结果正如亚历山大所料，翻滚而下的车辆并没给亚历山大的部队带来多大的伤害，一部分部队让开了，而另一部分部队则让车辆从盾牌上滚过去，伤害也不大，无一人死在车下。这使马其顿士兵勇气大增，大声呼喊着向色雷斯人冲去。
亚历山大把弓箭手从一个方阵的右翼调到另一方阵的前方，这样，在色雷斯人出击时，可更准确地向他们射箭。亚历山大自己则率领突击队、卫队和由山地人组成的轻装部队转到左翼，在弓箭手的配合下，亚历山大身先士卒，向敌阵冲去。
色雷斯人慌忙丢下武器，狼狈地逃下山去。有1500人被消灭，由于地形熟悉、跑得快，被生擒的很少，但他们带来的妇女、小孩和各种物品却都被马其顿人俘获了。亚历山大登基以来的第一仗就这样以全胜而告终，他本人也仍和过去一样，在混战中一马当先。
亚历山大率军越过山脊，穿过希马斯山地，向特巴利亚人处进军，再由这里去多瑙河。特巴利亚国王得知亚历山大进军的消息，携带妇孺躲到多瑙河中的庇斯岛上，而其主力部队则转移到一个森林密布的峡谷中，准备在这里抵抗亚历山大。亚历山大根据地形的需要，把方阵改成纵深队形，同时命令弓箭手和投石兵上前射箭、投石，把敌人引出峡谷来。特巴利亚人遭到箭石的攻击，误以为亚历山大的军队不过如此，他们认为弓箭手和投石兵身边无利器，便冲上来和他们肉搏。当特巴利亚人被引诱到开阔地带时，亚历山大率领骑兵和排成密集队形的方阵兵，排山倒海般地向他们冲杀过来。特巴利亚人招架不住，四处溃逃。在方阵兵的正面攻击和骑兵的两翼包抄下，有3000特巴利亚人被杀死了，有一些在夜色掩护下沿峡谷逃跑了。据说，亚历山大方面只牺牲了11名骑兵和40来名步兵。
亚历山大乘胜前进，经3天行军，到达欧洲第一大河多瑙河。那个时候它被称为伊斯特河。在这里，亚历山大令人难以置信地会合了他的一支舰队，这支舰队是奉他之命从拜占庭驶来的。亚历山大想用这支舰队强攻登陆特巴利亚国王避难的庇斯岛，结果登陆失败。亚历山大便放弃了强攻庇斯岛的计划，决定渡河攻击河对岸的吉塔人。吉塔人是色雷斯人的一支，他们在河对岸集结了一支很大的队伍，约有4000骑兵和1万步兵，准备阻击渡河的亚历山大队伍，支援特巴利亚人。
亚历山大为渡河作了精心的准备，他派人从民间搜罗了许多小船（独木舟），并令人把兽皮做的行军帐篷做成皮筏。他利用这些工具一夜间就把大约1500骑兵和4000步兵渡过了多瑙河。过河后，部队在麦田的掩护下，神不知鬼不觉地紧靠河岸行进，快天亮时，他令部队走出麦田，骑兵列在右翼，步兵列成横宽、纵深的长方形方阵。吉塔人被这突如其来的攻击吓得完全失去了抵抗能力，他们万万没有想到，亚历山大在一夜之间不用桥就渡过了这条最大的河。他们也没想到，亚历山大的方阵如此坚强可怕，骑兵如此迅速凶猛。亚历山大骑兵的第一次冲锋就把他们打得溃不成军了。他们先是逃到村落里，在亚历山大队伍的追击下，他们又弃村而逃，一直逃到遥远的北部草原上去了。亚历山大把吉塔人的村落夷为平地，夺取了吉塔人未能带走的一切。
亚历山大并不是要夺取这个不开化的蛮荒地区，他只是要使这里的部落居民能感觉到他的威力，害怕他，从而在他离开时，不敢兴风作浪。因此，他在多瑙河河边向保护神宙斯、赫拉克勒斯和容许他过河的河神献祭后，便渡河返回南岸的营地。
多瑙河之役使亚历山大威名大振，多瑙河沿岸的部落都在亚历山大强大的武力面前屈服了，再不敢和马其顿对抗了，特巴利亚国王派特使来致意，其他部落也派大员来谒见，傲慢的凯尔特人也派来使团，要与马其顿修好。亚历山大和他们之间互相都作了适当的保证。有这样一个故事：亚历山大在会见凯尔特人时，曾问他们，他们最怕什么，他心想，他的威名肯定已传遍了这一带，他希望他们回答最怕他，但凯尔特人却回答说，他们最怕天塌下来砸他们。这一回答大出他的所料，不过，亚历山大仍跟他们结了盟，宣布他们是他的朋友，同时，他自我解嘲地说：“这些凯尔特人真会吹牛。”
亚历山大对多瑙河地区的色雷斯诸部落的策略是有战略眼光的。这里是一片没开化的蛮荒之地，马其顿占领它，并无多大的好处，却势必要使大量兵力陷入其中，这会影响亚历山大远征波斯的计划。亚历山大也无意改变这里的现状，要对这样一大块地区进行整顿是不容易的，也是得不偿失的。最好的办法就是让他们产生畏惧之心，和他们结盟。这样做既可保证边境的安全，又可在远征中得到他们一定的人力和财力的支援。其实，腓力和亚历山大父子对希腊诸城邦也是采取结盟的方式，这也是希腊的传统方式，所谓雅典帝国就是如此。亚历山大在远征波斯之前，基本上都是采取结盟方式扩大马其顿的势力，当然，这种结盟是以武力为后盾的，前提是盟邦都必须服从马其顿，听命于亚历山大。对于那些背叛他的盟邦，他的惩罚将会是令人害怕的，甚至是令人发指的。
3.血洗底比斯：杀一儆百不留情
亚历山大成功地降服了多瑙河地区的诸部落后，率军返回，途中得知伊利里亚人反叛。伊利里亚人在巴尔干西北部，曾是马其顿的宿敌，亚历山大就是在马其顿大败伊利里亚人的胜利之日诞生的，他们虽被降服了，但时刻都在寻找机会反叛，他们认为马其顿王位更迭，亚历山大正与色雷斯人作战，这正是他们向马其顿报复的大好机会。但他们失算了，亚历山大很快就平定了伊利里亚人的叛乱，打得他们完全丧失了斗志，再也不敢和马其顿对抗了。这时，传来了底比斯人发动反马其顿暴乱的消息。
应当说，亚历山大对希腊是很尊重的，对希腊高度发达的文明是从心里敬佩的。他对他的老师亚里士多德的热爱和敬仰，就是这种心态的反映。他把老师为他注释的荷马史诗《伊利亚特》视为最心爱之物，藏在金盒中，放在枕头下；他把希腊神话中的英雄作为自己的榜样，他把宙斯之子赫拉克勒斯当作自己的祖先。他是以希腊人自居的。他继位后，对希腊表现出很大的善意。腓力突然死于非命，希腊人奔走相告，大肆庆贺。许多城邦互相串联，图谋进行反马其顿的叛乱。亚历山大虽率军南下，却对阴谋造反的希腊诸城邦极为宽大，除了重申科林斯盟约、确立亚历山大的希腊联军统帅地位外，没有提出别的什么要求。为了塑造自己感人有修养的形象，他在科林斯甚至放下君主的架子，屈尊去拜访了著名的哲学家第欧根尼，一位国王和一位犬儒学派代表人物进行了一次历史性的会晤。
第欧根尼过着极端反常的生活，他以“毁坏货币”作为自身的任务，他力图暴露大多数传统的标准和信条的虚伪性，号召人们回复简朴的自然生活。他所鼓吹的自然生活意味着，不仅无视奢侈的享受，而且无视有组织的、因而是“常规的”社会之法律和风习。为了表达对世俗物品的鄙视，他常年住在一只大桶中。亚历山大竟去见这样一个人是令人惊奇的，而他们的对话却成了流传千古的名言。
亚历山大以一个国王的身份居高临下地告诉第欧根尼，可以满足他的一个要求，只要他说出来。第欧根尼回答说：“你不要遮住我的太阳。”亚历山大没有被这样的回答所激怒，他的回答同样意味深长：“如果我不是亚历山大，我愿做第欧根尼。”
亚历山大这样做，虽有作秀之嫌，却也反映出他对希腊、对希腊智者的尊重，从内心深处他是想和希腊人友好相处的，当然，前提是服从他的统治。
但是，底比斯人的反叛给了他重重的一击，如果底比斯反叛成功，后果不堪设想，他远征波斯的计划就会落空。底比斯人的叛乱使他清醒了，大多数希腊人是看不起马其顿的，如果不给希腊人一个很难忘记的教训，他的后方就不会是安全的、巩固的。
促使底比斯人起义的原因有两个，一是当时在希腊盛传亚历山大已死于伊利里亚；二是底比斯作为希腊的一个大城邦，一个可以和雅典、斯巴达平起平坐的强大城邦，是不甘心受马其顿统治的，他们渴望恢复过去的日子。因此当被腓力流放的一些底比斯人秘密返回并鼓动底比斯人起来造亚历山大的反时，他们心动了，他们被流放者的诸如“解放”、“自由”等口号所引诱，被要把马其顿多年来强加在底比斯人身上的沉重枷锁甩掉的话语所迷惑，不顾一切起义了。他们杀害了两名马其顿官员，围攻马其顿驻军，宣布底比斯获得自由了，并要为凯洛尼亚的惨败雪耻。他们和波斯人勾结，派人到希腊各地煽动：谁想获得解放，谁想推翻暴君统治，谁就应当加入波斯和底比斯的行列。在底比斯人的煽动下，有好几个城邦准备支援底比斯人，雅典也跃跃欲试。希腊人大有联合起来反对马其顿之势。
但是，亚历山大的神速行动，摧毁了希腊人谋求“解放”的一切梦想。亚历山大听到底比斯起义的消息时，尚在距底比斯有300里之遥的皮仑城。这在今人看来没有多远的距离，在当时却是很远的。亚历山大不顾部队连续作战的疲劳，率领大军以每天20英里的速度持续行军两周，越过不知名的蛮荒地区，来到底比斯。底比斯人大吃一惊，但他们仍然相信亚历山大已死，认为这支突然而来的马其顿大军是由安提柯率领的。
开始，亚历山大还想给底比斯人一个悔过的机会，他没有立即下令攻城，而是在底比斯城下扎营，等待底比斯改悔，派使节来见他。底比斯人在亚历山大大军压境下，仍不屈服，他们没有派来求降的使节，而是派出了一队骑兵和轻装步兵冲向亚历山大的营地，从远距离向营地外围投石射箭，杀伤了一些马其顿士兵。亚历山大立即派出一支轻装步兵和弓箭手，把已经冲到营地跟前的底比斯人逐回城内。第二天，亚历山大率领全军，前进到距卫城不远处扎营。他仍没有令人攻城，在这里扎营，只是为了便于支援被底比斯人围困的、驻守在卫城的马其顿部队。底比斯人在卫城四周修起了双重栅栏，使外边的人无法支援被困在里边的人，里边的人也无法冲出来和外边支援的人里应外合。在这种情况下，亚历山大仍然希望能和平解决，仍在等待，没有下攻城令，而是在卫城附近的营地里按兵不动。亚历山大这种态度和他一贯的果断迅速的作风大不一样，这要么是亚历山大对希腊人有一种特殊的感情，不愿造成大的流血事件，要么是他认为这样做可以兵不血刃地解决问题，效果更好。
亚历山大的等待有了一定的效果，有一些底比斯人动摇了，从城内出来了几位公民，要见亚历山大，替全体底比斯市民请罪，请求他饶恕他们这次造反。但那些反马其顿的人却拒不接受亚历山大任何宽恕，坚决要与亚历山大对抗到底。
亚历山大仍在等待，仍然不进攻。但是，他的部下却没有亚历山大这样的耐心，他们被底比斯人的态度激怒了，他的警卫部队的指挥官赫斐斯申不等亚历山大下达进攻的命令，就率领部下捣毁栅栏，冲了进去，直扑底比斯的前卫部队。攻城战就这样开始了。亚历山大表现了他作为一个伟大统帅的当机立断，战斗虽不是在他的命令下开始的，但既已开始，就要把战斗引向胜利，而不能听任攻城的部下陷入困境，他立即下令全军攻城，并亲自率领军队攻了上去。
底比斯人根本无法抵抗马其顿人的进攻，亚历山大很快就攻进城内。这时，亚历山大一改宽厚仁慈的态度，露出了一副凶神恶煞的面目，下令对不投降者，一律格杀勿论。底比斯城内成了屠宰场，马其顿军队四处追杀溃败的敌人，屠杀停止抵抗的底比斯人，家里、寺庙里都成了马其顿士兵杀人的场所，见一个杀一个，见两个杀一双，妇女、小孩也不能幸免。逃到城外平原地带的底比斯人，也难逃一死，先后被追杀。总共有6000名底比斯人被杀。
随后，亚历山大在科林斯召开了一次同盟的理事会来决定底比斯的命运。按照会议的决定，3万名幸存者都被卖到亚历山大军中当奴隶，起义的领导者被绞死枭首示众，底比斯全城被烧毁，夷为平地，由各盟邦瓜分。但在亚历山大的特别关照下，寺庙被保存了下来，大诗人品达的家宅也安然无恙。亚历山大在大肆屠杀中，仍然显示他政治家的圆通，没有忘记表示他对希腊文化的尊重，对神的敬仰。
普鲁塔克记述了这样一个故事，说明亚历山大在疯狂中仍保持着清醒。有一个马其顿军官闯进了一个底比斯妇女的屋里，使她遭受了无法形容的侮辱和伤害，最后还问她是否藏有金银。她告诉他说，她的全部珍宝都藏在一口井里，她把他领到井边，在他俯身向井中凝视时，她突然把他推了下去，并投下大块石头，把他砸死了。这一情景恰巧被几个马其顿士兵看见了，他们立即把她抓起来送给亚历山大去审判。这个妇女面对亚历山大昂然不惧，亚历山大不仅宽恕了她，而且还把她的家人、财产和自由一齐归还了她。当然，这并不能说明什么，对整个底比斯进行侮辱、掳掠和奴役的正是亚历山大。
底比斯，这个希腊文明的代表城市之一，这个令人骄傲的古城，狄俄尼索斯（酒神）和亚历山大的祖先赫拉克勒斯（大力神）的诞生地，就这样只剩下了令人叹息的残壁断垣。