燕王朱棣攻入京城之后，只有魏国公徐辉祖带兵抵挡一阵，兵败之后也逃跑了。此外，文武百官大多在马前迎驾。燕王接见完毕后，又去看周王和齐王，三人泪流满面。事情办完之后，燕王随即回到军营，召集官吏商议。兵部尚书茹瑺先到燕王面前，劝他登基。燕王问：“皇上呢？”茹瑺说：“皇宫被烧，想必皇上已经驾崩了。”燕王皱着眉头说：“我无缘无故被诬陷，不得已才发兵自救，一心想着为国除奸，以安定宗室社稷，效法周公垂名后世。谁知皇上竟然不能体谅，就这样轻生了。我已经得罪了天地祖宗，哪敢再登大位，还是另选德才兼备的亲王吧。”茹瑺一边叩头一边说道：“大王顺天应人，怎么能说是‘得罪’？”话音未落，一班文武大臣都跪在地上，黑压压地跪了一地，齐声大呼：“天下是太祖的天下，殿下是太祖的儿子，无论是德还是功，都应该登上大位。”燕王仍然犹豫不决：“明天再说吧。”第二天一早，群臣又来规劝。燕王这才起驾入城，命诸将守住城门，悬赏通缉齐泰、黄子澄、方孝孺等人。随后在奉天殿即皇帝位，受王公大臣朝贺。
燕王即位后，下令清宫三日。宫里面的宫女、太监多半被杀死，只有得罪过建文帝的，才得以幸免。燕王接着将宫人找来，问他们建文帝的行踪。宫人也不知道，只好把马皇后的残骸说成是建文帝的尸首。从灰烬中拨出来的尸首浑身漆黑，四肢残缺，辨不出是男是女，只觉得惨不忍睹，燕王不禁哭着说：“傻孩子，你怎么这么傻呢？”当时，侍读王景站在一旁，燕王问他应该如何下葬。王景就说应当以天子礼殓葬。燕王点头，命人将尸首以天子礼埋葬。
这时有一个人满身缟素，直奔朝中，伏在地上失声痛哭，哭声震撼天地。燕王听到后，当即喝令左右将他拿下。燕王凝视着他说：“你就是方孝孺？朕正要捉拿你，你却自己来送死！”方孝孺抗声说道：“事已至此，死有什么好怕的！”燕王说：“你愿意死，朕偏偏不让你死！”说完，命左右将他逮捕下狱。原来燕王大举南犯的时候，道衍将燕王送出郊外，跪在地上说：“臣有事要嘱托。”燕王问是何事，道衍说：“南朝有个鸿儒名叫方孝孺，此人很有学问，殿下入京之后，千万不要杀这个人。如果杀了他，天下的读书种子从此就断绝了。”燕王点头，并铭记在心里。所以索要罪人的时候，虽然将方孝孺列为首犯，暗地里却一直想保全他，并且让他的门徒廖镛、廖铭等人到狱中劝解。方孝孺怒斥他们：“你们这些混账，跟了我这么多年，难道还不知道大义吗？”廖镛等人返回去报告燕王，燕王不以为意。
没过多久，朝廷准备草拟即位诏书，大臣们都举荐方孝孺，燕王就让他出狱了。方孝孺仍然穿着素服来到大殿。燕王对他说：“先生这是何苦呢？朕只是想仿效周公辅佐成王。”方孝孺问道：“那成王呢？”燕王说：“他自焚死了。”方孝孺又问：“那怎么不立成王的儿子？”燕王答：“国家要依靠长君。”方孝孺反驳：“那为什么不立成王的弟弟？”燕王一时语塞，无话可说，只得勉强说道：“这是朕的家事，先生不必过问。”方孝孺还想再说，燕王已经命左右递上纸笔，委婉劝诫：“先生是一代鸿儒，如今朕要即位，还要劳烦先生起草诏书，请先生不要推辞！”方孝孺将笔扔在地上，边哭边骂：“要杀就杀，诏书不能起草。”燕王的火气一下子上来了，厉声问道：“就算你自己不怕死，难道就不顾念九族吗？”方孝孺说：“就算是灭我十族，我也不怕。”说到这里，又拾起笔写了四个大字，扔给燕王：“这就是你的草诏！”只见纸上“燕贼篡位”四个字触目惊心。燕王不由得大怒：“你敢说我是贼？”接着喝令左右用刀去划方孝孺的嘴，一直划到耳朵旁边。并下诏缉拿方孝孺的九族，再加上朋友以及门生，作为十族。每缉拿一个人，就带给方孝孺看。方孝孺毫不顾忌，燕王将他们一律杀死。后来又把方孝孺推出聚宝门外，处以极刑。方孝孺的弟弟方孝友也被一起抓来，与方孝孺一同死在聚宝门外。临刑前，方孝孺对着他一直流泪，方孝友就随口作了一首诗：
阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。
时人称他们为“难兄难弟”。方孝孺的妻子郑氏以及两个儿子方中宪、方中愈全部自尽，两个女儿投河溺死。宗族亲友以及门客全部连坐被诛，一共八百七十三人，廖镛、廖铭也坐罪而死。
齐泰、黄子澄先后被捉拿。由燕王亲自审讯，二人誓死不屈，一同被凌迟。兵部尚书铁铉被抓到京城后，毅然背对燕王，不肯屈服。燕王强行命他转过身来，始终不能如愿。燕王命人将他的耳朵、鼻子一起割下，煎熟了送到铁铉的嘴里，并问他肉味是不是鲜美。铁铉大声说道：“忠臣孝子的肉当然鲜美！”燕王更加愤怒，命人在大殿里烧起油锅，将铁铉扔了进去，铁铉顷刻间烫成了尸炭。但尸体自始至终都反身向外。燕王又命人用铁棒将残骸夹起来，让他面朝北面，并笑着说：“你现在肯来朝拜我了？”话音未落，油锅里忽然溅起滚油，左右都急着避让，丢下铁棒走开。尸体落下后仍然反身向内。燕王大惊失色，赶忙命人安葬。
户部侍郎卓敬、右副都御史练子宁、礼部尚书陈迪、刑部尚书暴昭、侯泰、大理寺少卿胡闰、苏州知府姚善、御史茅大芳等人陆续被抓，不是被打掉牙齿，就是被割去舌头、断手断足，甚至还灭他们三族。其他人，像太常少卿廖昇、修撰王艮、王叔英等人在燕王攻城的时候就已经自杀。最奇怪的是东湖的一个樵夫，他每天背着柴薪来集市卖，从不二价。听说建文帝自焚后，竟然趴在地上大哭起来，然后丢下柴薪，投身入湖。以上这些都是壬午殉难的忠臣义士。
左佥都御史景清平时大义凛然，等到燕王即位，要给他官复原职，他却没有推辞。有人耻笑他，说他贪生怕死，他却毫不在意。等到八月十五的时候，燕王临朝，朝拜完毕后，史景清忽然一跃而上，扑向燕王。燕王立即命左右将他拿下，搜得一把利刃，便质问他想干什么。史景清愤然说道：“我想为故主报仇，可惜没有成事！”燕王大怒，下令将他剥皮。史景清谩骂燕王至死，骨头和肉都被肢解，皮被挂在长安门上。一天，燕王出巡，车驾经过长安门，门上悬挂的皮忽然断了绳索，扑向燕王。燕王非常诧异，马上命人将皮烧掉，接着派人诛他九族。后来又辗转牵连，称为“瓜蔓抄”，村落因此都变成了废墟。
建文帝时的旧臣，除归附燕王的以外，死的死，逃的逃，只有魏国公徐辉祖因为是燕王的舅舅，燕王不忍心诛杀，于是亲自召问。徐辉祖含着泪，一言不发。燕王想到他是开国元勋的后裔，又是自己的舅舅，应该特别从宽，所以只削去了他的爵位，并追封徐增寿为武阳侯，晋爵定国公，子孙世袭爵位。燕王又想到驸马梅殷还在淮河驻兵，不免有些忧虑。于是逼宁国公主写下血书，将他召回。梅殷接到书信后痛哭一场，然后跟着来使回到京城。燕王听说后，亲自下殿迎接，并说：“驸马辛苦了！”梅殷说：“劳而无功，真是惭愧！”燕王默不作声，心中很不高兴，只因一时不便加罪，暂时放他一马。
燕王改建文四年为洪武三十五年，将第二年改为永乐元年，在南郊祭祀天地，颁下即位诏书，大赦天下。命侍读解缙、编修黄淮到文渊阁任职；侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜参与机务，组建内阁。于是，太平盛世依旧。后来燕王朱棣庙号成祖，历史上称他成祖皇帝。成祖大封功臣，之前战死的将士全部追封。周王、齐王、代王、岷王全部官复原爵，各令他们归国。谷王朱橞因开门有功，厚加赏赐，改封至长沙。只有宁王朱权被诱入关，成祖曾当面答应，事成之后平分天下。等到成祖即位，却闭口不提，还把他留在京师。宁王朱权不敢相争，只是请封苏州给他。成祖不肯答应，后来又请封钱塘，成祖又不允许。宁王不得已，只好带着几个老臣去南昌，卧病在床，不再回京。成祖就把南昌封给了他。从此，宁王朱权韬光养晦，每天读书鼓琴，不问外事，这才保全性命。
成祖将妃子徐氏册立为皇后。皇后是徐达的长女，自幼温良娴静，喜好读书。册封为妃之后，一直侍奉高皇后，高皇后驾崩之后，徐后素食三年。靖难兵变的时候，很多部署都是由徐氏悉心规划的。她被册立为皇后，就对成祖说：“南北的战争使得民生凋敝，从此以后应该休养生息。所有的贤才都是高皇帝留下来的，能用即用，不用问什么新旧。”成祖非常赞赏。
成祖有三个儿子，都是皇后所生。皇后既然已经册立，就应该册立太子。朱高煦打仗有功，不免骄傲自负，暗中让淇国公邱福、驸马王宁在成祖耳边替自己说话。成祖也认为朱高煦像自己，于是有心立他为储君。偏偏兵部尚书金忠认为不可以，并援引古今之事，阐说废嫡立庶的种种祸端，一再劝解。成祖于是左右为难起来。那时北平已改名为北京，设立顺天府，命朱高炽居守，朱高煦则跟随成祖在南京。金忠感觉局势不利于朱高炽，就和解缙、黄淮等人说到此事，并让他们共同调护。正巧成祖问到解缙立储的事情。解缙就说：“皇长子仁义孝顺，天下归心，请陛下不要怀疑！”成祖没有说话。解缙又说：“皇长子就不用说了，陛下难道不顾及您的圣孙吗？”原来成祖已经有了长孙，名叫瞻基，是高炽的妃子张氏所生。分娩的前一夜，成祖曾梦见太祖给他一只圭璧，上面写着“传之子孙永世其昌”八个大字，成祖引以为瑞兆。后来孩子满月，成祖抱着小孩看。只见那孩子英气满面，符合梦兆，于是更加钟爱。成祖登基后，瞻基已经十岁。他嗜书好读，灵敏机智，成祖赞不绝口。成祖果然为其所动，只是还没有作出决定。隔了几天，成祖拿出一幅《虎彪图》，命大臣们作诗。那图中画着一只老虎和几个虎崽子，样子非常亲昵。解缙见了，提笔就写，接着呈给成祖。成祖一看，是一首五言绝句：
虎为百兽尊，谁敢触其怒？
惟有父子情，一步一回顾。
看完之后，成祖不禁暗暗感叹。