公元前327年春末，亚历山大命令阿明塔斯率领3500名骑兵、1万名步兵留守巴克特里亚，他自己则率军开始了他早就计划进行的征服印度之行。
一、势如破竹：驰骋印度河
1.兵分两路：边征服边探险
关于印度，亚历山大和他的智囊团几乎一无所知，他们只知道，印度是波斯帝国最东边的一个行省，是位于地球尽头的一片神奇的土地。有一位希腊哲学家写了一本献给波斯国王看的书，书中叙述了作者有一次见到一个印度的怪物，其大如狮，其面如人，其尾能射出毒刺。这样的海外奇谈就是西方世界对印度的普遍印象。而且，亚历山大想象中的印度，并不是整个印度次大陆，而只是印度河流域，再往东就是旁遮普，或称五河之国。旁遮普的东边不远就是大洋，是世界的最东端。因此他认为，占领了印度就占领了亚洲的最后的土地。他还认为世界的南端也距离这里不远，印度河向南流入大海，这个大海就是世界的南界。
亚历山大从巴克特里亚出发时，率领着一支约有2.7万人到3万人的军队，这支部队和他从欧洲出发时人数上差不多，但在人员的成分上，已大不一样。从欧洲出发时，亚历山大率领的是一支完全由欧洲人、主要是马其顿人组成的队伍，而现在亚历山大所率领的却是一支包括不少亚洲人的具有世界性的队伍，这正是亚历山大建立他世界帝国的反映。随军的还有各级官员、工程技术人员、科学家、商人和随军家属等。非战斗人员的人数相当可观，因为，亚历山大实际上是带着他的战时国家行政中心在行军。他的帝国的政治中心是流动的，是随着他流动的，他在哪里，他的国家的政治中心也在哪里。他还随军带来了来自埃及和腓尼基的水手和造船工匠，以便建立一支舰队，利用印度河，水陆两路进军。亚历山大率领的这支向印度进军的队伍，后来不断得到希腊的援兵、印度和其他亚洲部队的补充，据普鲁塔克说，亚历山大穿过旁遮普班师时竟有13.5万人之多。
亚历山大先率军沿原来的路线北上，越过兴都库什山，走了10天，到达了高加索亚历山大城。该城是亚历山大第一次进军巴克特里亚时在帕拉帕米萨斯地区建立的。他撤换了这里的不称职的总督，并任命了一名近卫将领专管高加索亚历山大城。为增加城内居民数量，从附近地区召来一些人，并让部队里一些超过服役年龄的人定居城内。然后率军到尼塞阿，向雅典娜献祭，再转向科芬河。当时印度西北部还处于分裂状态，分属几个小王国，亚历山大事先就派传令官到印度河西边的印度头目太克西利斯等印度人那里，叫他们尽早派人来迎接亚历山大。太克西利斯和其他头目，迫于亚历山大的声威，果然带着印度人最珍贵的礼物前来欢迎，并答应把他们所有的大象共20头献给亚历山大。
亚历山大在这里对敌情有了进一步的了解，决定兵分两路。一路由赫斐斯申和坡狄卡斯率领，太克西利斯和其他印度头目也划归这一路，朝印度河方向进入朴西劳提斯地区，也就是科芬河右岸地区，到印度河后，准备好渡河用具，等亚历山大所部到达后，一同渡河。另一路由亚历山大亲自率领，进军科芬河左岸地区，也就是阿斯帕西亚、古拉亚和阿萨西尼亚地区。两路军最后在印度河会师。
赫斐斯申和坡狄卡斯所率领的这一路进展顺利，沿路所经过的城镇，或被攻占，或降服，全被拿下。只有朴西劳提斯地区的总督阿斯提斯固守一城，拒不投降。赫斐斯申围攻了30天才攻下该城，杀了阿斯提斯，派印度人的一个头目散迦亚斯接管该城，因为这个人忠于亚历山大，他是事先从阿斯提斯处逃到太克西利斯处的。
但亚历山大亲自率领的这一路却遇到了不少困难。部队先沿科芬河岸的崎岖山路前进，过河后，亚历山大为加快前进速度，亲自率领全部骑兵和800名改为骑马的步兵，全速前进，而让其余的部队在后以平常行军速度跟进。这一带的部族听说亚历山大率兵来了，有的逃到山里，有的逃到防御工事坚固的城市里。
2.大开杀戒：反抗者的下场
亚历山大进军途中的第一座城市，虽然并没费多大力气就把该城的外围部队赶回城内，并成功地把城市围困起来，亚历山大却在战斗中负了伤，一支箭射穿了他的胸甲伤了肩膀，托勒密和另一重要将领也负了伤，幸而伤得不严重。
这座城有两道城墙，但有的地方不甚坚固。第二天，天一破晓，亚历山大就令部队选择一段比较粗糙的城墙攻击，很快就攻破了。部族兵又在第二道城墙抵抗了一阵，但在马其顿部队动用各种攻城器的攻击下，终于顶不住了。大部分人冲出城，逃到距城不远的山里，没能逃走的，都被抓住杀了，为了泄愤，亚历山大下令把这座城市夷为平地。接下来兵临安达卡，这座城不战投降了。亚历山大令克拉特拉斯和其他步兵指挥官留下，率领他们的部队把这一带不愿主动投降的各城镇都毁灭掉。
亚历山大自己则率军向攸阿斯普拉河前进，因为，据说阿斯帕西亚总督就在那里。但两天后赶到那里时，那里的部族听说亚历山大要来，却都已逃到山里去了。亚历山大紧追不舍，一直追到山里，追上后，对那些部族大加杀戮，逼得他们逃到更难进去的深山里。
托勒密在一个小山顶上发现了那个总督，看见他带着一些卫队。托勒密当时所率领的兵力虽比敌人少得多，他还是率部追击敌人，后因山太陡，马上不去，他就下马徒步追击敌酋。这个印度首领看见托勒密追近，便带着他的卫队掉头作困兽之斗。他用一根长矛刺穿了托勒密的胸甲，但没能戳进肉里，同时，托勒密一枪戳透了他的大腿，把他甩到地上，杀死后又抢走他的尸体。敌酋的卫队见自己的首领死了，便四散逃跑了。但小山上的其他印度兵看见他们总督的尸体被马其顿人抢走，悲愤交加，纷纷冲下山来，和马其顿人展开了一场血战。这时，亚历山大所率骑兵已下马徒步来到小山附近，立即投入战斗，经一番激战才把印度人赶回山里，把敌酋尸体拿了回来。
亚历山大随后率部穿越大山，下山后，占领了一个叫阿瑞迦亚斯的城市，进城后，才发现这是一座空城，居民不仅全跑了，而且把全城都烧成一片废墟了。这时，克拉特拉斯也已成功地完成了亚历山大交给他的任务，率部来到这里与亚历山大会合。亚历山大考虑到这座城市虽已成空城，但位置很好，便令克拉特拉斯在四周再修一道城墙加强它的防卫能力。他还号召附近部族愿意到城内居住者都搬到城里居住，部队里超过服役年龄的也可以在城里安家。
亚历山大又率部向另一座大山前进，据说这一带的部族多数都逃到那座大山里躲藏。抵达大山后，亚历山大下令就在山脚下扎营。
托勒密奉命带领一些人马征集粮草和侦察敌情，他回来后，向亚历山大报告说，他看见部族兵营地的烟火比马其顿营地的烟火多得多，但亚历山大认为烟火的多少说明不了什么问题，也许这是这一带部族搞的虚张声势的诡计。他留下一部分兵力在营地，自己带上他自认为已足够的兵力朝敌方烟火处的方向去。到达距敌不远、可看到敌方烟火的地方后，他把部队分成三部分，分别由近卫军将领利昂那塔斯、托勒密和他自己率领。他率领的那部分军队向部族兵最多的地方挺进。
部族兵自恃人多，又占据着高地，没把马其顿军队放在眼里，见开过来的马其顿部队人数不多，便立即从山上冲下来，在平原上展开了一场激战。亚历山大的作战经验丰富、训练有素的军队很快就掌握了战场的主动，压倒了敌人。同时，托勒密也对占据着一座小山的敌人展开了进攻，他把部队分成几路纵队向小山最容易突破的一点冲击，而不是一线拉开，四面堵截。敌人想逃，也无路可逃。这里的印度人是这一带部族中最勇猛善战的，但在马其顿人的猛攻下，还是抵挡不住，被赶下了山。在另一处，利昂那塔斯所率领的部队也旗开得胜，打垮了对面的敌人。据托勒密记载，这次战斗，活捉的敌人就有4万多人，缴获的牛有23万多头。这些牛个大体壮，非常好看。亚历山大挑了一大批最好的牛，派人尽快送回马其顿，用于耕作。托勒密所记载的战果，显然大大夸大了。这是自吹自擂，而且没有马其顿方的伤亡人数。有关亚历山大远征中的战斗情况，因基本上只有马其顿人和希腊人的记载，而没有波斯人和印度人的记载，都是一面之词，都有意夸大马其顿一方的胜利。遗憾的是，我们无法知道确切的情况。
接着，亚历山大率兵向阿萨西尼亚人地区前进。他听说，他们已经集中了2000名骑兵、3万名步兵和36头大象，准备和他大打一仗。这时克拉特拉斯完成了修筑阿瑞迦亚斯城的任务，把重装部队带来了，并带来了攻城用的礌石器。
亚历山大首先进军这一地区最大的城市马萨伽。部队抵达城边时，城里的部族依仗从别处调来的7000名印度雇佣兵，趁马其顿部队正在扎营之机，飞快地冲出城来进行袭击。亚历山大考虑到在城根儿前打，敌人一溃退，就能很容易地逃进城去，因此他决定把敌人引到离城较远的地方再打。他一见敌人冲过来，就下令部队向后转，向一座小山撤退。印度人以为马其顿人不敢接仗，争先恐后地全速追击，秩序大乱。亚历山大立即令方阵兵掉头反击，印度部队被马其顿人的突然反击打得狼狈万状，急忙退回城里，一路被消灭了二百来人。
但亚历山大攻城却不怎么顺利。第一天，亚历山大自己还被射中一箭，脚踝受了点轻伤。第二天，动用了礌石器，轰塌了一段城墙，但当马其顿人从城墙缺口往里冲时，却遭到印度人的顽强抵抗，无功而返。后来面对城墙竖立起一座木塔，弓箭手从塔上向城内敌人射箭，才压住了印度人的气焰，但还是无法攻进城去。第三天，亚历山大又把方阵调上来，从木塔和城墙豁口之间搭起的一架桥上往城里冲，但结果却由于将士们都抢着往前冲，桥上人太多，把桥压断了，许多人都从桥上掉了下来。印度人趁机反击，亚历山大只好停止进攻，鸣金收兵。第四天，亚历山大又令人从另一架礌石器上往城墙上架起一架桥，如法攻城。印度人仍顽强进行抵抗，但由于他们的首领被一颗石弹击中身亡，削弱了他们的斗志，同时激战中又有大批人倒下，伤亡严重，他们才不得不派代表来要求亚历山大停战讲和。
亚历山大很欣赏这些印度雇佣兵的勇敢，很乐意接收他们，他当时就同意让他们参加他的部队跟他去打仗。于是，印度雇佣兵就带着武器从城里出来，在面对马其顿人营地的一个小山上单独扎营。但是，他们并不是真的愿意拿着武器跟着亚历山大去打其他印度人，他们想趁黑夜溜走，去找他们自己的部族。亚历山大得知他们的打算后，立即命令全军出动，趁黑夜把他们团团围住，一个不留地全部杀死了。亚历山大越过兴都库什山进入印度后，就不断地进行这样惨绝人寰的大屠杀。对那些不归附的部族，进行毁灭性的肆意杀戮，他的残暴使人闻风而逃。印度雇佣兵只是想返回自己的部族就被他全部杀掉了。他实行这样的杀戮政策，是要告诉印度人，不归顺的都难逃一死。
3.超神之战：攻占阿尔诺斯山
马萨迦城由于大部分守军离开了，很快就被亚历山大攻占了。然后，亚历山大就派部将科拉斯、阿西塔斯等分别率领一支部队到巴济拉和欧拉两个城市去，他估计这两个城市听到马萨迦被攻占的消息后，会主动投降，但他估计错了。派到欧拉去的部队，遭到城内居民的攻击。而巴济拉的居民，自恃城市建立在地势险要的高岗上，四周工事坚固，也毫无投降之意。
亚历山大得知他派出去招降的部队都碰壁后，就亲自率军去巴济拉。但后来又听说欧拉城的头目阿比萨瑞斯正派人到附近各部族，叫他们偷偷去欧拉城帮他们打仗，便改途去攻打欧拉。他命令科拉斯在巴济拉城外不远处修建要塞，留下一些兵力驻守，使敌人不敢轻易出城和外面联系，利用外面的人力物力，他自己则带领其余部队去和亚历山大会合。巴济拉城里的部族见科拉斯已把大部分兵力带走，认为有机可乘，便冲出城来攻击留下的部队，结果被打死500多人，被俘70多人，其余的赶快逃回了城里。欧拉城则被亚历山大一攻而下。巴济拉城居民听到欧拉城被亚历山大轻而易举地拿下后，完全丧失了守卫自己城市的信心，半夜弃城逃走。其余的部族也都相继外逃。他们都不约而同地逃到一座叫阿尔诺斯的陡山里。
这座当时叫阿尔诺斯的陡山，后来，为寻找它的遗址，不知让多少地理学家、历史学家和旅行家费尽了精力，但结果却都失望而归，没能找到。直到1926年，探险家奥里尔·斯坦爵士才发现现在名为帕尔—萨的就是阿尔诺斯山。