兵轮流进行短期训练，在实际上不断扩大兵员的办法。按照这种制度，不断有经过短期训练后离队复员的士兵，又不断有新兵前来填补空额，接受新的训练。从表面上看，普鲁士的军队始终不超过4.2万人的限额，但实际上在编外保持着一支数量庞大的后备部队。至1813年解放战争爆发时，普鲁士的后备军人数已达15万人，其中10万人可立即投入战争。这是沙恩霍斯特在特殊的历史环境中实践法国式的全民武装计划的一个创举。由于其实践效果显著，在1813年3月17日通过了《后备军条例》，此创举成为正规的军事制度。
随着军事改革的深入，实行普遍义务兵役制的条件日益成熟。从1813年2月9日起，依照普鲁士兵役制命令，取消了自1792年2月以来军事法规有关纳税的富裕市民免服兵役的特权，要求17岁至40岁的男性公民，不论出身与职业，必须在定期内自选兵种，到部队服役；服役期限也由原来的20年缩短为7年；服役期满可依次转为后备役军人和民兵。同期普鲁士还组建了“国土防卫部队”，专门吸收20岁至24岁的青年参加，这是一支包括青年大学生在内的志愿狙击兵团，在反拿破仑战争中发挥了十分重要的作用。由现役、后备役、民兵和志愿兵团构成的不同层次的兵役制度和军事体制，有助于军民结合组织起更广泛的反击敌人的抵抗运动，是法国大革命全民皆兵的精神在不同历史条件下的再现。沙恩霍斯特的军事改革直接为未来的解放战争准备了胜利条件。
军事改革，也包括前面所述及的行政改革，除了具体的目标，它的重要目的还在于在普鲁士创造一种新的国民精神。但是最直接产生这种效果的改革还是教育制度的改革。1807年费希特在《对德意志民族的演讲》中已向人们呼吁，建立一种新的教育制度，培养各阶级的独立自主人才，对于重建国家、复兴民族具有重要意义。他使人们相信：国家的责任是教育它的人民读书和写作，这不仅是出于功利主义的目的，更为重要的是国家有责任发挥它的公民的新力量，以便使他们成为比他们以前更加完美、更加发达的人。事实上，公民上学的义务是与他服兵役和纳税的义务密切联系的，政府的责任就是要像实施义务兵役制一样，建立一种能够感化全体人民的国民教育制度。费希特的演讲在德国知识界、舆论界引起巨大反响，普鲁士政府开始着手教育改革。1808年，施泰因在辞职前富有远见地向国王推荐了一位教育改革的主持人，他就是威廉·冯·洪堡。