萨提巴赞斯没想到亚历山大这么快返回来攻击他，没有抵抗，就急忙带着少数阿瑞亚骑兵逃跑了。他部下的大部分士兵则一哄而散。但亚历山大并没因叛乱者逃散而就此罢休，他又一次显示了他严酷的一面。他迅速地进行搜捕，把那些离开村庄参与叛乱的人从各处搜出来，一一就地杀戮，其余的没参加叛乱的村民则都贬为奴隶。他要用这样的血腥行动告诫所有被征服的人们，叛乱者会受到严厉的惩罚。他废弃了阿瑞亚的旧都阿塔考那，而在它的旁边另建了一座新城，新城被命名为“阿瑞亚的亚历山大”，同时委任波斯人阿萨米斯为阿瑞亚的新总督。
这时，留在马迦斯河畔的克拉特拉斯率领的部队也到阿瑞亚和亚历山大会合，于是，亚历山大率领全军向南边的扎兰迦亚地区前进，当时占据这一地区的是巴散提斯，这个人曾在大流士逃跑时参与谋害他，见亚历山大大军快来了，就逃跑到印度河这边的印度人地区。但印度人却把他抓住送交亚历山大，亚历山大就因他参与谋杀大流士而把他处决了。接着，亚历山大又到西边的阿拉科提亚（阿富汗）地区捉拿参与叛乱的波斯总督阿萨提斯，并就地处决。然后在弗里达建立了一座取名为“亚历山大希望城”的新城。
这时军队中出现严重的不满和厌战情绪，因为从波斯波利斯开始，战争成了对一个亡命君主和一个弑君者的追逐。对于亚历山大的将士来说，战争已毫无吸引力。为平息将士的不满，亚历山大以叛国罪处死了功高权重的帕米尼欧父子，并对部队核心部分的指挥官进行了调整。原由菲洛塔斯担任的骑兵司令一职，改由赫斐斯申和克雷图斯两人担任，各指挥一个旅，以免权力过分集中。托勒密被任命为皇家卫队长，而帕米尼欧副统帅一职也早已由克拉特拉斯担任了。
随后亚历山大率军进入阿瑞阿斯皮亚人居住的地区，因为这一地区的人民曾为居鲁士出过力，亚历山大对他们有好感，便允许他们自治。
接着亚历山大就继续向巴克特里亚前进，追击比修斯。沿途征服了德兰吉亚人、迦德罗西亚人和阿拉科提亚人，委派了新的总督。公元前329年冬季，他率部到达塔尔拉克河畔印度人居住的地区。他一路行来，克服了很大的困难，饥饿、疲劳、积雪、寒风使部队吃了不少苦头。将士们有时只能靠猎取野生动物为食，不少人病倒了，还有许多战马冻死在雪地上。
就在亚历山大向巴克特里亚艰苦挺进的途中，又传来萨提巴赞斯再次在阿瑞亚进行叛乱的消息。萨提巴赞斯从比修斯处得到2000名骑兵后，又侵入阿瑞亚，发动当地人跟着他造反。亚历山大只好又分出一部分兵力来对付萨提巴赞斯。这次他没有亲自回师镇压，而是派波斯人阿塔巴扎斯和两位骑兵将领率兵去征讨，同时令帕西亚总督前往支援，对萨提巴赞斯形成东西夹攻之势。一开始，萨提巴赞斯的部队进行了顽强的抵抗，和马其顿的骑兵部队展开了一场激战，但随着萨提巴赞斯脸上中枪而死，他的部队瓦解了，抱头鼠窜了。
亚历山大这时已率部进抵兴都库什山，但因大雪封山，部队只能等冰雪融化才能过山，就在这期间，即公元前330～前329年，他在这里，在加兹尼城的旧址上建立起一座新城，亲自命名为“高加索的亚历山大城”，因为亚历山大认为兴都库什山脉就是高加索山脉向西的延伸。他向平常祭祀的神献祭，任命波斯人普罗克西斯为该地区的总督，派骑兵军官内劳克西尼斯为军事总监，给他留下了一些部队。
三、亡命之君：比修斯的抵抗
春天到来时，亚历山大开始率领部队向北进军，翻越兴都库什山。这是座非常大的山脉，山高路险。亚历山大选择了一条路程虽远但地势较低的哈瓦克山口，但部队还是因积雪难行和给养短缺而大吃苦头。最后亚历山大率部翻过了群山，进入巴克特里亚。
巴克特里亚，中国称之为大夏，为波斯帝国的一个行省，居民属雅利安民族，好斗善战。在比修斯的领导下，他们联合粟特人，对抗亚历山大的入侵。比修斯有7000巴克特里亚部队，他采用坚壁清野政策，把兴都库什山下一带大肆破坏，想把他自己和亚历山大之间的地方都变成一片荒地和废墟。他认为这样一来，亚历山大就来不了了。但出乎他的意料，亚历山大还是来了，大山、积雪、饥饿都没能阻挡住他进军。驻扎在奥克苏斯河南岸的比修斯得知亚历山大的大军逼近时，立即用船把部队运过河，过河后把船烧毁，然后率部向粟特地区撤退，巴克特里亚骑兵不愿跟随比修斯逃跑到粟特去，分成小股各奔家乡。他们后来受几个亲王的领导，期望“焦土”会使亚历山大放弃巴克特里亚而去征服印度。
亚历山大北进到得拉普萨卡，部队稍事休息后，就向东攻占了巴克特里亚的最大城市阿尔诺斯和巴克特拉。巴克特拉是巴克特里亚的首府，被称为“人间天堂”，但现在该城连同它周围的广大地区都被比修斯和他的粟特同盟者斯皮塔米尼斯与欧克西亚提斯夷为平地了。随后，巴克特里亚的其他地区相继归顺，亚历山大在阿尔诺斯要塞留下驻军，并任命一个波斯人为该地总督。
占领巴克特里亚后，亚历山大率部进抵奥克苏斯河，准备渡河继续追击比修斯。奥克苏斯河是亚历山大部队在亚洲所经过的最大的一条河，河宽1000多公尺，又特别深。亚历山大在没有一条船的情况下，试图渡河，他开始想打桩架桥，但因河底是沙土，水流湍急，根本无法打桩，而且附近又缺少木材，从远处运来又需时日。为抢时间，亚历山大令部队把盖帐篷用的兽皮集中起来，做成许多塞满草料的皮筏。亚历山大就用这些皮筏在5天内顺利地把部队运过了河。
在亚历山大决定进军奥克苏斯河时，他遇到了他出兵以来从未遇到的问题，他最精锐的骑兵队伍之一塞萨利骑兵哗变了。
塞萨利骑兵一直隶属帕米尼欧，在高加米拉战役以及整个远征中，战功显赫。就是这样一支队伍，现在公然违抗命令，不再跟随亚历山大前进了。他们的哗变，一方面是对亚历山大处死帕米尼欧不满的发泄，另一方面也是对无止境的征战感到厌恶和对前途的悲观。
亚历山大虽然非常需要这支精锐部队，却无法挽留他们，他也不能像对待帕米尼欧父子那样去惩罚他们，因为这是集体行动，是一大批人的联合行动。亚历山大无可选择，只好将他们遣散回家，同时把那些超过服役年龄的老兵也一起送回家。但这样一来，亚历山大就面临兵源不足的问题。
实际上，亚历山大虽战无不胜，处境仍很危急，他身在遥远的亚洲，到处都是仇视马其顿的异族人，部队又充满厌战情绪，一支精锐部队又离他而去，在这种情况下，稍有闪失，就可能导致远征的失败，甚至全军覆没。适可而止，班师回朝，可能全军都皆大欢喜。但这不符合亚历山大的性格，在亚历山大的经历中，就从来没有退缩过。他毫不动摇地决定继续追击比修斯，同时他采取了一项空前的具有历史意义的政策，他决定从周围地区招募新兵以补充兵源。
亚历山大从亚洲地区招募新兵，当然是出于军事的需要，但这也是他构造他的新帝国的一项重要内容。亚历山大所设想的帝国是把欧亚融为一体的大帝国。他任命一些波斯人当地方行政长官，他自己有时穿波斯服装，采用一些波斯礼仪，尊重当地的宗教信仰等都有此意。不过，亚历山大还从来没有把军权交给亚洲人，他的军队中也没有亚洲人部队，他的军队还是一支纯粹的欧洲军队。现在他开始把亚洲人补充到他的军队中去，从而为实现他的各民族联合的大帝国理想前进了一大步。亚历山大要把世界统一起来的观念要比他的老师亚里士多德进步得多。
亚历山大在过奥克苏斯河前，还派人逮捕了阿瑞亚的总督，因为他有反叛之意，任命骑兵将领斯塔萨诺接替他的总督职务。
亚历山大率部渡过奥克苏斯河后，立即向比修斯所在地粟特前进。这时，斯皮塔米尼斯派信使来了，说他们已把比修斯逮捕了，可以把他交给亚历山大。亚历山大令托勒密带领一部分军队火速前往接收，托勒密用4天走了10天的路程，到达斯皮塔米尼斯的营地，但斯皮塔米尼斯已带领大部分队伍跑了，却把比修斯留在一个村庄里。托勒密率领一队骑兵包围了这一村庄，然后向村里的波斯兵宣布，如果他们交出比修斯，他们可以安全离开。于是，波斯兵放开路，让托勒密和他的部下进村。托勒密很快就捉住了比修斯，然后派人报告亚历山大。亚历山大下令将比修斯脱光身子，五花大绑，戴上木枷，押到他那里去，托勒密一一照办。
亚历山大见到比修斯时，对他进行了审问。有意思的是，亚历山大没有责问比修斯为什么坚持与马其顿对抗，而是责问他为什么要把大流士抓起来，大流士是他的王上，又是他的堂兄，是他的恩人，为什么还要给他戴上镣铐到处奔波，最后还要把他杀死。
比修斯的回答和他坚持抵抗亚历山大的身份有点不符，他在战场上的英雄气概荡然无存。他回答说，这件事不是他一个人决定的，而是当时大流士所有随从的共同决定，目的是讨好亚历山大，保全他们的性命。
比修斯回答的真实性可能有点问题，因为这些话都出自亚历山大部下的记录。不过，亚历山大的问话是完全可以相信的。他在这里不是以征服者的身份而是以大流士保护者的身份说话，他是在为大流士复仇，如果大流士在天有灵，不知有何感想。其实亚历山大痛恨比修斯不是因为他杀了大流士，而是他不屈不挠地进行抵抗。比修斯被严刑拷打后，被送到埃克巴塔纳。后来，在那里，比修斯被割掉鼻子和耳朵，然后当着米底亚人和波斯人的面把他处死了，他的尸体还被绑在两棵折弯的树上，撕成两半。亚历山大想用这种极端野蛮的刑罚来警告与他对抗的人。但他的这一做法遭到不少人的非议。阿利安在叙述这件事后评论说：“有人说亚历山大在抄袭米底亚人和波斯人的豪华和在仿效蛮族土司把手下臣民当作低等动物对待方面，都搞得过火。这个说法我同意。我也不赞成他不穿马其顿的传统服装而改穿米底亚服装，特别是因为他是赫拉克勒斯的后代，就更不该如此。尤其是，他把长期以来一直戴着作为胜利者标志的马其顿帽，换成被征服了的波斯人的头巾，他并不感到羞耻。”
阿利安的话说明，亚历山大的一些做法，不仅当时许多人不理解，就是一个多世纪以后的希腊历史学家阿利安也不理解。希腊人的自大狂妄，使他们对其他文明不屑一顾，他们认为自己是征服者，穿被征服者的衣服应被看成是一种可耻行为。而亚历山大的目的却是要淡化征服者与被征服者的区别和界限，他以弑君罪和用波斯的法律、刑罚处决比修斯，就是为了使人们，特别是波斯人不把这看成是马其顿人杀了一个波斯人，而是亚历山大帮助波斯人抓住并处死了波斯的一名弑君犯。这正是亚历山大的高明之处，他给赤裸裸的侵略披上了一件冠冕堂皇的正义外衣。这正是他和其他侵略者不同之处，当然，不应忘记，亚历山大的最终目的是要把希腊文明推广到全世界，建立一个希腊化的统一帝国。为达此目的，他可以不择手段。
四、游击泥潭：前所未有的挑衅
1.粟特人：最难对付的敌人
现在除印度河以东的地区外，原波斯帝国的所有领土都已处于马其顿人的占领下，亚历山大建立起了一个比波斯帝国大得多的大帝国，这个大帝国被命名为亚历山大帝国。它的领土包括欧洲的马其顿、希腊和色雷斯等，非洲的埃及、利比亚和亚洲西部的广大地区。其地域之广大，种族之繁多，宗教信仰之复杂，文明习俗之多样都是空前的。亚历山大也由马其顿国王、科林斯同盟盟主、埃及法老、巴比伦王而成为亚历山大大帝。不过，亚历山大并不满足，他还要征服印度，还要征服其他没有征服的地方，对于亚历山大来说，整个世界没有完全置于他的统治之下，他的军事征服行动就不会停止。
但是，他还没有来得及去征服新的地方，已征服的地方就出现了大麻烦。在中亚的广大地区，在沙漠和草原，他碰到了前所未有的困难，陷入了一场长达两年之久（公元前329～前327年）的游击战泥潭中。这一次的对手和他过去所碰到的完全不同，他要对付的粟特人领袖斯皮塔米尼斯，根本不和他进行对阵战，而是不断进行伏击和奇袭。你大军来了，他就跑，你大军走了，他又来了。而且，和过去不同，亚历山大要对付的不只是哪一支部队，而是粟特，甚至还有巴克特里亚整个部族，每一个村庄都是一个堡垒、一个战斗单位，使亚历山大不得不一个城镇一个城镇地去攻打，这也是他从来没有碰到过的情况。过去，一般地说，只要占领了首府，这一地区就被占领了。
其实，比修斯一被俘，斯皮塔米尼斯就成了亚历山大最难对付的敌人了。当亚历山大率军进占了粟特的首府马拉坎达（撒马尔罕）并抵达北部的边界药杀水河（今锡尔河）时，分散到各处去收集粮草的马其顿士兵却被当地的粟特人杀了，这些反叛的粟特人躲在十分陡峭、极其崎岖的大山中，由于地势险要，亚历山大几次进攻都无功而退，许多人都负伤了，亚历山大本人也被一支箭射穿了腿，腿骨部分破碎，但最后还是攻下了。据说，据守的3万人，被杀了一部分，从悬岩上跳下去摔死了一部分，活下来的还不到8000人。