何福、平安等人拔营要走，正巧遇到燕军攻营。那三声号炮，也是燕军所放。实际上，燕军并不知道何福的号令，只因为连夜袭营，所以鸣炮进攻。刚好与何福的号令相吻合。福军误以为是自己人鸣炮，争相走了出来。真是无巧不成书。燕军趁势乱杀，整个大营顿时人仰马翻，尸积如山。副总兵陈晖、侍郎陈性善等三十多人，有的战死，有的被擒，连骁将平安也被燕军捉住，只有何福一人逃脱。这次战争之后，南军的精锐部队全部阵亡，从此一蹶不振。黄子澄听到噩耗后，放声大哭。后又上疏请调辽兵十万，到济南与铁铉会合，截击燕军的归路。建文帝准奏，令总兵杨文调辽兵到直沽。不料途中又被燕将宋贵当头袭击，辽兵全部逃走，杨文束手就擒，没有一兵一将能到达济南。
燕王接着进攻泗州，收降了守将周景初。燕王正准备乘胜渡过淮河，却听说盛庸带着几万兵马，几千战舰，在南岸严阵以待。燕王不敢轻易进兵，于是派使臣到淮安，去见驸马梅殷，只说要到淮南进香，恳请他借道。梅殷不肯答应。燕王大怒，又写信给他：“本王出兵到此，就是为了清君侧，天命有归，何人敢来阻拦？不如见机行事，免得后悔莫及。”梅殷收到来信后，气愤难忍，竟然将来使的耳朵、鼻子全部割去，并对他说：“暂且留下你的嘴，回去问问殿下，难道他不知道君臣大义吗？”使人将这话回报给燕王，燕王无可奈何，只好从凤阳取道。凤阳知府徐安听说燕王将到，马上拆毁浮桥，藏匿船只，断绝交通。燕军又不能渡过。
燕王踌躇了一会儿，想出一条妙计。他召邱福、朱能等人入帐，秘密叮嘱一番之后，自己带兵来到淮水北岸，接着指挥将士们，备好舟船，张旗鸣鼓，做出一副渡河的样子。南军在对岸瞧到，马上整备兵械，严密设防，专等燕军南渡。谁知燕军敲敲打打闹了半天，却没有一舟一筏渡过来。南军瞪着眼睛看了半天，最后各自回营休息去了。这时营外忽然杀声四起，燕军从天而降，吓得南军魂不附体。原来邱福、朱能等人听了密计之后，就带着几百名壮士，向西走了二十里，从上游雇了渔舟，偷渡淮水，绕到南军营前，奋勇杀入。盛庸没有防备，慌忙出帐上马，想要逃走。不料马也受惊，反而将盛庸掀翻在地。盛庸摔倒在地上，手脚都受了伤，几乎不能动弹。多亏手下的亲兵把他扶起，塞在一条小船里，这才仓皇逃走。军中没有了主将，顿时全营大溃。燕王乘机飞渡，上岸夹击，立即将南军扫荡干净，缴获大量淮南战舰。后来又攻下盱眙、扬州，杀死都指挥使崇刚以及巡按御史王彬。
京城得到消息后，非常惶恐。建文帝急忙派御史大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英等人分道征兵。各镇都观望不前，有的甚至给燕王送去钱粮，有意归附。朝中的大臣担心被困在京城，多半请旨出守，以方便逃跑，京中越来越空虚。建文帝也觉得惶恐，没办法只好下诏罪己，并派庆城郡主到燕王营中议和，表示愿意割地。郡主是燕王的堂姐，见到燕王之后，燕王先哭，郡主也跟着哭。燕王接着问：“周王和齐王现在怎么样了？”郡主说：“周王已经被召回京师，齐王还在狱中。”燕王叹息不已。郡主将建文帝的意思娓娓道出。燕王说：“父皇的封土我都保不住，哪还敢指望割地？况且我率兵来到这里，无非是想祭拜孝陵。只要天子恢复以前的制度，赦免诸王，让奸臣不能蒙蔽主聪，我当即解甲归藩，仍然谨守臣礼。如果只是想托词缓兵，今天议和，明天又要开战，让我姐姐白跑一趟，我若答应反是中了奸臣的计谋。我又不是傻子，算计我干什么！”郡主不方便再说，只得告归，燕王把她送出营外。
郡主将这些话告诉建文帝，建文帝又问方孝孺。方孝孺说：“长江天堑相当于百万大军，陛下不必担心。”话还没有说完，锦衣卫前来奏报，说苏州知府姚善、宁波知府王璡、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方、永清典史周缙都带着兵马来保卫京城。建文帝这才稍稍放心，然后一一召见，让他们在城外屯守。侍郎陈植来到营前，慷慨誓师，甚至痛哭流涕。无奈军心已变，就算口吐莲花，也没有办法。都督佥事陈瑄，竟然带着水兵投奔燕王去了。还有陈植的部下金都督也想投降。陈植看出他的意图，将他招来质问，不料他竟然反手将陈植杀死，带着兵马投奔燕王去了。燕王问明情况后，竟诛杀了金都督，并让人厚葬陈植。随后燕王祭祀江神，发兵渡江。一时间，船舰相接，旌旗蔽空，战鼓声传到数百里外。南军胆战心惊，盛庸等人率众抵御，还没交战，就已经乱作一团。燕军的前锋只有几百名精兵，却将南军杀得四处逃散。燕王渡江之后，带兵猛追了数十里。南军不是被杀就是逃散，只剩下盛庸一人一马，在慌乱中走脱。燕军乘胜攻下镇江，准备休养几天，进攻京城。
建文帝听说后，在殿前走来走去，束手无策。这时方孝孺上奏说：“京城里还有二十万精兵，况且城高池深，粮食充足，防守不成问题。敌兵远道而来，用不了几天就会不战而逃。”建文帝依计而行，又请各位将领分守都城。齐泰、黄子澄借口外出征兵，不等建文帝批准，就自行离去了。齐泰逃到广德州，黄子澄逃到苏州。建文帝不禁叹息着说：“事情因他们而起，难道他们竟要弃朕远逃吗？”正说着，外面报称燕军开始攻城，建文帝召方孝孺问计。方孝孺请他坚守城池，如果有什么不测，就殉死社稷。
建文帝听了这话，更加心惊肉跳。这时，翰林院编修程济跑入殿中，大声喊道：“不好了，不好了，燕军已经入城了！”建文帝说：“这么容易！难道是有内应？”程济说：“谷王朱橞、李景隆等人打开了金川门，迎入燕王，京城这才沦陷。”建文帝流着泪说：“罢！罢！朕没有薄待过他们，他们竟然如此负心，还有什么话好说？”程济说：“御史连楹曾假装在燕王马前叩拜，想刺杀燕王，只因孤立无援，反而被杀害。”建文帝说：“有这样的忠臣，朕都没有重用。朕也知道错了，不如听从方孝孺的话，殉死社稷好了！”说完，就要拔刀自尽。
这个时候，少监王钺忽然上奏，陛下不可轻生。高皇帝升天的时候，曾经留下一个箱子，交给掌宫太监，并留下遗嘱：子孙如果有大难，可以打开箱子，里面自有办法。程济插嘴问：“那箱子现在在哪里？”王钺答道：“就藏在奉先殿的左侧。”左右听了这话，都说大难已到，还是快快打开箱子。建文帝马上派人去取，不一会儿，有四个太监抬着一个红色的箱子进来。这箱子相当沉重，四围都用铁皮包裹，连锁心里面也灌了生铁。王钺将箱子砸开，大家死死盯着，都以为这箱子里有什么退敌的妙计。谁知箱子里竟然藏着三张度牒，一张叫做应文，一张叫做应能，一张叫做应贤。连袈裟、僧帽、僧鞋等东西也全都准备好了，并且有剃刀一柄，白银十锭，以及一张朱红色的纸，纸上写着：应文从鬼门逃出，其余的人从水关逃出，傍晚在神乐观的西房会合。建文帝叹息着说：“天意如此，就这么办吧！”
程济取出剃刀，给建文帝剃发。吴王教授杨应能，因为名字和度牒上的相同，就表示愿意一起剃度。监察御史叶希贤说：“臣叫希贤，想必应贤的这张度牒属于臣。”于是也把头发剃光了。三人脱了衣冠，披着袈裟，藏好度牒，整装出发，接着建文帝命人纵火焚宫。顿时火光熊熊，把金碧辉煌的一切尘缘烧得一干二净。皇后马氏投火自尽。妃嫔们大多已经逃走了，剩下的多半被烧死。建文帝痛哭一场，就要动身。这时，殿里还有五六十人都趴在地上哭泣，表示愿意跟随。建文帝说：“人多不方便出走，你们还是自便吧。”
这时，还有九个人誓死相从，跟着建文帝来到鬼门。鬼门在太平门之内，是内城的一扇矮门，仅容一人出入，外面就是河水。建文帝弯着身子出去，其他的人也鱼贯出门。门外正巧有小船等在那里。船上有一位穿着道服的老人，叫皇上乘船，并叩头称呼万岁。建文帝问他叫什么，他说：“姓王名昇，是神乐观的住持。昨夜梦见高皇帝命臣来此，所以一直在这里守候。”建文帝与九个人一同登船，船顺风而下，没过多久就来到神乐观。王昇将他们带入观中。那时已经是傍晚，一会儿杨应能、叶希贤等十三人也来了。
大家见面之后，仍跪在建文帝面前俯首称臣。建文帝说：“我已经是僧人了，以后就以师兄弟相称吧，不必行君臣之礼了。”大臣们都哭着答应下来。随后，大家席地而坐，草草吃了晚饭。当即决定由杨应能、叶希贤、程济三人侍奉在皇帝身边。还有六个人隐姓埋名，负责一路上的饮食。剩下的十几个人分别住在各地，负责建文帝的住宿。第二天一早，应文和尚便带着应能、应贤等人与众人作别，云游四方去了。