由于皇家园林的主人是封建社会的最高统治者，皇家园林的兴衰紧扣着王朝的治乱兴衰，每当动乱的年代和改朝换代之时，离宫别苑，就成为一幕幕历史悲剧最受瞩目的舞台，留下许多既动人心魄又发人深省的故事。自秦汉以往，唐宋以来，比比皆是。
明清的皇家园林也不例外，在元代即辟为大内后苑灵囿的禁苑、明代时的景山，在这里，就结束了一个王朝277年的统治。当1644年李自成所率领的农民起义军攻进北京之际，崇祯皇帝吊死在景山东麓的一棵槐树之上，史称“甲申之变”的改朝换代，却将后苑中的这株槐树，当作悲剧中最不可少的布景道具和情节，枯萎了补植，立了不止一块石碑来警示后人。而在大内乾清宫中的一幕：遣别太子、剑砍公主、死别皇后、赐经贵妃、手刃嫔御……更为惨烈的场景，却被渐渐淡化。
替代大明国祚的，并非逼死崇祯的农民政权大顺，而是满洲贵族铁骑所建立的清朝，清皇室不但沿用了紫禁城，而且占有了包括景山在内的皇城的全部。在它实现了成功的统一之后，离宫别苑的营构规模，又空前地超出了明王朝的规模，成为中国皇家园林史上最后一个高峰。在1840年鸦片战争之后的民族灾难之中，清代皇家园林的毁灭，又成为华夏子孙至今所未能忘却的伤痛。1860年，包括圆明园在内的三山五园，遭到野蛮外来侵略者的洗劫和焚烧。这是中国沦为半殖民地半封建社会时期极具标志性的历史事件，它震动朝野，也震动了世界，连侵略者国度的人士也对这样的暴行进行了谴责。北京的皇家园林被毁的时候，清朝的皇帝咸丰却已带着皇后、贵妃和阿哥，出逃到另一座皇家园林——热河的避暑山庄之中。对中国近代史具有深刻影响的历史事件，在这里继续掀开着新的却是充满了屈辱、辛酸、无奈与苦涩、悲痛与欺诈交织在一起的一页又一页。不平等的《天津条约》、《北京条约》被批准签订，咸丰皇帝病死热河，年仅六岁的皇子载淳在咸丰死前被立为太子，第二天便继承了帝位。一块并无雕镂龙钮的寿山石印章，却是圆明园一座偏殿的堂号，这不足方寸大小的《同道堂》三个字，却成了决定清朝未来近半个世纪命运的依据，这一切都发生在避暑山庄这座皇家园林之中。当时，圆明园和三山的殿堂廊榭，亭阁楼台，已化作灰烬。两宫皇太后垂帘听政的同治朝，在载淳亲政以后，重建圆明园的计划没有能够实现。光绪时，万寿山清漪园在海军经费的支持下得以重建，改名颐和园。在这座清王朝在湖光山色中最后所支搭起的金碧辉煌的舞台上，历史仍以悲剧的色彩演绎。
1894年（光绪二十年甲午）的阴历十月初十，是慈禧太后的六十岁生日，比照乾隆母亲六十岁生日，在颐和园举办隆重的万寿庆典。颐和园的复建工程进入到最后的冲刺阶段。这一年七月中日甲午战争爆发，八月黄海之战中国海军损失惨重，9月25日（阴历八月二十六日），慈禧被迫宣布停止在颐和园的庆典，以海军经费为工程款的颐和园工程照常进行。当黄海之上，中国海军舰只一艘艘沉没的时候，颐和园以天下太平寓意的清晏舫——石舫浮出了水面。
1898年（光绪二十四年戊戌）中国近代史上的重大历史事件、斗争在以光绪为代表的维新派与以慈禧为首的保守派之间展开，从《戊戌变法》到戊戌政变这一年的春天，参与矛盾双方的有影响的风云人物：康有为、袁世凯、荣禄等，在颐和园进进出出，牵动着事件发展的走向。终于，坐镇颐和园的慈禧调兵遣将，突然于阴历八月初六（9月21日）自颐和园还宫，以光绪有病，以太后的名义重新训政，囚禁光绪于瀛台。至今颐和园玉澜堂东西配殿内，仍留有两堵高墙，是光绪在颐和园内的另一处幽禁之所。
1900年（光绪二十六年庚子）八国联军进逼北京，8月14日（七月二十）慈禧和光绪从宫内来到颐和园立即启程取道山西逃往西安。八月三十（8月6日）“八国联军”俄国军队第十五团五连、八连，上乌迪内骑兵连占领颐和园，接着日本、英国和意大利的侵略军也进入颐和园内驻扎，颐和园的殿堂陈设被抢劫一空，建筑遭到严重破坏，1901年（光绪二十七年辛丑）七月《辛丑和约》签订，8月28日（七月十五）尚在西安的慈禧发出懿旨：“颐和园何日交收即行电奏”，并嘱庆亲王奕劻加派官兵，小心保护，“严防土匪窃盗，母稍疏虞”。9月14日（八月初二）八国联军从颐和园撤出，据内务府查点，颐和园中的殿堂陈设几乎均为“一应无全”，连一块完整的玻璃都没有。慈禧卧室床罩上镶嵌的一块玉寿字亦被挖走。
1905年六月，载泽等五大臣出洋考察宪政，在北京火车站被炸，第二日下令颐和园围墙增砌三尺。
1908年十月二十一、二十二日，光绪、慈禧先后去世，三岁宣统继位，光绪皇后那拉氏被尊为隆裕皇太后，由宣统生父摄政王载沣传出懿旨：“皇帝尚在冲令，一时未能临幸颐和园，著该管大臣饬令司员等，将殿座陈设妥为封存看守，其轮船、电灯、官役，著即撤销差使，所有船灯各项物件，交管理颐和园大臣派员接收看管。”颐园结束了一个历史时代。
1912年2月，清帝宣布退位，民国政府给予优待，在《优待清室条例》中有：“大清皇帝辞位之后，暂居宫禁，日后移居颐和园，侍卫人员照常使用。”同年9月12日孙中山莅临颐和园参观，由退位的清室派出那桐设茶点欢迎接待。
据查，此后溥仪居住紫禁城内，并未来过颐和园，有说曾来过一次，大概受优待条件影响，怕失掉在宫中居住的权利。自1914年，颐和园已对外售票开放。1924年，溥仪被逐出紫禁城，并未兑现允许在颐和园居住，颐和园开始了一个新的历史时代。
中国的皇家园林，有着三千多年的历史，由于特殊的历史地位，往往与改变历史进程的一些事件相关联，折射出历史的沧桑变化。现存的明清皇家园林的历史，有的可以上溯到辽金时代，都具有300年至800年的历史，向公众开放参观游览，尚不足一百年的时间。运用现代视角进行系统的研究和分析时间更短，在发现与认识、价值与功能、保护与利用诸多方面，都存在着领域宽泛、学科多样的话题和课题。