1698年（康熙三十七年），又聚众于广东惠州高溪庙，图大举，未果。陈近南病殁，会务由宝珠寺吴天成等五僧主持。不久，吴天成等相继谢世，仅存头目苏洪光。众推苏洪光为主帅，改名天佑洪，以天为父，以地为母，日为兄弟，月为姐妹，改名为天地会，又名三合会。军名三合军，取天时地利人和之义。起兵反清，连战连胜，震荡七省。明朝总兵周遇吉侄周豪率韩龙、韩虎、李昌国等来会，以史可法侄史鉴明为军师，女侠关玉英为女兵统领。兵发襄阳，祭万云龙、郑君达墓，尊朱洪竹为先皇，大举入蜀。清朝四川总兵王春美派心腹符、田二人诈降，天佑洪不察，允许其加盟，将符排四（第四位），田排七（第七位），任副军师。军抵重庆，与清兵交战，由于有符、田作内应，清兵大胜。天佑洪负伤退驻白虎山。关玉英擒获田七，剖心祭先烈。后来符四也被擒，以一百零八刀割死。洪门以符、田之讳，四七两排忌男子，而以安插女将。大嫂排金凤，称四姐，姑娘排银凤，称七妹。洪门中有百分之二十为女性，即源于此。从此以后，洪门很少吸收士大夫加入，并重订会章，定三十六步半官阶及三十六条、二十一则、七十二款、十禁、十刑等规则，防奸甚严。又定木阳城制度，制一斗上书木阳二字，开山时，立三十六誓，以打木阳城为最重典礼。天佑洪死后，被同门尊为威宗。军务由苏洪宝、林烈主持。后来在战争中力量消耗过大，已无法同清军抗衡。林烈分遣党徒向南洋及内地各省发展秘密组织，或开山据寨，或秘密结社，均自立名称，如九龙会、三点会、三合会、七首会、双刀会、红枪会、大刀会、小刀会等，扩大力量，待机再起。
乾隆二十六年（1761），是年，僧人万提喜在福建云霄高溪观音亭创立。乾隆四十七年（1782），万提喜的嫡传弟子陈彪，在漳州平和县行医时，纠邀严烟等人入会。次年，严烟渡海来台，在彰化开设布铺，并传天地会。严烟被捕后供出加入天地会的好处说：“要入这会的缘故，原为有婚姻丧葬事情，可以资助钱财；与人打架，可以相帮出力；若遇抢劫，一闻同教暗号，便不相犯；将来传教与人，又可得人酬谢，所以愿入这会者甚多。”天地会的宗旨，主要是在于内部成员的互助问题，天地会的倡立及其发展，反映了许多社会问题。台湾早期移垦社会的普遍贫穷，婚姻丧葬，养生送死，亟需资助。民风好斗，族群矛盾，分类意识浓厚，动辄聚众械斗，结盟拜会，可以相帮出力；地方治安欠佳，公权力薄弱，窃盗成风，熟悉天地会隐语暗号，便不敢相犯。收徒拜会，纠人出钱入会，便可得人酬谢。因此，早期的天地会，主要就是强调内部的互助问题，不应过于强调反清复明的政治目的。（庄吉发《清代秘密社会的财源》）乾隆十五年十一月，林爽文在台湾彰化县大里拭村聚众起义，参加者达十余万人，这是中国历史上第一次以天地会名义发动的群众武装起义。清政府在镇压起义的过程中，全力追查天地会的起源，这一行动遍及全国许多省份。乾隆五十三年初，福安康在台湾拿获天地会要犯、首先将天地会传入台湾的严烟。经审讯，严烟供出自己是在乾隆四十七年由陈彪介绍加入天地会的，陈彪告诉他天地会起于川省。由于严烟是第一个将天地会传入台湾的人，清政府很重视他的供词，专派协办大学士福安康为钦差大臣负责追查天地究竟起源于何处，并命四川总督密查严烟所供诸人的情况。清朝官员根据严烟所供的线索在四川严加追查，一直未发现天地会的情况和证据。福安康在奏称：“臣福安康前在四川总督任内，查缉啯匪，遍加亲历，并未闻天地会名目。”四川总督李世桀奏称：“臣在川共八年有余，一切风土民情，时加访问，并未闻天地会名目。”几经复查，清廷才最后确认“从前严烟所供，起自川省，显系狡展。”从杨咏供出天地会由洪二和尚所创，到洪二和尚万提喜之子行义被拿获，其间曾有许多人供认，天地会系洪二和尚所创，清廷这才确认“天地会经查明起于洪二和尚，提喜为此案传教正犯无疑义。”据行义供称：“伊师傅提喜即系父亲，因乳名洪，排行第二，故多称洪二和尚，已于四十四年身故。”朝廷对洪二和尚是否身故尚存疑虑。后经严刑拷打讯其子行义，指出其父坟地，“刨验骨殖属实”，“并令行义滴血验试无异”（中央档案馆明清部存《朱批奏折》嘉庆十二年六月二十八日闽浙总督阿林保、福建巡抚张师诚片），此案才算了结。近年来，在中国第一历史档案馆的《外纪簿》中找到了乾隆五十四年五月初三闽浙总督伍拉纳、福建巡抚徐嗣曾关于审讯提喜之子行义、嫡传弟子陈彪的奏折。这个奏折明确记载：“提喜于乾隆二十六年倡立天地会名色，该犯俗称郑开，僧名提喜，又名洪二和尚。其传会口号既以五点二十一为暗号，而悖妄词句内胆敢嵌入‘洪’字，以致台湾逆匪造作洪号、顺天等字，皆缘此而起。”天地会的起源这一公案，在清廷内部已经结案，天地会的创立问题终于有了一个眉目。
1849年（道光二十九年），陈正成在新加坡设立三合会，并分支于厦门，加入者甚众。刘丽川建小刀会于青浦。光绪初年，孙文在广州学医，遇三合会首领郑士良，取得联系。孙在檀香山加入致公堂，后被推为堂主。陶成章在浙江进行革命，首先联系洪门九龙山。洪门兄弟加入兴中会和光复会的有多人。镇南关起义、黄花岗起义，洪门弟兄均踊跃参加。辛亥革命，四川、陕西、湖南、浙江都由洪门兄弟率先起义。
汉留发展不限于上九流，成份也比洪门复杂，相传有惊、培、飘、猜等等。因此，汉留发展很快。清初，陈近南想劝说吴三桂反清，入川联系义士，于1670年（康熙九年）在雅州开精忠山，聚集英雄，以图复明。后见三桂虽叛清但不为明，大失所望，于是养晦待时。不意被烧四排绰号“弯帽根”叛徒方宾良出卖。清朝建昌镇总兵马庚武率兵围捕陈近南。陈精武艺，突围逃脱，至襄阳白鹤洞出家为僧。从此，汉留亦忌四排，凡叛徒俱称“弯帽根”。清康熙、乾隆年间，河北、河南、山东一带的响马和保镖大都为洪门汉留支系，如窦二敦就是其中一支。
1848年（道光二十八年），永宁郭永泰开荩忠山，持有在福建渔人手中寻获的《金台山实录》原本。据传郑成功于1662年（康熙元年）病故，其子郑经奉遗命以《金台山实录》作要件保存。1680年（康熙十九年）郑经战败于厦门，次年去世。其子郑克塽嗣位。1683年清兵提督施琅攻陷台湾，郑克塽将《金台山实录》用铁盒密封沉于海底。郑成功系藩王，《金台山实录》中的开山令俱王者口吻，郭永泰开山时不敢沿用，托凌桐阶仿原本略加增改，以资实用，名之曰“海底”，又名“金不换”。后来开山立堂者，奉此为圭臬。
清代传至嘉庆，盛极而衰，洪门汉留组织日益壮大起来。1810年，福建范松如开人头山，1818年四川方安澜开蓬莱山，1819年四川郭禹钦开华严山，1825年云南胡林章开广金山，1857年贵州胡佐臣开金凤山，1866年云南胡云开大兴山，1889年湖南王森万开宝云山，1894年江苏李云龙开东梁山，1895年甘肃杨鸿钧开金龙山，1897年广东萧朝举开天兴山，1905年山西林式开开福明山，1906年甘肃马海秋开嘉峪山，1907年山东冯紫电开蓬瀛山。四川袍哥开立山堂的情况：李云九于1876年开青城山，彭立山于1885年开回龙山，同年彭焕如开飞龙山，颜鼎章开大峨山，胡文翰于1889年开九成山，同年张联第开华阳山，李煜华于1898年开巍峰山，陈平侯于1901年开蓬莱山，胡朗秋于1903年开金华山，同年袁朗溪开宝成山，何金梁于1906年开九华山，董伯高于1910年开西明山，同年黄华成开宝林山。（参见《我所知道的洪门史实》，载《帮会奇观》，中国文史出版社1989年版）
清政府对于洪门和汉留开山，必然要派兵清剿。虽然开山仪式比较秘密，但清政府已经发觉了洪门及汉留的势力会威胁其统治地位，从多方面对其活动进行侦缉。开山盟誓后，随之而来的，很可能就是一场惨烈的战争，双方的消耗都很大，但洪门汉留都有很深的群众基础，从来就没有被彻底消灭过。孙中山组织兴中会，章炳麟、陶成章组织光复会、黄兴组织华兴会，虽有革命精神，但无群众基础，不得不从洪门汉留入手。而洪门汉留兄弟粗人多，组织散漫，缺乏领导力量，很容易被孙、黄的反清倡议组织起来，于是纷纷投入到革命党，也是顺应了历史潮流。川汉路案发生，四川汉留纷纷起义攻击清总督赵尔丰。辛亥革命虽以新军为主体，而通信联络、侦牒暗杀、筹款劫杀场等秘密活动及起义时冒险犯难的敢死队，均由洪门会友担任。起义军的四川都督尹昌衡、湖南都督焦达峰、陕西光复军大统领张云山，均为洪门汉留首领。中华民国成立，清帝退位，洪门汉留的反清目的已达到，其活动告一段落。按传统的说法，四川袍哥的前身就是洪门汉留，其组织的产生和流传涉及两个重要人物，郑成功和陈近南，这又是怎么一回事呢？
二、郑成功与陈近南
郑成功，（1624—1662年）是我国明末清初著名的民族英雄，原名福松、森，号大木，福建南安县石井村人。其父郑芝龙，是南明隆武朝“建安伯”，曾组织向台湾移民，积极开发台湾岛。1645年（清顺治二年），21岁的郑成功在福州受到隆武帝朱韦健的召见，颇多赏识，被认为本家，赐他国姓（朱），改名成功，因此中外尊称之为“国姓爷”。1653年（清顺治10年），南明永历帝（朱由榔）又封他为“延平郡王”。郑成功的活动是在国内明清王朝交替和西方殖民主义者侵略东方的时期展开的。1646年（清顺三年）秋，清兵进攻福建，隆武帝被生擒，郑成功的父亲郑芝龙，掌握隆武朝廷军权，在汉奸洪承畴的勾引下，率兵投降了清朝。郑成功反对父亲降清，率领部下先在广东南沃岛起兵，继而挺进厦门鼓浪屿，1650年（清顺治七年）占领厦门、金门两岛。以后与清军展开不断的战斗，逐步收复了福建漳、泉地区，并控制了北至浙江舟山，南至广东潮惠的东南沿海地区。
1659年夏，郑成功率水师10余万北上，经舟山溯长江，连克瓜州、镇江等城。7月围攻南京，误中清江南总督郎廷佐的强兵计，折兵回厦门。翌年，清军分三路进攻厦门，被郑成功击退。郑成功在坚持抗清的同时，又和侵占我国领土台湾的荷兰殖民者展开长期的斗争。荷兰殖民者于1624年（明天启四年）侵占了我国的台湾，对台湾人民进行残酷的剥削和压迫，并不断骚扰福建、广东沿海地区，激起中国人民的无比愤慨。1652年（清顺治九年），台湾爆发了以郭怀一（郑成功父亲郑芝龙的旧部）领导的抗荷武装起义。1655年（清顺治十二年），郑成功为了抗议荷兰殖民者在海上的掳掠，曾下令禁止商船到台湾贸易，在经济上给荷兰殖民者以有力的打击。
1661年4月，郑成功令长子郑经防守厦门，新率战舰120艘，将士25000余人，在金门料罗湾誓师东进收复台湾。经过激烈的海战，郑军击沉荷军主力舰“赫克托”号，收复了“赤嵌楼”。在近一年的争夺中，荷军伤亡近2000人，损失惨重。1662年2月1日，荷兰侵略军被迫投降，被侵占达38年之久的台湾终于重归祖国怀抱。郑成功于1662年旧历五月初八因病逝世于台湾，终年39岁。
而陈近南即陈永华，字复甫，泉州府同安人氏。其父陈鼎，明天启七年（1627）举人。甲申之变后回乡躬耕，永历二年间（1648），郑成功攻克同安，授陈鼎为教谕。后清军攻陷同安，陈鼎在明伦堂自缢。清军人城后，陈永华出逃。此时下决心弃儒生业，以究心天下事为己任；当时郑成功占据厦门，图谋恢复明朝江山，于是延揽天下士子。兵部侍郎王忠孝推荐陈永华，郑成功与他谈论时事，终日不倦，并且高兴地说：“复甫，你是当今的卧龙先生”。不久授予参军，并以宾礼相待。
陈永华为人沉稳静穆，不善于言谈。但如果议论时局形势，却慷慨雄谈，悉中肯要。遇事果断有见识，定计决疑，了如指掌，不为其他人所动。与人交往，诚字为先。平时布衣蔬饭，随意淡然。
永历十二年（1658）郑成功与诸将讨论北征之事，很多人都认为不行，只有陈永华力排众议，认为可行。郑成功很高兴，于是派他留守厦门，并辅佐世子郑经。